单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 3321 - 3340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3321 | 2025-02-25 |
Single Cell Deletion of the Transcription Factors Trps1 and Sox9 in Astrocytes Reveals Novel Functions in the Adult Cerebral Cortex
2025-Apr, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24645
PMID:39610085
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研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9技术删除成年大脑皮层中的转录因子Trps1和Sox9，揭示了它们在星形胶质细胞中的新功能 | 首次在成年大脑皮层中通过单细胞和空间转录组学技术揭示了Trps1和Sox9在星形胶质细胞中的特异性功能及其对周围细胞的非细胞自主效应 | 研究仅限于成年大脑皮层的星形胶质细胞，未涉及其他脑区或发育阶段 | 探索转录因子Trps1和Sox9在成年大脑皮层星形胶质细胞中的功能及其异质性 | 成年大脑皮层的星形胶质细胞 | 神经科学 | NA | CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3322 | 2025-02-25 |
Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung
2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00261.2024
PMID:39832482
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研究论文 | 本研究探讨了臭氧暴露对健康老龄小鼠和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响 | 通过空间转录组学揭示了老龄小鼠肺部炎症和细胞外基质组织信号的年龄依赖性变化，并强调了在风险人群中模拟环境暴露的重要性 | 研究未明确环境压力和遗传突变在联合作用下的影响 | 理解臭氧暴露对老龄和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响 | 年轻（8-14周龄）、中年（44-52周龄）和老年（>80周龄）小鼠 | 呼吸病理学 | 呼吸系统疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄组的小鼠 |
| 3323 | 2025-02-25 |
Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration
2025-Feb-24, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70028
PMID:39989140
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研究论文 | 本文通过多组学整合分析，提出了一种新的CHI3L1相关血管表型分类，用于定义胶质瘤微环境，并探讨了这些表型的生物学特征、基因组改变、治疗脆弱性和免疫特征 | 提出了基于CHI3L1相关血管特征的血管相关风险评分（VR评分），并通过无监督共识聚类将胶质瘤分为三种不同的血管表型，揭示了CHI3L1相关血管表型在胶质瘤免疫景观中的重要作用 | 研究主要基于多组学数据，仍需进一步实验验证这些表型在临床中的实际应用效果 | 探讨CHI3L1信号通路在胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用，并优化治疗策略以改善患者预后 | 胶质瘤 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 多组学整合分析、单细胞RNA测序、机器学习算法 | 无监督共识聚类 | 转录组、基因组、数字病理、临床数据 | 多个数据集中的胶质瘤样本 |
| 3324 | 2025-02-25 |
Presence of tertiary lymphoid structures and exhausted tissue-resident T cells determines clinical response to PD-1 blockade in renal cell carcinoma
2025-Feb-24, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0991
PMID:39992403
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研究论文 | 本文通过转录组分析研究了肾细胞癌（RCC）患者对PD-1单药治疗的响应机制，发现三级淋巴结构（TLS）和耗竭的组织驻留T细胞在临床响应中的关键作用 | 首次通过单细胞转录组学和外部队列验证，识别出与不良临床结果相关的耗竭CD8+ T细胞群体，并整合这些发现提出新的治疗靶点 | 研究样本量相对较小（102例患者），且仅针对肾细胞癌，可能限制了结果的普适性 | 探讨肾细胞癌患者对PD-1单药治疗的响应机制，寻找克服抗PD-1单药治疗耐药性的潜在治疗靶点 | 102例肾细胞癌患者的生物样本 | 肿瘤免疫学 | 肾细胞癌 | 转录组分析、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 102例肾细胞癌患者 |
| 3325 | 2025-02-25 |
Intratumoral Fusobacterium nucleatum Recruits Tumor-Associated Neutrophils to Promote Gastric Cancer Progression and Immune Evasion
2025-Feb-24, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2580
PMID:39992708
