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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3301 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals Shen-Bai-Jie-Du decoction retards colorectal tumorigenesis by regulating the TMEM131-TNF signaling pathway-mediated differentiation of immunosuppressive dendritic cells
2025-Jul, Acta pharmaceutica Sinica. B
DOI:10.1016/j.apsb.2025.05.013
PMID:40698132
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示参白解毒汤通过调控TMEM131-TNF信号通路介导的免疫抑制性树突细胞分化延缓结直肠肿瘤发生 | 首次构建小鼠和临床患者相互验证的单细胞转录组图谱,发现CCL22树突细胞的积累及其免疫抑制功能,并揭示参白解毒汤和黄连素通过TMEM131-TNF信号通路逆转这一过程 | 机制研究仍需进一步验证,特别是TMEM131作为黄连素潜在靶点的具体作用机制 | 探究参白解毒汤延缓结直肠肿瘤发生的分子机制 | 结直肠肿瘤微环境中的树突细胞 | 单细胞测序分析 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组化, 流式细胞术, 批量RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据, 批量转录组数据, 蛋白质表达数据 | 小鼠模型和临床患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
3302 | 2025-10-06 |
IDENTIFICATION OF DISEASE-SPECIFIC VULNERABILITY STATES AT THE SINGLE-CELL LEVEL
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.04.626873
PMID:40661457
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研究论文 | 本研究开发了一种计算流程,通过整合单细胞转录组数据和功能缺失筛选数据来识别胶质母细胞瘤中的疾病特异性脆弱状态 | 首次将单细胞分辨率转录组数据与CRISPR功能缺失筛选数据整合,识别出三种特征不同的单细胞脆弱状态 | 研究主要基于体外实验数据,需要进一步体内验证 | 识别胶质母细胞瘤中最关键的靶向细胞类型 | 胶质母细胞瘤肿瘤细胞 | 单细胞分析 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, CRISPR筛选 | 迭代层次聚类 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 49个胶质母细胞瘤肿瘤 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
3303 | 2025-10-06 |
Cell simulation as cell segmentation
2025-Jun, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02697-0
PMID:40404994
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研究论文 | 本研究开发了一种名为Proseg的概率分割方法,通过细胞模拟技术改进单细胞空间转录组数据的细胞分割精度 | 采用从头细胞模拟方法推断形态学上合理的细胞边界,在多个商业平台上表现出优越性能和计算效率 | NA | 提高单细胞空间转录组数据中细胞分割的准确性 | 肾细胞癌患者样本中的肿瘤浸润免疫细胞(中性粒细胞和T细胞) | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞空间转录组学 | 概率分割模型 | 空间转录组数据 | NA | 多个商业平台(具体未指明) | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
3304 | 2025-10-06 |
CDKN1A as a potential target for Eltrombopag treatment in ITP and its regulation of the communication between macrophages and transitional B cells in ITP
2025-Jun, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06436-5
PMID:40515824
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,发现CDKN1A是影响ITP患者对Eltrombopag治疗反应的关键基因,并揭示了其在巨噬细胞与过渡B细胞通讯中的作用 | 首次发现CDKN1A作为Eltrombopag治疗ITP的关键调控因子,揭示了巨噬细胞通过TGFβ信号通路与过渡B细胞通讯的新机制 | 研究主要基于细胞系实验和生物信息学分析,需要进一步在临床样本中验证 | 鉴定ITP患者对Eltrombopag治疗反应的新型生物标志物,研究巨噬细胞和过渡B细胞在ITP发病机制中的作用 | 免疫性血小板减少症(ITP)患者、RAW264.7巨噬细胞系 | 生物信息学 | 免疫性血小板减少症 | 单细胞RNA-seq、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、分子对接、siRNA敲低、质粒过表达 | Seurat | 基因表达数据、单细胞测序数据 | GSE112278和GSE196676数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3305 | 2025-10-06 |
GUIDING CLUSTERING AND ANNOTATION IN SINGLE-CELL RNA SEQUENCING USING THE AVERAGE OVERLAP METRIC
2025-May-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652497
PMID:40654835
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研究论文 | 提出使用平均重叠度量来比较单细胞RNA测序中差异表达基因的排名列表,以指导细胞聚类和注释 | 首次将平均重叠度量应用于单细胞RNA测序数据分析,通过比较差异表达基因的排名来评估细胞簇之间的相似性 | NA | 开发一种能够稳健比较和注释单细胞RNA测序推断簇的方法 | T细胞群体和未分选的小鼠胸腺细胞 | 单细胞RNA测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类算法 | 单细胞转录组数据 | 包含高度相似但不同的T细胞群体数据集和未分选小鼠胸腺细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3306 | 2025-10-06 |
A human and mouse subpopulation of senescent β-cells induces pathologic dysfunction through targetable paracrine signaling
2025-May-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.07.648438
PMID:40654723
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研究论文 | 本研究通过鉴定人和小鼠衰老β细胞亚群,揭示其通过可靶向的旁分泌信号诱导病理功能障碍的机制 | 首次在人和小鼠中鉴定出表达特定标志物的衰老β细胞亚群,并证明其分泌的SASP因子可诱导继发性衰老和β细胞功能障碍 | NA | 研究衰老β细胞亚群的异质性及其在糖尿病病理过程中的作用 | 人和小鼠的胰腺β细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,空间转录组学,空间蛋白质组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据,蛋白质组数据 | 高脂饮食喂养的小鼠和来自2型糖尿病供体的人类胰岛 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
3307 | 2025-10-06 |
EZH2 coordinates memory B-cell programming and recall responses
2025-May-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf004
PMID:40073167
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白甲基转移酶EZH2在记忆B细胞编程和回忆应答中的关键调控作用 | 首次系统阐明EZH2通过表观遗传机制调控记忆B细胞分化和功能潜能的分子机制 | EZH2敲除不完全,存在选择性压力维持其甲基转移酶活性,可能影响表型分析的准确性 | 探究表观遗传酶EZH2在记忆B细胞形成和功能调控中的作用机制 | 小鼠记忆B细胞 | 免疫学 | 流感感染 | 单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3308 | 2025-10-06 |
USP4 depletion-driven RAB7A ubiquitylation impairs autophagosome-lysosome fusion and aggravates periodontitis
2025-04, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2024.2429371
PMID:39663592
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研究论文 | 本研究揭示了USP4缺失通过介导RAB7A泛素化破坏自噬体-溶酶体融合,从而加剧牙周炎发病机制 | 首次发现USP4通过调控RAB7A泛素化状态影响自噬体-溶酶体融合在牙周炎中的作用机制 | NA | 阐明自噬与牙周炎发病机制之间的分子调控网络 | 临床牙龈组织样本、实验性牙周炎小鼠模型、巨噬细胞 | 分子生物学 | 牙周炎 | 基因组学分析、组织学分析、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、组织学数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3309 | 2025-10-06 |
Individualized therapy guided by single-cell sequencing in anti-GABAAR encephalitis
2025-Mar-08, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-025-03300-y
PMID:40057475
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研究论文 | 通过单细胞测序指导抗GABAAR脑炎的个体化治疗 | 首次在抗GABAAR脑炎中发现单克隆CD8 T细胞群和异常JAK-STAT信号通路,并鉴定出LMO5蛋白作为交叉反应抗原 | 仅基于单个病例研究,样本量有限 | 探索抗GABAAR脑炎的发病机制并指导个体化治疗 | 一名难治性抗GABAAR脑炎患者和四名健康志愿者的PBMCs及脑脊液细胞 | 单细胞测序 | 自身免疫性脑炎 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1名患者和4名健康志愿者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3310 | 2025-10-06 |
Evolution of SARS-CoV-2 T cell responses as a function of multiple COVID-19 boosters
2025-Jan-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.08.631842
PMID:39829792
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研究论文 | 通过三年纵向研究分析多次COVID-19加强疫苗接种对T细胞和抗体反应的长期影响 | 首次系统揭示重复疫苗接种后T细胞反应的动态变化规律,发现T细胞反应快速达到平台期并保持稳定 | 样本量相对有限(78人),且无法完全排除无症状感染对结果的潜在影响 | 研究重复COVID-19疫苗接种对适应性免疫的长期影响 | 78名无报告症状感染的疫苗接种者 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 免疫学数据、基因表达数据 | 78名疫苗接种者,为期三年的纵向研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3311 | 2025-10-06 |
Reversal of inflammatory reprogramming by vasodilator agents in pulmonary hypertension
2025-Jan, ERJ open research
IF:4.3Q1
DOI:10.1183/23120541.00486-2024
PMID:39811555
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肺动脉高压患者外周血单核细胞,揭示血管扩张剂对炎症重编程的逆转作用 | 首次在单细胞水平定义肺动脉高压患者血液中的炎症重编程特征,并证明血管扩张剂具有抗炎活性 | 样本量较小(总样本数20),且仅观察了3个月的治疗效果 | 探究血管扩张剂是否逆转肺动脉高压患者的炎症激活状态 | 肺动脉高压患者(特发性PAH和系统性硬化相关PAH)和非PAH对照的外周血单核细胞 | 单细胞组学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 网络分析 | 系统生物学方法 | 单细胞转录组数据 | 20个样本(3对照,4未治疗PAH,7 PDE5i治疗,6 PDE5i+macitentan治疗) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3312 | 2025-10-06 |
Integrated Multi-Omics Profiling Identifies PDZ-Binding Kinase (PBK) as a Novel Prognostic Biomarker in Hepatocellular Carcinoma
2025, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S493907
PMID:40697330
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研究论文 | 通过多组学分析鉴定PDZ结合激酶(PBK)作为肝细胞癌的新型预后生物标志物 | 首次发现PBK通过三种协同机制驱动HCC进展:促进致癌突变积累、增加转移潜力和重编程免疫抑制微环境 | 研究基于TCGA数据库和细胞系验证,需要更多临床样本验证 | 鉴定肝细胞癌的新型免疫治疗靶点和预后生物标志物 | 肝细胞癌患者和Huh7肝癌细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA), 差异表达筛选, siRNA敲低, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | TCGA-LIHC队列和Huh7细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3313 | 2025-10-06 |
Integrated Transcriptomic Analysis Provided Diagnostic and Pathophysiological Insights for Epilepsy
2025, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/jimr/5925485
PMID:40697415
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研究论文 | 本研究通过整合转录组数据分析,识别了与癫痫相关的关键基因并构建了诊断模型 | 首次整合多个癫痫数据集和单细胞测序数据,识别出四个关键基因并构建具有良好区分能力的诊断模型 | 研究基于公共数据库的现有数据,缺乏实验验证和独立队列验证 | 探索癫痫的分子诊断标志物和病理生理机制 | 癫痫患者的转录组数据 | 生物信息学 | 癫痫 | 转录组测序, 单细胞测序, 差异表达分析, 蛋白互作网络分析 | 诊断模型 | 基因表达数据 | 两个癫痫数据集(GSE143272和GSE32534)和一个单细胞测序数据集(GSE201048) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
3314 | 2025-10-06 |
Mechanistic Insights into Shenzhuo Formula for Diabetic Retinopathy: Integrating UPLC-Q-TOF-MS/MS, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing Data, and Experimental Validation
2025, Drug design, development and therapy
DOI:10.2147/DDDT.S505055
PMID:40698062
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研究论文 | 本研究整合多种技术方法探究参术方治疗糖尿病视网膜病变的作用机制 | 首次结合UPLC-Q-TOF-MS/MS、网络药理学、单细胞RNA测序数据和实验验证系统研究参术方治疗糖尿病视网膜病变的机制 | 需要进一步的实验验证来确认具体作用机制 | 探究参术方治疗糖尿病视网膜病变的作用机制 | db/db糖尿病模型小鼠和临床样本数据 | 生物医学研究 | 糖尿病视网膜病变 | UPLC-Q-TOF-MS/MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 免疫荧光染色 | 动物模型 | 质谱数据, 单细胞转录组数据, 影像数据, 病理数据 | db/db小鼠模型和GSE245561数据集临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱分析 | NA | NA |
3315 | 2025-10-06 |
Elucidating ferroptosis mechanisms in heart failure through transcriptomics, single-cell sequencing, and experimental validation
2024-12, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111416
PMID:39293745
