单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3341	2025-02-25	Cigarette smoke and biological age induce degenerative heterogeneity in retinal pigment epithelium 2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.27.635096 PMID:39974955	研究论文	本文研究了香烟烟雾如何通过表观遗传变化诱导视网膜色素上皮（RPE）细胞的退化异质性，并加速老化过程	研究发现香烟烟雾通过表观遗传变化诱导RPE细胞的退化异质性，这种变化与老化不同，并且老化使RPE对香烟烟雾的损害更加敏感	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨香烟烟雾如何通过表观遗传变化诱导RPE细胞的退化异质性，并加速老化过程	年轻和老年小鼠的视网膜色素上皮（RPE）细胞	生物医学	老年性黄斑变性（AMD）	snRNA-seq, snATAC-seq, scRNA-seq, TUNEL标记	NA	单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据	年轻和老年小鼠的RPE/脉络膜组织
3342	2025-02-25	Evaluation of T Cell Receptor Construction Methods from scRNA-Seq Data 2025-Jan-15, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae086 PMID:39666949	研究论文	本文评估了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据构建T细胞受体（TCR）的不同方法，并引入了一种新的模拟器YASIM-scTCR	引入了一种新的模拟器YASIM-scTCR，能够生成包含不同测序深度和读长的TCR衍生序列的scTCR-seq数据	测序深度对成功构建TCR具有关键限制	评估从scRNA-seq数据构建TCR的不同方法的性能	T细胞受体（TCR）	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	scRNA-seq数据	实验性单细胞免疫分析数据集
3343	2025-02-25	Ectopic expression of NKG7 enhances CAR-T function and improves the therapeutic efficacy in liquid and solid tumors 2024-Dec, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2024.107506 PMID:39551173	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据探索了肿瘤浸润T细胞的特征，发现NKG7的异位表达能显著增强CAR-T细胞的功能，并提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果	利用临床肿瘤样本的单细胞测序数据寻找增强CAR-T细胞功能的策略，并首次发现NKG7的异位表达能显著提高CAR-T细胞的治疗效果	缺乏治疗后的活检数据，尤其是在实体肿瘤中，限制了CAR-T细胞体内特性的理解	探索增强CAR-T细胞功能的策略，并提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果	消化系统癌症的肿瘤浸润T细胞（TILs）	生物医学	消化系统癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CAR-T细胞模型	RNA测序数据	19个临床样本
3344	2025-02-25	Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4 2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.08.574714 PMID:39131381	研究论文	本文研究了Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的病理过程	揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用，并发现Epsins通过增强OCT4活性和抑制KLF4来促进平滑肌细胞向有益细胞类型转化	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探索Epsins在平滑肌细胞重编程中的作用及其在冠状动脉疾病中的潜在治疗价值	平滑肌细胞	分子生物学	冠状动脉疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞
3345	2025-02-25	Gas6-Axl signal promotes indoor VOCs exposure-induced pulmonary fibrosis via pulmonary microvascular endothelial cells-fibroblasts cross-talk 2024-08-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.134786 PMID:38824778	研究论文	本研究探讨了室内挥发性有机化合物（VOCs）暴露通过肺微血管内皮细胞与成纤维细胞的相互作用促进肺纤维化的机制	揭示了VOCs暴露通过Gas6-Axl信号通路激活成纤维细胞的新机制，并发现Atf3基因在调控PANoptosis表型中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人体内的机制仍需进一步验证	阐明VOCs暴露诱导肺纤维化的潜在分子机制	小鼠模型及肺微血管内皮细胞与成纤维细胞	生物医学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
3346	2025-02-25	Engrailed transcription factors direct excitatory cerebellar neuron diversity and survival 2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.30.569445 PMID:38077070	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间表达分析，定义了小脑核内侧兴奋性神经元的分子亚域，并揭示了EN1/2在小脑兴奋性神经元谱系中的保守作用	首次定义了胚胎期小脑核内侧兴奋性神经元的分子多样性，并揭示了EN1/2在小脑兴奋性神经元分化与存活中的保守功能	研究主要聚焦于胚胎期，未涉及成年期的分子机制	研究小脑核内侧兴奋性神经元的分子多样性及其发育机制	小脑核内侧兴奋性神经元	神经科学	NA	scRNA-seq, 空间表达分析	NA	基因表达数据	胚胎期小脑核内侧兴奋性神经元
3347	2025-02-24	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data using machine learning identifies oxidative stress-related genes LUM and PCOLCE2 as potential biomarkers for heart failure 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140793 PMID:39929468	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，利用机器学习方法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因LUM和PCOLCE2作为潜在生物标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，应用多种机器学习算法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因，并验证了其在心力衰竭中的诊断潜力	需要进一步研究以验证其临床应用价值	探索氧化应激相关基因在心力衰竭中的作用，并识别潜在生物标志物	心力衰竭患者和小鼠模型	机器学习	心血管疾病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	AUCell, UCell, singscore, ssgsea, AddModuleScore, LASSO, XGBoost, Boruta, 随机森林, 梯度提升机, 决策树, 支持向量机递归特征消除	RNA测序数据	来自Gene Expression Omnibus的单细胞RNA测序数据集和心力衰竭患者样本
3348	2025-02-24	Tumor infiltration of inactive CD8 + T cells was associated with poor prognosis in Gastric Cancer 2025-Mar, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association IF:6.0Q1 DOI:10.1007/s10120-024-01577-4 PMID:39722065	研究论文	本研究探讨了胃癌复杂肿瘤免疫微环境中各种免疫细胞的功能，特别是CD8 + T细胞的浸润与预后的关系	通过单细胞RNA测序和免疫组化分析，揭示了CD8 + T细胞在胃癌中的活性状态及其与预后的关联	样本量相对较小（34例患者进行单细胞RNA测序），且仅分析了Epstein-Barr病毒阴性病例的TCR库	探讨胃癌肿瘤免疫微环境中CD8 + T细胞的功能及其对预后的影响	胃癌患者及其肿瘤组织中的CD8 + T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化	NA	RNA测序数据、免疫组化数据	34例胃癌患者的肿瘤和正常组织进行单细胞RNA测序，157例胃癌患者进行免疫组化分析
3349	2025-02-24	The molecular structure of SHISA5 protein and its novel role in primary biliary cholangitis: From single-cell RNA sequencing to biomarkers 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139775 PMID:39800023	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了原发性胆汁性胆管炎（PBC）患者和健康对照者的肝组织样本，揭示了SHISA5蛋白在PBC中的表达特征及其可能的生物学功能	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了SHISA5蛋白在PBC中的表达特征，并预测了其分子结构及可能的生物学功能	研究样本量未明确说明，且功能分析基于预测，需进一步实验验证	探究SHISA5蛋白在原发性胆汁性胆管炎（PBC）中的表达特征及其生物学功能	PBC患者和健康对照者的肝组织样本	数字病理学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明
3350	2025-02-24	Dectin-2 depletion alleviates osteoclast-induced bone loss in periodontitis via Syk/NOX2/ROS signaling 2025-Mar-01, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2025.01.011 PMID:39800085	研究论文	本研究探讨了Dectin-2在牙周炎中通过Syk/NOX2/ROS信号通路调控破骨细胞诱导的骨丢失的作用	首次揭示了Dectin-2在破骨细胞生成中的关键作用及其通过Syk/NOX2/ROS/MAPK信号轴调控的机制	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索Dectin-2在破骨细胞生成和骨丢失中的作用，为牙周炎等骨疾病提供新的治疗靶点	RAW264.7细胞、骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）和Dectin-2基因敲除小鼠	生物医学	牙周炎	单细胞测序、转录组分析	NA	基因表达数据	NA
3351	2025-02-24	YTHDF2-mediated m6A modification of ONECUT2 promotes stemness and oxaliplatin resistance in gastric cancer through transcriptionally activating TFPI 2025-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2024.101200 PMID:39823826	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序识别了胃癌中与奥沙利铂耐药相关的细胞亚群，并揭示了YTHDF2介导的m6A修饰通过转录激活TFPI促进胃癌干细胞特性和奥沙利铂耐药的分子机制	首次揭示了YTHDF2介导的m6A修饰通过调控ONECUT2影响胃癌干细胞特性和奥沙利铂耐药的分子机制，并验证了ONECUT2小分子抑制剂CSRM617的治疗潜力	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床患者中验证ONECUT2抑制剂的有效性	探究胃癌中奥沙利铂耐药的分子机制，寻找新的治疗靶点	胃癌细胞和小鼠模型	肿瘤生物学	胃癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及胃癌细胞和小鼠模型
3352	2025-02-24	Sciatic nerve stimulation enhances NK cell cytotoxicity through dopamine signaling and synergizes immunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy IF:15.8Q1 DOI:10.1016/j.drup.2025.101212 PMID:39951881	研究论文	本研究探讨了坐骨神经刺激对三阴性乳腺癌（TNBC）抗肿瘤免疫反应和免疫治疗效果的影响	揭示了坐骨神经刺激通过多巴胺信号通路增强NK细胞毒性，并与免疫治疗协同作用的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	研究坐骨神经刺激对TNBC抗肿瘤免疫反应和免疫治疗效果的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）小鼠模型	癌症免疫治疗	乳腺癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组织化学	小鼠模型	基因表达数据、免疫细胞数据	未明确提及具体样本数量
3353	2025-02-24	Spatiotemporal Transcriptomic Profiling Reveals the Dynamic Immunological Landscape of Alveolar Echinococcosis 2025-Feb-22, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405914 PMID:39985260	研究论文	本文通过整合bulk RNA-seq、scRNA-seq和空间转录组技术，揭示了宿主对多房棘球蚴的免疫反应机制，并构建了感染病灶的高分辨率空间图谱	首次结合多种转录组技术，从时空维度揭示多房棘球蚴感染过程中的宿主免疫反应机制，并发现中性粒细胞和巨噬细胞亚群在疾病进展中的关键作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中验证	研究多房棘球蚴感染过程中的宿主免疫反应机制	感染多房棘球蚴的小鼠肝脏样本	数字病理学	棘球蚴病	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 空间转录组技术	NA	RNA-seq数据	感染后多个时间点（最长15个月）的小鼠肝脏样本
3354	2025-02-24	Age-Dependent Clonal Expansion of Non-Sperm-Forming Spermatogonial Stem Cells in Mouse Testes 2025-Feb-22, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70019 PMID:39985763	研究论文	本文研究了老年小鼠睾丸中非精子形成型精原干细胞（SSCs）的克隆扩展行为及其对精子生成的影响	揭示了老年小鼠睾丸中非精子形成型SSCs的克隆扩展现象，并发现这些克隆在老年小鼠中占据生态位空间，可能影响精子生成和遗传多样性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的相关研究	探讨生理老化对睾丸开放生态位中精原干细胞克隆命运行为的影响	老年小鼠睾丸中的精原干细胞	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序、谱系追踪、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	老年小鼠睾丸样本
3355	2025-02-24	Therapeutic implications of endoplasmic reticulum stress gene CCL3 in cervical squamous cell carcinoma 2025-Feb-20, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-024-09949-3 PMID:39976849	研究论文	本研究探讨了宫颈鳞状细胞癌（CESC）中内质网应激（ERS）相关基因的表达，识别了两种分子亚型P1和P2，并基于这些亚型构建了精确的预后模型	通过识别新的分子亚型和构建预后模型，发现了CCL3基因在CESC治疗中的潜在作用，特别是在CD8+ T细胞中的表达差异	研究主要依赖于TCGA和GSE数据集，可能受到数据来源的限制，且动物模型的结果需要进一步临床验证	探讨CESC中ERS相关基因的表达及其对预后的影响，寻找新的治疗靶点	宫颈鳞状细胞癌（CESC）患者和健康个体的CD8+ T细胞	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, Lasso Cox回归分析	预后模型	基因表达数据	TCGA和GSE数据集中的CESC患者样本
3356	2025-02-24	Corticosteroid premedication on anti-tumor effect of immune checkpoint blockade in murine hepatocellular carcinoma models 2025-Feb-20, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009704 PMID:39979068	研究论文	本研究探讨了皮质类固醇预用药是否会影响双重免疫检查点阻断（dICB）在肝细胞癌（HCC）模型中的抗肿瘤效果	首次在HCC模型中系统评估了不同剂量皮质类固醇预用药对dICB抗肿瘤效果的影响，并利用单细胞RNA测序技术深入分析了T细胞亚群的变化	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	评估皮质类固醇预用药对dICB治疗HCC抗肿瘤效果的影响	小鼠肝细胞癌模型	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	两种小鼠HCC模型（原位BNL 1MEA.7R.1和皮下Hepa1-6）
3357	2025-02-24	STANCE: a unified statistical model to detect cell-type-specific spatially variable genes in spatial transcriptomics 2025-Feb-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57117-w PMID:39979358	研究论文	本文提出了一种名为STANCE的统一统计模型，用于在空间转录组学中检测细胞类型特异性空间可变基因（ctSVGs）	STANCE模型在线性混合效应模型框架下整合了基因表达、空间位置和细胞类型组成信息，确保了组织旋转不变的结果，并通过两阶段方法进行初始SVG/ctSVG检测和ctSVG特异性测试	NA	检测空间转录组学中的细胞类型特异性空间可变基因（ctSVGs）	空间转录组学数据	空间转录组学	NA	空间转录组学	线性混合效应模型	基因表达数据、空间位置数据、细胞类型组成数据	公共数据集
3358	2025-02-24	A novel HVEM-Fc recombinant protein for lung cancer immunotherapy 2025-Feb-20, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03324-8 PMID:39979981	研究论文	本文研究了一种新型HVEM-Fc重组蛋白在肺癌免疫治疗中的应用	HVEM-Fc是一种新型重组融合蛋白，具有激活和抑制免疫反应的双重功能，首次在肺癌模型中展示了其抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行大规模临床试验	评估HVEM-Fc在肺癌免疫治疗中的抗肿瘤效果及其机制	C57BL/6小鼠肺癌模型、KP原位小鼠肺癌模型、患者来源的类器官	免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、批量RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据、流式细胞数据	C57BL/6小鼠模型、KP原位小鼠肺癌模型、患者来源的类器官
3359	2025-02-24	Spatial transcriptomics in autoimmune rheumatic disease: potential clinical applications and perspectives 2025-Feb-20, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00369-2 PMID:39980019	综述	本文综述了空间转录组学技术的发展及其在自身免疫性风湿病中的潜在临床应用	空间转录组学技术结合高plex RNA测序与空间数据，提供了单细胞水平的精确空间评估，增强了对疾病过程中细胞相互作用的理解	NA	探讨空间转录组学在自身免疫性风湿病中的临床应用潜力	自身免疫性风湿病，如类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮和干燥综合征	数字病理学	风湿病	空间转录组学，原位杂交，原位测序，原位空间条形码，显微切割方法	NA	基因表达数据	NA
3360	2025-02-24	Comprehensive analysis of long non-coding RNA and mRNA expression patterns during seminiferous tubules maturation in Guanzhong dairy goats 2025-Feb-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11320-7 PMID:39966702	研究论文	本研究通过测序和分析关中奶山羊精曲小管在两个发育阶段（45天未成熟和240天成熟）的长链非编码RNA（lncRNA）和mRNA表达模式，揭示了这些分子在精曲小管成熟过程中的关键作用	首次在关中奶山羊中系统地分析了精曲小管在不同发育阶段的lncRNA和mRNA表达模式，并构建了lncRNA-mRNA相互作用网络，为精曲小管发育和精子发生提供了新的见解	研究仅关注了关中奶山羊的两个发育阶段，未涵盖更广泛的发育时间点或不同品种的奶山羊	研究关中奶山羊精曲小管在不同发育阶段的lncRNA和mRNA表达模式及其在精子发生中的作用	关中奶山羊的精曲小管	转录组学	NA	RNA测序	NA	RNA序列数据	两个发育阶段的关中奶山羊精曲小管样本（45天未成熟和240天成熟）