单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3281	2025-02-26	Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States 2025-Feb-19, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529 PMID:39969959	研究论文	本研究通过数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，揭示了导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）中惰性和恶性状态的转录组差异	首次使用DSP-RNA技术对IPMN进行全转录组分析，发现了与病理分级显著相关的三种上皮转录组状态，并揭示了这些状态与胰腺导管腺癌（PDAC）分子亚型的关联	样本量较小，仅包括10个IPMN标本，可能需要更大规模的研究来验证这些发现	通过DSP-RNA技术定义和关联IPMN的转录组状态与癌症风险，以改进风险分层	导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）标本	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析（DSP-RNA）	NA	RNA表达数据	10个IPMN标本
3282	2025-02-26	Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease 2025-Feb-17, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558 PMID:39961646	研究论文	本研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫系统重建机制	揭示了SCT主要通过影响肠道髓系细胞，恢复支持黏膜愈合的巨噬细胞，并发现HSC亚群的功能异质性	样本量较小（n=19），且研究结果主要基于小鼠异种移植模型	理解SCT后免疫系统如何重建，以及SCT是否可作为细胞疗法恢复适当的免疫细胞群体	难治性克罗恩病（CD）患者	免疫学	克罗恩病	CyTOF、scRNA-seq	小鼠异种移植模型	血液和肠道样本	19名难治性克罗恩病患者
3283	2025-02-26	Advancing our understanding of root development: Technologies and insights from diverse studies 2025-Feb-07, Plant physiology IF:6.5Q1 DOI:10.1093/plphys/kiae605 PMID:39688896	综述	本文综述了根发育研究中的技术进展，特别是单细胞基因表达分析的变革性影响	单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的应用，使得根生物学研究能够进行详细的细胞特异性基因表达分析，创建全面的根图谱，预测细胞发育，并以前所未有的精度绘制基因调控网络（GRNs）	NA	增强对根发育的理解，以促进植物生长和健康	根发育	植物生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多模态分析、生物信息学、CRISPR、生物传感器、微流控设备	NA	基因表达数据	NA
3284	2025-02-26	Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states 2025-Feb-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002 PMID:39818203	研究论文	本文通过单细胞转录组学和增殖祖细胞的谱系追踪，研究了小鼠肺部在流感损伤后的再生过程，揭示了不同细胞区室的异步响应	揭示了损伤后出现的持续性损伤相关细胞状态，特别是损伤诱导的毛细血管内皮细胞（iCAP），这些细胞状态与人类肺部发育和退行性疾病中的内皮异常有相似之处	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类肺部再生和疾病的复杂性	理解肺部损伤后的细胞和分子响应复杂性，以及与人类发育和疾病响应的相关性	小鼠肺部细胞	单细胞转录组学	肺部疾病	单细胞转录组学、谱系追踪	NA	单细胞转录组数据	小鼠肺部细胞样本
3285	2025-02-26	Experimental Framework for Assessing Mouse Retinal Regeneration Through Single-Cell RNA-Sequencing 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4087-6_8 PMID:39240520	研究论文	本文介绍了一种通过单细胞RNA测序评估小鼠视网膜再生的实验框架	利用单细胞RNA测序技术增强了对Müller胶质细胞源性视网膜再生的理解，并提供了小鼠视网膜细胞制备的实验框架	研究主要基于小鼠模型，可能不完全适用于人类视网膜再生	评估和促进视网膜再生，以治疗视网膜退行性疾病	小鼠视网膜细胞	生物信息学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
3286	2025-02-26	Single-Cell Transcriptome Sequencing and Analysis Provide a New Approach for the Treatment of Small Cell Neuroendocrine Carcinoma of the Cervix 2025, Neuroendocrinology IF:3.2Q2 DOI:10.1159/000542833 PMID:39602898	研究论文	本文首次对宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）进行了单细胞转录组测序，揭示了其细胞和分子景观，并筛选了临床预后的关键基因	首次对SCNECC进行单细胞转录组测序，揭示了其分子特征、起源和发病机制，并筛选了关键基因	样本量较小，仅包括一个SCNECC患者的肿瘤组织样本和一个健康宫颈组织样本	研究SCNECC的分子特征、起源和发病机制，为治疗提供新见解	宫颈小细胞神经内分泌癌（SCNECC）	数字病理学	宫颈癌	单细胞转录组测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞转录组数据	一个SCNECC患者的肿瘤组织样本和一个健康宫颈组织样本
3287	2025-02-26	Unravelling approaches to study macrophages: from classical to novel biophysical methodologies 2025, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.19039 PMID:39989743	综述	本文综述了从经典到新型生物物理方法研究巨噬细胞的多种方法	介绍了单细胞测序、单细胞质谱、液滴微流控、扫描探针显微镜和原子力光谱等高科技方法	NA	探讨研究巨噬细胞的方法，以促进基于细胞的治疗策略的发展	巨噬细胞	细胞生物学	NA	单细胞测序、单细胞质谱、液滴微流控、扫描探针显微镜、原子力光谱	NA	NA	NA
3288	2025-02-26	Calnexin promotes glioblastoma progression by inducing protective mitophagy through the MEK/ERK/BNIP3 pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.105591 PMID:39990231	研究论文	本文研究了钙联蛋白（CANX）在胶质母细胞瘤（GBM）进展中的作用及其通过MEK/ERK/BNIP3通路诱导保护性线粒体自噬的机制	首次揭示了CANX通过MEK/ERK/BNIP3通路在GBM中诱导保护性线粒体自噬的分子机制，并发现CANX敲低可增强TMZ的敏感性	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	探讨CANX在GBM进展中的作用及其在药物耐药性中的分子机制	胶质母细胞瘤（GBM）细胞和小鼠模型	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	转录组测序、单细胞测序、透射电子显微镜（TEM）、Western blotting、免疫荧光、流式细胞术、细胞增殖实验、颅内异种移植小鼠模型	NA	基因表达数据、细胞实验数据、小鼠模型数据	NA
3289	2025-02-26	CD34+ PI16+ fibroblast progenitors aggravate neointimal lesions of allograft arteries via CCL11/CCR3-PI3K/AKT pathway 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104650 PMID:39990233	研究论文	本文研究了CD34+ PI16+成纤维祖细胞在移植动脉新内膜病变中的作用及其通过CCL11/CCR3-PI3K/AKT通路的机制	首次揭示了CD34+ PI16+成纤维祖细胞通过释放CCL11促进平滑肌细胞增殖和迁移，从而加剧移植动脉新内膜病变的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨CD34+ PI16+成纤维祖细胞在移植动脉硬化中的作用及其分子机制	小鼠模型中的CD34+ PI16+成纤维祖细胞	病理学	移植动脉硬化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、趋化因子抗体微阵列、ELISA检测、免疫组织化学	基因修饰小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	多种基因修饰小鼠模型（BALB/c, C57BL/6J, CD34-CreER, Rosa26-tdTomato, Rosa26-iDTR, CD34-Dre, PI16-CreER, CAG-LSL-RSR-tdTomato-2A-DTR）
3290	2025-02-26	Establishment of a Lactylation-Related Gene Signature for Hepatocellular Carcinoma Applying Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/3547543 PMID:39990773	研究论文	本研究旨在开发一个与乳酸化相关的基因特征（LRG）用于肝细胞癌（HCC），并通过批量RNA测序和单细胞RNA测序分析验证其预后价值	首次开发了一个基于乳酸化相关基因的HCC预后模型，并通过单细胞RNA测序揭示了这些基因在不同细胞类型中的表达模式	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	开发并验证一个乳酸化相关基因特征用于HCC的预后评估和治疗靶点识别	肝细胞癌（HCC）	生物信息学	肝癌	批量RNA测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归模型、Riskscore模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及肿瘤和正常组织的对比分析
