单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-07-24	Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial 2025-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55642-8 PMID:39794332	research paper	一项I期临床试验，评估sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和疗效	首次评估sitravatinib与nivolumab和ipilimumab三联疗法在未治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和疗效，并通过单细胞RNA-seq分析揭示了治疗耐药性的潜在机制	样本量较小（22例患者），且为I期试验，主要关注安全性而非疗效	确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性	22例未治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者	临床医学	肾细胞癌	单细胞RNA-seq	NA	临床数据和基因表达数据	22例患者（其中12例进行了单细胞RNA-seq分析）
322	2025-07-24	FlyRNAi.org 2025 update-expanded resources for new technologies and species 2025-Jan-06, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae917 PMID:39435987	研究论文	本文介绍了FlyRNAi数据库2025年更新，扩展了支持新技术和物种的资源	数据库新增了单细胞转录组学数据挖掘和分析资源，并将CRISPR试剂和基因中心生物信息学方法应用于传染病媒介节肢动物	NA	支持功能基因组学研究，促进生物和生物医学理解	果蝇和其他节肢动物	生物信息学	NA	单细胞转录组学、CRISPR	NA	组学数据	NA
323	2025-07-24	Hepatocellular carcinoma hosts cholinergic neural cells and tumoral hepatocytes harboring targetable muscarinic receptors 2025-Jan, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101245 PMID:39717507	研究论文	本研究揭示了肝细胞癌中存在胆碱能神经细胞和携带可靶向毒蕈碱受体的肿瘤肝细胞，为肝癌治疗提供了新思路	首次在人类HCC中发现密集的DCX+、synaptophysin+、NeuN+、VAChT+神经细胞簇，并提出神经元评分新概念	研究主要基于回顾性数据，需要进一步前瞻性临床验证	探索肝细胞癌中胆碱能神经调控机制及其治疗潜力	人类肝细胞癌组织、大鼠HCC模型、TCGA等多组学数据集	肿瘤生物学	肝细胞癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、细胞生物学实验	NA	基因组数据、转录组数据、临床数据	法国肝脏生物样本库样本、TCGA数据集、欧洲验证队列
324	2025-07-24	Cell signaling characterization for spatial transcriptomics (ST) data using network analysis 2025, Complex networks & their applications XIII : proceedings of the thirteenth International Conference on Complex Networks and Their Applications: COMPLEX NETWORKS 2024. Volume 1. International Conference on Complex Networks and Their Appl... DOI:10.1007/978-3-031-82435-7_32 PMID:40510773	研究论文	本文提出了一种基于网络分析的细胞间通讯方法，用于空间转录组学（ST）数据	提出了一种新的网络模型，用于量化ST数据中的配体-受体相互作用信号活性，并验证了其在真实ST数据集上的有效性	仅验证了三种相互作用，可能无法涵盖所有细胞间通讯情况	开发一种用于空间转录组学数据的细胞间通讯分析方法	空间转录组学数据中的配体-受体相互作用	空间转录组学	NA	网络分析	网络模型	空间转录组学数据	一个真实的ST数据集
325	2025-07-24	Melanocyte dysfunctions: future and promise of stem cells 2025, American journal of stem cells IF:1.5Q4 DOI:10.62347/EOIC7075 PMID:40686746	综述	本文综述了黑色素细胞（MCs）和黑色素干细胞（McSCs）在皮肤色素沉着和附属器官色素沉着中的作用，以及它们在治疗白癜风、头发灰白、伤口愈合障碍和黑色素瘤等疾病中的潜在应用	探讨了McSCs在皮肤稳态和修复中的关键作用，以及利用单细胞RNA测序、空间转录组学、基因编辑和全基因组测序等前沿技术对McSCs生物学及其调控微环境的深入理解	对McSCs在黑色素细胞功能障碍（如白癜风）中的特性缺乏全面理解	探讨McSCs在皮肤健康和疾病治疗中的作用及潜在应用	人类黑色素细胞（MCs）和黑色素干细胞（McSCs）	再生医学	白癜风	单细胞RNA测序、空间转录组学、基因编辑、全基因组测序	NA	NA	NA