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研究论文 | 本文研究了肿瘤内微生物群对胃癌（GC）恶性进展过程中肿瘤免疫微环境（TIME）的影响，特别是Fusobacterium nucleatum（F. nucleatum）的作用 | 揭示了F. nucleatum通过招募肿瘤相关中性粒细胞（TANs）重塑肿瘤免疫微环境，并激活IL-17/NF-κB/RelB信号通路，促进GC免疫逃逸的机制 | 研究主要基于小鼠模型和人类GC组织样本，尚未在更大规模的人类临床试验中验证 | 探讨肿瘤内微生物群对胃癌进展和免疫逃逸的影响，以改进治疗方法 | 胃癌组织和Fusobacterium nucleatum感染的小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 16S rRNA扩增子测序，单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 基因表达数据，组织样本 | 人类GC组织样本和小鼠模型 |
| 3326 | 2025-02-25 |
Single cell multiome analysis of the bovine placenta identifies gene regulatory networks in trophoblast differentiation†
2025-Feb-23, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf036
PMID:39987557
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研究论文 | 本文通过单细胞多组学分析，研究了牛胎盘中的基因调控网络，特别是滋养层细胞分化过程中的分子机制 | 首次在牛胎盘中使用10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）分析染色质可及性景观，揭示了滋养层细胞分化中的转录因子结合位点和候选基因调控网络 | 研究仅针对牛胎盘，结果可能不直接适用于其他物种 | 研究牛胎盘发育和滋养层细胞分化的分子机制，以理解牛妊娠失败的机制 | 牛胎盘中的细胞群体，包括滋养层细胞、间充质细胞、内皮细胞、免疫细胞和上皮细胞 | 单细胞组学 | 妊娠失败 | 10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq） | NA | 单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据 | 发育中（第40天）和成熟（第170天）的牛胎盘样本 |
| 3327 | 2025-02-25 |
A Case-Driven Multi-Omics Analysis for Longitudinal Ibrutinib Response Evaluation of Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia
2025-Feb-23, European journal of haematology
IF:2.3Q2
DOI:10.1111/ejh.14397
PMID:39988467
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研究论文 | 本文通过多组学方法分析了慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者在接受伊布替尼治疗期间的分子和临床动态变化 | 利用单细胞转录组学等多组学方法，首次建立了伊布替尼治疗反应的纵向多组学分析框架 | 研究仅涉及两名患者，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探索CLL患者在接受伊布替尼治疗期间的分子水平变化，特别是克隆惯性的分子基础 | 两名在接受伊布替尼单药治疗期间外周血中仍存在CLL细胞的患者 | 数字病理学 | 慢性淋巴细胞白血病 | 单细胞转录组学 | NA | DNA和RNA数据 | 两名患者的血液样本 |
| 3328 | 2025-02-25 |
FOXO regulation of TXNIP induces ferroptosis in satellite cells by inhibiting glutathione metabolism, promoting Sarcopenia
2025-Feb-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-025-05592-1
PMID:39982519
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和公共转录组数据库比较年轻和老年小鼠的骨骼肌，揭示了衰老相关肌肉减少症的分子机制 | 发现了FOXO1通过调控TXNIP抑制谷胱甘肽代谢，导致卫星细胞铁死亡，进而引发肌肉减少症的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨衰老相关肌肉减少症的分子机制 | 年轻和老年小鼠的骨骼肌 | 分子生物学 | 老年病 | 单细胞测序，转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 年轻和老年小鼠的骨骼肌样本 |
| 3329 | 2025-02-25 |
Systematic inference of super-resolution cell spatial profiles from histology images
2025-Feb-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57072-6
PMID:39984438
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研究论文 | 本文介绍了一种名为HistoCell的弱监督深度学习方法，用于从组织学图像中直接推断出超分辨率的细胞空间分布，包括细胞类型、细胞状态及其空间网络 | HistoCell方法在仅使用组织学图像的情况下，能够实现细胞类型/状态预测的最先进性能，并显著提高空间转录组数据的去卷积精度，从而准确注释细微的癌症组织结构 | NA | 开发一种从组织学图像中推断细胞空间分布的方法，以支持癌症诊断和治疗 | 组织学图像中的细胞空间分布 | 数字病理学 | 癌症 | 深度学习 | NA | 图像 | 多种癌症组织 |
| 3330 | 2025-02-25 |
Bioinformatics analysis reveals key mechanisms of oligodendrocytes and oligodendrocyte precursor cells regulation in spinal cord Injury
2025-Feb-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90489-z
PMID:39984610
