单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3361	2025-02-20	Publisher Correction: Accurate RNA velocity estimation based on multibatch network reveals complex lineage in batch scRNA-seq data 2025-Feb-18, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02152-8 PMID:39966937	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3362	2025-02-24	Efficient Identification of Monoclonal Antibodies Against Rift Valley Fever Virus Using High-Throughput Single Lymphocyte Transcriptomics of Immunized Mice 2025-Feb-04, Antibodies (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/antib14010012 PMID:39982227	研究论文	本文报告了使用10x Genomics技术进行高通量单细胞分析，以识别针对裂谷热病毒（RVFV）的稀有且强效的抗体	采用高通量单细胞转录组学技术，结合生物信息学分析，从免疫小鼠中筛选出针对RVFV表面糖蛋白Gc和Gn的单克隆抗体	研究仅在小鼠模型中进行，尚未进行人体试验	开发针对RVFV的高效治疗性抗体	裂谷热病毒（RVFV）及其表面糖蛋白Gc和Gn	生物信息学	裂谷热	10x Genomics高通量单细胞转录组学技术	NA	单细胞转录组数据	从小鼠脾脏中分选的记忆B细胞群体
3363	2025-02-24	IFN-γ reprograms cardiac microvascular endothelial cells to mediate doxorubicin transport and influences the sensitivity of mice to doxorubicin-induced cardiotoxicity 2025-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01389-7 PMID:39843977	研究论文	本研究通过构建小鼠模型，探讨了多柔比星（DOX）诱导的心脏毒性（DIC）敏感性差异的潜在机制	使用表面增强拉曼光谱和单细胞RNA测序技术，揭示了心脏内皮细胞中IFN-γ通路相关基因的表达差异，并发现IFN-γ通过上调P-糖蛋白表达增加DOX外排，从而降低DIC敏感性	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨多柔比星诱导的心脏毒性敏感性差异的机制	小鼠模型中的心脏微血管内皮细胞	生物医学	心血管疾病	表面增强拉曼光谱，单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据，药物分布数据	未明确说明小鼠数量
3364	2025-02-24	Progressive natural killer cell dysfunction in advanced-stage clear-cell renal cell carcinoma and association with clinical outcomes 2025-Feb, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104105 PMID:39813824	研究论文	本文研究了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中自然杀伤（NK）细胞的功能障碍及其与临床结果的关系	通过单细胞RNA测序分析，揭示了ccRCC中NK细胞的表型和功能变化，并发现了一种与疾病进展和不良生存率相关的功能障碍NK细胞表型	样本量较小，仅分析了13名患者的肿瘤和正常肾脏组织	探讨ccRCC中NK细胞的表型、功能及其与临床结果的关系	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	肿瘤免疫学	肾癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	13名ccRCC患者的肿瘤和正常肾脏组织，共21,139个NK细胞
3365	2025-02-24	A Review and New Insights Into Spermatogenesis From Single-Cell RNA Sequencing 2025-Feb, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene DOI:10.1111/rda.70019 PMID:39985199	综述	本文综述了单细胞RNA测序在精原干细胞（SSCs）鉴定及其发育轨迹研究中的进展	利用单细胞RNA测序技术详细分类细胞亚群，挖掘不同细胞类型中特异性表达的基因，并准确识别特定细胞类型	睾丸中存在高度的细胞异质性，缺乏特定的分子标记物（尤其是家畜中），这限制了SSCs的筛选、纯化和应用	探讨精原干细胞的维持、自我更新和分化机制	精原干细胞（SSCs）及其发育轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3366	2025-02-24	Generation of super-resolution images from barcode-based spatial transcriptomics by deep image prior 2025-Jan-27, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100937 PMID:39729996	研究论文	本文提出了一种名为SuperST的算法，通过深度图像先验从低分辨率空间转录组学库中重建高分辨率图像矩阵	SuperST算法利用深度图像先验技术，解决了现有空间转录组学方法在从稀疏分布的条形码重建高分辨率图像时的局限性，生成的图像更接近免疫荧光图像	未明确提及具体局限性	提高空间转录组学图像的分辨率，解决零膨胀问题	空间转录组学数据	数字病理学	NA	深度图像先验	NA	图像	NA
3367	2025-02-24	TimeFlies: an snRNA-seq aging clock for the fruit fly head sheds light on sex-biased aging 2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.25.625273 PMID:39896546	研究论文	本文介绍了TimeFlies，一种基于单细胞RNA测序的果蝇头部衰老时钟，揭示了性别差异在衰老过程中的作用	TimeFlies是首个基于全基因组基因表达谱的泛细胞类型单细胞RNA测序衰老时钟，能够识别与年龄相关的关键标记基因，并揭示性别差异在衰老中的不同作用	研究主要局限于果蝇头部，未涉及其他组织或物种	开发一种基于单细胞RNA测序的衰老时钟，以研究果蝇头部衰老过程中的性别差异	果蝇头部细胞	生物信息学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3368	2025-02-24	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2025-Jan-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01432-w PMID:39825401	研究论文	本文通过meta分析小鼠和人类前列腺单细胞转录组数据，揭示了组织退化、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性	利用随机矩阵理论去噪数据集，建立了正常小鼠和人类前列腺的参考细胞类型分类，并使用最优传输方法比较跨物种上皮细胞群体的转录组相似性	研究主要依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到技术限制和样本量的影响	研究前列腺上皮细胞状态在组织稳态、肿瘤起始和进展中的动态变化	小鼠和人类前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	新的和已发表的小鼠和人类前列腺组织单细胞RNA测序数据集
3369	2025-02-24	Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomic Data to Identify Ferroptosis-Associated Inflammatory Gene in Alzheimer's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497418 PMID:39959647	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铁死亡相关炎症基因SLC11A1在阿尔茨海默病中的关键作用	首次从细胞类型特异性角度探讨了铁死亡、免疫炎症与阿尔茨海默病之间的分子机制，并发现了一个与铁死亡高度相关的小胶质细胞亚群	研究主要基于转录组数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探讨铁死亡、免疫炎症与阿尔茨海默病之间的分子联系	阿尔茨海默病患者脑组织和外周血的RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 免疫荧光	NA	RNA测序数据	阿尔茨海默病患者脑组织和外周血的RNA测序数据，以及实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠脑组织的scRNA-seq数据
3370	2025-02-24	Systemic immune profiling analysis identifying M2-TAM related genes predicted colon cancer prognosis and chemotherapy responses 2024-Dec-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040979 PMID:39969348	研究论文	本研究通过系统性免疫分析，识别了与M2型肿瘤相关巨噬细胞相关的基因，这些基因能够预测结肠癌的预后和化疗反应	开发了新的M2型巨噬细胞标志物，用于预测结肠癌患者的预后，并验证了这些标志物在外部数据集中的有效性	研究依赖于现有数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索与M2型巨噬细胞相关的基因标志物，以预测结肠癌的预后和化疗反应	结肠癌患者	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析，最小绝对收缩和选择算子，Cox回归	风险模型	转录组数据，单细胞RNA测序数据，临床数据	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的结肠癌患者数据
3371	2025-02-23	Revealing the therapeutic targets, mechanisms, and heterogeneity of Huatan Jieyu Granules for Parkinson's disease through single-cell sequencing 2025-May-15, Journal of pharmaceutical and biomedical analysis IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jpba.2025.116679 PMID:39864142	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了化痰解郁颗粒（HGs）对帕金森病（PD）的治疗靶点、机制和异质性	首次使用单细胞测序技术揭示了HGs治疗PD的分子机制和关键细胞类型	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探索HGs对PD的治疗效果及其分子机制	MPTP诱导的PD小鼠模型	数字病理学	帕金森病	单细胞测序	小鼠PD模型	单细胞RNA测序数据	未明确提及样本数量，但涉及空白组、PD模型组和药物治疗组的小鼠
3372	2025-02-23	EGR1 regulates oxidative stress and aldosterone production in adrenal cells and aldosterone-producing adenomas 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103498 PMID:39826326	研究论文	本文探讨了早期生长反应1（EGR1）在肾上腺细胞生物学中的双重作用，即调节氧化应激和醛固酮生成	揭示了EGR1在肾上腺细胞中调节氧化应激和醛固酮生成的新机制，并探讨了其在醛固酮生成腺瘤（APAs）和其他肾上腺皮质肿瘤发病机制中的潜在意义	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行大规模临床试验验证	探讨EGR1在肾上腺细胞中调节氧化应激和醛固酮生成的作用及其在APAs发病机制中的潜在意义	人类肾上腺细胞、醛固酮生成腺瘤（APAs）患者肾上腺组织、猪的肾上腺皮质	NA	内分泌高血压、醛固酮生成腺瘤	RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	人类肾上腺细胞、APAs患者肾上腺组织、猪的肾上腺皮质
3373	2025-02-23	Key glycometabolism during oocyte maturation and early embryonic development 2025-Mar-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-24-0275 PMID:39846956	综述	本文综述了葡萄糖代谢在卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的关键作用，探讨了代谢监测如何革新胚胎选择和个性化辅助生殖技术	揭示了葡萄糖、脂肪酸、氨基酸和核苷酸在早期胚胎发育中的复杂相互作用，并强调了非侵入性代谢监测在辅助生殖技术中的潜在应用	本文为综述性文章，未涉及具体实验数据或新发现，主要基于现有研究进行总结和分析	探讨代谢过程在卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的关键作用，以推动生殖医学和胚胎学的发展	哺乳动物卵母细胞和早期胚胎	生殖医学	NA	单细胞测序、代谢组学、生物信息学	NA	代谢数据	NA
3374	2025-02-23	Desflurane attenuates renal ischemia-reperfusion injury by modulating ITGB1/CD9 and reducing oxidative stress in tubular epithelial cells 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103490 PMID:39854938	研究论文	本研究探讨了地氟醚（DFE）通过调节ITGB1/CD9信号通路和减轻氧化损伤在肾缺血再灌注（I/R）损伤中的保护作用	首次揭示了地氟醚通过调节ITGB1/CD9信号通路在肾I/R损伤中的保护机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨地氟醚在肾缺血再灌注损伤中的保护作用及其机制	肾小管上皮细胞（TECs）和小鼠模型	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、Western blot、TUNEL检测	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量
3375	2025-02-23	Differential expression of the MYC-Notch axis drives divergent responses to the front-line therapy in central and peripheral extensive-stage small-cell lung cancer 2025-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70112 PMID:39974662	研究论文	本研究比较了中央型和周围型广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）对一线治疗的反应差异，并通过单细胞RNA测序探讨了潜在的生物学机制	首次揭示了中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的不同反应，并发现MYC-Notch-non-NE轴的差异激活状态可能是导致这些差异的原因	样本量较小（9个治疗初期的ES-SCLC样本），需要更大规模的研究来验证结果	探讨中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的反应差异及其生物学机制	广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）患者	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	265名患者（临床数据）和9个治疗初期的ES-SCLC样本（scRNA-seq数据）
3376	2025-02-23	Single-cell multiomics reveals a gene regulatory circuit driving leukemia cell differentiation 2025-Feb-22, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03309-z PMID:39984714	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析揭示了全反式维甲酸（ATRA）治疗后急性早幼粒细胞白血病（APL）细胞系NB4的分化调控轨迹	整合单细胞染色质可及性和单细胞转录组分析，发现了一个由SPI1和CEBPE转录因子组成的正反馈基因调控回路，该回路驱动白血病细胞分化	研究主要基于细胞系实验，未涉及体内实验或临床样本验证	探索ATRA诱导白血病细胞分化的分子机制	急性早幼粒细胞白血病（APL）细胞系NB4，以及非APL白血病细胞系HL60和K562	单细胞多组学	白血病	单细胞染色质可及性分析，单细胞转录组分析	NA	单细胞多组学数据	NB4、HL60和K562细胞系
3377	2025-02-23	Impaired inflammatory resolution with severe SARS-CoV-2 infection in leptin knock out obese hamster 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111837 PMID:39981511	研究论文	本研究通过基因编辑的瘦素敲除肥胖仓鼠模型，探讨了肥胖与严重COVID-19之间的机制	首次使用瘦素敲除肥胖仓鼠模型模拟肥胖患者的严重COVID-19，并通过单细胞转录组学揭示了单核细胞来源的肺泡巨噬细胞在肺部过度炎症中的关键作用	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类肥胖患者的复杂情况	探讨肥胖与严重COVID-19之间的机制，并建立可靠的临床前动物模型	瘦素敲除肥胖仓鼠	生物医学	COVID-19	单细胞转录组学	瘦素敲除肥胖仓鼠模型	基因表达数据	NA
3378	2025-02-23	Spatial transcriptomics-aided localization for single-cell transcriptomics with STALocator 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101195 PMID:39904340	研究论文	本文开发了一种名为STALocator的工具，用于将单细胞转录组数据定位到空间转录组数据中，以提高数据的空间分辨率和基因表达模式	STALocator工具结合了单细胞RNA测序和空间转录组技术，能够更好地定位单细胞并增强基因表达模式，识别更多空间可变基因和生物学相关的GO术语	空间转录组数据的质量（空间分辨率或基因覆盖度）仍远低于单细胞转录组数据	开发一种工具，将单细胞转录组数据与空间转录组数据结合，以提高数据的空间分辨率和基因表达模式	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	数字病理学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组（ST），荧光原位杂交（FISH），Xenium	NA	基因表达数据，空间信息	人类大脑和鳞状细胞癌数据
3379	2025-02-23	Inferring cell trajectories of spatial transcriptomics via optimal transport analysis 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101194 PMID:39904341	研究论文	本文介绍了一种名为SpaTrack的方法，通过最优传输分析整合细胞转录组和空间位置信息，重建细胞分化轨迹	SpaTrack利用最优传输将基因表达和空间位置信息整合到转移成本中，从而构建反映分化拓扑和追踪细胞动态的详细空间轨迹	NA	研究目的是通过整合细胞转录组和空间位置信息，重建细胞分化轨迹	研究对象包括蝾螈端脑再生和小鼠中脑发育的时空轨迹，以及原发性肿瘤内的多种恶性细胞系	空间转录组学	NA	最优传输分析	NA	空间转录组数据	NA
3380	2025-02-23	Single-cell RNA-seq and pathological phenotype reveal the functional atlas and precise roles of Sox30 in testicular cell development and differentiation 2025-Feb-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07442-1 PMID:39971903	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和病理表型分析，揭示了Sox30在睾丸细胞发育和分化中的功能图谱和精确作用	首次详细描述了Sox30在睾丸细胞中的具体功能，特别是在初级精母细胞分化中的作用，并揭示了Sox30缺失对睾丸细胞间通讯和转录因子网络的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究Sox30在睾丸细胞发育和分化中的具体功能	小鼠睾丸细胞	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠睾丸细胞