326	2025-07-24	Single-Cell Transcriptome Analyses of Four Pain Related Genes in Osteosarcoma 2025, Cancer informatics IF:2.4Q3 DOI:10.1177/11769351251331508 PMID:40686838	research paper	通过单细胞转录组分析研究骨肉瘤中四个疼痛相关基因的表达模式	首次在骨肉瘤中利用单细胞转录组测序技术分析四个疼痛相关基因（ARTN、PSPN、GDNF、NRTN）在不同细胞类型中的表达差异	研究仅分析了基因表达模式，未验证这些基因在疼痛调控中的具体功能机制	探究骨肉瘤中疼痛相关基因的细胞特异性表达模式	人类骨肉瘤组织和16种骨肉瘤细胞系	digital pathology	osteosarcoma	scRNA-seq	NA	gene expression data	骨肉瘤组织和16种骨肉瘤细胞系
327	2025-07-24	Integrated Single-Cell and Spatial Transcriptomic Analysis Identifies ISR-Related Genes Driving Immune Regulation in Parkinson's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S521744 PMID:40687147	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组分析，识别了帕金森病中与整合应激反应(ISR)相关的基因，这些基因在免疫调控中起关键作用	首次在帕金森病中系统研究了ISR相关基因的作用，并发现了DDIT4等关键基因在神经炎症调控中的新机制	研究主要基于公开数据库数据，部分发现需进一步实验验证	探索帕金森病进展中的分子机制，特别是ISR相关基因的作用	帕金森病患者和小鼠模型的脑组织	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, Lasso回归, 随机森林算法	随机森林, Lasso回归	转录组数据	公开数据库GEO中的数据集(具体数量未明确说明)
328	2025-07-24	Integrated Analysis of Ferroptosis- and Cellular Senescence-Related Biomarkers in Atherosclerosis Based on Machine Learning and Single-Cell Sequencing Data 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S529581 PMID:40687151	研究论文	本研究通过生物信息学方法结合机器学习算法和单细胞测序数据，识别了与铁死亡和细胞衰老相关的动脉粥样硬化生物标志物	首次整合铁死亡和细胞衰老相关基因，利用多种机器学习算法和单细胞测序技术分析动脉粥样硬化的分子亚型和诊断标志物	研究结果主要基于生物信息学分析，虽然进行了动物实验验证，但临床样本验证仍需进一步开展	探索铁死亡和细胞衰老在动脉粥样硬化中的作用机制并寻找诊断生物标志物	动脉粥样硬化相关基因表达数据和单细胞测序数据	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞测序, WGCNA	机器学习算法(8种)	基因表达数据	来自GEO数据库的动脉粥样硬化基因表达数据集
329	2025-07-24	Leveraging multiple labeled datasets for the automated annotation of single-cell RNA and ATAC data 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.043 PMID:40687986	研究论文	本文介绍了一种名为JIND-Multi的新框架，用于在多个标注数据集之间传递细胞类型标签，适用于scRNA-Seq和scATAC-Seq数据	JIND-Multi能够处理scRNA-Seq和scATAC-Seq数据，且不需要配对的scRNA-Seq数据，显著减少了未分类细胞的比例	需要相同类型的标注数据，可能对罕见细胞类型的适应性有限	提高单细胞RNA和ATAC数据的自动化注释精度	单细胞RNA和ATAC测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, scATAC-Seq	JIND-Multi	单细胞测序数据	NA
330	2025-07-24	dandelionR: Single-cell immune repertoire trajectory analysis in R 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.06.047 PMID:40687995	research paper	介绍了一个名为dandelionR的R包，用于单细胞免疫组库轨迹分析	填补了R语言中缺乏类似Python包scirpy的功能空白，实现了VDJ特征空间构建和基于扩散映射与吸收马尔可夫链的轨迹分析	未提及该工具在特定数据集上的性能验证或与其他工具的对比结果	开发R语言环境下的单细胞RNA测序和VDJ测序整合分析工具	淋巴细胞发育过程中的单细胞免疫组库数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scVDJ-seq	扩散映射, 吸收马尔可夫链	单细胞测序数据	NA
331	2025-07-24	Integrated multiomics analysis identifies PHLDA1+ fibroblasts as prognostic biomarkers and mediators of biological functions in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592416 PMID:40688078	研究论文	通过整合多组学分析，识别PHLDA1+成纤维细胞作为胰腺癌预后生物标志物及生物学功能介导者	提出了一个新颖的7基因风险模型，能够稳健地分层胰腺癌患者，并揭示了PHLDA1在肿瘤-间质相互作用中的关键作用	CAF亚型的预后和功能贡献尚未充分理解	研究胰腺癌肿瘤微环境中CAF亚型的预后和功能贡献	胰腺癌患者及其肿瘤微环境中的CAF亚型	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序	机器学习算法构建的7基因mCAF相关风险模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
332	2025-07-24	S100A8/A9 in herpes zoster neuralgia: molecular mechanisms and therapeutic perspectives 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1615638 PMID:40688076	综述	本文全面综述了S100A8/A9在带状疱疹神经痛中的分子机制及治疗前景	揭示了S100A8/A9通过TLR4/TNF信号通路调节神经炎症过程的关键作用，并提出了其作为治疗靶点的潜力	当前治疗方法存在局限性，需要更多个性化干预策略的研究	探讨S100A8/A9在带状疱疹相关神经痛中的分子机制及其治疗潜力	带状疱疹（HZ）及疱疹后神经痛（PHN）患者	神经科学	带状疱疹神经痛	单细胞测序、多组学分析	NA	分子生物学数据	NA
333	2025-07-24	Integrative single-cell and spatial transcriptomics uncover ELK4-mediated mechanisms in NDUFAB1+ tumor cells driving gastric cancer progression, metabolic reprogramming, and immune evasion 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1591123 PMID:40688093	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据，揭示了ELK4介导的NDUFAB1+肿瘤细胞在胃癌进展、代谢重编程和免疫逃逸中的核心机制	首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术全面分析胃癌，发现C1 NDUFAB1+亚型及其通过PARs信号通路与成纤维细胞和周细胞的相互作用，并验证了ELK4的关键调控作用	研究主要基于体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索胃癌中肿瘤异质性、代谢重编程和免疫逃逸的分子机制	胃癌组织和细胞	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, 空间转录组学	Seurat, Robust Cell Type Decomposition, CellChat, StLearn	RNA测序数据, 空间转录组数据	未明确说明样本数量
334	2025-07-24	Key immune regulators in retinal ischemia-reperfusion injury via RNA sequencing 2025, International journal of ophthalmology IF:1.9Q2 DOI:10.18240/ijo.2025.07.06 PMID:40688775	研究论文	通过RNA测序技术探索视网膜缺血再灌注损伤中的关键免疫调节因子	结合bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别了视网膜缺血再灌注损伤中的关键免疫调节基因和细胞类型	研究仅关注急性期的视网膜缺血再灌注损伤，未涉及慢性期或其他相关疾病模型	探索视网膜缺血再灌注损伤的免疫细胞浸润和分子机制，以识别潜在的治疗靶点	视网膜缺血再灌注损伤模型	生物信息学	视网膜疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR	NA	RNA测序数据	NA
335	2025-07-24	Nanocoding: Lipid Nanoparticle Barcoding for Multiplexed Single-Cell RNA Sequencing 2024-Dec-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.16.628827 PMID:39763829	研究论文	本文介绍了一种名为Nanocoding的新技术，利用脂质纳米颗粒（LNPs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）中实现高效条形码标记	使用脂质纳米颗粒（LNPs）进行条形码标记，提高了标记密度和稳定性，解决了现有DNA标记方法在异质细胞群体中的局限性	尽管在脂肪组织等复杂样本中表现出高标记率，但在其他组织类型中的表现尚未验证	开发一种高效、稳定的样本多重标记方法，以降低单细胞RNA测序的成本和批次效应	培养细胞系和组织消化物中的异质细胞	单细胞测序技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	培养细胞系、脾脏消化物和肥胖啮齿动物脂肪组织中的细胞
336	2025-07-24	Single cell and TCR analysis of immune cells from AAV gene therapy-dosed Duchenne muscular dystrophy patients 2024-Dec-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2024.101349 PMID:39524974	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序分析AAV基因治疗杜氏肌营养不良症患者的免疫细胞变化	首次在AAV基因治疗杜氏肌营养不良症患者中应用单细胞RNA测序和TCR测序技术，揭示了治疗后T细胞克隆扩增与人类疱疹病毒感染的相关性	样本量较小（仅5名参与者），且仅观察了外周血单个核细胞的变化	探究AAV基因治疗在杜氏肌营养不良症患者中引发的免疫反应机制	接受AAV基因治疗的杜氏肌营养不良症患者	基因治疗	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序，TCR测序	NA	单细胞RNA测序数据，TCR序列数据	5名参与者的外周血单个核细胞样本
337	2025-07-24	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-12-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	该研究探讨了多样化NKT细胞在心脏骤停及复苏后早期炎症和神经学结果中的调节作用	首次发现多样化NKT细胞与良好神经学结果相关，并证实磺酸脂特异性dNKT细胞在小鼠模型中具有神经保护作用	研究结果主要基于小鼠模型，临床转化需要进一步验证	探索心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制并寻找潜在治疗靶点	院外心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠心脏骤停模型	RNA测序数据、临床数据	大规模OHCA患者队列和独立验证队列
338	2025-07-24	Single-Cell Transcriptomics of Human Tonsils Reveals Nicotine Enhances HIV-1-Induced NLRP3 Inflammasome and Mitochondrial Activation 2024-11-20, Viruses DOI:10.3390/v16111797 PMID:39599911	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了尼古丁如何增强HIV-1诱导的NLRP3炎症小体和线粒体激活	首次在人类扁桃体组织中揭示了HIV-1感染与尼古丁暴露的协同作用机制	研究仅使用扁桃体组织样本，未涉及其他免疫组织	探究HIV-1感染与尼古丁对免疫细胞功能的协同影响	人类扁桃体组织	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类扁桃体组织样本
339	2025-07-24	Exposure to BaA inhibits trophoblast cell invasion and induces miscarriage by regulating the DEC1/ARHGAP5 axis and promoting ubiquitination-mediated degradation of MMP2 2024-11-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.135594 PMID:39191013	研究论文	本研究探讨了苯并[a]蒽（BaA）通过调控DEC1/ARHGAP5轴和促进MMP2的泛素化降解抑制滋养层细胞侵袭并导致流产的机制	首次发现BaA通过调控DEC1/ARHGAP5轴和MID1/MMP2通路导致流产的分子机制	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，人类样本的临床验证仍需进一步研究	阐明BaA导致流产的分子机制	人类绒毛外滋养层细胞（EVTs）和小鼠模型	生殖毒理学	流产	RNA-seq、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	人类绒毛组织样本和原代EVTs细胞
340	2025-07-24	Human Anti-Glycan Reactivity is Driven by the Selection of B cells Utilizing Private Antibody Gene Rearrangements that are Affinity Maturated in Germinal Centers 2024-Oct-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.15.618486 PMID:39464096	研究论文	该研究通过BCR受体克隆与表达及单细胞转录组学技术，分析了人类群体中对普遍存在的N-乙酰-D-葡萄糖胺（GlcNAc）表位的B细胞库，并解析了这类主要抗体的免疫系统发育史	揭示了循环抗GlcNAc B细胞在出生后迅速出现，并提供了早期儿童期糖类特异性B细胞受体在生发中心依赖性亲和力成熟的证据	研究主要关注GlcNAc表位，可能未涵盖其他糖类抗原的免疫反应	探究人类抗体库对广泛存在的糖类抗原的反应性及其发育机制	人类B细胞库及抗GlcNAc B细胞	免疫学	NA	BCR受体克隆与表达、单细胞转录组学	NA	基因表达数据	人类群体样本