单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-06-06	The spatial and temporal activation of macrophages during fibrosis 2025-Jun-04, Nature reviews. Immunology DOI:10.1038/s41577-025-01186-x PMID:40467841	综述	本文探讨了巨噬细胞在纤维化过程中的时空激活机制及其在组织修复中的作用	整合了单细胞转录组学研究，揭示了健康和纤维化微环境中巨噬细胞的异质性及其与成纤维细胞的协同作用	未提及具体的实验验证或临床数据支持	理解巨噬细胞在纤维化过程中的时空调控机制	巨噬细胞在纤维化过程中的作用	生物医学	纤维化疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	人类和小鼠组织
322	2025-06-06	Concurrent loss of the Y chromosome in cancer and T cells impacts outcome 2025-Jun-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09071-2 PMID:40468066	research paper	该研究探讨了Y染色体缺失（LOY）在癌症和T细胞中的并发缺失对预后的影响	首次通过全面的人类和小鼠肿瘤数据分析，揭示了LOY在恶性上皮细胞、肿瘤基质细胞和免疫细胞中的存在及其与PBMCs中LOY的关联，并发现LOY在T细胞中诱导免疫抑制转录组特征	研究主要基于RNA测序数据，可能未涵盖所有LOY相关的分子机制	探究LOY在PBMCs、免疫细胞和癌细胞之间的关系及其对癌症死亡率的影响	29种人类肿瘤类型的bulk和单细胞RNA测序数据，以及自体和同基因小鼠模型	癌症研究	上皮癌	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	29种人类肿瘤类型的数据及小鼠模型
323	2025-06-06	CD163+ macrophages drive rapid pulmonary fibrosis via osteopontin secretion 2025-Jun-03, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114976 PMID:40466617	research paper	该研究揭示了CD163+巨噬细胞通过分泌骨桥蛋白（OPN）在快速肺纤维化（RPF）中的促纤维化作用	首次发现CD163+巨噬细胞-OPN轴在RPF中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究主要基于COVID-19相关RPF患者和小鼠模型，结果在其他类型的RPF中的普适性有待验证	阐明CD163+巨噬细胞在快速肺纤维化中的作用机制	COVID-19相关RPF患者和小鼠模型	免疫学	肺纤维化	scRNA-seq, snRNA-seq	LPS三击诱导的小鼠RPF模型	RNA测序数据	COVID-19相关RPF患者样本和小鼠模型
324	2025-06-06	Efficacy and safety of adjuvant TTFields plus pembrolizumab and temozolomide in newly diagnosed glioblastoma: A phase 2 study 2025-Jun-03, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2025.100708 PMID:40466642	研究论文	评估TTFields联合pembrolizumab和temozolomide在新诊断胶质母细胞瘤中的疗效和安全性的2期研究	首次展示了TTFields与免疫检查点抑制剂（ICIs）在胶质母细胞瘤中的协同作用，特别是通过激活T1IFN通路促进原位免疫	样本量较小（31名患者），且为单臂2期研究，缺乏随机对照	评估TTFields联合pembrolizumab和temozolomide在新诊断胶质母细胞瘤患者中的疗效和安全性	新诊断的胶质母细胞瘤患者	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞转录组学和T细胞克隆分型	NA	临床数据和分子生物学数据	31名新诊断的胶质母细胞瘤患者
325	2025-06-06	Tissue-Resident CD8+ T Cells as Mediators of Protective Immunity in Breast Milk Transmission of Human Cytomegalovirus 2025-Jun-02, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiae618 PMID:39661655	研究论文	探讨母乳中CD8+组织驻留记忆T细胞在预防人类巨细胞病毒通过母乳传播给婴儿中的保护作用	首次描述了母乳中存在组织驻留记忆T细胞，并发现这些细胞在未传播病毒的母亲中频率更高，且与病毒载量呈负相关	样本量较小，未明确CD8+ Trm的具体保护机制	研究母乳中T细胞在预防HCMV母婴传播中的作用	母乳中的记忆T细胞群体	免疫学	人类巨细胞病毒感染	scRNA-seq分析	NA	细胞频率数据、病毒载量数据	传播者和未传播者母亲的母乳样本
