单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3301	2025-02-22	Integrative analysis of bulk RNA and single-cell sequencing data reveals a liquid-liquid phase separation signature for clear cell renal cell carcinoma 2025-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149313 PMID:39921047	研究论文	本研究通过整合大量RNA和单细胞测序数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的液-液相分离（LLPS）特征，并构建了一个基于LLPS相关基因的预后和免疫治疗反应预测模型	首次基于LLPS相关基因构建了ccRCC的预后和免疫治疗反应预测模型，并通过单细胞测序数据验证了这些基因在ccRCC微环境中的表达水平	研究样本主要来自TCGA数据库，可能缺乏多样性和代表性	建立透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的预后和免疫治疗反应预测模型	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	RNA测序，单细胞测序	Cox回归，LASSO算法	RNA测序数据，单细胞测序数据	TCGA数据库中的ccRCC患者样本
3302	2025-02-22	Proliferation of renal macrophage via MR/CSF1 pathway induced with aldosterone and inhibited by esaxerenone 2025-Mar-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114208 PMID:39923576	研究论文	本研究探讨了醛固酮诱导的肾脏巨噬细胞增殖，重点关注其来源、亚型和调控机制	揭示了醛固酮诱导的肾脏巨噬细胞增殖的起源和亚型，并确定了MR/CSF1通路在这一过程中的关键调控作用	巨噬细胞的高可塑性和异质性使得其来源和亚型的研究仍存在不确定性	研究醛固酮诱导的肾脏巨噬细胞增殖的机制及其在肾脏损伤和修复中的作用	肾脏巨噬细胞	生物医学	肾脏疾病	免疫荧光、流式细胞术、单细胞测序	NA	细胞数据	NA
3303	2025-02-22	A comprehensive pan-cancer examination of transcription factor MAFF: Oncogenic potential, prognostic relevance, and immune landscape dynamics 2025-Mar-06, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114105 PMID:39923580	研究论文	本文通过多组学分析全面探讨了转录因子MAFF在多种癌症中的表达、预后相关性及其在肿瘤免疫和微环境中的作用	首次进行了MAFF在泛癌症中的全面分析，揭示了其在肿瘤预后、免疫治疗反应和微环境中的关键作用	研究主要基于公开的转录组数据，缺乏实验验证的广泛性	探讨MAFF在多种癌症中的表达模式、预后价值及其与肿瘤免疫和微环境的关联	多种癌症类型中的MAFF表达及其相关基因	生物信息学	癌症	转录组分析、分子对接、基因集富集分析（GSEA）、基因集变异分析（GSVA）	NA	转录组数据、蛋白质数据	来自Genomic Data Commons (GDC)和UCSC XENA的多种癌症样本
3304	2025-02-22	Single-cell RNA-seq offer new insights into the cell fate decision of the primordial germ cells 2025-Mar, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2024.139136 PMID:39740725	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了原始生殖细胞（PGCs）在体外培养中的细胞命运决定机制	发现了细胞周期驱动细胞异质性，识别了参与PGC自我更新的活跃群体和衰老细胞命运的特征，并确定了Hippo、FoxO、AMPK和MAPK通路在这些群体中的活跃性	不同实验室或品种间PGCs培养条件的可重复性仍是一个挑战	研究体外培养PGCs的分子动力学，以建立稳定的PGCs细胞系网络	原始生殖细胞（PGCs）	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3305	2025-02-22	scRDiT: Generating Single-cell RNA-seq Data by Diffusion Transformers and Accelerating Sampling 2025-Feb-21, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00688-5 PMID:39982678	研究论文	本文介绍了一种名为scRDiT的生成方法，通过扩散变换器生成单细胞RNA测序数据，并加速采样过程	提出了一种基于去噪扩散概率模型（DDPMs）和扩散变换器（DiTs）的神经网络方法，能够从真实数据集中学习特征并生成虚拟单细胞RNA测序数据	未提及具体局限性	开发一种能够生成高质量虚拟单细胞RNA测序数据的方法，并加速采样过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	扩散变换器（DiTs）和去噪扩散概率模型（DDPMs）	单细胞RNA测序数据	两个不同的单细胞RNA测序数据集
