单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-06-05	Klf9 promotes the repair of myocardial infarction by regulating macrophage recruitment and polarization 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187072 PMID:40198141	研究论文	研究揭示了Klf9通过调节巨噬细胞招募和极化促进心肌梗死后修复的机制	首次揭示了Klf9通过调控IFN-γ/STAT1信号通路影响巨噬细胞表型和功能，从而促进心肌梗死后修复	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Klf9在心肌梗死后巨噬细胞表型和功能调控中的作用	心肌梗死小鼠模型和巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	野生型和Klf9敲除小鼠
322	2025-06-05	The brain-body circuit mediates acute stress-induced antiinflammatory reflex in bacterial cystitis by suppressing ILC2 activation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189362 PMID:40100274	研究论文	本研究揭示了急性应激通过脑-体回路抑制ILC2细胞激活，从而在细菌性膀胱炎中产生抗炎反射的机制	首次发现急性应激通过PVN脑区激活抑制ILC2细胞的促炎因子表达，揭示了脑-体回路在UTI治疗中的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床验证	探究心理应激如何通过脑-体回路调节膀胱感染的免疫反应	小鼠UTI模型中的PVN神经元和ILC2细胞	神经免疫学	尿路感染/膀胱炎	单细胞RNA测序(scRNA-Seq),逆行标记技术	动物模型(小鼠)	基因表达数据	未明确说明数量的小鼠UTI模型
323	2025-06-05	Target Screening and Single Cell Analysis of Diabetic Retinopathy and Hepatocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70521 PMID:40293350	研究论文	本研究通过单细胞分析筛选糖尿病视网膜病变（DR）和肝细胞癌（HCC）之间的共享基因和通路，以揭示潜在的治疗靶点	首次将铁蛋白吞噬相关基因（FRHG）与DR和HCC联系起来，并利用机器学习模型验证了这些关键枢纽基因的诊断效能	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索DR和HCC之间的共同病理调控通路和潜在治疗靶点	糖尿病视网膜病变（DR）和肝细胞癌（HCC）	生物信息学	糖尿病视网膜病变和肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	GEO数据集GSM7494113（HCC）、GSE209872和GSE160306（大鼠视网膜）
324	2025-06-05	A Robust Kernel-Based Workflow for Niche Trajectory Analysis 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401199 PMID:40411819	研究论文	提出了一种基于核的稳健工作流程，用于生态位轨迹分析，以模拟组织微环境的空间连续变化	提出了一种新的基于核的策略，将生态位的结构组成建模为基因表达空间中的连续函数，无需细胞类型注释	NA	克服现有生态位轨迹分析方法的局限性，提高稳健性和准确性	组织微环境	空间转录组学	NA	核方法	NA	空间转录组数据	NA
325	2025-06-05	The deubiquitinase OTUD3 plays a neuroprotective role by reducing ferroptosis induced by cerebral ischaemia reperfusion via stabilizing PLK1 via deubiquitination 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70347 PMID:40462502	研究论文	本文探讨了去泛素化酶OTUD3通过稳定PLK1表达，减少脑缺血再灌注诱导的铁死亡，从而发挥神经保护作用的机制	首次阐明OTUD3通过去泛素化PLK1调节PI3K/AKT通路并抑制铁死亡，在脑缺血/再灌注损伤中发挥神经保护作用	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床中进行验证	探究OTUD3在脑缺血再灌注损伤中的神经保护机制	小鼠神经元、脑组织及原代皮质神经元	神经科学	脑缺血再灌注损伤	共免疫沉淀-质谱分析、单细胞测序、氧糖剥夺模型	小鼠脑缺血再灌注模型	分子生物学数据、行为学数据	小鼠模型及原代神经元培养
326	2025-06-05	SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881 PMID:40179332	research paper	提出了一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器结合对比学习方法，用于空间转录组数据分析	SpaMask通过同时掩码部分节点和边，结合MGAE和MGCL模块，提升了模型的性能和鲁棒性	未明确提及具体局限性	提升空间转录组数据中空间域表征的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial resolved transcriptomics (SRT)	GNN, Masked Graph Autoencoders (MGAE), Masked Graph Contrastive Learning (MGCL)	基因表达数据	五个不同平台的八个数据集
327	2025-06-05	[Mechanism of Quanduzhong Capsules in treating knee osteoarthritis from perspective of spatial heterogeneity] 2025-Apr, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20241211.401 PMID:40461230	研究论文	本研究通过整合空间转录组数据挖掘和动物实验验证，系统表征了全杜仲胶囊对膝骨关节炎软骨病变的靶向作用，并阐明了相关分子机制	首次从空间异质性角度揭示了全杜仲胶囊在膝骨关节炎病理软骨区域的空间特异性靶向作用和保护机制	研究主要基于大鼠模型和有限的空间转录组数据集，临床转化需要进一步验证	阐明全杜仲胶囊治疗膝骨关节炎的作用机制	SD大鼠膝骨关节炎模型和临床膝骨关节炎患者的软骨组织	生物医学	膝骨关节炎	空间转录组学、HE染色、免疫组化	动物模型	空间转录组数据、病理图像数据	SD大鼠模型和GSE254844数据集中的临床样本
328	2025-06-05	Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development 2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633065 PMID:39868227	研究论文	本研究通过整合多个非突变发育小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环薄降支形成过程中的贡献	首次发现近端小管细胞可以转化为Henle环薄降支细胞，并揭示了转录因子Hnf4a在调节这一过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证	探究Henle环薄降支细胞在肾脏发育中的形成机制	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和Henle环薄降支细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	多个非突变发育小鼠肾脏数据集
329	2025-06-05	Single-cell transcriptome analysis reveals atypical monocytes circulating ahead of acute graft-versus-host disease clinical onset 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae229 PMID:39432735	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了在急性移植物抗宿主病（aGVHD）临床发作前循环中的非典型单核细胞	发现了在aGVHD临床发作前18天即可检测到的特定单核细胞和细胞毒性T细胞亚群，这些细胞具有特定的标志物上调	样本量较小，仅包括3名aGVHD患者和4名对照	探索aGVHD的早期诊断标志物和预防策略	接受异基因造血干细胞移植（HSCT）的患者	单细胞转录组学	急性移植物抗宿主病（aGVHD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	3名aGVHD患者和4名对照
330	2025-06-05	CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf126 PMID:40178283	研究论文	提出了一种名为CoupleVAE的新型深度学习方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据	CoupleVAE由两个耦合的VAE组成，通过耦合器在潜在空间中进行更复杂的细胞状态转换	NA	预测单细胞扰动响应，以理解生物体的功能和行为	单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	VAE（变分自编码器）	单细胞RNA测序数据	三个真实数据集（感染、刺激和跨物种预测）
331	2025-06-05	Single-cell transcriptomic analysis and luteolin treatment reveal three adipogenic genes, including Aspn, Htra1 and Efemp1 2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular and cell biology of lipids DOI:10.1016/j.bbalip.2024.159585 PMID:39662603	研究论文	通过单细胞转录组分析比较肥胖和瘦小鼠的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs），发现了三个脂肪生成基因Aspn、Htra1和Efemp1，并研究了黄酮类化合物木犀草素对这些基因的影响	首次在肥胖和瘦小鼠的ASPCs中鉴定出三个脂肪生成相关基因，并揭示木犀草素可通过上调这些基因抑制脂肪生成	研究仅基于小鼠模型和3T3-L1细胞系，未在人体中进行验证	探究肥胖与瘦小鼠脂肪干细胞和祖细胞的转录组差异，寻找新的脂肪生成调控基因	小鼠皮下脂肪组织中的脂肪干细胞和祖细胞（ASPCs）及3T3-L1细胞系	转录组学	肥胖症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三个独立的小鼠单细胞RNA测序数据集