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研究论文 | 通过转录组学、单细胞测序和实验验证阐明心力衰竭中铁死亡的机制 | 首次系统识别并验证了心力衰竭中铁死亡相关基因在不同细胞类型中的差异表达模式 | 研究机制尚未完全阐明,需要进一步功能验证 | 探索铁死亡在心力衰竭发病机制中的作用 | 心力衰竭患者数据、心力衰竭细胞模型和小鼠模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 转录组测序, 单细胞测序, LASSO回归, SVM-RFE机器学习 | LASSO, SVM-RFE | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | GEO数据库中心力衰竭数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
3316 | 2025-10-06 |
A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01764-7
PMID:39406950
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类小胶质细胞异质性,识别疾病相关亚群并验证化合物对小胶质细胞状态的影响 | 构建了跨疾病的人类小胶质细胞资源库,识别了疾病富集亚群,并发现能重现在体状态的化合物 | 样本来源仅限于已获得的74名捐赠者,尚未涵盖所有神经系统疾病类型 | 解析人类小胶质细胞异质性及其在神经系统疾病中的作用 | 来自74名捐赠者的215,680个活体人类小胶质细胞 | 单细胞基因组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, RNAscope-免疫荧光, MERFISH | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 215,680个小胶质细胞来自74名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
3317 | 2025-10-06 |
Identification of transcriptional signature change and critical transcription factors involved during the differentiation of mouse trophoblast stem cell into maternal blood vessel associated trophoblast giant cell
2024-11, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111359
PMID:39179089
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析小鼠滋养层干细胞分化为滋养层巨细胞过程中的转录特征变化,并识别关键转录因子 | 首次发现体外分化的滋养层巨细胞与体内母体血管相关滋养层巨细胞亚型的相似性,并鉴定出ZMAT1、EGR1和MITF等关键转录因子 | 研究仅基于小鼠模型,人类胎盘可能存在差异;体外分化系统可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究滋养层干细胞分化为滋养层巨细胞的分子机制及其与胎盘功能的关系 | 小鼠滋养层干细胞和分化的滋养层巨细胞 | 发育生物学 | 胎盘功能相关疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠滋养层干细胞和分化细胞 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3318 | 2025-10-06 |
A prognostic biomarker of disulfidptosis constructed by machine learning framework model as potential reporters of pancreatic adenocarcinoma
2024-11, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111371
PMID:39209222
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研究论文 | 通过机器学习框架构建二硫死亡相关预后生物标志物,探索其在胰腺腺癌中的免疫浸润和治疗潜力 | 首次将新发现的细胞死亡方式二硫死亡与胰腺腺癌预后模型结合,并验证MET基因在二硫死亡中的作用机制 | 样本量较小(仅16个单细胞样本),需要更多独立队列验证模型的普适性 | 构建胰腺腺癌的二硫死亡相关预后生物标志物并探索其临床意义 | 胰腺腺癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,LASSO回归,WGCNA分析,细胞实验 | LASSO回归,机器学习框架模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 16个PAAD样本(GSE154778数据集)+ TCGA-PAAD数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3319 | 2025-10-06 |
Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.24.619910
PMID:39554174
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研究论文 | 本研究通过细胞因子混合物诱导人THP-1巨噬细胞重编程,模拟阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型 | 开发了一种通过细胞因子混合物(IL4/CSF1/IL34/TGFβ)实现人巨噬细胞向AD相关表型重编程的新方法 | 研究仅限于体外THP-1巨噬细胞模型,未在原发性人类细胞或体内模型中验证 | 探索细胞因子诱导人巨噬细胞重编程为阿尔茨海默病相关表型的能力 | 人THP-1巨噬细胞系 | 细胞生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,转录组分析,功能测定 | NA | 基因表达数据,功能测定数据 | THP-1巨噬细胞培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3320 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析人类气道上皮细胞对烟曲霉和球孢子菌感染的细胞类型特异性反应 | 首次报道了人类气道上皮细胞感染烟曲霉和球孢子菌的单细胞转录组分析,揭示了不同真菌病原体在特定细胞亚型中激活的不同应激通路 | 动物模型不能完全重现人类疾病,需要更先进的模型来研究人类-真菌病原体相互作用 | 研究人类气道上皮细胞对两种临床重要真菌病原体的细胞类型特异性反应机制 | 原代人类气道上皮细胞(hAECs) | 单细胞转录组学 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |