单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3301	2025-07-06	Axon targeting of transcriptionally distinct pioneer neurons is regulated by retinoic acid signaling 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61044-1 PMID:40593691	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼后侧线感觉神经元中先驱神经元和跟随神经元在转录水平上的差异，并发现视黄酸信号在先驱神经元轴突正确靶向中的关键作用	首次证明先驱神经元和跟随神经元是转录不同的群体，并揭示视黄酸信号下调对先驱神经元轴突靶向的重要性	研究仅针对斑马鱼后侧线感觉神经元，结果在其他神经系统中的普适性需要进一步验证	探究神经系统发育过程中先驱神经元和跟随神经元的转录差异及其调控机制	斑马鱼后侧线感觉神经元	神经科学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	斑马鱼后侧线感觉神经元样本
3302	2025-07-06	Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61149-7 PMID:40593827	研究论文	本文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA-seq数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别关注通路间的串扰	提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，首次系统地分析了细胞间通讯通路间的串扰，并通过超图学习方法编码了受体、转录因子和靶基因之间的高阶关系	方法主要依赖于scRNA-seq数据，可能忽略了其他层面的调控机制	分析细胞间通讯诱导的调控网络，特别关注通路间的串扰效应	细胞间通讯通路及其下游靶标	生物信息学	NA	scRNA-seq	超图学习	单细胞转录组数据	模拟数据和真实世界数据（具体数量未提及）
3303	2025-07-06	Facilitate integrated analysis of single cell multiomic data by binarizing gene expression values 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60899-8 PMID:40595539	研究论文	本文提出了一种通过二值化基因表达值来促进单细胞多组学数据整合分析的方法	直接拼接二值化的scRNA-seq数据和标准scATAC-seq数据进行垂直整合聚类分析，避免了将scATAC-seq数据转换为基因活性评分的需求	需要配对多组学技术收集的两种数据模态	促进单细胞多组学数据的整合分析	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, TF-IDF, LSI	NA	基因表达数据, 表观遗传数据	NA
3304	2025-07-06	Modulating immune-stem cell crosstalk enables robust bone regeneration via tuning compositions of macroporous scaffolds 2025-Jul-01, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-025-00421-2 PMID:40595820	研究论文	通过调节大孔支架的组成，增强免疫干细胞间的相互作用，实现稳健的骨再生	开发了一种可调节明胶（Gel）和硫酸软骨素（CS）比例的大孔微带支架，无需外源生长因子或细胞即可促进内源性骨再生	研究仅在小鼠临界尺寸骨缺损模型中进行，尚未在人体中进行验证	探索通过调节免疫干细胞相互作用增强骨再生的方法	巨噬细胞（Mφ）和间充质干细胞（MSC）	生物材料	骨缺损	单细胞测序（scRNAseq）、CellChat分析	3D MSC/Mφ共培养模型	基因表达数据	小鼠临界尺寸骨缺损模型
3305	2025-07-06	Distinct follicular T cell subsets regulate lymphoma progression and outcomes 2025-Jul-01, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.013 PMID:40614737	研究论文	该研究通过多组学分析揭示了滤泡性淋巴瘤(FL)中滤泡T细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用	发现了转录和空间上独特的非T滤泡辅助T细胞亚群，这些亚群具有增强的抗肿瘤特性并形成独特的空间生态位	未明确说明样本量大小，且机制研究仍需进一步验证	探索滤泡性淋巴瘤中滤泡T细胞的异质性及其临床意义	滤泡性淋巴瘤患者的滤泡T细胞	肿瘤免疫学	淋巴瘤	单细胞多组学分析、空间分辨单细胞转录组学、多重蛋白分析	NA	单细胞转录组数据、蛋白质组数据	NA
3306	2025-07-06	The NF-κB/LY6E axis promotes oral squamous cell carcinoma stemness by responding to interaction with macrophages 2025-Jun-27, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114661 PMID:40582585	研究论文	本研究探讨了NF-κB/LY6E轴在口腔鳞状细胞癌（OSCC）干细胞特性中的作用及其与巨噬细胞相互作用的机制	揭示了NF-κB/LY6E轴作为巨噬细胞与OSCC细胞相互作用的关键信号枢纽，促进癌症干细胞特性	研究主要基于体外实验和动物模型，临床样本验证不足	探索调控OSCC癌症干细胞特性的关键信号轴及其与免疫细胞的相互作用机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）细胞和巨噬细胞	肿瘤生物学	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CytoTRACE分析	NA	基因表达数据	NA
3307	2025-07-06	Early multiple sclerosis activity associated with TBX21+CD21loCXCR3+ B cell expansion resembling EBV-induced phenotypes 2025-Jun-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.188543 PMID:40359016	研究论文	该研究通过单细胞表达分析探讨了EB病毒（EBV）感染与多发性硬化症（MS）早期活动之间的关联	发现早期MS患者外周血中非典型B细胞（ABCs）显著富集，且这些细胞表现出与EBV相关的表达特征	未检测到ABCs直接感染EBV的证据	探讨EBV在多发性硬化症发病机制中的潜在作用	早期多发性硬化症患者的外周B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和流式细胞术	NA	单细胞表达数据	来自免疫耐受网络STAyCIS试验的纵向收集的早期MS患者样本
3308	2025-07-06	Tumoroid model recreates clinically relevant phenotypes of high grade serous ovarian cancer (HGSC) cells, carcinoma associated fibroblasts, and macrophages 2025-Jun-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6614892/v1 PMID:40585272	研究论文	该研究开发了一种异质性三组分肿瘤模型，模拟了高级别浆液性卵巢癌（HGSC）的关键临床表型	开发了包含HGSC细胞、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞的异质性三组分肿瘤模型，能够模拟HGSC的化疗耐药性、癌症干细胞富集、迁移、侵袭和EMT等关键表型	模型仅包含三种主要细胞类型，可能无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性	研究HGSC肿瘤微环境中不同细胞类型的相互作用及其对癌症表型的影响	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）细胞、癌相关成纤维细胞（CAFs）和巨噬细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	3D肿瘤模型	基因表达数据、荧光标记图像	使用OVCAR3、OVCAR4、OVCAR8三种HGSC细胞系、原代MSC和U937来源的M2样巨噬细胞
3309	2025-07-06	Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation 2025-Jun, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08973-5 PMID:40335697	研究论文	本研究利用单细胞技术探讨了3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用	首次在单细胞水平揭示了3/4组髓母细胞瘤中大规模染色体畸变是早期肿瘤起始事件，而单基因致癌事件发生在晚期并通常为亚克隆	研究仅针对已知MYC、MYCN和PRDM6基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例	阐明3/4组髓母细胞瘤中癌基因畸变和拷贝数变异在肿瘤进化和治疗抵抗中的作用机制	3/4组髓母细胞瘤患者样本	数字病理学	髓母细胞瘤	单核RNA测序(snRNA-seq)、单核转座酶可及染色质高通量测序(snATAC-seq)和空间转录组学	NA	单细胞测序数据和空间转录组数据	一组已知MYC、MYCN和PRDM6基因改变的3/4组髓母细胞瘤病例
3310	2025-07-06	High-Resolution Spatial Map of the Human Facial Sebaceous Gland Reveals Marker Genes and Decodes Sebocyte Differentiation 2025-May-29, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.041 PMID:40449655	研究论文	本研究通过整合Stereo-seq空间转录组学、单细胞RNA测序和多重误差稳健FISH验证，对人类皮脂腺进行了全面的分子分析，揭示了皮脂细胞分化的四个不同阶段及其独特的基因标记	首次提供了人类皮脂腺的高分辨率空间图谱，揭示了皮脂细胞分化的动态复杂过程以及之前未报道的基因标记	研究主要基于人类样本，但未涉及与其他物种（如小鼠）的直接比较，可能限制了对物种间差异的理解	深入理解人类皮脂腺的细胞和分子机制，为皮脂腺相关疾病（如痤疮）的治疗提供理论基础	人类皮脂腺及其皮脂细胞分化过程	空间转录组学	痤疮、脂溢性皮炎、脱发	Stereo-seq空间转录组学、单细胞RNA测序、多重误差稳健FISH	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	NA
3311	2025-07-06	Aboral cell types of Clytia and coral larvae have shared features and link taurine to the regulation of settlement 2025-May-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv1159 PMID:40378222	research paper	该研究通过比较三种刺胞动物幼虫的转录组和单细胞RNA测序数据，揭示了幼虫前端（aboral）细胞类型的共同特征和谱系特异性，并发现牛磺酸在调控幼虫定居中的抑制作用	首次整合多物种刺胞动物幼虫的单细胞RNA测序数据，鉴定aboral端保守细胞类型特征，并发现牛磺酸代谢在定居调控中的新功能	研究仅涵盖三种刺胞动物物种，结论在其他类群中的普适性有待验证	解析刺胞动物幼虫定居行为的细胞与分子调控机制	水母（Clytia）和珊瑚（Acropora、Pocillopora）的浮浪幼虫	evolutionary developmental biology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组分析	NA	RNA测序数据	三种刺胞动物幼虫样本
3312	2025-07-06	Impact of mechanotransduction on gene expression changes in periodontal ligament during orthodontic tooth movement 2025-May, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-025-01581-3 PMID:39893595	研究论文	研究机械转导对正畸牙齿移动过程中牙周韧带基因表达变化的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了Mkx在牙周韧带中的表达及其在机械刺激下的功能	研究主要基于大鼠模型，人类样本数据较少	探讨Mkx在牙周韧带机械转导中的作用及其对骨重塑的影响	大鼠和人类牙周韧带细胞	分子生物学	牙科疾病	单细胞RNA测序, RT-qPCR	NA	基因表达数据	野生型大鼠牙周韧带细胞及人类牙周韧带细胞
3313	2025-07-06	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-10, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5977005/v1 PMID:39989953	research paper	该研究评估了基因型分型去复用方法在单核多组学测序实验中的表现，特别是在存在环境RNA/DNA污染的情况下	开发了ambisim，一种能够灵活控制环境分子比例并生成真实联合snRNA/snATAC数据的基因型感知读取水平模拟器	研究主要基于模拟数据，虽然也应用于两个真实数据集，但样本量可能有限	评估和改进单核多组学测序实验中的样本去复用方法	单核RNA测序(snRNA-seq)和单核ATAC测序(snATAC-seq)数据	生物信息学	NA	单核多组学测序(snRNA/snATAC assays)	NA	基因组测序数据	两个真实的联合snRNA/snATAC数据集
3314	2025-07-06	The impact of ambient contamination on demultiplexing methods for single-nucleus multiome experiments 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.06.636969 PMID:39975005	research paper	本文评估了在单核多组学测序实验中环境污染物对基于基因型的去复用方法的影响，并开发了一个新的模拟器ambisim来模拟环境分子比例	开发了ambisim模拟器，能够灵活控制环境分子比例并生成真实的联合snRNA/snATAC数据	研究主要基于模拟数据，实际数据验证有限	评估环境污染物对单核多组学测序实验中去复用方法的影响	单核多组学测序数据，特别是snATAC-seq和联合snRNA/snATAC实验	生物信息学	NA	单核多组学测序，snATAC-seq，snRNA-seq	NA	测序数据	两个联合snRNA/snATAC数据集
3315	2025-07-06	Identification of prognostic biomarkers related to epithelial-mesenchymal transition and anoikis in hepatocellular carcinoma using transcriptomics and single-cell sequencing 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1600546 PMID:40612108	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞测序技术，探索了上皮-间质转化（EMT）和失巢凋亡相关基因在肝细胞癌（HCC）中的作用，并鉴定了五个预后生物标志物	首次结合EMT和失巢凋亡相关基因，利用单细胞RNA测序和多种生物信息学分析方法，鉴定了五个新的HCC预后生物标志物	研究结果需要进一步实验验证，且样本来源有限（主要依赖公共数据库）	探索EMT和失巢凋亡相关基因在HCC中的作用机制并寻找预后生物标志物	肝细胞癌（HCC）患者样本	生物信息学	肝癌	单细胞RNA测序, RT-qPCR, WGCNA	风险评分模型, 列线图	转录组数据, 单细胞测序数据	TCGA-HCC、ICGC-LIPI-JP和GSE149614数据集中的HCC样本
3316	2025-07-06	Recent advances in biomarker detection of oral squamous cell carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1597086 PMID:40612351	综述	本文全面探讨和评估了口腔鳞状细胞癌生物标志物检测的前沿技术及其未来发展潜力	综述了包括单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术和人工智能等新兴技术在生物标志物检测中的应用	存在临床验证缺口、高实施成本和分析复杂性等可扩展性障碍	提高口腔鳞状细胞癌的早期检测率，改善患者预后和生活质量	口腔鳞状细胞癌的生物标志物	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	单细胞测序、空间转录组学、纳米孔测序、生物传感器技术、人工智能	NA	NA	NA
3317	2025-07-06	A novel, rapid, and practical prognostic model for sepsis patients based on dysregulated immune cell lactylation 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1625311 PMID:40612938	研究论文	本研究基于免疫细胞乳酸化修饰失调，开发了一种新型、快速且实用的脓毒症患者预后模型	首次系统揭示了乳酸化修饰在脓毒症进展中的动态变化模式，并构建了首个基于乳酸化相关枢纽基因的预后预测模型	模型验证仅采用单中心前瞻性队列（N=51），需要更大规模多中心研究进一步验证	探索脓毒症进程中乳酸化修饰的动态变化并开发预后预测模型	脓毒症患者的血液转录组数据和单细胞RNA测序数据	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序、机器学习算法、伪时间轨迹重建	基于k-means聚类和机器学习算法的预后模型	转录组数据	训练队列未明确样本量，验证队列包含51例脓毒症患者
3318	2025-07-06	Applications and Prospects of Single-Cell RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics in Cervical Cancer 2025, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/bmri/1532745 PMID:40612935	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在宫颈癌研究中的最新进展及其应用前景	探讨了scRNA-seq和ST技术在揭示宫颈癌异质性、肿瘤微环境、肿瘤进化轨迹及治疗抗性机制方面的创新应用	未提及具体实验数据或样本量的限制	旨在通过scRNA-seq和ST技术更深入地理解宫颈癌的异质性和肿瘤微环境，以开发更有效的治疗和预防策略	宫颈癌（CC）及其肿瘤微环境（TME）	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
3319	2025-07-06	Bridging aging, immunity, and atherosclerosis: novel insights into senescence-related genes 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1557266 PMID:40612944	研究论文	该研究通过RNA测序和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，识别了与衰老相关的基因作为动脉粥样硬化的生物标志物，并探讨了这些基因在免疫细胞浸润和巨噬细胞分化中的作用	首次结合多种机器学习算法（LASSO、SVM和RF）筛选衰老相关基因，并通过单细胞RNA测序构建AS斑块的细胞图谱，揭示了衰老血管细胞与巨噬细胞的互作机制	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于小鼠模型，人类样本的临床验证不足	探索衰老相关基因在动脉粥样硬化中的作用及其作为诊断标志物的潜力	人类组织RNA测序数据和小鼠主动脉斑块	生物信息学	心血管疾病	RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫荧光	LASSO、SVM、RF	RNA测序数据、单细胞数据	未明确说明人类样本数量，使用ApoE-/- AS小鼠模型
3320	2025-07-06	Single-cell atlas of human skin implicates APOE pro-inflammatory signaling in diabetic foot ulcers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1591944 PMID:40612951	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究糖尿病足溃疡(DFU)患者皮肤组织中APOE+成纤维细胞的作用及其与疾病进展的关联	首次在DFU患者中鉴定出APOE过表达的成纤维细胞亚群，并揭示其在糖尿病发生和发展中的潜在作用	研究样本量未明确说明，且体外实验结果需要在体内进一步验证	探究糖尿病足溃疡的分子机制和潜在治疗靶点	人类皮肤组织中的成纤维细胞	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组织化学染色, 体外实验	NA	RNA测序数据, 图像数据	NA