3306	2025-02-22	Novel Transcriptomic Signatures in Fibrostenotic Crohn's Disease: Dysregulated Pathways, Promising Biomarkers, and Putative Therapeutic Targets 2025-Feb-20, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izaf021 PMID:39977234	研究论文	本研究旨在探索克罗恩病（CD）纤维狭窄性回肠的转录组特征，以全面表征肠道纤维化的生物学和细胞机制	首次通过转录组学分析揭示了克罗恩病纤维狭窄性回肠的独特转录组特征，并识别了潜在的生物标志物和治疗靶点	样本量较小，仅包括9名患者，可能影响结果的普适性	探索克罗恩病纤维狭窄性回肠的转录组特征，识别潜在的生物标志物和治疗靶点	克罗恩病患者的纤维狭窄性回肠组织	转录组学	克罗恩病	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq），qPCR	随机森林模型	RNA测序数据	9名克罗恩病患者的手术切除样本
3307	2025-02-22	Harnessing omics data for drug discovery and development in ovarian aging 2025-Feb-20, Human reproduction update IF:14.8Q1 DOI:10.1093/humupd/dmaf002 PMID:39977580	review	本文综述了多组学数据在卵巢衰老药物发现和开发中的应用	结合创新的计算工具，利用多组学数据深入理解卵巢衰老的分子复杂性，为药物发现和开发提供新机会	主要依赖于已发表的文献，可能遗漏未发表的研究	探索多组学数据在识别卵巢衰老新药物靶点和指导治疗策略中的应用	卵巢衰老相关的基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组数据	生物信息学	卵巢衰老	基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学、代谢组学、脂质组学、微生物组学、单细胞技术、空间转录组学	机器学习、人工智能、深度学习	多组学数据	NA
3308	2025-02-22	Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq 2025-Feb-20, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01112-w PMID:39979460	研究论文	本文介绍了一种名为SEC-seq的协议，能够将单个细胞的转录组与其分泌的蛋白质量联系起来	SEC-seq利用微尺度水凝胶颗粒Nanovials隔离细胞并捕获其分泌物，通过寡核苷酸标记的抗体标记分泌物，并结合流式细胞术和单细胞RNA测序平台进行读取，从而将基因表达与分泌强度联系起来	尽管SEC-seq提供了一种通用的解决方案，但其依赖于Nanovials的修饰和细胞加载，可能需要进一步优化以提高效率和适用性	研究目的是通过将单个细胞的转录组与其分泌的蛋白质量联系起来，以更好地理解细胞分泌的调控机制并改进细胞疗法	研究对象包括T细胞、间充质基质细胞和浆细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据和分泌蛋白质数据	数千个单细胞
3309	2025-02-22	Blood DNA virome associates with autoimmune diseases and COVID-19 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02022-z PMID:39753770	研究论文	本文通过分析6321名日本个体的全基因组测序数据，研究了血液DNA病毒组与自身免疫疾病及COVID-19的关联	首次在人群规模上系统量化了血液DNA病毒组的两个组成部分——内源性HHV-6和anellovirus，并揭示了它们与自身免疫疾病及COVID-19的关联	研究主要基于日本人群，可能限制了结果的普适性	探讨人类病毒组与自身免疫及感染性疾病之间的关系	6321名日本个体，包括自身免疫疾病患者（如银屑病、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等）和COVID-19患者，以及健康对照	基因组学	自身免疫疾病, COVID-19	全基因组测序, 长读长测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, RNA数据	6321名日本个体
3310	2025-02-22	[Microglia differential genes and their functions in paraquat-induced Parkinson's disease-like in mice's brains based on single-cell RNA sequencing] 2024-Apr-20, Zhonghua lao dong wei sheng zhi ye bing za zhi = Zhonghua laodong weisheng zhiyebing zazhi = Chinese journal of industrial hygiene and occupational diseases DOI:10.3760/cma.j.cn121094-20230524-00184 PMID:38677987	研究论文	本文基于单细胞RNA测序技术，分析了百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中小胶质细胞亚群的差异基因及相关信号通路，为阐明百草枯诱导的帕金森病样变化的机制提供线索	首次利用单细胞RNA测序技术研究百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中小胶质细胞亚群的差异基因及其功能	样本量较小，仅使用了6只小鼠，且仅验证了部分差异基因的表达	阐明百草枯诱导的帕金森病样变化的机制	百草枯诱导的帕金森病样小鼠脑中的小胶质细胞亚群	生物信息学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	6只6周龄的C57BL/6雄性小鼠
3311	2025-02-22	Association of HLA-DRB1*15:01 Status with Transcriptomic Pattern of B cells in CSF in Multiple Sclerosis (P7-6.011) 2024-Apr-09, Neurology IF:7.7Q1 DOI:10.1212/WNL.0000000000208131 PMID:39977876	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了多发性硬化症（MS）患者和健康对照者中HLA-DRB1*15:01单倍型状态对脑脊液（CSF）中B细胞基因表达模式的影响	首次在单细胞水平上揭示了HLA-DRB115:01单倍型状态对CSF中B细胞转录组模式的影响，并发现DRB115:01单倍型与特定基因（如SLC26A3和HSP90AA1）的表达变化相关	样本量相对较小（25个CSF样本），且仅关注了B细胞的转录组变化，未涉及其他免疫细胞类型	探讨HLA-DRB1*15:01单倍型状态对MS患者CSF中B细胞基因表达模式的影响	多发性硬化症患者和健康对照者的脑脊液（CSF）样本	生物信息学	多发性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	25个CSF样本，包含1376个B系细胞
3312	2025-02-22	Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of M2 macrophages of head and neck squamous cell carcinoma 2024-03, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18083 PMID:38393307	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了头颈部鳞状细胞癌（HNSC）中M2巨噬细胞的分子特征	首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，系统地分析了HNSC中M2巨噬细胞的分子特征，并提出了M2巨噬细胞相关特征（MRS）模型	研究主要依赖于TCGA数据库的数据，可能受到数据来源和样本量的限制	研究HNSC中M2巨噬细胞的分子特征及其对肿瘤发展和预后的影响	头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者	生物信息学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	Consensus Clustering	基因表达数据，临床数据	TCGA数据库中的HNSC患者数据
3313	2025-02-21	The pancreatic tumor microenvironment of treatment-naïve patients causes a functional shift in γδ T cells, impairing their anti-tumoral defense 2025-Dec, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2025.2466301 PMID:39945298	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境（TME）如何通过阻断细胞毒性功能来阻碍γδ T细胞的抗肿瘤能力	首次揭示了PDAC TME对γδ T细胞功能的抑制作用，并通过患者来源的类器官条件培养基验证了这一现象	研究样本仅限于未接受治疗的PDAC患者，可能无法全面反映治疗对TME的影响	探索PDAC TME对γδ T细胞抗肿瘤能力的影响	未接受治疗的PDAC患者和健康个体的γδ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据、基因表达数据	未接受治疗的PDAC患者和健康个体的γδ T细胞
3314	2025-02-21	Key RNA-binding proteins in renal fibrosis: a comprehensive bioinformatics and machine learning framework for diagnostic and therapeutic insights 2025-Dec, Renal failure IF:3.0Q1 DOI:10.1080/0886022X.2025.2463560 PMID:39957043	研究论文	本研究通过综合生物信息学和机器学习方法，识别并验证了与肾纤维化相关的关键RNA结合蛋白，提供了诊断和治疗的新见解	结合生物信息学和机器学习方法，识别了五个与肾纤维化相关的关键RNA结合蛋白，并构建了高精度的诊断模型	研究依赖于GEO数据集和实验模型，可能无法完全反映人类肾纤维化的复杂性	探索肾纤维化的分子机制，识别潜在的诊断标志物和治疗靶点	肾纤维化相关的RNA结合蛋白	生物信息学	慢性肾病	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光	lasso回归、逻辑回归	RNA测序数据	175个肾纤维化样本和99个正常肾脏样本
3315	2025-02-21	ARP2/3 complex affects myofibroblast differentiation and migration in pancreatic ductal adenocarcinoma 2025-Mar-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.35246 PMID:39472297	研究论文	本研究探讨了ARP2/3复合物在胰腺导管腺癌（PDAC）中肌成纤维细胞分化和迁移的影响	揭示了ARP2/3复合物在癌症相关成纤维细胞（CAFs）迁移和分化中的关键作用，并提出了针对该复合物的治疗PDAC的新策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需进一步验证其在人体中的效果	阐明ARP2/3复合物对PDAC进展中CAFs活动的影响及其与患者预后的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症研究	胰腺癌	微阵列分析、RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）	NA	基因表达数据	p48; LSL-Kras小鼠模型、人类永生化胰腺星状细胞（PSCs）和原发性PDAC来源的CAFs
