单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3301	2025-03-21	Opposing roles of hepatic stellate cell subpopulations in hepatocarcinogenesis 2022-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05289-6 PMID:36198802	研究论文	本文探讨了肝星状细胞（HSCs）在肝细胞癌（HCC）发生中的双重作用	揭示了HSCs亚群在肝细胞癌发生中的动态变化及其介导因子的双重功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	研究肝星状细胞在肝细胞癌发生中的作用	肝星状细胞（HSCs）及其亚群	癌症研究	肝细胞癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	小鼠和人类HSC样本
3302	2025-03-21	Redefining inflammatory macrophage phenotypes across stages and tissues by single-cell transcriptomics 2022-04-15, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abo4652 PMID:35427177	研究论文	本文通过单细胞转录组数据重新定义了炎症性巨噬细胞在不同阶段和组织中的表型	利用单细胞转录组数据识别单核细胞来源巨噬细胞的主要激活路径，为炎症性组织巨噬细胞提供了一个框架	NA	研究炎症性巨噬细胞在不同阶段和组织中的表型	单核细胞来源的巨噬细胞	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	NA
3303	2025-03-21	Lifting the veil on macrophage diversity in tissue regeneration and fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aaz0749 PMID:31604845	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞在组织修复和纤维化中的作用	使用单细胞RNA测序技术深入解析巨噬细胞的多样性及其在组织修复和纤维化中的具体作用	NA	研究巨噬细胞在组织修复和纤维化中的具体作用	巨噬细胞	生物信息学	纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3304	2025-03-21	Environments Tune and Select Cellular Diversity 2017-09, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2017.07.006 PMID:28774723	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在揭示细胞间表达水平变异及其在细胞间分子传播中的应用	应用系统和统计模型的新定量方法，揭示了表型多样性的驱动因素	NA	研究细胞间表达水平变异及其传播机制	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	系统和统计模型	单细胞测序数据	NA
3305	2025-03-20	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a tumor-associated macrophage subpopulation that mediates prostate cancer progression and metastasis 2025-Mar-19, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0791 PMID:40105746	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、空间转录组学和多重免疫荧光技术，揭示了前列腺癌中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的动态变化及其在癌症进展和转移中的作用	发现了SPP1+/TREM2+ TAMs亚群在前列腺癌转移中的重要作用，并提出了针对该亚群的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要进一步的大规模临床验证	研究前列腺癌中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性及其在癌症进展和转移中的作用	前列腺癌患者样本和小鼠模型	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光	NA	RNA测序数据、图像数据	人类患者样本和小鼠模型
3306	2025-03-20	Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038465 PMID:40094187	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据的信息学分析，探索了人类脂肪组织中平滑肌细胞和周细胞的分子定义及其成脂潜力	揭示了人类脂肪组织中周细胞的独特基因表达特征及其在不同脂肪库中的存在，并证明了人类大脑周细胞和主动脉血管平滑肌细胞在体外分化为脂肪细胞的潜力	研究主要基于体外实验，未涉及体内环境下的验证	分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群并测试人类周细胞的成脂潜力	人类脂肪组织中的周细胞和脂肪祖细胞	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类脂肪组织样本
3307	2025-03-20	Reactivation of CTLA4-expressing T cells Accelerates Resolution of Lung Fibrosis in a Humanized Mouse Model 2025-Mar-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181775 PMID:40100323	研究论文	本文研究了CTLA4表达的T细胞在肺纤维化消退中的作用，通过人类化小鼠模型验证了ipilimumab治疗的效果	首次发现CTLA4在CD8+ T细胞上的上调与肺纤维化区域相邻，并验证了ipilimumab治疗加速肺上皮再生和减少纤维化的效果	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用有限	探讨CTLA4表达的T细胞在肺纤维化消退中的作用	人类特发性肺纤维化（IPF）患者和小鼠模型	免疫学	肺纤维化	空间转录组学和蛋白质组学	人类化CTLA4敲入小鼠模型	基因表达数据和蛋白质数据	人类IPF样本和小鼠模型