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研究论文 | 本文通过单细胞测序和微阵列数据分析，揭示了脊髓损伤中少突胶质细胞及其前体细胞调控的关键机制，并提出了新的分类模型 | 提出了基于少突胶质细胞及其前体细胞分化相关基因表达的新型脊髓损伤分类模型，并推测增强这些细胞的分化和抑制炎症浸润可能改善预后 | 研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，需要进一步的大规模临床验证 | 研究脊髓损伤中少突胶质细胞及其前体细胞的调控机制，以改善预后 | 小鼠和人类的脊髓损伤样本 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | 单细胞测序（scRNA-seq）和微阵列数据分析 | 基于基因表达的分类模型 | 基因表达数据 | 59,558个细胞来自39个小鼠样本，164个脊髓损伤样本和3个未受伤样本的微阵列数据，以及38名脊髓损伤患者、10名健康对照和10名创伤对照的临床数据 |
| 3331 | 2025-02-25 |
Predicting immunotherapy prognosis and targeted therapy sensitivity of colon cancer based on a CAF-related molecular signature
2025-Feb-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90899-z
PMID:39984646
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研究论文 | 本文通过分析癌症相关成纤维细胞（CAFs）在结肠癌中的浸润相关基因，构建了一个CAF分子特征（CAFscore），用于预测免疫治疗预后和靶向治疗敏感性 | 首次通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和LASSO回归分析构建了CAF分子特征（CAFscore），并揭示了其在结肠癌预后和治疗反应中的关键作用 | 研究主要基于TCGA和GSE39582队列的数据，可能需要更多独立队列验证 | 研究CAFs在结肠癌中的浸润及其对预后和治疗反应的影响 | 结肠癌患者 | 数字病理学 | 结肠癌 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 基因表达数据 | TCGA和GSE39582队列的数据 |
| 3332 | 2025-02-25 |
Integrating transcriptomics and scPagwas analysis predicts naïve CD4 T cell-related gene DRAM2 as a potential biomarker and therapeutic target for colorectal cancer
2025-Feb-21, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13731-x
PMID:39984869
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学和scPagwas分析，预测了与幼稚CD4 T细胞相关的基因DRAM2作为结直肠癌的潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次结合单细胞转录组学和scPagwas算法，揭示了DRAM2基因在结直肠癌进展中的关键作用，并验证了其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于转录组数据分析，实验验证部分仍需进一步扩展 | 探索结直肠癌与幼稚CD4 T细胞的关系，识别生物标志物和治疗靶点 | 结直肠癌患者和幼稚CD4 T细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学, scPagwas算法, 加权基因共表达网络分析, SMR算法 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3333 | 2025-02-25 |
Analysis of thyroid carcinoma composition and spatial architecture in the progression of dedifferentiation, lymphatic metastasis, and gastric metastasis
2025-Feb-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06252-5
PMID:39984992
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术探索了甲状腺癌（TC）及其胃肠道转移细胞的空间分布特征 | 揭示了肿瘤特异性髓系细胞与TC去分化及不良预后的相关性，并验证了其与CD44+组织干细胞的紧密定位 | 胃肠道转移在甲状腺癌患者中较为罕见，其潜在机制仍不明确 | 探索甲状腺癌及其胃肠道转移细胞的空间分布特征 | 甲状腺癌（包括乳头状甲状腺癌PTC、未分化甲状腺癌ATC）及其相关淋巴转移（ATC-LM）和胃转移（ATC-GM） | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 包括PTC、ATC、ATC-LM和ATC-GM的组织样本 |
| 3334 | 2025-02-25 |
Human spindle-shaped urine-derived stem cell exosomes alleviate severe fatty liver ischemia-reperfusion injury by inhibiting ferroptosis via GPX4
2025-Feb-21, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04202-y
PMID:39985001
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研究论文 | 本研究探讨了尿液来源的干细胞（USCs）不同亚群的异质性，以寻找最适合治疗严重脂肪肝缺血再灌注损伤（IRI）的细胞亚型 | 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，首次发现梭形尿液来源的干细胞（SS-USCs）具有强大的组织修复和抗氧化能力，并通过其外泌体中的GPX4蛋白显著抑制铁死亡，从而缓解严重脂肪肝IRI | 研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探索最适合治疗严重脂肪肝缺血再灌注损伤的尿液来源干细胞亚型 | 梭形尿液来源的干细胞（SS-USCs）和米形尿液来源的干细胞（RS-USCs） | 细胞生物学 | 脂肪肝 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（Bulk RNA-seq）、质谱分析 | 大鼠脂肪肝移植模型、小鼠脂肪肝IRI模型、脂肪肝细胞缺氧-复氧模型 | RNA测序数据、蛋白质组数据 | 多种动物模型和细胞模型 |
