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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3321 | 2025-10-06 |
Multi-omics integration reveals the oncogenic role of eccDNAs in diffuse large B-cell lymphoma through STING signalling
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1815
PMID:39183480
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析揭示了DNA损伤诱导的eccDNAs通过cGAS非依赖性方式激活STING信号通路在弥漫大B细胞淋巴瘤中的致癌作用 | 首次报道eccDNAs在DLBCL中的表达谱及其致癌功能,发现DNA损伤诱导的eccDNAs通过cGAS非依赖性方式激活STING信号通路的新机制 | 未明确说明样本数量和研究人群特征,缺乏临床转化验证数据 | 探究eccDNAs在弥漫大B细胞淋巴瘤中的表达特征、功能机制及治疗意义 | 弥漫大B细胞淋巴瘤细胞、动物模型、GEO数据库 | 多组学整合分析 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 环状DNA测序,原子力显微镜,CCK-8,单细胞RNA测序,化疗药物处理 | 动物模型 | 基因组数据,转录组数据,显微镜图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,环状DNA测序 | NA | NA |
3322 | 2025-10-06 |
Gene Regulatory Programs that Specify Age-Related Differences during Thymocyte Development
2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.14.599011
PMID:38948840
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研究论文 | 本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育的转录和表观遗传图谱,揭示了年龄相关差异的基因调控程序 | 首次系统揭示胸腺细胞发育中年龄相关的转录和表观遗传差异,并利用CRISPR扰动结合单细胞RNA测序发现保守的转录调控因子 | 研究仅限于小鼠模型,人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明T细胞发育过程中年龄相关差异的基因调控机制 | 新生和成年小鼠的胸腺细胞 | 单细胞基因组学 | 免疫系统发育 | 单细胞RNA测序, CRISPR扰动, 表观遗传分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | 新生和成年小鼠胸腺细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3323 | 2025-10-06 |
High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation
2024-Apr, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01815-7
PMID:37291427
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研究论文 | 介绍了一种通过程序化cDNA串联实现高通量RNA异构体测序的新方法MAS-ISO-seq | 通过程序化串联cDNA分子,将长读长测序通量提高15倍以上,单次运行可获得近4000万条cDNA读长 | NA | 开发高通量全长RNA异构体测序技术 | 肿瘤浸润T细胞的转录组 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,长读长测序 | NA | RNA序列数据 | NA | PacBio | 长读长测序,单细胞RNA测序 | Sequel IIe | PacBio Sequel IIe测序仪 |
3324 | 2025-10-06 |
CROPseq-multi: a versatile solution for multiplexed perturbation and decoding in pooled CRISPR screens
2024-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585235
PMID:38558968
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研究论文 | 开发了一种用于多重CRISPR筛选的多功能解决方案CROPseq-multi | 开发了兼容mRNA嵌入条形码的多重扰动系统,改进了条形码检测效率并提高了解码效率 | NA | 开发适用于多种SpCas9基因筛选方法的多重扰动解决方案 | 基因筛选系统 | 基因工程 | NA | CRISPR筛选,单细胞测序,显微镜技术 | NA | 基因表达数据,条形码数据 | NA | NA | 单细胞测序,光学池筛选 | NA | NA |
3325 | 2025-10-06 |
Characterization of mismatch-repair/microsatellite instability-discordant endometrial cancers
2024-02-01, Cancer
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/cncr.35030
PMID:37751191
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研究论文 | 本研究评估了子宫内膜癌中错配修复/微卫星不稳定性检测结果不一致的情况及其临床意义 | 首次系统描述了MMR/MSI检测结果不一致的子宫内膜癌特征,发现亚克隆/异质性MMR表达与高复发率和肿瘤侵袭性相关 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 评估子宫内膜癌中MMR/MSI检测一致性及相关因素 | 666例子宫内膜癌患者样本 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 免疫组织化学, 微卫星不稳定性检测, MLH1甲基化分析, 全转录组分析, 二代测序 | NA | 组织样本, 基因表达数据, 甲基化数据 | 666例子宫内膜癌样本 | NA | 数字空间转录组学, 二代测序 | NA | NA |
3326 | 2025-10-06 |
A Network Medical Framework based on Inflammatory Genes to Identify Drug Candidates for Abdominal Aortic Aneurysms
2024, Current molecular pharmacology
IF:2.4Q3
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研究论文 | 本研究基于炎症基因构建网络医学框架,识别腹主动脉瘤的潜在药物候选物 | 整合单细胞RNA测序、RNA测序和网络医学数据,开发基于网络的邻近性测量方法识别靶向SLC2A3的潜在药物 | 研究主要依赖计算模拟,缺乏实验验证 | 识别腹主动脉瘤的关键靶点和潜在治疗药物化合物 | 腹主动脉瘤和非动脉瘤对照样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,RNA测序,药物-靶点相互作用分析,蛋白质-蛋白质相互作用分析,分子动力学模拟 | 网络医学框架 | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,药物靶点数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
3327 | 2025-10-06 |
Integration of whole transcriptome spatial profiling with protein markers
2023-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01536-3
PMID:36593397
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研究论文 | 开发了一种名为SPOTS的高通量空间转录组和蛋白质组同步分析技术 | 首次实现了空间转录组和蛋白质组的实验性整合,显著提高了信号分辨率和细胞聚类能力 | NA | 开发能够同时分析空间转录组和蛋白质组的技术方法 | 组织区域中的基因表达和蛋白质分布 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序, 蛋白质组分析 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | SPOTS | Spatial PrOtein and Transcriptome Sequencing (SPOTS) 高通量同步空间转录组和蛋白质分析平台 |
3328 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype
2023-06, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008
PMID:36931600
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类鼻黏膜IgE抗体分泌细胞,揭示其新近形成的表型特征 | 首次在过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中发现IgE抗体分泌细胞具有早期新生浆细胞表型特征 | 样本量较小(n=3),仅针对鼻息肉组织进行研究 | 探究过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻黏膜中IgE抗体分泌细胞的表型和功能特征 | 过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉组织 | 单细胞组学 | 过敏性真菌性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序,Ig基因谱系分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例患者鼻息肉样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3329 | 2025-10-06 |
T cell characteristics associated with toxicity to immune checkpoint blockade in patients with melanoma
2022-02, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01623-z
PMID:35027754
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研究论文 | 本研究通过多组学技术分析黑色素瘤患者外周血样本,发现与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征 | 首次发现循环中活化的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性这两个治疗前因素与严重免疫相关不良事件的发生相关 | 样本量相对有限(共3个队列,n=27、26和18),需要更大规模研究验证 | 探索与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征 | 接受抗PD-1单药或抗PD-1联合抗CTLA-4治疗的黑色素瘤患者 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 飞行时间质谱流式细胞术,单细胞RNA测序,单细胞V(D)J测序,bulk RNA测序,bulk TCR测序 | NA | 单细胞测序数据,质谱流式数据,RNA测序数据 | 93份治疗前和早期治疗血液样本,3个患者队列(n=27、26和18) | NA | 单细胞RNA测序,单细胞V(D)J测序,bulk RNA测序,bulk TCR测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
3330 | 2025-10-06 |
POSTN is exclusively activated in cancer-associated fibroblasts and leads to unfavorable prognosis of patients with gastric cancer
2025-Sep, Molecular and clinical oncology
IF:1.4Q4
DOI:10.3892/mco.2025.2877
PMID:40692747
