单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3301	2025-02-26	CD8+ T-cell differentiation and dysfunction inform treatment response in acute myeloid leukemia 2024-09-12, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2023021680 PMID:38776511	研究论文	本文探讨了急性髓性白血病（AML）中CD8+ T细胞分化、功能障碍与治疗反应之间的关系	利用高维流式细胞术和单细胞转录组学，发现早期记忆CD8+ T细胞与治疗反应相关，并分化为两种不同的终末状态	研究结果需要进一步在更大样本中验证	研究AML中CD8+ T细胞分化与功能障碍对治疗反应的影响	急性髓性白血病（AML）患者	生物医学	急性髓性白血病	高维流式细胞术、单细胞转录组学	NA	流式细胞数据、单细胞转录组数据	AML患者样本
3302	2025-02-26	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Aug-07, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-4819117/v1 PMID:39149508	研究论文	本文介绍了一种名为sciRED的单细胞RNA测序数据分析方法，旨在提高数据因子分析的解读能力	sciRED通过去除已知的混杂效应、使用旋转提高因子的可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕捉隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子所代表的基因和生物过程，改进了单细胞RNA测序数据的因子分析	NA	提高单细胞RNA测序数据因子分析的解读能力	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	sciRED	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
3303	2025-02-26	High-dimensional single-cell analysis of human natural killer cell heterogeneity 2024-Aug, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-024-01883-0 PMID:38956378	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和CITE-seq技术，深入解析了人类自然杀伤细胞（NK细胞）的异质性	首次在健康人血液中识别出三个主要的NK细胞亚群，并进一步细分为六个不同的亚组，揭示了它们的分子特征、关键转录因子、生物学功能、代谢特性和细胞因子反应	研究主要基于健康个体的样本，对于疾病状态下的NK细胞异质性分析尚不充分	解析人类自然杀伤细胞的异质性及其在不同组织中的分布	人类自然杀伤细胞（NK细胞）	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CITE-seq	NA	单细胞RNA测序数据	健康人血液、肺、扁桃体和上皮内淋巴细胞样本，以及22种肿瘤类型的样本
3304	2025-02-26	Single-cell atlas of the human brain vasculature across development, adulthood and disease 2024-Aug, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07493-y PMID:38987604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，构建了人类大脑血管系统的分子图谱，涵盖了发育期、成年期及疾病状态	首次大规模单细胞RNA测序分析人类大脑血管系统，揭示了健康与疾病状态下血管的分子异质性及细胞间相互作用	样本来源主要为胎儿和成年患者，可能无法完全代表所有年龄段或疾病类型	研究人类大脑血管系统的细胞和分子结构，特别是在发育、成年及疾病状态下的变化	606,380个新鲜分离的内皮细胞、血管周围细胞及其他组织来源细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本	单细胞测序	脑肿瘤、脑血管畸形	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	606,380个细胞，来自68名人类胎儿和成年患者的117个样本
3305	2025-02-26	Pulmonary osteoclast-like cells in silica induced pulmonary fibrosis 2024-Jul-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4913 PMID:38985878	研究论文	本文探讨了硅尘诱导的肺纤维化的机制，通过人类肺样本和硅肺病小鼠模型进行研究	发现了硅尘诱导肺泡巨噬细胞和单核细胞向破骨细胞样分化的新机制，并提出了抗RANKL单克隆抗体治疗的新策略	研究主要依赖于动物模型和有限的临床样本，需要进一步验证在更大规模的人类研究中的效果	研究硅尘诱导的肺纤维化的病理生理机制，并探索潜在的治疗方法	人类肺样本和硅肺病小鼠模型	病理生理学	硅肺病	全肺单细胞RNA测序、组织学、生化和生理评估	小鼠模型	RNA测序数据、组织学数据、生化数据、生理数据	人类肺样本和硅肺病小鼠模型
3306	2025-02-26	The reparative immunologic consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.30.596699 PMID:38895305	研究论文	本文探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制	提出了SCT作为免疫疾病细胞疗法的新范式，揭示了SCT如何通过高维细胞表型和功能研究重建细胞免疫	研究样本量有限，且主要依赖于小鼠模型进行功能验证	研究SCT作为难治性CD细胞疗法的免疫修复机制	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本	免疫学	克罗恩病	CyTOF、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、T细胞受体（TCR）测序、流式细胞术	小鼠异种移植模型	外周血和肠道组织样本	难治性克罗恩病患者的外周血和肠道组织样本
3307	2025-02-26	SFXN1-mediated immune cell infiltration and tumorigenesis in lung adenocarcinoma: A potential therapeutic target 2024-May-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111918 PMID:38537539	研究论文	本研究探讨了SFXN1在肺腺癌（LUAD）中的功能意义及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了SFXN1在LUAD中的上调及其与不良预后的关联，并发现SFXN1通过抑制NK和细胞毒性T细胞的浸润促进肿瘤进展	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨SFXN1在LUAD中的功能及其作为治疗靶点的潜力	肺腺癌（LUAD）	肿瘤学	肺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、免疫组化	NA	RNA-seq数据、scRNA-seq数据	TCGA和GEO数据库中的肺腺癌样本
3308	2025-02-26	Integrated scRNAseq analyses of mouse cochlear supporting cells reveal the involvement of Ezh2 in hair cell regeneration 2024-Jan-28, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-023-09173-y PMID:38281217	研究论文	本文通过整合小鼠耳蜗支持细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了Ezh2在毛细胞再生中的潜在作用	首次通过整合多个公共单细胞RNA测序数据集，揭示了Ezh2在小鼠耳蜗毛细胞再生中的关键调控作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索小鼠耳蜗毛细胞再生的分子基础	小鼠耳蜗支持细胞	生物信息学	听力损失	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	RNA测序数据	多个公共数据集，涵盖E14到P33阶段的小鼠耳蜗样本
3309	2025-02-26	Innate and adaptive AAV-mediated immune responses in a mouse model of Duchenne muscular dystrophy 2023-Sep-14, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2023.06.002 PMID:37746243	研究论文	本文研究了在杜氏肌营养不良症小鼠模型中，腺相关病毒（AAV）介导的先天性和适应性免疫反应	通过双剂量AAV9给药的小鼠模型，更好地模拟了人类对AAV的免疫反应，揭示了抗AAV IgG和补体激活在免疫反应中的作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	理解AAV诱导的免疫反应机制，以改进临床前模型	杜氏肌营养不良症小鼠模型	免疫学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	NA
3310	2025-02-26	Immune checkpoint blockade induces distinct alterations in the microenvironments of primary and metastatic brain tumors 2023-09-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI169314 PMID:37655659	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了免疫检查点阻断（ICB）对原发性脑肿瘤和转移性脑肿瘤微环境的不同影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统地比较了ICB对原发性脑肿瘤和转移性脑肿瘤微环境的影响，并揭示了ICB对T细胞浸润和特定巨噬细胞群体的影响	样本量相对较小，且主要依赖于已发表的数据集，可能限制了结果的普遍性	探讨免疫检查点阻断（ICB）对转移性脑肿瘤微环境的影响，以寻找提高ICB疗效的潜在策略	19个ICB未治疗和9个ICB治疗的转移性脑肿瘤样本，以及已发表的复发性胶质母细胞瘤（rGBM）数据	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），多重免疫荧光，空间转录组学	NA	RNA测序数据，图像数据	28个脑转移瘤样本（19个ICB未治疗，9个ICB治疗）
3311	2025-02-26	Matrix stiffness enhances cancer-macrophage interactions and M2-like macrophage accumulation in the breast tumor microenvironment 2023-06, Acta biomaterialia IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.actbio.2022.04.031 PMID:35483629	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了基质硬度对乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯和巨噬细胞表型的影响	首次系统地研究了基质硬度对肿瘤内异质性的影响，特别是对肿瘤促进型M2样巨噬细胞的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类肿瘤中的适用性尚需进一步验证	探讨基质硬度对乳腺癌肿瘤微环境中细胞间通讯和巨噬细胞表型的影响	MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MMTV-PyMT小鼠乳腺肿瘤样本
3312	2025-02-26	The pluripotency factor Tex10 finetunes Wnt signaling for PGC and male germline development 2023-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.23.529824 PMID:36865339	研究论文	本文探讨了Tex10在原始生殖细胞（PGC）规范和精子发生中的晚期发育作用，发现Tex10通过调节Wnt信号在PGC样细胞阶段发挥关键作用	揭示了Tex10在PGC规范和男性生殖系发育中通过精细调节Wnt信号的新角色	研究主要依赖于细胞和动物模型，可能无法完全反映人类生理情况	研究Tex10在PGC规范和精子发生中的作用	原始生殖细胞（PGC）和精子发生过程	生物医学	NA	单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
3313	2025-02-26	Rare and Common Variants in KIF15 Contribute to Genetic Risk of Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2022-07-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202110-2439OC PMID:35417304	研究论文	本研究通过全外显子组数据分析、单变异疾病关联测试、KIF15功能研究及人类肺单细胞RNA测序数据，探讨了KIF15基因在特发性肺纤维化（IPF）和家族性肺纤维化中的遗传风险	首次将KIF15基因的罕见有害变异和常见变异与IPF易感性联系起来，揭示了非端粒酶途径的细胞增殖与IPF的关联	研究主要依赖于基因负担分析和单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有潜在的遗传变异和机制	识别与IPF和家族性肺纤维化相关的基因，特别是富含罕见有害变异的基因	1,725例IPF患者和23,509例对照受试者的全外显子组数据	遗传学	特发性肺纤维化	全外显子组测序、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	1,725例IPF患者和23,509例对照受试者