3308	2025-03-20	Targeting the histone reader ZMYND8 inhibits antiandrogen-induced neuroendocrine tumor transdifferentiation of prostate cancer 2025-Mar-18, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00928-z PMID:40102673	研究论文	本文通过CRISPR‒Cas9筛选与单细胞RNA测序追踪肿瘤转变，揭示了抗雄激素治疗诱导的ZMYND8依赖的表观遗传编程在前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化中的关键作用	揭示了ZMYND8依赖的表观遗传编程在前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化中的关键作用，并开发了iZMYND8-34小分子抑制剂以阻断这一过程	NA	研究抗雄激素治疗诱导的前列腺癌神经内分泌肿瘤转分化的分子机制	前列腺癌神经内分泌肿瘤	表观遗传学	前列腺癌	CRISPR‒Cas9筛选, 单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3309	2025-03-20	Pan-cancer analysis and experimental verification of cytochrome B561 as a prognostic and therapeutic biomarker in breast cancer 2025-Mar-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02094-1 PMID:40091073	研究论文	本研究探讨了细胞色素B561（CYB561）在泛癌中的表达、其与免疫侵袭的关系及其在乳腺癌（BRCA）患者中的预后价值	首次在泛癌范围内分析CYB561的表达，并验证其在乳腺癌中的预后和治疗生物标志物作用	研究主要依赖于TCGA数据库，缺乏外部验证数据集	探讨CYB561在癌症中的表达模式及其作为乳腺癌预后和治疗生物标志物的潜力	乳腺癌患者及癌细胞系	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序，基因敲除	逻辑回归，Cox回归分析	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的乳腺癌样本及实验验证的癌细胞系
3310	2025-03-20	Single-cell RNA sequencing revealed cell landscape of tongue dorsal mucosa in rats with gastric intestinal metaplasia 2025-Mar-16, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02386-z PMID:40090940	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胃肠化生大鼠舌背黏膜的细胞景观	首次使用单细胞RNA测序技术揭示胃肠化生大鼠舌背黏膜的细胞景观，并发现与炎症反应和组织屏障完整性受损相关的基因表达变化	研究仅在大鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探讨胃肠化生对舌背黏膜细胞景观的影响	胃肠化生大鼠的舌背黏膜	数字病理	胃肠化生	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	胃肠化生大鼠模型
3311	2025-03-20	Genetic insights into idiopathic pulmonary fibrosis: a multi-omics approach to identify potential therapeutic targets 2025-Mar-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06368-8 PMID:40091050	研究论文	本文通过多组学方法识别特发性肺纤维化（IPF）的潜在治疗靶点，并评估其安全性	结合基因组和转录组数据，使用转录组范围关联研究（TWAS）和孟德尔随机化（MR）方法，识别出6个关键基因作为IPF的潜在药物靶点	研究依赖于现有的GWAS和转录组数据，可能受到数据质量和样本量的限制	识别特发性肺纤维化的潜在治疗靶点并评估其安全性	特发性肺纤维化（IPF）患者	基因组学	特发性肺纤维化	转录组范围关联研究（TWAS）、孟德尔随机化（MR）、RNA-seq、分子对接	NA	基因组数据、转录组数据	发现数据集中的696个基因和复制数据集中的986个基因，其中126个基因重叠
3312	2025-03-20	Single-cell transcriptomic analysis reveals dynamic changes in the liver microenvironment during colorectal cancer metastatic progression 2025-Mar-16, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06351-3 PMID:40091048	研究论文	本文通过单细胞转录组分析揭示了结直肠癌转移过程中肝脏微环境的动态变化	首次在结直肠癌转移过程中识别出具有高Prok2表达的中性粒细胞亚群，并揭示了其在免疫抑制中的作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行大规模验证	研究结直肠癌转移过程中肝脏微环境的变化及其对预后的影响	结直肠癌转移过程中的肝脏微环境	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	NA	转录组数据	使用原位小鼠模型进行实验
3313	2025-03-20	Interrogating mediators of single-cell transcriptional changes in the acute damaged cerebral cortex: Insights into endothelial-astrocyte interactions 2025-Mar-14, Molecular and cellular neurosciences DOI:10.1016/j.mcn.2025.104003 PMID:40090391	研究论文	本文研究了内皮细胞EphA4在调节受损大脑皮层细胞特异性转录组变化中的作用，特别是在星形胶质细胞和内皮细胞之间的相互作用	通过单细胞RNA测序技术，揭示了EphA4特异性敲除对星形胶质细胞基因表达和亚群分布的显著影响，并发现了一个新的Sox9+星形胶质细胞亚群	研究主要基于实验性创伤性脑损伤模型，可能无法完全反映人类创伤性脑损伤的复杂性	探讨创伤性脑损伤后内皮细胞和星形胶质细胞之间的相互作用及其对转录组变化的影响	受损大脑皮层中的内皮细胞和星形胶质细胞	数字病理学	创伤性脑损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3314	2025-03-20	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625771 PMID:39677745	研究论文	本文介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据，并开发了工具alevin-fry-atac	提出了基于虚拟颜色的伪对齐方案，显著提高了单细胞ATAC-seq数据的处理速度和内存效率	未明确提及具体局限性	开发一种快速且内存高效的单细胞ATAC-seq数据处理方法	单细胞ATAC-seq数据	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组数据	NA
