单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
321	2025-09-18	Single-cell transcriptomics combined with spatial transcriptomics reveals a fibrotic microenvironment in hyperuricemic nephropathy 2025-Oct-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2025.178062 PMID:40816527	研究论文	结合单细胞转录组和空间转录组技术揭示高尿酸血症肾病中纤维化微环境的关键细胞和分子机制	首次整合单细胞RNA测序与空间转录组分析高尿酸血症肾病模型，发现巨噬细胞/单核细胞与受损近端小管细胞的关键作用及CCL4-CCR5等趋化因子信号通路在纤维化中的重要性	研究基于大鼠模型，人类临床适用性需进一步验证；样本量较小可能影响统计效力	探究高尿酸血症肾病肾纤维化的细胞组成和分子机制	高尿酸血症肾病大鼠模型肾组织	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序, 空间转录组, 差异基因表达分析, 伪时序分析, 基因富集分析, 转录因子网络分析, 体内外基因敲低实验	NA	转录组数据, 空间基因表达数据	高尿酸血症肾病大鼠及对照组肾组织样本（具体数量未明确说明）
322	2025-09-18	IGF2BP2 alleviates ulcerative colitis by inhibiting MEK1/2 and ERK1/2 signaling pathways in intestinal epithelial cells via m6A-dependent stabilization of LGI4 mRNA 2025-Oct-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115206 PMID:40663812	研究论文	本研究探讨m6A阅读蛋白IGF2BP2通过稳定LGI4 mRNA抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路，从而缓解溃疡性结肠炎的机制	首次揭示IGF2BP2通过m6A依赖性方式稳定LGI4 mRNA，并抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路在UC中的保护作用	研究主要基于动物模型和细胞实验，人类临床转化仍需进一步验证	阐明IGF2BP2在溃疡性结肠炎发病机制中的作用及分子机制	肠道上皮细胞、UC患者组织样本、UC细胞模型和DSS诱导的UC小鼠模型	分子生物学	溃疡性结肠炎	单细胞测序、IHC、Western blot、IF、RT-qPCR、meRIP-qPCR、RNA pulldown、RIP、mRNA稳定性检测	NA	测序数据、蛋白质数据、RNA数据	人类组织样本、细胞模型和多组小鼠模型（包括基因敲除和过表达救援实验）
323	2025-09-18	Lonidamine alleviates inflammation and tissue remodeling in a mouse model of eosinophilic chronic sinusitis: A single-cell transcriptomics study 2025-Oct-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115258 PMID:40700828	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了己糖激酶2抑制剂lonidamine在嗜酸性慢性鼻窦炎小鼠模型中的抗炎和抗组织重塑作用	首次在单细胞水平揭示HK2在ECRS中的表达模式，并发现lonidamine通过抑制Cxcl1-Cxcr2和Ptn-Ncl信号通路发挥治疗作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床适用性仍需进一步验证	探究HK2抑制剂lonidamine对嗜酸性慢性鼻窦炎的治疗机制	ECRS小鼠模型和体外培养的人鼻上皮细胞	单细胞转录组学	嗜酸性慢性鼻窦炎	scRNA-seq, 体外细胞模型	小鼠疾病模型	基因表达数据	ECRS小鼠模型和体外细胞实验
324	2025-09-18	Immunoglobin attenuates fulminant myocarditis by inhibiting overactivated innate immune response 2025-Oct, British journal of pharmacology IF:6.8Q1 DOI:10.1111/bph.17372 PMID:39442535	研究论文	本研究探讨免疫球蛋白通过抑制过度激活的先天免疫反应来减轻暴发性心肌炎的作用机制	首次利用单细胞RNA测序技术揭示免疫球蛋白靶向Plac8+单核细胞和S100a8+中性粒细胞，调控Bst2-ILT7配体-受体介导的细胞互作	研究仅基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验验证	评估免疫调节药物对暴发性心肌炎的治疗效果及作用机制	A/JGpt小鼠模型中的暴发性心肌炎	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、超声心动图、心导管检查	NA	基因表达数据、生理功能数据	NA
325	2025-09-18	Microglial Regulation of Neural Networks in Neuropsychiatric Disorders 2025-Oct, The Neuroscientist : a review journal bringing neurobiology, neurology and psychiatry DOI:10.1177/10738584251316558 PMID:39932233	综述	本文探讨小胶质细胞在神经精神疾病中对神经网络的调控作用及其潜在治疗意义	结合单细胞测序技术揭示小胶质细胞亚型多样性及其与神经网络的复杂互作机制	NA	深入理解小胶质细胞在神经系统疾病发病机制中的作用并探索新型治疗策略	小胶质细胞及其与神经网络的相互作用	神经科学	神经精神疾病与神经退行性疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
326	2025-09-18	Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Reveal Tumor Cell Characteristics and Communication Features of Primary and Lymphatic Metastatic Hypopharyngeal Squamous Cell Carcinoma 2025-Oct, Head & neck DOI:10.1002/hed.28195 PMID:40395022	研究论文	通过单细胞和批量RNA测序揭示下咽鳞状细胞癌原发灶和淋巴结转移灶的肿瘤细胞特征及细胞通讯模式	首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建配体-受体对模型，用于预测下咽鳞癌患者预后和淋巴结转移状态	NA	识别下咽鳞癌淋巴结转移的关键驱动因素和潜在治疗靶点	下咽鳞状细胞癌（HPSCC）原发灶和淋巴结转移灶的恶性上皮细胞	生物信息学	下咽鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	配体-受体对（LRs）模型	RNA测序数据	多个下咽鳞癌患者队列（训练集、测试集和整体队列）
327	2025-09-18	Single-cell RNA sequencing reveals systemic and placental immune landscape in preeclampsia 2025-Oct, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2025.08.325 PMID:40803063	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示先兆子痫患者外周血和胎盘区域的系统性及胎盘免疫景观	发现了EPE患者外周血中新型CD8+初始T细胞亚群和基底板中新的dNK4细胞亚群，并揭示了早发型与晚发型先兆子痫的免疫学差异	需要进一步研究胎盘不同区域的空间差异及疾病亚型	理解先兆子痫的系统性和胎盘免疫微环境	先兆子痫患者及正常妊娠对照的外周血和胎盘分区免疫细胞	单细胞组学	先兆子痫	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	早发型和晚发型先兆子痫患者及正常对照的外周血和胎盘样本
328	2025-09-18	Immune cell transcriptional profiles from pre-vaccination peripheral blood predict immune response to preventative MUC1 cancer vaccine 2025-Oct-01, European journal of cancer (Oxford, England : 1990) DOI:10.1016/j.ejca.2025.115685 PMID:40815873	研究论文	本研究通过分析疫苗接种前外周血单细胞转录组数据，预测个体对MUC1癌症预防疫苗的免疫反应	首次利用scRNA-seq数据结合机器学习方法，发现CD4+ naïve T细胞等特定免疫细胞特征与疫苗反应相关，并识别出潜在生物标志物	样本量较小（32例），且研究对象仅限于有晚期结肠腺瘤病史的个体	预测癌症预防疫苗的免疫反应并探索相关免疫机制	既往有晚期结肠腺瘤的个体	生物信息学	结肠癌	scRNA-seq, 生物信息学分析, 机器学习	贝叶斯图分析	单细胞RNA测序数据	32例（16名应答者和16名无应答者）
329	2025-09-18	Decoding functional and developmental trajectories of tissue-resident uterine dendritic cells through integrative omics 2025-Sep-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.113351 PMID:40949104	研究论文	通过整合多组学方法解析子宫组织驻留树突状细胞的功能与发育轨迹	首次利用单细胞RNA测序和CITE-seq技术揭示人类子宫内膜中uDC亚型的发育路径及功能特异性	研究主要基于特定月经周期和早孕期的样本，未涵盖全部生理状态	探究子宫树突状细胞的起源、分化及其在胚胎植入前后的功能作用	人类子宫内膜组织样本	生物信息学	生殖系统疾病	scRNA-seq, CITE-seq	NA	单细胞转录组数据、表面蛋白表达数据	不同月经周期阶段和早孕期采集的子宫组织样本
330	2025-09-18	Differentially expressed fusogens specify myocyte states to drive myogenesis 2025-Sep-17, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204771 PMID:40959964	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小鼠原代肌生成过程中两种不同的肌细胞群体及其调控机制	发现了表达不同fusogen（Mymk和Mymx）的两种意外肌细胞群体，挑战了脊椎肌肉前体细胞同质性的传统观点	研究局限于小鼠胚胎E9.5-11.5阶段的体节，未涉及更广泛发育时期或其他物种	探究肌细胞融合启动机制及肌生成过程中的细胞状态分化	小鼠胚胎体节中的肌细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序，荧光原位杂交，谱系追踪，荧光素酶报告基因检测	NA	RNA测序数据，图像数据	E9.5-11.5小鼠胚胎体节
331	2025-09-18	Limited nasal interferon production contributes to delayed respiratory virus clearance and suboptimal vaccine responses 2025-Sep-16, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182836 PMID:40956633	研究论文	本研究揭示了鼻部干扰素产生受限导致呼吸道病毒清除延迟和疫苗反应欠佳的机制	首次通过单细胞RNA测序发现鼻部干扰素刺激基因表达低下及干扰素负调控基因富集，并证实干扰素局部给药可增强免疫应答	主要基于小鼠模型，人类数据仅来自COVID-19患者的验证性分析	探究上呼吸道病毒清除延迟的免疫机制并开发干预策略	小鼠模型和COVID-19患者样本	免疫学	呼吸道病毒感染	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	基因表达数据	小鼠模型和COVID-19患者样本（具体数量未明确说明）
332	2025-09-18	AutoGRN: An Automated Graph Neural Network Framework for Gene Regulatory Network Inference 2025-Sep-16, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3609408 PMID:40956752	研究论文	提出一个自动化图神经网络框架AutoGRN，用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络	采用遗传搜索算法和信息熵约束，自动优化GNN架构以适应不同数据集特性	未明确说明框架计算复杂度或可扩展性限制	提高基因调控网络推断的准确性和泛化能力	基因表达数据（特别是scRNA-seq数据）	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	多个公共数据集（具体数量未说明）
333	2025-09-18	Pharmacovigilance-Based Identification and Mechanistic Exploration of Periodontitis-Related Drugs 2025-Sep-16, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.70040 PMID:40957584	研究论文	本研究利用药物警戒数据和分子生物学方法探索与牙周炎相关的药物及其潜在机制	首次整合FAERS药物警戒数据、孟德尔随机化分析和单细胞RNA测序技术系统研究药物与牙周炎的关联及分子机制	需要进一步研究确认因果关系，现有结果主要基于观察性数据和遗传学证据	识别与牙周炎相关的药物并探索其分子机制	药物不良反应报告数据、蛋白质靶点、基因表达数据	药物警戒与生物信息学	牙周炎	FAERS数据挖掘、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、通路富集分析	逻辑回归、信号检测算法、蛋白质相互作用网络分析	药物不良反应报告、基因组数据、单细胞转录组数据	基于FAERS数据库的大规模真实世界数据，以及UKB-PPP和deCODE队列的遗传数据
334	2025-09-18	Author Correction: Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain 2025-Sep-16, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-02077-z PMID:40958041	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
335	2025-09-18	5-FU Resistance Facilitates Immune Evasion in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Through ADAM10-Mediated PD-L1 Shedding and Tumour Microenvironment Remodelling 2025-Sep-16, Immunology IF:4.9Q2 DOI:10.1111/imm.70038 PMID:40958168	研究论文	本研究揭示了5-FU耐药通过ADAM10介导的PD-L1脱落和肿瘤微环境重塑促进食管鳞状细胞癌的免疫逃逸	首次发现ADAM10上调和可溶性PD-L1释放是5-FU耐药导致免疫逃逸的新机制	NA	探究5-FU耐药如何通过ADAM10-PD-L1轴介导免疫逃逸	食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞系和小鼠异种移植模型	肿瘤免疫学	食管癌	第三代DNA测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	5-FU耐药AKR小鼠ESCC细胞系及其亲代细胞系
336	2025-09-18	Spatial Crosstalk Modeling of the Tumor Microenvironment Identifies CCR5-Mediated Glia-to-Glia Signaling as a Key Regulator of Brain Metastatic Progression 2025-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0237 PMID:40960488	研究论文	本研究通过空间转录组和细胞间互作分析，揭示了脑转移微环境中胶质细胞间信号传导的关键作用，并验证了靶向CCR5信号通路的治疗潜力	首次系统解析脑转移进程中胶质细胞间空间互作网络，发现CCL4-CCR5等新型配体-受体对的关键调控作用，并提出靶向胶质细胞信号而非肿瘤细胞的治疗新策略	NA	探究脑转移微环境中胶质细胞间信号传导机制及其对肿瘤进展的调控作用	星形胶质细胞、小胶质细胞和少突胶质细胞在脑转移不同阶段的转录组特征	肿瘤微环境研究	脑转移瘤	RNA测序、空间转录组学、细胞间互作分析	NA	转录组数据、空间表达数据	多种胶质细胞在脑转移不同阶段的样本
337	2025-09-18	Depleting IL1R2+ Tumor-Infiltrating Regulatory T Cells with an ADCC-Prone Nanobody Construct Boosts the Efficacy of Anti-PD1 Immunotherapy 2025-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-3095 PMID:40960523	研究论文	本研究通过开发一种ADCC倾向的纳米抗体构建体，特异性清除肿瘤浸润性调节性T细胞（IL1R2+ tiTregs），从而增强抗PD1免疫疗法的效果	首次鉴定IL1R2作为高度活化和抑制性tiTregs的表面标志物，并设计ADCC优化的纳米抗体实现特异性清除，与抗PD-1疗法协同增效	研究主要基于小鼠模型和部分人类数据集，临床前转化仍需进一步验证；IL1R2在tiTregs中的功能非必需，但靶向清除策略的有效性需更多机制探索	开发针对肿瘤浸润性调节性T细胞的特异性清除策略，以提升免疫检查点阻断疗法的疗效	三阴性乳腺癌（TNBC）和结直肠癌（CRC）的小鼠模型及人类数据集中的肿瘤浸润性调节性T细胞	免疫肿瘤学	三阴性乳腺癌和结直肠癌	CITE-seq, 单细胞RNA-seq, 抗体依赖性细胞介导的细胞毒性（ADCC）	NA	单细胞测序数据, 元分析数据	基于小鼠TNBC和CRC模型及人类TNBC和CRC数据集的综合分析
338	2025-09-18	Robust and adaptive non-parametric tests for detecting general distributional shifts in gene expression 2025-Sep-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101147 PMID:40902592	研究论文	提出一种名为QRscore的非参数统计方法，用于检测基因表达中的分布偏移，包括均值和方差变化	扩展Mann-Whitney检验，通过负二项和零膨胀负二项分布推导模型权重，能同时检测均值和方差偏移	NA	开发一种强大的统计方法来检测基因表达中的一般分布变化	基因表达数据	生物信息学	NA	RNA-seq，单细胞RNA-seq	非参数统计检验	基因表达数据	GTEx项目的大量RNA-seq数据和AIDA项目的单细胞RNA-seq数据
339	2025-09-18	Biomarker Analysis and Treatment Dynamics Following Preoperative Ipilimumab plus Nivolumab in Locally Advanced Urothelial Cancer from the Phase IB NABUCCO Study 2025-Sep-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0419 PMID:40489082	研究论文	本研究探索了局部晚期尿路上皮癌患者术前使用伊匹木单抗联合纳武利尤单抗治疗的生物标志物及肿瘤微环境动态变化	首次通过单细胞RNA测序揭示TCF7+CD8+ T细胞在伊匹木单抗高剂量组应答者肿瘤微环境中的积累及其免疫记忆相关基因表达特征	样本量有限（单细胞分析仅基于两名应答者），且为单臂研究缺乏对照组	探索伊匹木单抗联合纳武利尤单抗在局部晚期尿路上皮癌中的生物标志物和治疗机制	III期尿路上皮癌患者	肿瘤免疫学	尿路上皮癌	PD-L1 IHC, 全外显子组测序, 转录组测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组数据, 转录组数据, 免疫组化数据	基线组织样本53例（测序）, 51例（PD-L1检测）, 42例术后组织（CD8+ T细胞分析）
340	2025-09-18	Spatial dissimilarity analysis in single-cell transcriptomics 2025-Sep-15, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101141 PMID:40840441	研究论文	开发空间差异分析方法以揭示单细胞和空间转录组数据中的复杂双变量关系	提出空间差异方法，显著提升检测神经元亚型和肿瘤体细胞变异的准确性与灵敏度	NA	解析单细胞转录组中的等位基因特异性表达和细胞异质性	神经元、肿瘤细胞、正常人细胞	生物信息学	肿瘤	单细胞转录组测序、空间转录组、全外显子测序	NA	基因表达数据	人类细胞图谱数据（未指定具体样本数）