单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3361	2025-04-08	Novel Perspective on Sevoflurane-Induced Cognitive Dysfunction: Implications of Neuronal SIRPα and Microglial Synaptic Remodeling 2024-12-18, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.4c00485 PMID:39644326	研究论文	本研究探讨了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的新生小鼠认知功能障碍中的作用	揭示了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的认知功能障碍中的新机制，并提出了潜在的干预靶点	研究仅基于新生小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究七氟烷麻醉对新生小鼠认知功能的影响及其分子机制	新生小鼠	神经科学	认知功能障碍	单细胞转录组测序、慢病毒介导的基因过表达	小鼠模型	转录组数据、行为学数据	未明确说明数量的新生小鼠
3362	2025-04-08	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	提出了一种名为MultiSC的深度学习流程，用于分析多组学单细胞数据	开发了一个新的流程MultiSC，利用多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型来整合多组学数据并预测转录因子调控的靶基因	未提及具体的局限性	解决多组学单细胞数据整合和分析工具缺乏的问题	多组学单细胞数据	机器学习	NA	NEAT-seq	多模态约束自编码器（single-cell hierarchical constraint autoencoder）、基于矩阵分解的模型（scMF）、多元线性回归模型	基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达	未提及具体样本数量
3363	2025-04-08	Emerging drug targets for triple-negative breast cancer: a guided tour of the preclinical landscape 2022-05, Expert opinion on therapeutic targets IF:4.6Q1 DOI:10.1080/14728222.2022.2077188 PMID:35574694	综述	本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)治疗中的新兴靶点，重点讨论了癌细胞膜分子、细胞内信号通路及肿瘤微环境(TME)的潜在治疗价值	总结了TNBC治疗靶点的最新研究进展，并提出了针对TNBC分子异质性和TME的联合治疗策略	靶点识别和验证面临遗传、分子和免疫学方法的应用挑战，以及临床前研究向临床实践的转化困难	开发针对TNBC的新型有效靶向治疗	三阴性乳腺癌(TNBC)	肿瘤学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、耐热II组内含子逆转录酶测序、人源化小鼠模型	NA	NA	NA
3364	2025-04-07	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-Apr-05, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	研究论文	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇并构建了风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者预后较差的原因，并发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索乳酸代谢相关基因与DLBCL预后及免疫微环境相互作用的关系	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	淋巴瘤	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的患者数据
3365	2025-04-07	Injury and obesity differentially and synergistically induce dysregulation of synovial immune cells in osteoarthritis 2025-Apr-04, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.03.001 PMID:40188009	研究论文	研究探讨了损伤和肥胖如何差异性和协同性地影响骨关节炎中滑膜免疫细胞的失调	首次揭示了损伤和肥胖在骨关节炎中独立和协同地改变滑膜免疫细胞景观的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索损伤和肥胖对骨关节炎滑膜免疫细胞的影响	小鼠膝关节囊中的免疫细胞	免疫学	骨关节炎	单细胞转录组学、免疫分析、转基因小鼠模型、遗传命运图谱方法	转基因小鼠模型	转录组数据、免疫细胞表型数据	未明确说明小鼠数量，但涉及正常体重和肥胖小鼠的比较
3366	2025-04-07	Spatial transcriptomics reveals tryptophan metabolism restricting maturation of intratumoral tertiary lymphoid structures 2025-Apr-01, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.011 PMID:40185093	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了色氨酸代谢在肝细胞癌中限制肿瘤内三级淋巴结构成熟的作用	首次发现恶性细胞塑造的色氨酸富集代谢微环境导致三级淋巴结构成熟偏离，并证明抑制色氨酸代谢可促进肿瘤内三级淋巴结构成熟并与抗PD-1治疗产生协同效应	研究仅聚焦于肝细胞癌，其他癌症类型中三级淋巴结构成熟的调控机制尚不明确	探究驱动三级淋巴结构成熟的关键因素及其在肿瘤免疫治疗中的作用	肝细胞癌中的三级淋巴结构及其微环境	空间转录组学	肝细胞癌	近单细胞空间转录组测序	NA	空间转录组数据	NA
3367	2025-04-07	Gene expression patterns of the developing human face at single cell resolution reveal cell type contributions to normal facial variation and disease risk 2025-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.18.633396 PMID:39868299	research paper	该研究通过单核RNA测序技术构建了人类颅面发育的综合图谱，揭示了不同细胞类型在正常面部变异和疾病风险中的作用	首次在单细胞分辨率下解析人类颅面发育的基因表达模式，识别了关键细胞类型及其亚型，并揭示了人类特有的基因表达差异	研究仅涵盖了4-8孕周的胚胎样本，未能覆盖整个颅面发育过程	探索人类颅面发育的细胞和遗传机制，及其与面部形态变异和颅面疾病的关系	24个人类胚胎的颅面组织样本	发育生物学	颅面畸形	单核RNA测序(snRNA-seq), 空间转录组学	NA	RNA测序数据	24个胚胎样本，覆盖6个关键时间点(4-8孕周)
3368	2025-04-07	Gene interactions analysis of brain spatial transcriptome for Alzheimer's disease 2024-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2024.101337 PMID:39281834	研究论文	本研究通过空间转录组学分析阿尔茨海默病（AD）大脑中的基因相互作用，揭示了淀粉样蛋白-β积累过程中的基因关联动态	首次基于空间转录组学识别淀粉样蛋白-β积累过程中的多种基因关联，为从时空依赖的基因相互作用综合分析揭示AD病因提供了新视角	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证部分相对有限	揭示阿尔茨海默病大脑中基因相互作用的时空动态特征	AD小鼠模型和人类大脑样本	空间转录组学	阿尔茨海默病	空间转录组测序、单核RNA-seq	NA	空间转录组数据、单核RNA-seq数据	AD敲除小鼠和野生型小鼠模型、人类单核RNA-seq数据/AlzData数据库
3369	2025-04-07	Plasma proteomics of acute tubular injury 2024-Aug-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51304-x PMID:39191768	研究论文	本研究通过血浆蛋白质组学分析，识别与急性肾小管损伤(ATI)严重程度相关的生物标志物	首次使用SomaScan蛋白质组学平台在434名经活检确诊的肾病患者中识别ATI相关血浆生物标志物，并结合多组学数据探索其表达及富集的生物通路	样本量在不同队列中存在差异，部分队列样本量较小(n=44)	开发非侵入性ATI生物标志物用于早期检测和药物研发	肾病患者血浆样本	生物标志物研究	急性肾小管损伤/肾脏疾病	SomaScan蛋白质组学平台、区域转录组学与蛋白质组学、单细胞RNA测序、通路分析	NA	血浆蛋白质组数据、转录组数据	主要队列434名活检确诊肾病患者，验证队列包括KPMP(n=44)、ARIC(n=4610)和CHROME(n=268)
3370	2025-04-07	Esophageal epithelial Ikkβ deletion promotes eosinophilic esophagitis in experimental allergy mouse model 2024-Jul-10, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.05.602313 PMID:39026724	研究论文	本研究探讨了上皮细胞IKKβ/NFκB信号在嗜酸性食管炎（EoE）发病机制中的作用，使用条件性敲除小鼠模型	揭示了上皮IKKβ信号缺失加剧EoE的机制，并提供了scRNA-seq分析揭示的分子变化	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类患者中验证	研究IKKβ/NFκB信号在EoE发病机制中的作用	条件性敲除IKKβ的食管上皮细胞小鼠模型	病理学	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3371	2025-04-07	Single-cell analysis identifies PLK1 as a driver of immunosuppressive tumor microenvironment in LUAD 2024-Jun, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011309 PMID:38885192	研究论文	通过单细胞分析发现PLK1是肺腺癌免疫抑制肿瘤微环境的驱动因素	揭示了PLK1通过调控CXCL2细胞因子分泌促进M2型肿瘤相关巨噬细胞极化和抑制抗原呈递过程的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	探究PLK1在肺腺癌免疫抑制微环境中的作用机制	肺腺癌肿瘤微环境中的PLK1信号通路	肿瘤免疫学	肺腺癌	单细胞RNA测序、基因工程小鼠模型	NA	单细胞转录组数据	基因工程小鼠模型
3372	2025-04-06	Targeting mTOR in myeloid cells prevents infection-associated inflammation 2025-Apr-18, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112163 PMID:40177636	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现mTOR通路在COVID-19患者髓系细胞调控中的关键作用，并开发了一种靶向髓系细胞的mTOR抑制纳米生物制剂	首次开发了靶向髓系细胞及其骨髓祖细胞的mTOR抑制纳米生物制剂，并证明其能有效抑制感染相关炎症	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探索预防感染相关并发症中有害器官炎症的治疗策略	COVID-19患者的髓系细胞和小鼠高炎症模型	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠高炎症模型和急性呼吸窘迫综合征模型	RNA测序数据，流式细胞数据	人类原代免疫细胞和小鼠模型
3373	2025-04-06	Integrated metabolomics and spatial transcriptomics of cystic pancreatic cancer precursors reveals dysregulated polyamine metabolism as a biomarker of progression 2025-Apr-04, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	通过代谢组学和空间细胞转录组学分析囊性胰腺癌前体，揭示多胺代谢紊乱作为进展的生物标志物	首次结合代谢组学和空间转录组学技术，识别出多胺代谢途径的紊乱与胰腺癌前体恶性风险相关	样本量相对较小（125例患者），且仅针对IPMN这一特定胰腺癌前体	识别IPMN恶性风险相关的代谢标志物	胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）患者	数字病理学	胰腺癌	代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例IPMN患者（低度异型增生和高度异型增生伴/不伴PDAC）