332	2025-06-05	Single-cell profiling transcriptomic reveals cellular heterogeneity and cellular crosstalk in breast cancer lymphatic node, bone, and brain metastases 2025-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85531-z PMID:39820531	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌淋巴结、骨和脑转移的细胞异质性和细胞间通讯	首次在单细胞水平上比较了原发性乳腺癌与淋巴结、骨和脑转移的差异，并鉴定了与转移相关的恶性上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞(pCAFs)的作用	样本量较小(原发性乳腺癌n=4，淋巴结转移n=4，脑转移n=3，骨转移n=2)，且数据来源于公共数据库	探究乳腺癌转移至淋巴结、骨和脑的潜在细胞起源和驱动因素	乳腺癌原发灶及淋巴结、骨和脑转移灶的细胞组成	digital pathology	breast cancer	single-cell sequencing, InferCNV算法, CellChat包, 基因集变异分析, 免疫组化染色, 多光谱免疫组化染色	NA	单细胞转录组数据	原发性乳腺癌(n=4)、淋巴结转移(n=4)、脑转移(n=3)和骨转移(n=2)样本
333	2025-06-05	Integrative genetics and multiomics analysis reveal mechanisms and therapeutic targets in vitiligo highlighting JAK STAT pathway regulation of CTSS 2025-01-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86134-4 PMID:39824912	研究论文	该研究通过整合多组学数据，揭示了白癜风发病的遗传和分子机制，并探索了JAK/STAT通路对潜在治疗靶点CTSS的调控作用	整合GWAS、pQTL、eQTL、微阵列和单细胞RNA-seq等多组学数据，首次系统阐明JAK/STAT通路通过调控CTSS参与黑素细胞抗原处理的分子机制	需要进一步实验验证CTSS及相关基因的治疗潜力	阐明白癜风发病机制并寻找潜在治疗靶点	白癜风患者血液和皮肤病变组织	多组学分析	白癜风	GWAS-meta分析、pQTL/eQTL分析、微阵列、单细胞RNA-seq、分子对接	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	未明确说明样本量（包含GWAS荟萃分析、微阵列和单细胞测序数据）
334	2025-06-05	Big data analytics and scRNA-seq in human aortic aneurysms and dissections: role of endothelial MerTK 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.103851 PMID:39744231	研究论文	本研究探讨了内皮MerTK在升主动脉瘤和夹层(AAAD)进展中的作用，通过单细胞RNA测序和大数据分析揭示了其机制	首次揭示了内皮MerTK表达抑制在AAAD中的关键作用及其通过影响内皮功能和SMC表型变化促进AAAD发展的新机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要进一步在更大规模的人类队列中验证	阐明内皮MerTK在AAAD发病机制中的作用	升主动脉瘤和夹层(AAAD)患者样本和内皮细胞特异性MerTK缺陷小鼠模型	生物医学研究	心血管疾病	scRNA-seq, RNA-seq, 大数据分析	小鼠基因缺陷模型	基因表达数据	约600,000个交叉分析数据点和小鼠模型
335	2025-06-05	PIM1 instigates endothelial-to-mesenchymal transition to aggravate atherosclerosis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.102597 PMID:39744686	研究论文	本文探讨了PIM1在动脉粥样硬化中通过促进内皮-间质转化（EndMT）加剧疾病进程的机制	揭示了PIM1/P-NDRG1(S330)/PTBP1/EndMT轴在动脉粥样硬化中的关键作用，并提出了小分子Max-40279作为潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究PIM1在动脉粥样硬化中促进EndMT的分子机制	内皮细胞、小鼠动脉粥样硬化模型、人类动脉粥样硬化病变组织	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞测序、定量PCR、Western blotting、免疫组化、免疫共沉淀、H&E染色、油红O染色、Masson三色染色	小鼠动脉粥样硬化模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织病理学图像	高脂饮食喂养不同时间的小鼠动脉粥样硬化斑块、人类和小鼠动脉粥样硬化病变组织
336	2025-06-05	Single-Cell RNA Sequencing before and after Light Chain Escape Reveals Intrapatient Multiple Myeloma Subpopulations with Divergent Osteolytic Gene Expression 2025-01-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0170 PMID:39699274	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究多发性骨髓瘤患者在轻链逃逸前后的肿瘤亚群差异及其与溶骨性基因表达的关系	首次使用scRNA-seq技术追踪多发性骨髓瘤患者轻链逃逸现象，揭示了LAMP5过表达与溶骨性病变风险的新关联	研究样本仅来自单一患者，需要在更大队列中验证发现	探究多发性骨髓瘤中轻链逃逸现象的分子机制及其临床意义	多发性骨髓瘤患者的骨髓活检样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，体外药物敏感性测试	NA	RNA测序数据	1名患者的多个时间点骨髓活检样本(诊断时、首次复发、复发/难治阶段)
337	2025-06-05	Research Trends and Dynamics in Single-cell RNA Sequencing for Musculoskeletal Diseases: A Scientometric and Visualization Study 2025, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.104697 PMID:39898252	研究论文	本文通过科学计量和可视化分析，综述了过去15年单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肌肉骨骼疾病（MSK）研究中的应用进展	首次对scRNA-seq在MSK疾病研究中的应用趋势进行全面的科学计量和可视化分析，揭示了主要研究方向和未来前景	仅基于Web of Science Core Collection的数据，可能未涵盖所有相关研究	分析scRNA-seq在MSK疾病研究中的发展趋势和关键研究方向	肌肉骨骼疾病（MSK）	生物信息学	肌肉骨骼疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	文献数据	Web of Science Core Collection中2009年1月1日至2024年9月6日的相关文献
338	2025-06-05	Single-Cell Transcriptomic Analysis Identifies Senescent Osteocytes That Trigger Bone Destruction in Breast Cancer Metastasis 2024-12-02, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0857 PMID:39312185	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了乳腺癌骨转移中衰老骨细胞触发骨破坏的机制	首次发现乳腺癌骨转移中骨细胞会提前衰老并表现出独特的衰老相关分泌表型(SASP)，促进骨破坏	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究乳腺癌骨转移导致骨破坏的细胞分子机制	乳腺癌骨转移中的骨细胞	digital pathology	breast cancer	单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing)、多重原位杂交(multiplex in situ hybridization)、人工智能辅助分析	NA	基因表达数据	小鼠模型和少量乳腺癌骨转移患者样本
339	2025-06-05	Dynamic Evolution of Fibroblasts Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Human Pancreatic Cancer 2024-12-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0489 PMID:39485038	research paper	通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，研究人类胰腺癌中成纤维细胞的动态演化及其在肿瘤微环境中的作用	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了胰腺癌中成纤维细胞的分化轨迹及其在恶性转化过程中的细胞间网络	研究主要聚焦于胰腺导管腺癌，其他类型的胰腺癌可能具有不同的微环境特征	探索胰腺癌微环境中基质细胞与癌细胞之间的相互作用，以寻找新的治疗干预点	正常、炎症和恶性胰腺组织中的成纤维细胞	digital pathology	pancreatic cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA sequencing data, spatial transcriptomics data	正常、炎症和恶性胰腺组织样本
340	2025-06-05	Single-Cell Transcriptomics of Human Tonsils Reveals Nicotine Enhances HIV-1-Induced NLRP3 Inflammasome and Mitochondrial Activation 2024-11-20, Viruses DOI:10.3390/v16111797 PMID:39599911	research paper	该研究通过单细胞转录组学揭示了尼古丁增强HIV-1诱导的NLRP3炎症小体和线粒体激活的机制	首次在单细胞水平上揭示了HIV-1感染与尼古丁暴露对免疫细胞功能的协同影响，特别是对NLRP3炎症小体激活、氧化应激和线粒体途径的影响	研究仅使用了人类扁桃体组织作为模型，可能无法完全反映体内其他组织的反应	探究HIV-1感染与尼古丁暴露对免疫细胞功能的协同作用	人类扁桃体组织	免疫学	HIV感染	单细胞RNA测序，基因集富集分析(GSEA)	NA	单细胞转录组数据	NA