326	2025-06-06	Therapeutic B cell depletion identifies immunoregulatory networks 2025-Jun-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI189442 PMID:40454471	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和流式细胞术研究了B细胞耗竭在多发性硬化症中的免疫调节作用	揭示了B细胞耗竭对免疫反应的全面影响，包括抗炎性脑脊液巨噬细胞的增加和外周CD16+单核细胞TNF-α表达的升高	NA	探索B细胞耗竭在多发性硬化症中的免疫调节机制及潜在治疗策略	多发性硬化症患者及免疫细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	NA
327	2025-06-06	Divergent combinations of enhancers encode spatial gene expression 2025-Jun-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60482-1 PMID:40456823	research paper	该研究构建了一个名为eSpatial的计算框架，用于解析增强子在空间上对基因表达的调控	提出了'空间增强子编码'概念，揭示了增强子组合如何动态塑造不同生物环境中的基因表达	NA	解析空间基因表达模式如何由增强子调控	小鼠胚胎和大脑，人类黑色素瘤和乳腺癌	computational biology	melanoma, breast cancer	spatial transcriptomics, epigenomics, CRISPR/Cas9	eSpatial	spatial gene expression data, chromatin accessibility data	multiple datasets including mouse embryo and brain, human melanoma and breast cancer
328	2025-06-06	SC2Spa: a deep learning based approach to map transcriptome to spatial origins at cellular resolution 2025-Jun-02, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-025-06173-6 PMID:40457183	研究论文	提出了一种基于深度学习的SC2Spa方法，用于将转录组数据映射到细胞分辨率的空间位置	SC2Spa能够从空间转录组数据中学习复杂的空间关系，优于其他预测方法，并能识别空间可变基因	NA	提高细胞在组织中空间位置的映射准确性	空间转录组数据和单细胞RNA测序数据	数字病理	NA	空间转录组学(ST)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)	深度学习	转录组数据	NA
329	2025-06-06	Multi-omics unveils BCAA metabolism markers L-leucine and HMGCS1 as prognostic marker for immunotherapy efficacy in non-small cell lung cancer 2025-Jun-02, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03277-8 PMID:40457349	research paper	该研究通过多组学方法揭示了BCAA代谢标记物L-亮氨酸和HMGCS1作为非小细胞肺癌免疫治疗效果的预后标志物	首次将BCAA代谢标记物与免疫治疗预后关联，并验证HMGCS1在肿瘤进展和免疫应答中的关键作用	样本量相对有限，特别是空间转录组学样本较少（n=2和6）	寻找能增强非小细胞肺癌免疫治疗预后评估的生物标志物	非小细胞肺癌患者、黑色素瘤患者、泛癌种ICI队列	digital pathology	lung cancer	UPLC-MS/MS, mIF, scRNA-seq, 空间转录组学, IHC	预后风险模型	代谢组数据、转录组数据、单细胞数据、空间转录组数据	NSCLC患者血浆样本n=94和40，淋巴细胞亚群检测n=72，NSCLC数据集n=274/176/196，验证队列n=16/27/24/339，黑色素瘤n=25，泛癌种n=330/81，mIF队列n=21，scRNA-seq样本n=8/21，空间转录组n=2/6/10，DLBCL IHC样本n=39
330	2025-06-06	Fibroblast hierarchy dynamics during mammary gland morphogenesis and tumorigenesis 2025-Jun, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00422-3 PMID:40216939	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠乳腺中成纤维细胞的层次动态及其在肿瘤发生中的作用	首次应用纵向单细胞转录组分析超过45,000个成纤维细胞，揭示了正常乳腺和乳腺癌中成纤维细胞的多样性和层次结构	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探索乳腺发育和肿瘤发生过程中成纤维细胞的动态变化及其分子机制	小鼠乳腺中的成纤维细胞	细胞生物学	乳腺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	超过45,000个成纤维细胞，覆盖五个不同发育阶段和肿瘤发生过程