3374	2025-04-06	Association of Obesity and Innate Immune Markers With Resistance to Biologic Therapy in Psoriasis 2025-Apr-02, JAMA dermatology IF:11.5Q1 DOI:10.1001/jamadermatol.2025.0288 PMID:40172874	研究论文	探讨肥胖和先天免疫标志物与银屑病生物治疗抵抗的关联	揭示了表皮中失调的先天免疫反应和增强的中性粒细胞活性可能是生物治疗反应持续性降低的原因	样本量较小（87名患者），且为横断面研究，无法确定因果关系	明确影响严重银屑病患者持续治疗反应的炎症微环境因素	18岁及以上患有斑块型严重银屑病的患者	皮肤病学	银屑病	空间转录组学通路分析、免疫荧光分析	NA	临床数据、转录组数据、蛋白质表达数据	87名患者（24名女性，63名男性）
3375	2025-04-06	Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes 2025-Mar-21, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016 PMID:40122457	研究论文	本研究旨在利用肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因开发膀胱癌（BLCA）的预测模型	构建了一个新的TIIC特征评分，用于BLCA的预后和免疫治疗预测，并发现该评分与生存状态、肿瘤分期及PD-L1免疫治疗反应显著相关	未发现非癌性膀胱状况与BLCA之间的显著统计学关联，仅在SNP位点rs3763840上观察到显著关联	开发基于TIIC相关基因的膀胱癌预测模型，并评估其预后和免疫治疗预测能力	膀胱癌（BLCA）患者及其肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因	机器学习	膀胱癌	RNA表达数据分析、scRNA-seq、单变量Cox分析	20种机器学习算法	RNA表达数据、scRNA-seq数据	来自TCGA和GEO数据库的多组RNA表达数据和scRNA-seq数据
3376	2025-04-06	Chemokine Ligands and Receptors Regulate Macrophage Polarization in Atherosclerosis: A Comprehensive Database Mining Study 2025-Mar, CJC open IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.cjco.2024.11.018 PMID:40182401	研究论文	通过生物信息学方法研究趋化因子配体和受体在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用	首次通过公共数据库挖掘和生物信息学分析，揭示了趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的具体机制	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探究趋化因子在动脉粥样硬化中调控巨噬细胞极化的作用机制	巨噬细胞极化和趋化因子	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, GEO2R, IPA分析	巨噬细胞极化调控模型	基因表达数据	公共数据库中的小鼠组织数据
3377	2025-04-06	HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200 PMID:39680021	研究论文	本研究旨在确立HMGA2作为胰腺导管腺癌(PDAC)基底样疾病的标志物，并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的用途	发现HMGA2表达可预测PDAC患者的生存期和治疗反应，并与GATA6状态结合可识别疾病亚型	研究样本量有限，且需要进一步验证HMGA2作为生物标志物的临床应用价值	探索HMGA2在PDAC中的预后和治疗抵抗预测价值	胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(RNA-seq)、多重免疫组化(IHC)	NA	RNA-seq数据、免疫组化数据	172例患者样本(单细胞RNA-seq)、580例PDAC样本(多重IHC)、额外30例多样化患者样本
3378	2025-04-06	A prognostic model based on autophagy-and senescence-related genes for gastric cancer: implications for immunotherapy and personalized treatment 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1509771 PMID:40182050	研究论文	本研究基于自噬和衰老相关基因构建了一个胃癌预后模型，用于预测免疫浸润、免疫治疗效果并指导个性化治疗	首次结合自噬和衰老相关基因构建胃癌预后模型，并验证其在免疫治疗和个性化治疗中的潜在应用	研究结果需要进一步通过大规模临床试验验证	开发一个能够预测胃癌预后和免疫治疗效果的模型	胃癌患者	数字病理学	胃癌	基因表达分析、单细胞测序	LASSO回归模型	基因表达数据、临床数据	来自TCGA和GEO数据库的胃癌样本
3379	2025-04-06	Epithelial tubule interconnection driven by HGF-Met signaling in the kidney 2024-Dec-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2416887121 PMID:39705305	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和荧光标记技术，揭示了HGF-Met信号通路在肾脏上皮小管互连中的作用机制	首次发现HGF通过MAPK信号通路和MMPs促进小管吻合，且独立于细胞增殖过程	研究仅在小鼠胚胎肾脏中进行，尚未在人类组织或成年组织中验证	探究上皮小管互连的分子机制及其在肾脏发育中的作用	小鼠胚胎肾脏上皮小管	发育生物学	肾脏疾病	单细胞RNA测序，荧光标记技术	NA	基因表达数据，图像数据	小鼠胚胎肾脏样本
3380	2025-04-06	Automatically Detecting Anchor Cells and Clustering for scRNA-Seq Data Using scTSNN 2024-11, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2024.3460761 PMID:39283774	研究论文	提出了一种名为scTSNN的张量共享最近邻锚点聚类方法，用于自动检测单细胞RNA测序数据中的锚点细胞和聚类	利用张量亲和力学习模块挖掘细胞的局部-全局平衡拓扑结构，设计基于密度的共享最近邻测量方法自动检测锚点细胞	在无监督场景下发现scRNA-seq数据的真实细胞类型仍然具有挑战性	提高单细胞RNA测序数据中细胞异质性研究的精度和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	宫颈癌	scRNA-seq	scTSNN	单细胞RNA测序数据	合成数据集和scRNA-seq数据集（包括哺乳动物细胞和宫颈癌肿瘤细胞）