3291	2025-02-26	Contribution of cuproptosis and immune-related genes to idiopathic pulmonary fibrosis disease 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1458341 PMID:39991151	研究论文	本研究探讨了铜死亡和免疫相关基因在特发性肺纤维化（IPF）中的诊断价值，并通过生物信息学分析识别了与IPF诊断相关的生物标志物	首次系统地研究了铜死亡相关基因和免疫相关基因在IPF中的诊断价值，并提供了新的治疗策略思路	研究依赖于公开的微阵列数据集，样本量和多样性可能有限，且未进行实验验证	探索铜死亡相关基因和免疫相关基因在IPF诊断中的价值	特发性肺纤维化（IPF）患者	生物信息学	肺纤维化	微阵列分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四个微阵列数据集
3292	2025-02-26	Single-cell RNA sequencing of circulating immune cells supports inhibition of TNFAIP3 and NFKBIA translation as psoriatic arthritis biomarkers 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1483393 PMID:39991156	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了区分银屑病关节炎（PsA）、无关节炎的皮肤银屑病（PsC）和健康对照（HC）的生物标志物	首次使用单细胞RNA测序技术分析PsA患者的循环免疫细胞，发现TNFAIP3和NFKBIA在PsA CD8+ T细胞中的翻译可能受到抑制	样本量较小，仅包括3名PsA患者、3名PsC患者和2名健康对照	识别区分PsA、PsC和HC的生物标志物	银屑病关节炎（PsA）、无关节炎的皮肤银屑病（PsC）和健康对照（HC）的循环免疫细胞	生物信息学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、NanoString nCounter®平台、免疫印迹	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	3名PsA患者、3名PsC患者和2名健康对照
3293	2025-02-26	Integrative multi-omics and machine learning identify a robust signature for discriminating prognosis and therapeutic targets in bladder cancer 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.105066 PMID:39991573	研究论文	本研究通过整合转录组学和蛋白质组学数据，分析了膀胱癌的预后基因，并建立了预后模型，旨在为膀胱癌治疗提供新的见解	整合多组学数据和机器学习方法，识别出膀胱癌的预后标志物和治疗靶点，构建了风险模型和列线图模型	样本量较小，仅使用了6个肿瘤组织和6个癌旁组织样本	分析膀胱癌的预后基因，建立预后模型，为膀胱癌治疗提供新的见解	膀胱癌肿瘤组织和癌旁组织	机器学习	膀胱癌	转录组学、蛋白质组学、蛋白质乙酰化测序、单细胞RNA测序	Cox回归分析、LASSO Cox回归	转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	6个膀胱癌肿瘤组织和6个癌旁组织样本，以及TCGA-BLCA和GSE13507数据集
3294	2025-02-26	Single-Cell Sequencing Reveals PD-L1-Mediated Immune Escape Signaling in Lung Adenocarcinoma 2025, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.103656 PMID:39991571	研究论文	本文通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸信号机制	首次利用单细胞测序技术全面解析了肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸机制，并鉴定了11个与PD-L1/PD-1免疫逃逸轴相关的差异表达基因	样本量较小，仅包含8名患者的肿瘤组织样本，可能限制了结果的普适性	研究肺腺癌中PD-L1介导的免疫逃逸机制，并开发预测和治疗靶点	肺腺癌患者的肿瘤组织样本	数字病理学	肺癌	单细胞测序，定量聚合酶链反应（qPCR）	NA	单细胞测序数据	8名肺腺癌患者的肿瘤组织样本，共分析了58,810个单细胞
3295	2025-02-26	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2024-Dec-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.01.605536 PMID:39149356	研究论文	本文介绍了sciRED方法，用于改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	sciRED通过去除已知的混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子代表的基因和生物过程，从而改进了单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	NA	改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	sciRED	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
3296	2025-02-26	Nanomaterial-Mediated Reprogramming of Macrophages to Inhibit Refractory Muscle Fibrosis 2024-Dec, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202410368 PMID:39548911	研究论文	本研究探讨了纳米材料介导的巨噬细胞重编程在抑制难治性肌肉纤维化中的作用	通过工程化纳米材料调控巨噬细胞表型，利用单细胞RNA测序揭示其通过cfNA介导的TLR7/9-NF-κB信号通路减少促纤维化Gal3巨噬细胞比例，从而改变纤维脂肪生成祖细胞的亚群分布	研究主要针对口面部肌肉纤维化，其他类型肌肉纤维化的适用性尚需验证	开发新的治疗策略以调控先天炎症反应-纤维化稳态，治疗难治性肌肉纤维化	口面部肌肉纤维化	生物医学工程	肌肉纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3297	2025-02-26	Spatial Transcriptomics of IPMN Reveals Divergent Indolent and Malignant Lineages 2024-Nov-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.29.620810 PMID:39554015	研究论文	本研究利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，对10个IPMN样本进行全转录组分析，揭示了低风险（惰性）和高风险（恶性）表达程序，这些程序与胰腺导管腺癌（PDAC）的外分泌和基底样特征活动相关	通过DSP-RNA技术，首次在IPMN中识别出与PDAC风险相关的转录组状态，包括正常样、低风险和高风险状态，并发现这些状态与PDAC的外分泌和基底样程序显著相关	样本量较小，仅包括10个IPMN样本，可能限制结果的普遍性	开发分子诊断方法，提高IPMN风险分类的准确性，以改善患者护理	10个涵盖从正常导管到癌症的IPMN样本	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析（DSP-RNA），Illumina测序	NA	RNA测序数据	10个IPMN样本
3298	2025-02-26	scMGATGRN: a multiview graph attention network-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae526 PMID:39417321	研究论文	本文提出了一种基于多视图图注意力网络的新方法scMGATGRN，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	scMGATGRN结合了图注意力网络（GAT）、多视图模型和视图级注意力机制，能够同时利用基因调控网络中节点的局部特征信息和高阶邻居特征信息，动态调整节点嵌入表示的相对重要性，并高效聚合来自两个视图的节点嵌入表示	NA	推断基因调控网络（GRN）以理解细胞系统的结构和动态，揭示复杂的调控关系，并探索疾病机制	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多视图图注意力网络（scMGATGRN）	单细胞转录组数据	七个基准单细胞RNA测序数据集，来自五种细胞系（两种人类和三种小鼠），包含四种不同类型的真实网络
3299	2025-02-26	Oncogenic Calreticulin Induces Immune Escape by Stimulating TGFβ Expression and Regulatory T-cell Expansion in the Bone Marrow Microenvironment 2024-Sep-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3553 PMID:38885318	研究论文	本文研究了致癌性钙网蛋白（CALR）突变如何通过刺激TGFβ表达和调节性T细胞扩增在骨髓微环境中诱导免疫逃逸	发现了CALRdel52通过ERK/Sp1/TGFβ1轴在骨髓增生性肿瘤（MPN）中诱导免疫抑制的新机制，并提出了针对TGFβ拮抗剂的免疫治疗策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本的验证仍需进一步扩大	探讨致癌性CALR突变在骨髓增生性肿瘤中的免疫逃逸机制，并寻找潜在的治疗靶点	骨髓增生性肿瘤（MPN）患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠MPN模型	RNA测序数据	四个独立的患者队列和小鼠模型
3300	2025-02-26	Identification of microenvironment features associated with primary resistance to anti-PD-1/PD-L1 + antiangiogenesis in gastric cancer through spatial transcriptomics and plasma proteomics 2024-Sep-13, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-02092-x PMID:39272096	研究论文	本研究通过空间转录组学和血浆蛋白质组学，识别了与胃癌抗PD-1/PD-L1和抗血管生成联合治疗原发性耐药相关的微环境特征	首次在Caucasian患者中评估regorafenib与avelumab联合治疗的效果，并揭示了M2巨噬细胞和S100A10蛋白在耐药机制中的关键作用	研究样本量较小，且主要针对Caucasian患者，可能限制了结果的普遍适用性	探讨胃癌患者对联合治疗的耐药机制，特别是肿瘤微环境中的免疫调节作用	晚期胃癌患者	数字病理学	胃癌	空间转录组学, 血浆蛋白质组学	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	REGOMUNE II期研究中的Caucasian患者