单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3321	2025-02-21	Single-cell transcriptomics reveals the alteration of immune cell profile in peripheral blood of Henoch-Schonlein purpura 2025-Mar, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110443 PMID:39924084	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和多参数流式细胞术，全面评估了健康供体和Henoch-Schönlein紫癜（HSP）患者的外周血单核细胞，揭示了HSP患者的广泛免疫激活状态	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了HSP患者外周血中免疫细胞类型和状态的改变，特别是不同HSP亚型中特定免疫细胞亚群的富集情况	研究样本量未明确提及，且未探讨这些免疫细胞变化与疾病预后的直接关联	揭示HSP患者外周血中免疫细胞类型和状态的改变，以更好地理解HSP的免疫病理机制	健康供体和HSP患者的外周血单核细胞	免疫学	Henoch-Schönlein紫癜	单细胞RNA测序，多参数流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据	未明确提及
3322	2025-02-21	Unveiling ferroptosis genes and inhibitors in diabetic retinopathy through single-cell analysis and docking simulations 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101932 PMID:39968183	研究论文	本文通过单细胞分析和对接模拟揭示了糖尿病视网膜病变中的铁死亡基因和抑制剂	首次通过单细胞RNA测序数据集识别铁死亡相关基因，并利用分子对接和模拟技术探索药物与靶蛋白的相互作用稳定性	研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探讨铁死亡在糖尿病视网膜病变中的作用，以推动对该复杂疾病的理解并开发创新治疗方法	糖尿病视网膜病变患者	生物信息学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序，分子对接，分子动力学模拟	NA	单细胞RNA测序数据	NA
3323	2025-02-21	Single-Cell Transcriptome Identifies a Proinflammatory B-Cell Subset in Hepatitis B Virus Associated Acute-on-Chronic Liver Failure 2025-Mar, Journal of viral hepatitis IF:2.5Q3 DOI:10.1111/jvh.70012 PMID:39976290	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了乙型肝炎病毒相关急性-慢性肝衰竭（ACLF）患者外周血中B细胞亚群的变化及其在炎症反应中的作用	首次在ACLF患者中通过单细胞转录组测序技术全面解析了B细胞亚群的变化，并发现幼稚B细胞在ACLF中的比例显著增加及其在炎症反应中的激活	研究样本量有限，且未深入探讨B细胞亚群变化的具体分子机制	探讨ACLF患者外周血中B细胞的免疫机制及其在疾病进展中的作用	乙型肝炎病毒相关急性-慢性肝衰竭（ACLF）患者和健康对照者的外周血单核细胞	数字病理学	肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据	临床ACLF患者和健康对照者的外周血单核细胞
3324	2025-02-21	Single-cell transcriptomics reveals the multidimensional dynamic heterogeneity from primary to metastatic gastric cancer 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111843 PMID:39967875	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了从原发性到转移性胃癌的多维动态异质性	首次全面描述了胃癌从原发到转移阶段的动态异质性，并识别了卵巢和腹膜转移中的免疫细胞变化	研究未涉及所有可能的转移部位，且样本量可能不足以代表所有胃癌亚型	探索胃癌从原发到转移阶段的肿瘤微环境动态变化	胃癌的原发肿瘤和器官特异性转移	数字病理学	胃癌	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个胃癌队列
3325	2025-02-21	Transcriptomic profiling of senescence effects on blood-brain barrier-related gene expression in brain capillary endothelial cells in a mouse model of paclitaxel-induced chemobrain 2025-Feb-20, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01561-5 PMID:39976844	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了紫杉醇诱导的脑毛细血管内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	首次在单细胞水平上揭示了紫杉醇诱导的内皮细胞衰老如何通过转录变化和细胞间信号改变导致血脑屏障功能障碍	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨紫杉醇诱导的内皮细胞衰老对血脑屏障相关基因表达的影响	紫杉醇处理的小鼠脑毛细血管内皮细胞	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	紫杉醇处理的小鼠和对照小鼠的脑组织样本
3326	2025-02-21	Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model 2025-Feb-19, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387 PMID:39970235	研究论文	本研究通过抑制YAP蛋白在红杜洛克猪伤口中的机械传导，展示了verteporfin一次性治疗足以预防疤痕并促进伤口再生	首次在大型动物模型中验证了YAP抑制对伤口再生的影响，并揭示了YAP/IL-33信号轴在大型动物伤口再生中的作用	研究主要基于红杜洛克猪模型，虽然与人类皮肤相似，但仍存在差异，需进一步验证在人类中的效果	探讨YAP抑制在大型动物伤口再生中的作用及其临床转化潜力	红杜洛克猪伤口及人类新生儿包皮移植到裸鼠的异种移植伤口模型	生物医学工程	皮肤损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间蛋白质组分析	NA	基因表达数据和蛋白质组数据	红杜洛克猪伤口及人类新生儿包皮移植到裸鼠的异种移植伤口模型
3327	2025-02-21	Exploring the Immune-Related Molecular Mechanisms Underlying the Comorbidity of Temporal Lobe Epilepsy and Major Depressive Disorder through Integrated Data Set Analysis 2025-Feb-19, Current molecular pharmacology IF:2.4Q3 DOI:10.2174/0118761429380394250217093030 PMID:39976098	研究论文	本研究通过整合数据集分析，探索了颞叶癫痫（TLE）和重度抑郁症（MDD）共病的免疫相关分子机制	首次通过系统分析基因表达谱，识别了TLE和MDD共有的关键基因，并阐明了其潜在的分子病理机制	研究依赖于公开的基因表达数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索TLE和MDD共病的分子机制，并评估这些基因在诊断和治疗中的潜在应用	颞叶癫痫（TLE）和重度抑郁症（MDD）患者	生物信息学	神经系统疾病	基因表达谱分析、WGCNA、PPI网络构建、LASSO、随机森林模型、ROC曲线分析、免疫浸润分析、单细胞测序	LASSO、随机森林（RF）	基因表达数据	NA
3328	2025-02-21	Age-Associated B Cells in Autoimmune Diseases: Pathogenesis and Clinical Implications 2025-Feb-17, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-025-09021-w PMID:39960645	研究论文	本文探讨了年龄相关B细胞（ABCs）在自身免疫疾病中的发病机制和临床意义	揭示了ABCs在自身免疫疾病中的多种功能及其作为预后、诊断和治疗靶点的潜力	需要进一步的研究来探索和验证针对ABCs的治疗策略	研究ABCs在自身免疫疾病中的作用及其潜在的治疗应用	年龄相关B细胞（ABCs）	免疫学	自身免疫疾病	单细胞测序技术	NA	NA	NA
3329	2025-02-21	Molecular subtyping combined with multiomics analysis to study correlation between TACE refractoriness and tumor stemness in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01955-z PMID:39961903	研究论文	本研究通过分子亚型分析与多组学数据结合，探讨了肝细胞癌（HCC）中TACE耐药性与肿瘤干性之间的潜在关联	首次将TACE耐药性与肿瘤干性联系起来，并提出了一种新的亚型分类方法以指导个性化治疗	研究主要基于已有数据集，缺乏前瞻性临床验证	探索TACE耐药性与HCC肿瘤干性之间的相关性及其临床意义	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序	无监督聚类	RNA测序数据、微阵列数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	多个HCC数据集，包括RNA测序、微阵列、单细胞RNA测序和临床队列
3330	2025-02-21	Analysis of fatty acid metabolism in prostate cancer and discovery of a new programmed cell death-associated luminal cell subpopulation 2025-Feb-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01982-w PMID:39961915	研究论文	本研究聚焦于脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用，特别是在代谢重编程影响下与程序性细胞死亡相关的致癌性腔细胞	发现了与程序性细胞死亡密切相关的腔细胞亚群，并提出了新的治疗靶点	NA	探讨脂肪酸代谢在前列腺癌中的作用及其与肿瘤侵袭性和转移能力的关系	前列腺癌中的腔细胞及其亚群	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、NMF、去卷积方法	NA	转录组数据	NA
3331	2025-02-21	A method for the identification of lactate metabolism-related prognostic biomarkers and its validations in non-small cell lung cancer 2025-Feb-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85620-z PMID:39962075	研究论文	本研究提出了一种新的方法来构建非小细胞肺癌（NSCLC）的预后预测模型，并识别与乳酸代谢相关的预后生物标志物	提出了一种结合Cox弹性网络回归和遗传算法（GA-EnCox）的新方法，用于预测预后并优化关键生物标志物的选择	NA	构建NSCLC的预后预测模型并识别与乳酸代谢相关的预后生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	生物信息学	肺癌	scRNA-Seq, bulk RNA-Seq	Cox弹性网络回归结合遗传算法（GA-EnCox）	RNA-Seq数据	多个NSCLC队列的scRNA-Seq和bulk RNA-Seq数据
3332	2025-02-21	Cooperative Hedgehog/GLI and JAK/STAT signaling drives immunosuppressive tryptophan/kynurenine metabolism via synergistic induction of IDO1 in skin cancer 2025-Feb-17, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02101-6 PMID:39962447	研究论文	本文研究了Hedgehog/GLI和JAK/STAT信号通路在皮肤癌中通过协同诱导IDO1驱动免疫抑制性色氨酸/犬尿氨酸代谢的机制	揭示了IDO1作为GLI-STAT协同活动的靶基因，并提出了同时靶向这些信号轴作为黑色素瘤和非黑色素瘤皮肤癌的合理联合治疗策略	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需要进一步的体内实验验证	探讨Hedgehog/GLI和JAK/STAT信号通路在皮肤癌中的协同作用及其对免疫抑制性代谢的影响	基底细胞癌（BCC）和黑色素瘤	癌症研究	皮肤癌	基因表达谱分析、qPCR、Western blot、染色质免疫共沉淀、亚硫酸氢盐焦磷酸测序、HPLC-MS、流式细胞术、RNA-seq	NA	基因表达数据、蛋白质数据、代谢物数据、RNA-seq数据	人类BCC和黑色素瘤模型
3333	2025-02-21	Identification of pro-fibrotic cellular subpopulations in fascia of gluteal muscle contracture using single-cell RNA sequencing 2025-Feb-17, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05889-y PMID:39962491	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了臀肌挛缩症（GMC）筋膜中的促纤维化细胞亚群	首次应用单细胞RNA测序技术探索深筋膜纤维化中的细胞异质性，并识别出两种促纤维化巨噬细胞亚群	研究仅限于臀肌挛缩症的筋膜样本，未涉及其他纤维化疾病	探索深筋膜纤维化中的细胞异质性及其在病理组织重塑中的作用	臀肌挛缩症（GMC）患者的纤维化筋膜样本	数字病理学	臀肌挛缩症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	GMC患者的纤维化筋膜样本与非纤维化对照样本
3334	2025-02-21	Radiogenomic method combining DNA methylation profiles and magnetic resonance imaging radiomics predicts patient prognosis in skull base chordoma 2025-Feb-17, Clinical epigenetics IF:4.8Q1 DOI:10.1186/s13148-025-01836-w PMID:39962547	研究论文	本研究结合DNA甲基化谱和磁共振成像（MRI）影像，开发了一种放射基因组特征，用于预测颅底脊索瘤患者的预后	创新点在于结合DNA甲基化谱和MRI影像，开发了一种非侵入性且方便的预后分类方法	样本量相对较小，需要进一步验证	开发一种方便有效的预后分类方法，用于脊索瘤患者的康复和管理	颅底脊索瘤患者	数字病理学	脊索瘤	DNA甲基化分析，MRI影像分析，单细胞RNA测序	NA	DNA甲基化数据，MRI影像数据	40名患者的脊索瘤组织样本，122名患者的验证队列，14名患者的额外数据集
3335	2025-02-21	Comprehensive single-cell analysis deciphered the immunoregulatory mechanism of TPPU in alleviating sepsis-related acute liver injury 2025-Feb-15, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.02.018 PMID:39956402	研究论文	本研究利用单细胞分析技术探讨了TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	首次通过单细胞分辨率全面解析了TPPU对脓毒症相关急性肝损伤的免疫调节作用，揭示了其通过促进抗炎性巨噬细胞和中性粒细胞的扩增以及改变细胞间通讯来发挥保护作用的机制	研究仅限于小鼠模型，未在人体中进行验证	探讨TPPU在缓解脓毒症相关急性肝损伤中的免疫调节机制	脓毒症相关急性肝损伤小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、RNA测序、蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据、单细胞数据	小鼠模型
3336	2025-02-21	Interpretable AI for inference of causal molecular relationships from omics data 2025-Feb-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adk0837 PMID:39951525	研究论文	本文提出了一种新的工具CIMLA，用于从高维数据中发现分子关系，并应用于阿尔茨海默病的基因调控网络分析	CIMLA工具通过机器学习模型和特征归因模型，在特定假设下估计因果量，从而提供基因调控关系的精确定义，并在处理混杂变量方面表现出更高的鲁棒性和准确性	CIMLA的性能依赖于特定假设，且在实际应用中可能受到数据质量和样本量的限制	从高维数据中发现分子关系，特别是基因调控网络的差异	基因调控网络	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	机器学习模型	高维数据	已发表的单细胞RNA测序数据集，包括患有和未患有阿尔茨海默病的受试者
3337	2025-02-21	ERK plays a conserved dominant role in pancreas cancer cell EMT heterogeneity driven by diverse growth factors and chemotherapies 2025-Feb-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.08.637251 PMID:39975093	研究论文	本文通过结合迭代间接免疫荧光成像和互信息建模，研究了胰腺癌细胞中EMT异质性的信号蛋白水平	使用互信息建模预测了ERK在胰腺癌细胞EMT异质性中的主导作用，并发现JNK在MEK抑制时的补偿作用	单细胞转录组学仅限于基于本体的间接推断，细胞群体水平的研究存在固有困难	研究胰腺癌细胞中EMT异质性的信号通路，以促进化疗反应	胰腺癌细胞和肿瘤	生物信息学	胰腺癌	迭代间接免疫荧光成像，互信息建模	互信息模型	蛋白质测量数据	NA
3338	2025-02-21	NEAT1-mediated regulation of proteostasis and mRNA localization impacts autophagy dysregulation in Rett syndrome 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf074 PMID:39970285	研究论文	本文研究了长链非编码RNA NEAT1在MeCP2缺陷背景下对Rett综合征（RTT）中蛋白质稳态和mRNA定位的调控作用及其对自噬失调的影响	揭示了NEAT1在MeCP2功能中的关键作用，特别是通过RNA-RNA相互作用调控自噬基因的表达和亚细胞定位，从而影响自噬复合物的生物发生	研究主要基于人类神经细胞和RTT患者样本，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨NEAT1在MeCP2缺陷导致的Rett综合征中的作用机制	人类神经细胞和RTT患者样本	神经科学	Rett综合征	单细胞RNA测序和分子分析	NA	RNA测序数据	人类神经细胞和RTT患者样本
3339	2025-02-21	Targeting FGFR4 Abrogates HNF1A-driven Metastasis in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.06.636643 PMID:39974881	研究论文	本研究揭示了HNF1A通过上调FGFR4驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的机制，并验证了FGFR4抑制剂在减少HNF1A驱动的转移中的有效性	首次发现HNF1A通过上调FGFR4驱动PDAC转移，并验证了FGFR4抑制剂在减少转移中的潜在治疗作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证FGFR4抑制剂的效果	探索HNF1A在PDAC转移中的作用，并寻找针对HNF1A依赖性表型的靶向治疗方法	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞和小鼠模型	癌症研究	胰腺癌	单细胞RNA测序、组织微阵列（TMA）分析、UMAP空间分析、RNA干扰、FGFR4抑制剂（H3B-6527和U3-1784）	小鼠异种移植模型	RNA测序数据、组织微阵列数据	ATCC和患者来源的PDAC细胞、小鼠模型
3340	2025-02-21	Hepatic Arterial Flow-Induced Portal Tract Fibrosis in Portal Hypertension: The Role of VCAM-1 and Osteopontin-Expressing Macrophages 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.31.634947 PMID:39975181	研究论文	本研究探讨了门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制，特别是VCAM-1和表达骨桥蛋白的巨噬细胞的作用	揭示了肝动脉血流增加通过VCAM-1和Spp1+巨噬细胞介导的门管区纤维化的新机制	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究门静脉高压症中肝动脉血流诱导的门管区纤维化的分子机制	Sprague-Dawley大鼠	病理生理学	门静脉高压症	microCT、单细胞RNA测序、RNA-FISH	NA	图像、转录组数据	Sprague-Dawley大鼠