3315	2025-03-20	A comprehensive analysis of scRNA-Seq and RNA-Seq unveils B cell immune suppression in the AAV-loaded brain 2025-03-05, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-025-09609-6 PMID:40044925	研究论文	本研究利用转录组和单细胞RNA测序数据，结合孟德尔随机化分析，揭示了XBP1蛋白通过MDK-NCL配体-受体对及相关基因在脑中介导B细胞免疫抑制的潜在作用	首次结合scRNA-Seq和RNA-Seq数据，揭示了AAV载体在脑中诱导的B细胞免疫抑制机制，特别是XBP1蛋白的作用	研究主要基于转录组和单细胞RNA测序数据，缺乏体内实验验证	探索AAV载体在脑中诱导的免疫抑制机制及其在免疫治疗中的潜在应用	AAV载体在脑中诱导的免疫反应，特别是B细胞的免疫抑制	生物信息学	NA	scRNA-Seq, RNA-Seq, 孟德尔随机化分析	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	NA
3316	2025-03-20	Graph neural networks for single-cell omics data: a review of approaches and applications 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf109 PMID:40091193	综述	本文系统回顾了图神经网络（GNNs）在单细胞组学数据分析中的应用及其六种变体	首次系统总结了GNNs在单细胞组学数据分析中的107个成功应用案例，并探讨了未来研究方向	当前研究存在潜在不足，未来需要进一步探索	探讨图神经网络在单细胞组学数据分析中的应用	单细胞组学数据	机器学习	NA	单细胞测序技术	图神经网络（GNNs）及其六种变体	单细胞组学数据	77个公开可用的单细胞数据集
3317	2025-03-20	MulNet: a scalable framework for reconstructing intra- and intercellular signaling networks from bulk and single-cell RNA-seq data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf081 PMID:40095604	研究论文	本文介绍了MulNet，一个可扩展的多层网络框架，用于从bulk和单细胞RNA-seq数据重建细胞内和细胞间信号网络	MulNet框架能够整合多种分子相互作用，准确识别基因模块和关键调控因子，并在多种癌症数据集中优于现有方法	未明确提及具体限制	研究目的是开发一个可扩展的框架，用于从基因表达数据中重建细胞内和细胞间信号网络	研究对象为bulk和单细胞RNA-seq数据	生物信息学	癌症	RNA-seq	多层网络	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量
3318	2025-03-20	The end of the genetic paradigm of cancer 2025-Mar, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003052 PMID:40100793	评论	本文讨论了癌症基因组测序和单细胞转录组学的研究结果，挑战了癌症作为‘遗传疾病’的观点，并提出了超越遗传因果的新思路	挑战了传统的体细胞突变理论（SMT），提出了细胞状态动力学和组织场等非遗传可塑性概念，以解释癌症研究中的不一致性	主要基于理论讨论，缺乏具体的实验验证或数据支持	探讨癌症的遗传范式与生物学现实之间的不一致性，并提出新的理论框架	癌症组织和正常组织的基因组测序数据及单细胞转录组学数据	癌症生物学	癌症	基因组测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
3319	2025-03-20	Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639530 PMID:40060632	研究论文	本文探讨了Gαs和Hedgehog信号通路的交叉作用，揭示了在Hedgehog依赖性肿瘤中靶向腺苷受体2b的治疗机会	研究发现Gαs通路失活导致的肿瘤与经典Hedgehog SMO驱动的肿瘤相似，并提出了通过激活Gαs偶联的腺苷2B受体来抑制肿瘤形成的新治疗策略	NA	研究Gαs和Hedgehog信号通路的相互作用及其在基底细胞癌（BCC）治疗中的应用	小鼠BCC样肿瘤和人类BCC	分子生物学	基底细胞癌	组织学、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3320	2025-03-20	Human memory CD4+ T-cells recognize Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages amid broader pathogen-specific responses 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.23.639515 PMID:40060660	研究论文	本文研究了人类记忆CD4+ T细胞如何识别被结核分枝杆菌（Mtb）感染的巨噬细胞，并探讨了这些T细胞在结核病（TB）预防中的作用	研究发现，在稳定的潜伏性结核感染（LTBI）中，超过70%的独特和90%的总Mtb特异性TCR克隆型与识别感染巨噬细胞相关，同时揭示了Mtb特异性T细胞的效应功能特征	研究中发现部分T细胞需要外源性抗原暴露才能识别感染巨噬细胞，表明识别过程不完全	研究目的是了解CD4+ T细胞如何识别被Mtb感染的巨噬细胞，并探讨这些T细胞在结核病预防中的作用	研究对象为潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞	免疫学	结核病	T细胞抗原受体（TCR）测序、单细胞转录组学	NA	基因序列数据、单细胞转录组数据	潜伏性结核感染（LTBI）个体的单核细胞衍生巨噬细胞（MDMs）和自体记忆CD4+ T细胞