3314	2025-02-26	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Conserved Metaplasia Program in Pancreatic Injury 2022-02, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2021.10.027 PMID:34695382	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了胰腺损伤中保守的化生程序	首次定义了胰腺损伤中腺泡细胞向导管化生（ADM）的细胞群体及其转录变化，并发现了疾病进展的标志物	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限（15例）	研究胰腺损伤中腺泡细胞向导管化生的细胞群体及其转录变化，探索疾病进展的机制	小鼠胰腺腺泡细胞及人类慢性胰腺炎样本	单细胞转录组学	胰腺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色、电子显微镜	NA	单细胞转录组数据、免疫染色图像	超过13,000个EYFP+细胞，15例人类慢性胰腺炎样本
3315	2025-02-26	Single-cell RNA transcriptome landscape of hepatocytes and non-parenchymal cells in healthy and NAFLD mouse liver 2021-Nov-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103233 PMID:34755088	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了健康和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠肝脏中的肝细胞和非实质细胞的转录组景观	揭示了肝星状细胞在基因表达调控和向肌成纤维细胞转分化中的双重作用，并发现了库普弗细胞与单核细胞来源的巨噬细胞在NAFLD进展中的不同表达谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探索NAFLD的细胞和分子机制	健康和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠的肝细胞和非实质细胞	单细胞测序	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	82,168个单细胞转录组
3316	2025-02-26	Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450 PMID:33982010	研究论文	本文展示了一个基于开源软件构建的单细胞RNA测序数据分析流程	使用模块化构建的开源软件进行数据分析，提供了更高的灵活性和定制化分析能力	未提及具体的数据集或实验结果，可能缺乏实际应用验证	开发一个灵活且可定制的单细胞RNA测序数据分析流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3317	2025-02-26	Succinate Produced by Intestinal Microbes Promotes Specification of Tuft Cells to Suppress Ileal Inflammation 2020-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.029 PMID:32828819	研究论文	本文研究了肠道微生物产生的琥珀酸如何促进Tuft细胞的分化，从而抑制回肠炎症	揭示了Tuft细胞通过感知微生物代谢产物琥珀酸来调节免疫反应的新机制，并提出了通过扩增Tuft细胞治疗克罗恩病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，需进一步验证其临床适用性	探讨Tuft细胞在克罗恩病中的作用及其与肠道微生物的相互作用	克罗恩病患者、健康个体、TNFΔARE/+小鼠和Atoh1基因敲除小鼠	免疫学	克罗恩病	单细胞RNA测序、质谱分析、微生物组分析、显微镜观察、细胞因子检测	NA	基因表达数据、代谢物数据、微生物组数据、图像数据	19名克罗恩病患者、14名健康个体、TNFΔARE/+小鼠和Atoh1基因敲除小鼠
3318	2025-02-26	Dual indexed library design enables compatibility of in-Drop single-cell RNA-sequencing with exAMP chemistry sequencing platforms 2020-Jul-02, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06843-0 PMID:32616006	研究论文	本文介绍了一种名为TruDrop的双索引文库结构，用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）与新型测序技术（如Illumina NovaSeq 6000）的兼容性问题	开发了TruDrop双索引文库结构，解决了scRNA-seq与新型测序技术的兼容性问题，并显著提高了测序数据的质量	尚未系统评估TruDrop文库在其他测序平台上的表现	提高单细胞RNA测序的兼容性和数据质量，以支持更高通量的测序需求	单细胞RNA测序文库	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	24个单细胞RNA测序文库
3319	2025-02-25	Novel therapeutic targets uncovered by genome-wide integrative analysis in bronchopulmonary dysplasia 2025-Dec, The journal of maternal-fetal & neonatal medicine : the official journal of the European Association of Perinatal Medicine, the Federation of Asia and Oceania Perinatal Societies, the International Society of Perinatal Obstetricians DOI:10.1080/14767058.2025.2469837 PMID:39988826	研究论文	本研究通过整合基因组关联研究、单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，揭示了支气管肺发育不良（BPD）的基因表达失调和分子通路	首次结合GWAS、scRNA-seq和MR分析，揭示了BPD的基因表达失调和分子通路，并预测了潜在的治疗药物	未提及样本量及具体实验验证结果	识别BPD的基因表达失调并探索相关分子通路，以发现新的治疗靶点	支气管肺发育不良（BPD）患者	基因组学	支气管肺发育不良	GWAS, scRNA-seq, MR分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	NA
3320	2025-02-25	The Role of Autophagy and Cell Communication in COPD Progression: Insights from Bioinformatics and scRNA-seq 2025-Dec, COPD IF:2.2Q3 DOI:10.1080/15412555.2024.2444663 PMID:39991824	研究论文	本研究利用生物信息学工具和单细胞RNA测序技术，探讨了自噬和细胞通讯在慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的作用	通过生物信息学工具和scRNA-seq数据，识别了吸烟激活的自噬相关基因，并分析了COPD中的免疫景观和细胞通讯模式	研究主要依赖于生物信息学分析，缺乏实验验证	探讨自噬和细胞通讯在COPD进展中的作用	COPD患者	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA