单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3341	2025-04-04	CAF-derived exosomal LINC01711 promotes breast cancer progression by activating the miR-4510/NELFE axis and enhancing glycolysis 2025-Apr-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202402024RRR PMID:40172996	研究论文	本研究揭示了CAF来源的外泌体通过传递lncRNA LINC01711激活miR-4510/NELFE轴，从而增强乳腺癌细胞的糖酵解作用	发现CAF来源的外泌体中高表达的LINC01711通过miR-4510/NELFE轴调控TXN，促进乳腺癌细胞的糖酵解和恶性行为	未提及具体样本量或实验验证的局限性	探索乳腺癌进展的分子机制及潜在治疗靶点	乳腺癌细胞和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤微环境研究	乳腺癌	单细胞测序、降维聚类和细胞注释技术	NA	单细胞测序数据	NA
3342	2025-04-04	Integration of Flow Cytometry and Single-Cell RNA Sequencing Analysis to Explore the Fibroblast Subpopulations in Keloid that Correlate with Recurrence 2025-Apr-03, Advances in wound care IF:5.8Q1 DOI:10.1089/wound.2024.0262 PMID:40177712	研究论文	本研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序分析，探索了与瘢痕疙瘩复发相关的成纤维细胞亚群	首次鉴定了影响瘢痕疙瘩复发的关键致病性成纤维细胞亚群FB1，并发现CD26+/CD117+/CD34+表型可作为复发预测标志物	研究样本来源为公共数据库，缺乏独立验证队列	鉴定参与瘢痕疙瘩复发的关键致病性细胞亚群	瘢痕疙瘩组织中的成纤维细胞亚群	单细胞组学	皮肤纤维化疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术(FCM)	逻辑回归分析	单细胞转录组数据、流式细胞数据	公共数据库中的瘢痕疙瘩组织样本（具体数量未说明）
3343	2025-04-04	PKCδ Germline Variants and Genetic Deletion in Mice Augment Antitumor Immunity through Regulation of Myeloid Cells 2025-Apr-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0999 PMID:39808445	研究论文	该研究通过分析种系遗传变异与肿瘤免疫基因特征的关联，发现蛋白激酶C delta（PKCδ）作为候选靶点，并通过小鼠实验验证其在增强抗肿瘤免疫中的作用	首次将PKCδ种系变异与抗肿瘤免疫联系起来，并揭示了PKCδ通过调节髓系细胞状态影响肿瘤免疫微环境的机制	研究主要基于小鼠模型，临床样本验证仍需扩大样本量	探索新的癌症免疫治疗靶点	PKCδ基因及其在小鼠和人类中的功能	肿瘤免疫学	癌症	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	小鼠模型和临床样本（具体数量未明确说明）
3344	2025-04-04	Anti-Peptidylarginine-4 Autoantibodies Derived from Patients with Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Apr-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	research paper	该研究探讨了类风湿性关节炎(RA)患者中抗PAD4自身抗体通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎的致病机制	揭示了抗PAD4抗体通过与单核细胞结合触发炎症级联反应的新机制，促进免疫细胞向关节募集和T细胞激活，最终导致更严重的关节炎	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体内完全验证这些机制	阐明抗PAD4抗体在类风湿性关节炎发病机制中的作用	类风湿性关节炎患者和小鼠模型	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养	胶原诱导性关节炎(CIA)小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞培养数据	使用RA患者来源的单克隆抗体和小鼠模型进行研究
3345	2025-04-04	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Effect of MIF on Myeloid-Derived Suppressor Cells in Multiple Myeloma 2025-Apr-02, International journal of laboratory hematology IF:2.2Q3 DOI:10.1111/ijlh.14473 PMID:40176414	research paper	该研究通过单细胞转录组分析探讨了MIF在多发性骨髓瘤中对髓系来源抑制细胞（MDSCs）的影响	首次揭示了MIF在MDSCs中的表达差异及其与多发性骨髓瘤的关联	研究样本量有限，且仅基于GSE124310数据集进行分析	探索骨髓微环境中MIF与MDSCs之间的关系	多发性骨髓瘤患者和正常对照的骨髓样本	digital pathology	multiple myeloma	scRNA-seq, flow cytometry	NA	RNA-seq数据	GSE124310数据集中的MM和正常样本
3346	2025-01-20	Unlocking the potential of spatial transcriptomics with custom microfluidic chips 2025-Apr, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2771-9 PMID:39826037	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3347	2025-04-04	Dynamic Alterations in DNA Methylation of CD4+ T Cells and Macrophages in a Murine Model of Tuberculous Pleural Infection Induced by BCG Vaccination 2025-Apr, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70166 PMID:40170749	研究论文	本研究分析了BCG诱导的小鼠结核性胸膜炎模型中CD4+ T细胞和巨噬细胞的DNA甲基化和转录组数据，揭示了免疫细胞在结核性胸膜感染过程中的动态变化和调控特性	首次揭示了结核性胸膜感染过程中免疫细胞DNA甲基化的动态变化及其对Th1、Th17和Th22细胞分化的调控作用，并发现C1q在感染过程中的表达增加及其调控机制	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类结核性胸膜感染尚需进一步验证	探究结核性胸膜感染过程中免疫细胞的DNA甲基化动态变化及其调控机制	BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型中的CD4+ T细胞和巨噬细胞	免疫学	结核病	DNA甲基化分析、转录组测序、单细胞RNA测序	小鼠模型	DNA甲基化数据、转录组数据	BCG诱导的结核性胸膜炎小鼠模型在特定时间点（第0、1、7和14天）的胸膜灌洗液样本
3348	2025-04-04	Deciphering shared molecular dysregulation across Parkinson's disease variants using a multi-modal network-based data integration and analysis 2025-Mar-31, NPJ Parkinson's disease DOI:10.1038/s41531-025-00914-3 PMID:40164620	research paper	该研究通过整合多模态数据和构建知识图谱，探索帕金森病不同变异之间的共同分子失调机制	利用患者特异性中脑类器官的高通量成像和RNA测序数据构建知识图谱，并首次在特发性帕金森病患者中发现与单基因型帕金森病共同的转录组失调	研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全反映人体内复杂的病理生理过程	探索帕金森病不同变异形式之间的共同生物医学特征	携带LRRK2-G2019S、SNCA三倍体、GBA-N370S或MIRO1-R272Q突变的PD患者特异性中脑类器官，以及特发性PD患者(IPD)的中脑类器官	systems biomedicine	Parkinson's disease	high-content imaging, RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	knowledge graph	omics data, imaging data	多种基因突变的PD患者特异性中脑类器官和特发性PD患者类器官
3349	2025-04-04	Identification of drug-resistant individual cells within tumors by semi-supervised transfer learning from bulk to single-cell transcriptome 2025-Mar-31, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07959-3 PMID:40164749	研究论文	提出一种半监督少样本迁移学习方法SSDA4Drug，用于推断肿瘤中的耐药癌细胞	利用半监督对抗域适应从批量转录组数据向单细胞转录组数据迁移药物敏感性知识，显著提升单细胞药物反应预测性能	需要至少1-2个标记的目标域样本进行迁移学习	开发精确识别肿瘤内耐药单细胞的方法	肿瘤单细胞（肺癌细胞、前列腺癌细胞、口腔鳞状细胞癌细胞）	数字病理	肺癌、前列腺癌、口腔鳞状细胞癌	scRNA-seq	半监督对抗域适应模型	单细胞转录组数据、批量转录组数据	多个独立scRNA-seq数据集
3350	2025-04-04	The neutrophil extracellular trap-related gene FPR1 (formyl peptide receptor 1) as a potential prognostic and therapeutic target in osteosarcoma 2025-Mar-31, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-024-08231-1 PMID:40165145	研究论文	本研究探讨了中性粒细胞胞外陷阱（NET）相关基因FPR1在骨肉瘤（OS）中的预后意义和生物学功能	首次构建了包含四个NET相关基因（TNFRSF10C、FPR1、BST1和SELPLG）的NET评分模型，用于预测OS患者的预后，并在单细胞分辨率下验证了NET评分模型的作用	研究主要基于公共数据库和体外实验，缺乏体内实验验证	探究FPR1在骨肉瘤中的预后价值和生物学功能	骨肉瘤患者和骨肉瘤细胞系	癌症研究	骨肉瘤	LASSO算法、scRNA-seq、CCK-8实验、transwell实验	NET评分模型	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TARGET和GEO（GSE21257）数据库的骨肉瘤数据集，以及GSE162454单细胞RNA测序数据集
3351	2025-04-04	Enhancing anti-CD3 mAb-mediated diabetes remission in autoimmune diabetes through regulation of dynamin-related protein 1(Drp1)-mediated mitochondrial dynamics in exhausted CD8+T-cell subpopulations 2025-Mar-31, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-025-04001-5 PMID:40165248	研究论文	本研究探讨了通过调节线粒体动力学来增强抗CD3单抗在自身免疫性糖尿病中的治疗效果	发现了Lrrk2作为线粒体分裂的关键调节因子，通过磷酸化DRP1影响耗竭CD8+ T细胞亚群的相互转换，并提出了一种新的免疫治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探索增强抗CD3单抗在1型糖尿病治疗中效果的机制	耗竭CD8+ T细胞亚群	免疫治疗	1型糖尿病	流式细胞术、TCR测序、转录组分析、scRNA-seq	NOD小鼠模型、NY8.3小鼠模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NOD小鼠、NY8.3小鼠和1型糖尿病患者的PBMCs
3352	2025-04-04	Chromosome-level genome assembly and single-cell analysis unveil molecular mechanisms of arm regeneration in the ophiuroid Ophiura sarsii vadicola 2025-Mar-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03542-5 PMID:40165295	研究论文	本研究通过染色体水平基因组组装和单细胞分析揭示了蛇尾类动物Ophiura sarsii vadicola臂再生分子机制	首次报道了Ophiura sarsii vadicola染色体水平基因组，并利用单细胞RNA测序技术揭示了臂再生过程中的细胞动态变化和分子机制	仅针对Ophiura sarsii vadicola这一特定物种进行研究，结果可能不适用于其他蛇尾类动物	探究蛇尾类动物臂再生的分子机制	蛇尾类动物Ophiura sarsii vadicola	基因组学	NA	染色体水平基因组组装、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	NA
3353	2025-04-04	Dynamic single-cell transcriptomic reveals the cellular heterogeneity and a novel fibroblast subpopulation in laryngotracheal stenosis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00639-6 PMID:40165307	research paper	该研究通过动态单细胞转录组测序揭示了喉气管狭窄（LTS）发展过程中的细胞异质性，并发现了一种新的成纤维细胞亚群	首次对LTS进行动态scRNA-seq分析，发现了一种新的成纤维细胞亚群（CIRF），并阐明了SPP1高表达巨噬细胞在纤维化疾病中的重要性	研究仅基于大鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索喉气管狭窄（LTS）发展过程中的细胞异质性及其分子机制	LTS大鼠模型的喉气管组织	digital pathology	respiratory disease	scRNA-seq	NA	RNA-seq data	LTS大鼠模型的多时间点喉气管组织样本
3354	2025-04-04	Exploring the mechanisms of PANoptosis in osteoarthritis and the therapeutic potential of andrographolide through bioinformatics and single-cell analysis 2025-Mar-31, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00629-8 PMID:40165317	research paper	该研究通过生物信息学和单细胞分析探讨了PANoptosis在骨关节炎中的作用机制以及穿心莲内酯的治疗潜力	首次详细分析了PANoptosis相关基因在骨关节炎中的表达，并探索了穿心莲内酯作为治疗药物的潜力	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索PANoptosis在骨关节炎中的作用机制及潜在治疗药物	骨关节炎患者的软骨组织和软骨细胞	digital pathology	geriatric disease	单细胞RNA测序、分子对接、Western blotting、qRT-PCR	NA	RNA-seq数据、蛋白质数据	NA
3355	2025-04-04	A practical guide for single-cell transcriptome data analysis in neuroscience 2025-Mar-29, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2025.03.006 PMID:40164433	教程	本文为神经科学领域中的单细胞转录组数据分析提供实用指南	专注于神经科学中的scRNA-seq数据分析，提供从质量控制到差异表达分析的完整工作流程，并强调结果的生物学解释	主要基于Seurat R包进行分析，可能未涵盖其他分析工具或方法	提高神经科学中scRNA-seq研究的可靠性和可重复性，支持对细胞机制和脑功能及疾病的研究	单细胞RNA测序数据	生物信息学	神经系统疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
3356	2025-04-04	Determining composition and distribution of nicotinic acetylcholine receptors in mouse ventral tegmental area brain region with single-cell sequencing approach 2025-Mar-28, Nicotine & tobacco research : official journal of the Society for Research on Nicotine and Tobacco IF:3.0Q2 DOI:10.1093/ntr/ntaf075 PMID:40177951	研究论文	本研究通过单细胞测序方法确定了小鼠腹侧被盖区（VTA）脑区中尼古丁乙酰胆碱受体（nAChRs）的组成和分布	首次在单细胞水平上揭示了VTA区nAChR亚基的组成和分布，并预测了不同神经元中nAChR亚基的潜在组合	研究仅基于小鼠模型，结果是否适用于人类尚需验证	探究尼古丁乙酰胆碱受体在腹侧被盖区单细胞水平的分布和组成	C57BL/6小鼠的腹侧被盖区细胞	神经科学	NA	单细胞核测序, scFEA, hdWGCNA	NA	单细胞测序数据	6只小鼠的53,855个VTA细胞
3357	2025-04-04	LSD1 inhibition corrects dysregulated MHC-I and dendritic cells activation through IFNγ-CXCL9-CXCR3 axis to promote antitumor immunity in HNSCC 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.17.643710 PMID:40166238	研究论文	本研究探讨了LSD1抑制在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中通过IFNγ-CXCL9-CXCR3轴调节MHC-I和树突状细胞激活以促进抗肿瘤免疫的机制	发现LSD1抑制通过上调MHC-I和诱导树突状细胞产生CXCL9，进而通过CXCL9-CXCR3轴激活CD8+ T细胞产生IFNγ，揭示了LSD1在抗肿瘤免疫中的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人类临床试验中验证	阐明LSD1在HNSCC抗肿瘤免疫中的作用机制	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）小鼠模型和人类HNSCC细胞	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	流式细胞术、单细胞RNA-seq分析	小鼠HNSCC模型、人类HNSCC细胞与PBMCs共培养模型	基因表达数据、流式细胞数据	小鼠模型和人类PBMCs共培养实验
3358	2025-04-04	Revealing a coherent cell state landscape across single cell datasets with CONCORD 2025-Mar-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643146 PMID:40161827	研究论文	本文介绍了一种名为CONCORD的自监督对比学习框架，用于单细胞RNA测序数据的降维和整合	CONCORD通过概率性、数据集和邻域感知的采样策略，提高了细胞状态的分辨率并减少了批次效应	NA	解决单细胞RNA测序数据中细胞状态景观的复杂结构解析问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNAseq	对比学习框架	单细胞RNA测序数据	NA
3359	2025-04-04	Transcriptomic and genetic analysis suggests a role for mitochondrial dysregulation in schizophrenia 2025-Mar-15, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.03.14.25323827 PMID:40162239	研究论文	该研究通过整合遗传分析和单核RNA测序，揭示了精神分裂症中线粒体功能障碍等细胞类型特异性病因相关扰动	整合遗传分析与单核RNA测序技术，首次在精神分裂症中系统揭示了不同神经元亚型及胶质细胞的转录组变化与线粒体功能障碍的关联	样本量相对有限（43例患者和42例对照），且仅分析了背侧前额叶皮层（Brodmann Area 8/9）区域	阐明精神分裂症的细胞类型特异性分子机制	精神分裂症患者和神经典型对照的背侧前额叶皮层组织	神经科学	精神分裂症	单核RNA-seq（snRNA-seq）、表达数量性状位点分析（eQTL）、全转录组关联分析（TWAS）	NA	转录组数据	85例（43例精神分裂症患者和42例对照）的536,618个细胞核
3360	2025-04-04	Response to anti-angiogenic therapy is affected by AIMP protein family activity in glioblastoma and lower-grade gliomas 2025-Mar-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.13.643116 PMID:40161601	research paper	该研究探讨了AIMP蛋白家族在胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤中对抗血管生成治疗反应的影响	首次揭示了AIMP1/2/3在胶质瘤血管生成中的作用，并发现AIMP2可作为抗血管生成治疗反应的预测生物标志物	研究为回顾性分析，需要前瞻性临床试验验证AIMP2的预测价值	探索AIMP蛋白家族在胶质瘤血管生成中的作用及其作为抗血管生成治疗反应预测标志物的潜力	胶质母细胞瘤和低级别胶质瘤患者样本	digital pathology	glioblastoma	multi-omic分析（转录组学、表观遗传学、蛋白质组学）和单细胞转录组学	Cox比例风险模型	转录组数据、表观遗传数据、蛋白质组数据和单细胞转录组数据	来自TCGA、CGGA、Rembrandt、Gravendeel、BELOB和REGOMA试验的胶质瘤样本，以及四个单细胞转录组数据集