单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30815 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2025-09-06 |
Pan-cancer analysis implicates novel insights of cholesterol biosynthesis into immunotherapy response prediction and survival prognostication
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110859
PMID:40816003
|
研究论文 | 通过泛癌分析揭示胆固醇生物合成与免疫治疗反应预测及生存预后的新关联 | 首次构建并验证了胆固醇生物合成相关特征（CB.SIG），并发现TNFRSF10B作为预测免疫治疗反应的泛癌生物标志物 | 基于公开数据集的分析，需进一步实验验证 | 探究胆固醇生物合成与免疫检查点抑制剂反应性的关系并开发预测模型 | 泛癌患者样本（包括非小细胞肺癌和乳腺癌细胞系） | 计算生物学 | 泛癌（多种癌症类型） | scRNA-seq, CRISPR筛选, 空间转录组学, 免疫组化 | 机器学习模型 | 转录组数据 | 40个scRNA-seq数据集、30个TCGA泛癌队列、9个ICI转录组队列、17个CRISPR数据集 |
| 322 | 2025-09-06 |
SynchDP: A correlation based sequence alignment algorithm for synchronizing longitudinal clinical data
2025-Sep, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110853
PMID:40825256
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研究论文 | 提出一种基于相关性的动态规划算法SynchDP，用于对齐和同步不规则采样的临床时间序列数据 | 开发了能够处理不同长度和采样率的临床时间序列的新型对齐算法，并能从头组装代表性模式 | NA | 解决临床时间序列数据的对齐问题，以量化疾病进展相似性并发现生物标志物 | COVID-19患者的纵向严重程度数据 | 生物信息学 | COVID-19 | 动态规划算法，单细胞转录组分析 | 动态规划 | 临床时间序列数据，基因表达数据 | NA |
| 323 | 2025-09-06 |
Applications and prospects of spatial transcriptomics in prostate cancer research: A narrative review
2025-Sep, Current urology
IF:0.9Q4
DOI:10.1097/CU9.0000000000000288
PMID:40894285
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综述 | 本文综述了空间转录组学在前列腺癌研究中的应用与前景，重点探讨其在肿瘤微环境、异质性和临床意义方面的价值 | 系统总结了空间转录组学在前列腺癌这一相对研究较少领域的应用潜力，并提出了未来研究方向 | 现有研究仍较为有限，需要更多实证数据支持 | 概述空间转录组学技术原理及其在前列腺癌研究中的应用现状和发展前景 | 前列腺癌肿瘤组织 | 数字病理 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 324 | 2025-09-06 |
PDPN+ cancer-associated fibroblasts correlate with the neoadjuvant immunotherapy response in gastric cancer
2025-Sep, APL bioengineering
IF:6.6Q1
DOI:10.1063/5.0250475
PMID:40895767
|
研究论文 | 本研究探讨PDPN+癌症相关成纤维细胞（CAFs）与胃癌新辅助免疫治疗反应的相关性 | 首次鉴定PDPN作为CAFs亚群的标志物，并验证其与免疫治疗疗效的负相关性 | 样本来源限于特定临床试验和公共数据库，需进一步扩大验证 | 预测胃癌患者对新辅助免疫治疗的反应 | 胃癌患者组织样本和类器官模型 | 数字病理学 | 胃癌 | scRNA-seq, Western blot, 多重免疫组化/免疫荧光 | GC-PDOs（胃癌患者来源类器官） | 基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据 | 多个公共数据库（TCGA-STAD等）及临床试验NCT04208347的胃癌患者样本 |
| 325 | 2025-09-06 |
The Pdgfd-Pdgfrb axis orchestrates tumor-nerve crosstalk in pancreatic cancer
2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672505
PMID:40909696
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研究论文 | 本研究揭示了Pdgfd-Pdgfrb信号轴在胰腺癌中介导肿瘤-神经交互作用并促进神经周围侵袭的机制 | 首次发现Pdgfd信号通过协调癌细胞、神经元和胶质细胞的多方面相互作用促进神经侵袭，并证明该轴可作为治疗靶点 | NA | 探究胰腺导管腺癌中肿瘤-神经相互作用的分子机制及其对神经周围侵袭的影响 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤细胞、神经及胶质细胞 | 肿瘤微环境研究 | 胰腺癌 | 全转录组测序、单细胞空间转录组学 | NA | 转录组数据、空间转录组数据 | NA |
| 326 | 2025-09-06 |
Multi-omics reveals changes in astrocyte fatty acid metabolism during early stages of Alzheimer's disease
2025-Aug-30, Neurochemistry international
IF:4.4Q1
DOI:10.1016/j.neuint.2025.106049
PMID:40889558
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研究论文 | 通过多组学分析揭示阿尔茨海默病早期星形胶质细胞脂肪酸代谢异常 | 首次结合转录组、蛋白质组和空间代谢组学动态追踪AD模型星形胶质细胞代谢变化，并验证人类早期AD样本的保守性 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证需进一步扩展 | 探究阿尔茨海默病早期星形胶质细胞的分子动态变化 | APP/PS1转基因小鼠和野生型小鼠的星形胶质细胞，以及人类脑组织样本 | 多组学分析 | 阿尔茨海默病 | 转录组学、蛋白质组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据、代谢物空间分布数据 | 5个时间点（2/4/6/9/12月龄）的小鼠模型，人类早期AD与对照脑样本 |
| 327 | 2025-09-06 |
Leveraging Single-Cell Transcriptomics of Developing Rat Ocular Outflow Tissues for Prioritization of Congenital Glaucoma Candidate Genes
2025-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672439
PMID:40909638
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研究论文 | 利用单细胞转录组技术分析发育期大鼠眼房水流出通路的基因表达，以优先筛选先天性青光眼候选基因 | 首次对发育关键期的大鼠眼房水流出组织进行单细胞RNA测序，识别出TM/SC细胞特异性高表达的395个基因，并提出先天性青光眼基因优先筛选策略 | 研究基于大鼠模型，需进一步验证人类组织的适用性 | 识别与眼房水流出通路发育相关的关键基因，为先天性青光眼的遗传机制研究提供依据 | 发育期大鼠的眼房水流出通路组织（小梁网和Schlemm管） | 单细胞转录组学 | 先天性青光眼 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 86,653个角膜缘细胞，包含10,037个TM细胞和546个SC细胞 |
| 328 | 2025-09-06 |
Hematopoietic EphA4 Deficiency Alters Microglial Heterogeneity and Improves Chronic Spatial Memory After Brain Injury
2025-Aug-29, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-7265717/v1
PMID:40909780
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研究论文 | 本研究探讨造血细胞中EphA4缺失如何通过调节小胶质细胞异质性改善脑损伤后的长期空间记忆功能 | 首次揭示外周免疫来源的EphA4信号通过调控小胶质细胞动态影响神经免疫重塑和功能恢复的新机制 | 研究局限于小鼠模型，临床转化价值仍需进一步验证 | 探究EphA4在脑损伤后神经免疫调节和功能恢复中的作用 | 造血特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠 | 神经免疫学 | 脑损伤 | 单细胞RNA测序、骨髓嵌合模型、控制性皮质撞击损伤 | 动物模型 | 基因表达数据、行为学数据 | 采用骨髓嵌合小鼠模型进行实验 |
| 329 | 2025-09-06 |
spammR: an R package designed for analysis and integration of spatial multi-omic measurements
2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672472
PMID:40909542
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研究论文 | 介绍了一个用于空间多组学数据分析和整合的R包spammR | 专门针对基于质谱的空间组学数据集设计，支持样本量小、空间稀疏和高缺失值的数据，采用完全数据驱动方法 | NA | 开发一个能够处理多种空间组学数据的分析工具 | 空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学和翻译后修饰数据 | 生物信息学 | NA | 质谱分析、空间组学技术 | NA | 多组学测量数据和显微镜成像数据 | 小样本量且空间稀疏的样本 |
| 330 | 2025-09-06 |
Joint single-cell profiling of Cas9 edits and transcriptomes reveals widespread off-target events and effects on gene expression
2025-Aug-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.07.636966
PMID:40909645
|
研究论文 | 开发Superb-seq技术，实现单细胞水平同时检测Cas9编辑结果及其对基因表达的影响 | 首次在单细胞分辨率下联合测量CRISPR-Cas9的靶向和脱靶编辑事件及其功能效应 | 研究仅针对K562细胞系和四个染色质重塑基因，尚未在其他细胞类型或全基因组范围验证 | 评估CRISPR-Cas9基因组编辑的脱靶效应及其对基因表达的影响 | 人类K562细胞系 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), T7转录, CRISPR-Cas9编辑 | NA | 基因表达数据, 基因组编辑数据 | 10,000个K562细胞，使用7个guide RNA靶向4个基因 |
| 331 | 2025-09-06 |
Cross-species analysis identifies genotype-driven vulnerabilities in lung adenocarcinoma
2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.24.671070
PMID:40909610
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研究论文 | 通过跨物种单细胞分析揭示肺腺癌基因型驱动的肿瘤微环境特征和代谢依赖性 | 首次通过人鼠跨物种保守性分析揭示致癌基因突变对肿瘤微环境的特异性免疫印记 | 样本量有限（57例人类和18例小鼠样本），需进一步验证 | 解析肺腺癌主要基因突变亚型对肿瘤细胞和微环境的特异性影响 | 人类和小鼠肺腺癌样本 | 计算生物学 | 肺腺癌 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | 跨物种比较分析 | 单细胞转录组数据 | 57例人类样本和18例小鼠样本 |
| 332 | 2025-09-06 |
Prognostic Value and Immune Characterization of Genes Associated with Childhood Acute Leukemia applying Single-Cell RNA Sequencing
2025-Aug-27, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets
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研究论文 | 本研究整合单细胞和批量转录组数据，识别儿童急性淋巴细胞白血病中关键的B细胞亚群和相关分子作为生物标志物 | 首次应用单细胞RNA测序技术结合多组学分析构建儿童急性白血病的预后风险模型并探索其免疫调控机制 | 样本量较小（仅2例患者和3例健康对照），需要更大规模验证 | 探究儿童急性淋巴细胞白血病的预后生物标志物和免疫特征 | 儿童急性淋巴细胞白血病患者和健康儿童骨髓样本 | 生物信息学 | 儿童急性白血病 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, 功能富集分析, 伪时间轨迹分析, 细胞通讯分析 | Cox回归, LASSO回归 | 单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据 | 2例预B细胞高倍体ALL患者, 3例健康儿童骨髓样本, 511例cALL样本 |
| 333 | 2025-09-06 |
Squidiff: Predicting cellular development and responses to perturbations using a diffusion model
2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.16.623974
PMID:40909548
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研究论文 | 提出基于扩散模型的生成框架Squidiff，用于预测细胞在不同环境变化下的转录组响应 | 首次将扩散模型应用于跨细胞类型的转录组变化预测，支持连续去噪和语义特征整合以捕捉瞬态细胞状态 | 未明确说明模型在处理极端罕见细胞类型或超高维数据时的局限性 | 预测细胞在环境刺激（如放疗、药物处理）下的转录组动态变化，加速疾病机制研究和药物发现 | 多种细胞类型（包括血管类器官）对环境刺激的响应 | 计算生物学 | NA | 单细胞测序，扩散模型 | 扩散模型 | 转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及细胞分化、基因扰动和药物响应等多场景数据 |
| 334 | 2025-09-06 |
Expanding canonical cortical cell type markers in the era of single-cell transcriptomics
2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.26.672469
PMID:40909566
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组数据分析扩展了大脑皮层细胞类型的经典标记物，并开发了统计框架以提升标记物的特异性和一致性 | 开发了整合伪批量分析框架，量化标记物表达保真度和背景表达，首次系统评估跨皮层区域的标记物表达变异性 | 研究基于19项研究的汇总数据，可能存在批次效应或技术差异的影响 | 提升大脑细胞类型标记物的特异性和可靠性，以支持神经科学研究中的细胞类型注释和验证 | 人类大脑皮层细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | 统计框架 | 基因表达数据 | 近50万个高质量单核转录组样本，来自19项研究 |
| 335 | 2025-09-06 |
High-Resolution Spatial Transcriptomics Reveals Fibroblast and Neuroimmune Microenvironments in Endometriosis Lesions
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671344
PMID:40909522
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研究论文 | 本研究通过高分辨率空间转录组学揭示了子宫内膜异位症病灶中的成纤维细胞和神经免疫微环境 | 首次建立人类卵巢和腹膜病灶的精确空间转录组图谱，发现跨病灶类型的共享空间特征并验证上皮-神经元相互作用组 | NA | 探究子宫内膜异位症疼痛症状和疾病进展的机制 | 人类卵巢和腹膜子宫内膜异位症病灶 | 空间转录组学 | 子宫内膜异位症 | 空间转录组学，3D共培养模型 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 336 | 2025-09-06 |
Single-Cell Network Analysis Identifies CLEC4E as a Key Mediator of Proinflammatory mDC Responses in Influenza Infection
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.21.671587
PMID:40909530
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研究论文 | 本研究通过单细胞网络分析发现CLEC4E是流感感染中促炎性mDC反应的关键介质 | 采用整合单细胞共表达网络方法，首次识别出CLEC4E作为调节病理性炎症反应的上游驱动因子 | NA | 揭示流感感染中特定免疫细胞内的关键分子驱动机制 | 髓样树突状细胞(mDCs)和流感感染模型 | 生物信息学 | 流感感染 | 单细胞RNA测序，网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 流感感染患者的独立单细胞数据集和小鼠流感模型 |
| 337 | 2025-09-06 |
An emergent disease-associated motor neuron state precedes cell death in a mouse model of ALS
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.21.671404
PMID:40909710
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和染色质可及性分析，揭示了ALS小鼠模型中运动神经元退化的分子机制和选择性脆弱性 | 首次发现并命名了'疾病相关运动神经元'(DAMNs)这一新型细胞状态，并揭示了其转录调控网络 | 研究基于SOD1-G93A小鼠模型，结果向人类ALS的普适性需要进一步验证 | 揭示肌萎缩侧索硬化(ALS)中运动神经元退化和选择性脆弱性的分子决定因素 | SOD1-G93A ALS小鼠模型的脊髓运动神经元 | 神经科学 | 肌萎缩侧索硬化 | 单核转录组测序、染色质可及性分析、空间转录组学 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | ALS小鼠模型的运动神经元样本 |
| 338 | 2025-09-06 |
A fibroblast-centric network drives cold fibrosis in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.25.668405
PMID:40909739
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了肺鳞状细胞癌肿瘤微环境中冷纤维化的成纤维细胞中心网络机制 | 首次将非癌性纤维化中的热/冷纤维化概念应用于癌症研究，发现LUSC中存在由CAF自分泌生长因子环路维持的巨噬细胞缺乏型冷纤维化结构 | 样本量较小（16例初治患者），且主要聚焦于特定癌症类型 | 探究慢性炎症相关癌症中纤维化基质的组织原则和治疗脆弱性 | 肺鳞状细胞癌（LUSC）患者的肿瘤和癌旁正常组织 | 肿瘤微环境研究 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 16例初治LUSC患者的匹配肿瘤和癌旁组织样本 |
| 339 | 2025-09-06 |
Interpretable machine learning coupled to spatial transcriptomics unveils mechanisms of macrophage-driven fibroblast activation in ischemic cardiomyopathy
2025-Aug-24, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.18.25333841
PMID:40894159
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研究论文 | 本研究结合可解释机器学习和空间转录组学揭示缺血性心肌病中巨噬细胞驱动成纤维细胞活化的机制 | 开发了结合SLIDE可解释机器学习、调控网络推断和计算机扰动的新工作流程，发现了传统分析会遗漏的细胞程序和转录因子 | NA | 揭示心肌梗死后巨噬细胞微环境介导的成纤维细胞活化机制 | 缺血性心肌病患者心脏组织、小鼠模型、巨噬细胞和心脏成纤维细胞 | 机器学习 | 心血管疾病 | 空间转录组学、调控网络推断、计算机扰动、脂质体纳米颗粒技术 | SLIDE (可解释机器学习) | 空间转录组数据、基因表达数据 | 人类缺血性心肌病患者心脏样本和小鼠MI模型 |
| 340 | 2025-09-06 |
Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.671333
PMID:40894744
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研究论文 | 本研究系统评估了整合单细胞和单核RNA测序数据以提升批量RNA-seq反卷积准确性的策略 | 首次系统比较多种跨模态整合方法（包括PCA偏移、条件/非条件变分自编码器和基因过滤），并证明通过过滤跨模态差异表达基因可达到甚至超越纯scRNA-seq参考的性能 | 在缺乏真实标签的实际脂肪样本中无法进行绝对准确性验证，且对于特征较少的系统依赖有限DEG信息 | 提升批量RNA-seq反卷积的准确性和鲁棒性 | 四种不同人体组织的单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, snRNA-seq, bulk RNA-seq | PCA, conditional/non-conditional variational autoencoders (scVI) | 基因表达数据 | 四种不同组织（具体样本量未明确说明） |