3316	2025-02-21	Schwann Cell-Secreted S100B Promotes Wound Healing via Paracrine Modulation 2025-Mar, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241296103 PMID:39711160	研究论文	本研究探讨了Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的关键作用及其通过S100B/RAGE/NF-κB/Notch旁分泌轴的机制	揭示了Schwann细胞通过分泌S100B蛋白在腭黏膜伤口愈合中的关键作用，并阐明了其通过RAGE受体激活NF-κB和Notch信号通路的机制	研究主要基于非人灵长类动物模型，尚未在人类中进行验证	探究Schwann细胞在腭黏膜伤口愈合中的作用及其分子机制	腭黏膜、颊附着龈和皮肤的伤口愈合	生物医学	伤口愈合	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据	非人灵长类动物、大鼠和猴子的皮肤样本
3317	2025-02-21	Investigating subpopulation dynamics in clonal CHO-K1 cells with single-cell RNA sequencing 2025-Mar, Journal of biotechnology IF:4.1Q2 DOI:10.1016/j.jbiotec.2025.01.010 PMID:39824362	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了具有不同稳定性表型的克隆CHO-K1细胞群体在90天培养期间的亚群动态	首次在克隆CHO-K1细胞中应用单细胞RNA测序技术，揭示了细胞群体中的亚群异质性及其对基因表达稳定性的影响	需要进一步的多组学研究来更好地表征这种异质性	研究克隆CHO-K1细胞群体中的亚群动态及其对基因表达稳定性的影响	两个具有不同稳定性表型的克隆CHO-K1细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	两个克隆CHO-K1细胞群体在90天培养期间的样本
3318	2025-02-21	Single-cell transcriptomics predict novel potential regulators of acute epithelial restitution in the ischemia-injured intestine 2025-Mar-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology DOI:10.1152/ajpgi.00194.2024 PMID:39853303	研究论文	本文通过单细胞转录组学预测了缺血损伤肠道中急性上皮修复的新潜在调节因子	利用单细胞转录组学技术识别了参与修复的肠细胞亚群，并预测了其上游调节因子CSF-1，为新生儿肠道损伤提供了新的治疗靶点	研究主要基于猪模型，尚未在人类中进行验证	研究新生儿肠道缺血损伤后上皮修复的机制，并寻找潜在的治疗靶点	新生和幼年猪的肠道上皮细胞	单细胞转录组学	肠道缺血损伤	单细胞转录组学	猪模型	单细胞RNA测序数据	新生和幼年猪的肠道上皮细胞样本
3319	2025-02-21	Potential therapeutic effect of dimethyl fumarate on Treg/Th17 cell imbalance in biliary atresia 2025-Mar, Clinical immunology (Orlando, Fla.) DOI:10.1016/j.clim.2025.110439 PMID:39863040	研究论文	本研究探讨了二甲基富马酸（DMF）对胆道闭锁（BA）患者Treg/Th17细胞失衡的潜在治疗效果及其机制	首次将DMF应用于BA患者Treg/Th17细胞失衡的治疗研究，并揭示了其通过Nrf2/抗氧化反应元件（ARE）途径的作用机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证DMF的疗效	探索DMF对BA患者Treg/Th17细胞失衡的调节作用及其潜在机制	胆道闭锁（BA）患者的Treg和Th17细胞	免疫学	胆道闭锁	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、酶联免疫吸附试验（ELISA）、q-PCR、Western blot	小鼠模型	基因表达数据、细胞频率数据、生化标志物数据、细胞因子数据	BA患者和胆总管囊肿（CC）患者的肝脏样本、BA小鼠模型
3320	2025-02-21	Identifying novel therapeutic targets in cystic fibrosis through advanced single-cell transcriptomics analysis 2025-Mar, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.109748 PMID:39921941	研究论文	本研究通过先进的单细胞转录组学分析，揭示了与囊性纤维化（CF）相关的新基因和调控网络，为开发更有效的治疗干预措施提供了新的潜在靶点	本研究采用了增强的分析方法，整合了多源数据并实施了严格的标准化和映射策略，以揭示CF相关基因表达的新见解	尽管研究揭示了新的基因和调控网络，但这些发现的临床转化仍需进一步研究	深入了解囊性纤维化（CF）相关的气道病理的分子机制，并识别新的治疗靶点	囊性纤维化（CF）患者和健康对照者的单细胞转录组数据	数字病理学	囊性纤维化	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组数据	NA