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研究论文 | 本研究通过分析胃癌肿瘤微环境,发现POSTN在癌症相关成纤维细胞中特异性激活并与不良预后相关 | 首次揭示POSTN在胃癌CAFs中特异性高表达,并受YAP1/TEAD1共转录因子直接调控 | 研究主要基于公共数据库和免疫组化数据,需要进一步实验验证机制 | 探索胃癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的分子标志物及其在耐药性中的作用 | 胃癌患者肿瘤样本和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据,组织染色图像 | 内部队列胃癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3331 | 2025-10-06 |
Rethinking eco-evo studies of gene expression for non-model organisms in the genomic era
2025-Aug, Molecular ecology
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/mec.17378
PMID:38721834
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综述 | 探讨基因组时代新技术对非模式生物基因表达研究的潜在影响 | 提出将长读长测序和单细胞RNA测序技术整合应用于生态基因组学研究的新视角 | NA | 评估新兴基因组技术对非模式生物基因表达研究的推动作用 | 非模式生物的基因表达研究 | 生态基因组学 | NA | 长读长测序, 单细胞RNA测序, 传统RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
3332 | 2025-10-06 |
NFATc1 Fosters Allergic Contact Dermatitis Responses by Enhancing the Induction of IL-17-Producing CD8 Cells
2025-Aug, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.11.014
PMID:39733935
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研究论文 | 本研究揭示NFATc1通过促进CD8+T细胞向Tc17细胞分化来增强过敏性接触性皮炎反应 | 首次发现NFATc1通过调控CD8+T细胞分化命运,促进Tc17细胞生成并加重过敏性接触性皮炎 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究NFATc1在过敏性接触性皮炎发病机制中的作用 | 小鼠CD8+T细胞和过敏性接触性皮炎模型 | 免疫学 | 过敏性接触性皮炎 | 单细胞RNA测序,细胞极化实验,过继转移实验 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 野生型和Nfatc1条件性敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3333 | 2025-10-06 |
Long-Term High-Fat Diet Affected Bone Marrow Microenvironment During Aging at Single-Cell Resolution
2025-Aug, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70276
PMID:40692664
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示长期高脂饮食对衰老过程中骨髓微环境的影响 | 首次在单细胞分辨率下系统阐明长期高脂饮食通过骨髓微环境加速衰老的机制,发现骨髓巨噬细胞中Chil3和Fabp4上调及Ptn-Sdc3、Cxcl12-Cxcr4轴等新型信号通路 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究长期高脂饮食如何通过影响骨髓微环境加速衰老过程 | 长期高脂饮食喂养的衰老小鼠模型及其骨髓细胞 | 单细胞组学 | 骨质疏松 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | LHA小鼠模型的骨髓细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3334 | 2025-10-06 |
Generation of Porcine Blastoids from Embryonic Stem Cells
2025-Jul-25, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2025_651
PMID:40705202
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研究论文 | 本研究开发了一种从猪胚胎干细胞生成类囊胚结构的方法 | 建立了首个猪胚胎干细胞来源的类囊胚三维两步分化策略 | NA | 开发大动物胚胎发育研究模型以加速育种进程 | 猪胚胎干细胞和类囊胚结构 | 发育生物学 | NA | 三维分化策略、单细胞转录组分析 | NA | 形态学数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3335 | 2025-10-06 |
Prognostic significance of somatic mutations in myeloid cells of men with chronic heart failure - interaction between loss of Y chromosome and clonal haematopoiesis
2025-Jul-24, European journal of heart failure
IF:16.9Q1
DOI:10.1002/ejhf.3778
PMID:40702883
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研究论文 | 本研究探讨了男性慢性心力衰竭患者中Y染色体缺失和克隆性造血相关体细胞突变的预后意义 | 首次揭示了Y染色体缺失与DNMT3A/TET2突变在慢性心力衰竭中的协同作用及其对单核细胞促纤维化信号通路的影响 | 研究仅针对男性患者,样本量相对有限,需要更大规模的研究验证 | 评估Y染色体缺失和克隆性造血突变在慢性心力衰竭患者中的预后价值 | 781名男性慢性心力衰竭患者 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因突变分析 | 预后分析模型 | 基因组数据,临床数据 | 781名男性慢性心力衰竭患者,包含验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3336 | 2025-10-06 |
Enhancing and accelerating cell type deconvolution of large-scale spatial transcriptomics slices with dual network model
2025-Jul-24, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf419
PMID:40704686
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研究论文 | 提出一种基于双网络模型的快速细胞类型反卷积算法jMF2D,用于增强大规模空间转录组切片的细胞类型解析 | 通过联合学习细胞类型相似性网络来桥接scRNA-seq和空间转录组数据,提高细胞类型特征的准确性,同时节省约90%的运行时间 | NA | 开发快速准确的细胞类型反卷积算法以分析空间转录组数据 | 空间转录组切片中的细胞类型分布 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 非负矩阵分解,网络模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
3337 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA Sequencing of Murine Limbal Epithelia Reveals Gas1 as a Novel Stem/Progenitor Cell Marker for the Corneal Epithelium
2025-Jul-24, Cornea
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/ICO.0000000000003938
PMID:40704715
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术鉴定小鼠角膜缘上皮中Gas1作为角膜上皮干细胞/祖细胞的新型标志物 | 首次发现Gas1可作为角膜缘上皮干细胞的特异性表面标志物,为干细胞分离和富集提供新工具 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人类样本中验证 | 鉴定角膜缘上皮干细胞的特异性标志物 | 小鼠角膜缘上皮细胞 | 单细胞测序 | 角膜疾病 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫荧光, PCR | NA | 单细胞转录组数据 | 5-60周龄小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | SmartSeq-2 | SmartSeq-2单细胞转录组测序技术 |
3338 | 2025-10-06 |
Identification of shared pathogenetic mechanisms between endometriosis and RSA based on comprehensive bioinformatics analysis
2025-Jul-24, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03596-1
PMID:40705269
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研究论文 | 通过生物信息学分析识别子宫内膜异位症和复发性流产之间的共同分子机制和关键基因FXYD1 | 首次发现FXYD1作为连接子宫内膜异位症和复发性流产的关键分子,通过单细胞RNA测序验证其在基质细胞和蜕膜细胞中的表达 | 研究主要基于公共数据库分析,需要进一步实验验证机制 | 探索子宫内膜异位症和复发性流产之间的共同分子机制 | 子宫内膜异位症和复发性流产患者样本 | 生物信息学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, ROC分析 | WGCNA | 基因表达数据 | 来自GSE7305和GSE165004数据集的样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA-seq | NA | NA |
3339 | 2025-10-06 |
Decellularized small intestinal hydrogel-encapsulated BMSCs attenuate dextran sulfate sodium-induced colitis in mice via immunomodulation and tissue repair
2025-Jul-23, Journal of materials chemistry. B
DOI:10.1039/d5tb00706b
PMID:40566954
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研究论文 | 本研究开发了一种脱细胞小肠水凝胶递送系统,用于包裹大鼠骨髓间充质干细胞,通过免疫调节和组织修复缓解小鼠结肠炎 | 首次将脱细胞小肠水凝胶与骨髓间充质干细胞结合,通过直肠靶向给药治疗结肠炎,展现出优于传统PLGA-PEG-PLGA水凝胶的生物活性和治疗效果 | 需要进一步研究水凝胶与干细胞的相互作用机制,优化给药方案,并通过单细胞RNA测序阐明免疫调节机制 | 开发有效的炎症性肠病治疗策略 | 小鼠结肠炎模型和大鼠骨髓间充质干细胞 | 组织工程与再生医学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3340 | 2025-10-06 |
LineGRN: a line graph neural network for gene regulatory network inference
2025-Jul-23, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3591840
PMID:40699953
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研究论文 | 提出一种基于线图神经网络的新框架LineGRN,用于从单细胞RNA测序数据推断基因调控网络 | 通过线图转换构建高节点度主导的局部网络拓扑,更有效地捕捉基因对之间的关联模式并提升信息传播效率 | 未明确说明模型在处理超大规模基因网络时的计算效率问题 | 开发更准确的基因调控网络推断方法 | 基因调控网络中的转录因子与靶基因相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 线图神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |