单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3361	2025-02-20	Uncovering endothelial to mesenchymal transition drivers in atherosclerosis via multi-omics analysis 2025-Feb-17, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-025-04571-5 PMID:39956907	研究论文	本研究通过整合多组学数据，旨在识别调控动脉粥样硬化中内皮向间质转化(EndMT)的新候选基因	通过整合单细胞RNA测序、批量RNA测序和微阵列数据集，识别出七个新的EndMT候选基因	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和可用性	识别动脉粥样硬化中内皮向间质转化的调控因子	人类斑块中的内皮细胞	生物信息学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序, 微阵列, qPCR, 蛋白质印迹	NA	基因表达数据	数据集GSE159677, GSE118446, GSE56309
3362	2025-02-20	Identification and characterization of cell niches in tissue from spatial omics data at single-cell resolution 2025-Feb-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57029-9 PMID:39956823	研究论文	本文介绍了一种名为scNiche的计算框架，用于从单细胞分辨率的空间组学数据中识别和表征细胞生态位	scNiche框架能够有效且稳健地识别细胞生态位，并在模拟和生物数据集上优于现有方法	NA	解码组织中细胞微环境的特征、结构和功能	人类三阴性乳腺癌和小鼠肝脏的空间组学数据	空间组学	三阴性乳腺癌, 肝衰竭	空间组学	scNiche	空间组学数据	模拟和生物数据集，包括人类三阴性乳腺癌和小鼠肝脏样本
3363	2025-02-20	scatterbar: an R package for visualizing proportional data across spatially resolved coordinates 2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf047 PMID:39888860	研究论文	本文介绍了一个名为scatterbar的开源R包，用于在空间解析坐标上可视化比例数据	scatterbar通过散点堆叠条形图增强了比例数据的视觉显著性，相比传统的散点饼图更易于区分和比较空间位置上的比例差异	NA	开发一个工具以更有效地可视化空间解析的比例数据，特别是空间转录组数据	空间转录组数据中的细胞类型比例	数据可视化	NA	空间转录组学	NA	空间解析的转录组数据	成年小鼠大脑的空间转录组数据集
3364	2025-02-20	Tracking adipose-derived stem cell exosomes applied in a mouse crush injury model: insights from fluorescent labeling and spatial transcriptomics - an experimental study 2025-Feb-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002166 PMID:39705130	研究论文	本研究通过荧光标记和空间转录组学技术，追踪了脂肪来源干细胞外泌体（ADSC-exos）在小鼠坐骨神经挤压伤模型中的应用效果	结合荧光标记和空间转录组学技术，揭示了ADSC-exos在神经再生中的复杂细胞类型和信号通路相互作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨ADSC-exos在神经再生中的具体机制	小鼠坐骨神经挤压伤模型	再生医学	神经损伤	荧光标记, 空间转录组学	NA	基因表达数据, 荧光成像数据	小鼠模型
3365	2025-02-20	FGF19-Activated Hepatic Stellate Cells Release ANGPTL4 that Promotes Colorectal Cancer Liver Metastasis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413525 PMID:39716892	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和临床样本，揭示了FGF19激活的肝星状细胞释放ANGPTL4促进结直肠癌肝转移的机制	首次证明了FGF19/ANGPTL4轴对结直肠癌肝转移的影响，并提供了新的治疗策略	研究主要依赖于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨结直肠癌肝转移的分子机制及潜在治疗策略	结直肠癌细胞、肝星状细胞、癌症相关成纤维细胞	癌症研究	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	小鼠模型	RNA测序数据	临床样本及多种结直肠癌转移小鼠模型
3366	2025-02-20	Senescent Fibroblasts Drive FAP/OLN Imbalance Through mTOR Signaling to Exacerbate Inflammation and Bone Resorption in Periodontitis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409398 PMID:39716898	研究论文	本研究探讨了成纤维细胞激活蛋白（FAP）在牙周炎中的作用，揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡，加剧炎症和骨吸收的机制	首次通过孟德尔随机化分析确定了FAP水平与牙周炎易感性之间的正相关关系，并揭示了衰老成纤维细胞通过mTOR信号通路驱动FAP/OLN失衡的新机制	研究主要基于实验性牙周炎模型，临床样本的验证仍需进一步研究	探讨FAP在牙周炎中的作用及其机制	人类和小鼠的牙周炎组织、牙龈成纤维细胞（GFs）	生物医学	牙周炎	单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析	NA	基因表达数据、组织样本	人类和小鼠的牙周炎组织
3367	2025-02-20	CXCL16/CXCR6/TGF-β Feedback Loop Between M-MDSCs and Treg Inhibits Anti-Bacterial Immunity During Biofilm Infection 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409537 PMID:39716908	研究论文	本研究探讨了金黄色葡萄球菌（S. aureus）引起的假体周围感染（PJI）中免疫抑制生物膜环境与感染结果之间的关系	揭示了M-MDSCs和Treg细胞通过CXCL16-CXCR6相互作用增强免疫抑制的机制，并提出了通过干扰这一相互作用来减轻细菌负担的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和患者样本，可能无法完全反映人类PJI的复杂性	研究金黄色葡萄球菌引起的假体周围感染（PJI）中免疫抑制生物膜环境与感染结果之间的关系	假体周围感染（PJI）患者的滑膜组织和PJI小鼠模型	免疫学	假体周围感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Treg特异性CXCR6敲除小鼠模型	RNA测序数据、免疫组化数据	PJI患者的滑膜组织和PJI小鼠模型
3368	2025-02-20	Aneurysm Is Restricted by CD34+ Cell-Formed Fibrous Collars Through the PDGFRb-PI3K Axis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408996 PMID:39731355	研究论文	本研究探讨了CD34+细胞通过PDGFRb-PI3K轴在腹主动脉瘤（AAA）中形成纤维环的作用	揭示了非骨髓来源的CD34+细胞在AAA发展中转分化为Periostin肌成纤维细胞，并参与纤维环形成的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的研究仍需进一步验证	探讨CD34+细胞在腹主动脉瘤（AAA）中的作用及其机制	腹主动脉瘤（AAA）患者和小鼠模型	生物医学	心血管疾病	Cd34-CreER;Rosa26-tdTomato;(Apoe)谱系追踪、骨髓移植、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据、单细胞测序数据	患者和小鼠模型的主动脉组织
3369	2025-02-20	A Distinguished Roadmap of Fibroblast Senescence in Predicting Immunotherapy Response and Prognosis Across Human Cancers 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202406624 PMID:39739618	研究论文	本研究通过全面的泛癌单细胞RNA测序分析，发现成纤维细胞在肿瘤相关细胞群中表现出最显著的细胞衰老水平，并开发了与促肿瘤信号通路和免疫失调相关的成纤维细胞衰老转录组特征（FSS），利用机器学习框架预测免疫检查点抑制剂（ICI）反应和生存结果	首次将成纤维细胞衰老与免疫检查点抑制剂反应和预后联系起来，并开发了FSS特征，通过机器学习框架展示了其在预测ICI反应和生存结果方面的卓越准确性	尽管研究结果具有潜力，但仍需进一步的临床验证来确认成纤维细胞衰老与免疫检查点抑制剂反应之间的确切关系	探讨成纤维细胞衰老在预测免疫检查点抑制剂反应和预后中的作用	人类癌症中的成纤维细胞	数字病理学	泛癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），CRISPR/Cas9	机器学习（ML）	RNA测序数据	17个CRISPR/Cas9文库
3370	2025-02-20	Tertiary Lymphoid Structures are Linked to Enhanced Antitumor Immunity and Better Prognosis in Muscle-Invasive Bladder Cancer 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202410998 PMID:39739621	研究论文	本研究探讨了三级淋巴结构（TLS）在肌层浸润性膀胱癌（MIBC）中的作用及其与抗肿瘤免疫和预后的关系	首次通过多组学方法（单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序和免疫组化）揭示了TLS在MIBC中的预后潜力及其免疫机制	研究结果需要进一步在更大样本和不同人群中验证	探讨TLS在MIBC中的预后潜力及其免疫机制	肌层浸润性膀胱癌（MIBC）患者	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、免疫组化	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	未明确提及具体样本数量
3371	2025-02-20	Single-cell and spatial transcriptomic analyses reveal heterogeneity characteristics and specific cell subtype regulators in growth hormone-secreting pituitary adenomas 2025-Feb-01, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002178 PMID:39784532	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组测序，揭示了生长激素分泌型垂体腺瘤的异质性特征及特定细胞亚型调节因子	首次构建了生长激素分泌型垂体腺瘤的单细胞和空间转录组图谱，鉴定了16种肿瘤细胞亚型和3种恶性偏向亚型，并筛选出特定的调节转录因子	样本量相对较小，仅包括10个GHPA样本和4个正常垂体样本	识别肿瘤异质性及与预后相关的标志物	生长激素分泌型垂体腺瘤（GHPA）	数字病理学	垂体腺瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组测序	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	10个GHPA样本，4个正常垂体样本
3372	2025-02-20	Spatial single-cell maps reveal ST6GAL1 promoting ovarian cancer metastasis 2025-Feb, Glycoconjugate journal IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s10719-025-10177-y PMID:39883364	研究论文	本研究利用空间和单细胞转录组技术探讨了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用	首次整合空间和单细胞转录组数据，揭示了ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的关键作用及其与代谢活性的关联	研究主要基于已有数据集，缺乏实验验证	探讨ST6GAL1在卵巢癌腹膜转移中的作用及其临床意义	卵巢癌上皮细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组技术、空间转录组技术、RNA测序	RCTD（稳健细胞类型分解）	单细胞转录组数据、空间转录组数据、RNA测序数据	GSE130000（单细胞转录组数据集）、GSE211956（空间转录组数据集）、The Cancer Genome Atlas（RNA测序数据）
3373	2025-02-18	Spatial transcriptomics reveals regional characteristics of lupus nephritis in murine kidneys and immune response to prednisolone or Gancao Nourishing-Yin decoction therapies 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70236 PMID:39956926	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3374	2025-02-20	A single-cell mass cytometry-based atlas of the developing mouse brain 2025-Jan, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01786-1 PMID:39695302	研究论文	本文通过单细胞质谱流式技术绘制了发育中鼠脑的图谱，揭示了不同细胞谱系的分子变化	首次使用单细胞质谱流式技术对发育中鼠脑的单细胞蛋白质丰度进行表征，填补了单细胞RNA测序在蛋白质水平上的空白	研究主要集中在小鼠模型，可能无法完全反映人类大脑发育的复杂性	研究哺乳动物大脑发育过程中不同细胞谱系的分子变化	C57/BL6小鼠的胚胎期（E11.5-E12.5）和出生后（E13.5-P4）的脑组织	生物信息学	NA	单细胞质谱流式技术（mass cytometry），单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学（immunohistochemistry），RNAscope原位杂交（ISH）	NA	单细胞蛋白质和RNA表达数据	24,290,787个细胞，每个样本2到4个生物学重复
3375	2025-02-20	Mendelian randomization and multiomics comprehensively reveal the causal relationship and potential mechanism between atrial fibrillation and gastric cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1446661 PMID:39963672	研究论文	本研究利用双样本孟德尔随机化方法和多组学数据，全面揭示了心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制	通过构建包含136个AF相关SNPs的遗传工具，揭示了AF对胃癌风险的潜在因果效应，并识别了62个AF-GC共关联基因，构建了关键基因的蛋白质-蛋白质相互作用网络	研究依赖于遗传工具和现有数据，可能无法完全捕捉所有潜在的混杂因素	研究心房颤动与胃癌之间的因果关系及潜在机制	心房颤动（AF）和胃癌（GC）	生物信息学	胃癌	双样本孟德尔随机化方法、高通量测序、单细胞测序	NA	遗传数据、高通量测序数据、单细胞测序数据	包含136个AF相关SNPs的遗传工具
3376	2025-02-20	Integrated analysis of M2 macrophage-related gene prognostic model and single-cell sequence to predict immunotherapy response in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1519677 PMID:39963673	研究论文	本文通过整合M2巨噬细胞相关基因的预后模型和单细胞序列分析，预测肺腺癌患者的免疫治疗反应	构建了基于M2巨噬细胞相关基因的预后特征，用于预测肺腺癌患者的免疫治疗疗效和预后	研究依赖于公开的基因表达数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索M2巨噬细胞相关基因在肺腺癌中的临床价值，并构建预后特征以预测免疫治疗疗效	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）和最小绝对收缩和选择算子（LASSO）分析	NA	基因表达数据	GSE26939和GSE19188芯片数据
3377	2025-02-20	Identification of Five NK Cell-Related Hub Genes in COPD Using Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S491298 PMID:39963682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，识别了COPD中与NK细胞相关的五个关键基因	首次利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学工具，系统地探索了COPD中NK细胞亚型的关键基因及其在免疫微环境中的作用	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于RT-qPCR，缺乏更深入的分子机制研究	探索COPD中免疫浸润的关键基因，特别是NK细胞亚型的作用	COPD患者的免疫细胞，特别是NK细胞亚型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归	RNA测序数据	GSE57148作为训练集，GSE8581作为验证集
3378	2025-02-20	SPP1 as a Prognostic and Immunotherapeutic Biomarker in Gliomas and Other Cancer Types: A Pan-Cancer Study 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S505237 PMID:39963684	研究论文	本研究通过泛癌分析探讨了分泌磷蛋白1（SPP1）作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的作用	首次在泛癌水平上系统分析了SPP1的表达与预后、免疫细胞浸润及免疫检查点标志物的相关性，并通过功能验证实验证实了SPP1在胶质瘤细胞中的重要作用	需要进一步研究SPP1靶向治疗在临床环境中的疗效	探讨SPP1作为胶质瘤和其他癌症的预后和免疫治疗生物标志物的潜力	胶质瘤及其他癌症类型	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	来自UCSC TCGA Pan-Cancer、TCGA-GBM、UALCAN、GEO和TISCH的数据集
3379	2025-02-20	NLSDeconv: an efficient cell-type deconvolution method for spatial transcriptomics data 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae747 PMID:39705170	研究论文	本文介绍了一种基于非负最小二乘的新型细胞类型反卷积方法NLSDeconv及其Python包，用于空间转录组数据的细胞类型贡献估计	NLSDeconv是一种新的基于非负最小二乘的细胞类型反卷积方法，具有竞争性的统计性能和卓越的计算效率	NA	开发一种高效的空间转录组数据细胞类型反卷积方法	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	非负最小二乘法	基因表达数据	多种空间转录组数据集
3380	2025-02-20	Scope+: an open source generalizable architecture for single-cell RNA-seq atlases at sample and cell levels 2024-12-26, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae727 PMID:39705183	研究论文	本文介绍了一种名为Scope+的开源、高度优化且可扩展的架构，用于快速访问、元分析和细胞级别的单细胞RNA测序图谱数据	Scope+架构支持细胞级别的元分析，并采用了细胞为单位的数据建模、新颖的数据库优化技术和创新的软件架构设计	现有细胞图谱门户大多不开源且不可适应，不支持细胞级别的元分析	开发一种开源架构，以便研究人员能够快速访问和分析大规模单细胞RNA测序图谱数据	单细胞RNA测序图谱数据	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	500万COVID-19血液和免疫细胞