| 3335 | 2025-02-25 |
Clonal Heterogeneity in Human Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Its Impact on Tumor Progression
2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637729
PMID:39990481
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，分析了人类胰腺导管腺癌（PDAC）的克隆异质性及其对肿瘤进展的影响 | 揭示了PDAC肿瘤内显著的克隆异质性，挑战了传统的基底型和经典型二元分类，支持了由克隆进化和空间组织影响的转录连续体 | 研究样本量相对有限（n = 62），且主要关注原发性PDAC，未涉及转移性PDAC | 探讨PDAC的克隆异质性及其对肿瘤生物学的影响 | 人类胰腺导管腺癌（PDAC）样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 62个原发性PDAC样本，443,451个单细胞，53,236个空间转录组点 |
| 3336 | 2025-02-25 |
Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637521
PMID:39990382
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研究论文 | 本文研究了刺鼠复杂组织再生过程中特定细胞状态的作用 | 揭示了刺鼠在损伤后基质细胞如何重新进入细胞周期并维持细胞周期进程的时空控制，以及通过单细胞RNA测序鉴定了与再生和瘢痕组织相关的关键细胞类型 | 研究主要集中于刺鼠的耳部再生，未涉及其他组织或物种的广泛验证 | 探讨哺乳动物复杂组织再生过程中细胞增殖动态和特定细胞类型的作用 | 刺鼠的耳部组织 | 细胞生物学 | NA | 免疫染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 刺鼠耳部组织样本 |
| 3337 | 2025-02-25 |
CausalGeD: Blending Causality and Diffusion for Spatial Gene Expression Generation
2025-Feb-11, ArXiv
PMID:39990788
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研究论文 | 本文提出了一种结合因果关系和扩散过程的方法CausalGeD，用于生成空间基因表达数据 | CausalGeD首次将扩散和自回归过程结合，利用基因间的因果关系，无需预定义关系即可捕捉调控机制 | 现有方法的性能有限，结构相似性通常低于60% | 提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据整合的性能 | 基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST） | Causal Attention Transformer | 基因表达数据 | 10个组织数据集 |
| 3338 | 2025-02-25 |
Identifying Reproducible Transcription Regulator Coexpression Patterns with Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.15.580581
PMID:38559016
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，识别与人类和小鼠转录调控因子（TR）表达最协调的基因伙伴，构建单细胞共表达网络，并评估跨物种和细胞类型的TR共表达模式的一致性 | 通过整合120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞），构建跨物种和细胞类型的TR共表达网络，并结合ChIP-seq数据识别跨方法和物种支持的候选调控相互作用 | 研究主要关注跨细胞类型的可重复性，可能忽略了特定生物背景下的信号 | 识别跨物种和细胞类型的转录调控因子共表达模式，并评估其一致性 | 人类和小鼠的转录调控因子（TR）及其共表达基因伙伴 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞） |
| 3339 | 2025-02-25 |
Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635146
PMID:39975258
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研究论文 | 本文研究了危重病患者的CD4 T细胞在代谢和免疫方面的功能特性，特别是在有和无败血症的情况下 | 研究发现CD4 T细胞在危重病中表现出增加的亚群特异性代谢可塑性，特别是调节性T细胞（Tregs）获得糖酵解能力，稳定了抑制性标志物FOXP3和TIGIT，并与临床疾病严重程度相关 | 研究中未明确这些代谢和免疫功能障碍是否在所有危重病患者中普遍存在，且样本量可能有限 | 探讨危重病患者的CD4 T细胞在代谢和免疫方面的功能特性，特别是在有和无败血症的情况下 | 危重病患者的CD4 T细胞，包括有和无败血症的患者，以及健康成年人 | 免疫学 | 败血症 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 危重病患者和健康成年人的CD4 T细胞样本 |
| 3340 | 2025-02-25 |
Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease
2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635092
PMID:39974918
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研究论文 | 本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常 | 首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，系统地研究了与J型储袋失败相关的分子机制 | 研究为回顾性病例对照研究，可能存在选择偏倚，且样本量有限 | 探讨炎症性肠病患者J型储袋失败的组织病理学特征和分子机制 | 接受IPAA手术的炎症性肠病患者 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 组织样本和转录组数据 | 417名患者 |