331	2025-06-06	Knockdown TNF family prognosis index crucial gene PDE4B promoted PANoptosis of ovarian carcinoma cell:Based in vitro and in vivo experiments 2025-Jun, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2025.102333 PMID:40245751	研究论文	通过体外和体内实验，研究PDE4B基因在卵巢癌细胞PANoptosis中的作用及其预后意义	首次构建了一个包含14个基因的预后模型，并验证了其在卵巢癌诊断和预后中的能力	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	阐明卵巢癌的发病机制并开发新的预后和治疗策略	卵巢癌组织和正常卵巢组织	生物信息学	卵巢癌	转录组数据分析、单细胞测序、GSVA、WGCNA、GO分析、多变量Cox回归、LASSO分析	预后模型	转录组数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，但使用了公开数据库中的大量数据
332	2025-06-06	Neuroprotectin D1 and GPR37 protect against chemotherapy-induced peripheral neuropathy and the transition from acute to chronic pain 2025-Jun, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107746 PMID:40287118	research paper	研究探讨了Neuroprotectin D1 (NPD1)和GPR37在化疗诱导的周围神经病变(CIPN)及急性疼痛向慢性疼痛转变中的保护作用	揭示了GPR37在感觉神经元中的表达及其在CIPN疼痛慢性化中的作用，以及NPD1通过GPR37依赖的方式保护感觉神经元免受化疗药物损伤的机制	研究主要基于小鼠模型，人类DRG样本的分析相对有限	探索NPD1和GPR37在化疗诱导的周围神经病变及疼痛慢性化中的保护机制	小鼠背根神经节(DRG)神经元、巨噬细胞及人类DRG样本	神经科学	化疗诱导的周围神经病变	空间转录组学分析	Gpr37基因敲除小鼠模型	mRNA表达数据、行为学数据	小鼠DRG神经元和巨噬细胞、人类DRG样本
333	2025-06-06	CCR5 + T cells as a potential biomarker for primary Sjögren's disease based on bioinformatics analysis 2025-Jun, Clinical rheumatology IF:2.9Q2 DOI:10.1007/s10067-025-07460-6 PMID:40293619	研究论文	通过生物信息学分析识别和验证原发性干燥综合征（pSjD）的潜在生物标志物CCR5+T细胞，并探讨其分子免疫机制	首次将CCR5+T细胞鉴定为pSjD的关键生物标志物，并证实其在诊断中的高准确性	研究依赖于公开数据库数据，需要进一步实验验证	探索pSjD的分子免疫机制和诊断生物标志物	原发性干燥综合征（pSjD）患者	生物信息学	干燥综合征	生物信息学分析、WGCNA、PPI网络分析、CIBERSORT、scRNA-seq	NA	基因表达数据	从GEO数据库下载的pSjD数据集及人类样本验证
334	2025-06-06	Role of aberrant activated fibro/adipogenic progenitors and suppressed ferroptosis in disused skeletal muscle atrophy and fatty infiltration 2025-Jun, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-025-02548-7 PMID:40316864	research paper	本研究探讨了在废用性骨骼肌萎缩中异常激活的纤维/脂肪祖细胞（FAPs）和抑制的铁死亡对肌肉脂肪浸润（MFI）的作用	首次在废用性骨骼肌萎缩中识别了FAPs的异常增殖及其与铁死亡抑制基因上调的关联，并初步验证了铁死亡抑制对FAPs脂肪/纤维化能力的增强作用	研究尚未完全阐明铁死亡抑制与FAPs激活/脂肪分化的具体分子机制	探究废用性骨骼肌萎缩中MFI的细胞与分子机制	废用性骨骼肌中的纤维/脂肪祖细胞（FAPs）	细胞生物学	骨骼肌萎缩	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光染色、体外细胞培养	NA	单细胞转录组数据、图像数据	废用性骨骼肌组织样本（具体数量未明确说明）
335	2025-06-06	Endothelial-to-mesenchymal transition gene signature derived from single-cell transcriptomics of human atherosclerotic tissue associates with stable plaque histological characteristics 2025-Jun, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107498 PMID:40318741	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，识别了人类动脉粥样硬化斑块中内皮-间质转化（EndoMT）的核心基因特征	利用单细胞转录组学数据在人类动脉粥样硬化组织中识别EndoMT基因特征，填补了当前体外实验和动物研究的知识空白	研究主要基于人类颈动脉斑块数据，可能不适用于其他动脉部位	揭示人类动脉粥样硬化斑块中EndoMT的分子机制	人类动脉粥样硬化斑块组织和Cdh5-CreERT2 Rosa-eYFP apoE-/-小鼠模型	单细胞转录组学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	46例人类颈动脉斑块单细胞数据和632例患者的大块RNA-seq数据
336	2025-06-06	Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and its insights into cellular heterogeneity in atherosclerosis 2025-Jun, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107499 PMID:40345606	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在动脉粥样硬化（AS）研究中的应用及其对细胞异质性的新见解	利用scRNA-seq技术重新定义了动脉粥样硬化斑块病理学，识别了多种细胞类型及其在斑块稳定性和炎症中的特定作用	综述性文章，未涉及具体实验数据或新发现的局限性	总结scRNA-seq在心血管疾病（CVD）特别是动脉粥样硬化（AS）研究中的应用及其对疾病机制的深入理解	非疾病和动脉粥样硬化主动脉中的主要细胞群体及其异质性	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	小鼠和人类组织样本
337	2025-06-06	scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance 2025-Jun, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02008-5 PMID:40379932	研究论文	通过单细胞转录组学技术揭示了恶性疟原虫var基因表达的可塑性及其在宿主免疫逃逸中的作用	首次在单细胞水平证实恶性疟原虫存在多var基因共表达和无var基因表达状态，揭示了转录灵活性在免疫逃逸中的新机制	研究仅使用了3D7和IT4两个克隆寄生虫株系，可能需要更多株系验证普遍性	探究恶性疟原虫var基因表达调控机制及其在免疫逃逸中的作用	恶性疟原虫克隆株系3D7和IT4	单细胞转录组学	疟疾	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	两个克隆寄生虫株系（3D7和IT4）
338	2025-06-06	Integrative transcriptomic and single-cell analysis reveals IL27RA as a key immune regulator and therapeutic indicator in breast cancer 2025-Jun-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02811-w PMID:40450602	研究论文	本文通过整合转录组和单细胞分析，揭示了IL27RA在乳腺癌中的关键免疫调节作用和治疗指示意义	首次揭示了IL27RA在乳腺癌中的免疫调节作用及其对免疫治疗和化疗反应的预测价值	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证IL27RA的具体作用机制	探索IL27RA在乳腺癌中的表达模式及其与免疫治疗反应的关系	乳腺癌患者样本及相关免疫细胞	生物信息学	乳腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、Western blot	NA	转录组数据、单细胞数据	来自TCGA、GEO和scRNA-seq数据集的多组样本
339	2025-06-06	Machine Learning-Assisted Analysis of the Oral Cancer Immune Microenvironment: From Single-Cell Level to Prognostic Model Construction 2025-Jun, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70637 PMID:40457149	研究论文	本研究应用机器学习方法结合单细胞测序数据，分析口腔癌免疫微环境并构建免疫浸润预测模型，为个性化治疗和预后评估提供理论依据	结合单细胞测序和机器学习算法（如Lasso回归、随机森林和梯度提升机）构建口腔癌免疫浸润预测模型，并验证其预测性能	模型在训练集和验证集中表现良好，但未提及在更广泛人群中的适用性	分析口腔癌免疫微环境并构建预后模型，以支持个性化治疗决策和预后评估	口腔癌患者的临床基因组数据和单细胞测序数据	机器学习	口腔癌	单细胞测序	Lasso回归、随机森林、梯度提升机	基因组数据和单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及口腔癌患者的临床基因组数据和单细胞测序数据
340	2025-06-06	Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq analyses with machine learning to predict platinum response and prognosis in ovarian cancer 2025-May-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99930-9 PMID:40450069	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，结合机器学习方法，预测卵巢癌患者对铂类药物的反应和预后	首次结合单细胞转录组数据和机器学习模型，构建了预测铂类药物反应的基因签名（GPPS），并在独立队列中验证了其预测性能	样本量相对有限，需要在更大规模的临床队列中进行验证	开发预测卵巢癌患者铂类药物反应和预后的生物标志物	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq	随机森林	基因表达数据	测试队列和独立验证队列GSE63885