单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3261	2025-02-26	Deciphering chondrocyte diversity in diabetic osteoarthritis through single-cell transcriptomics 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108356 PMID:39848169	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病性骨关节炎（DOA）与骨关节炎（OA）在细胞和分子机制上的差异，并发现了一种新的软骨细胞亚群	发现了DOA中一种新的软骨细胞亚群，称为'热休克'软骨细胞，并揭示了DOA中炎症通路的显著上调	未提及样本量的具体信息，且未讨论研究的长期临床意义	阐明糖尿病性骨关节炎（DOA）与骨关节炎（OA）在细胞和分子机制上的差异	软骨细胞	单细胞转录组学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3262	2025-02-26	High antigen-presenting CAF levels correlate with reduced glycosaminoglycan biosynthesis-heparan sulfate/heparin metabolism in immune cells and poor prognosis in esophageal squamous cell carcinoma: Insights from bulk and single-cell transcriptome profiling 2025-Apr, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140418 PMID:39889995	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了食管鳞状细胞癌中抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）对肿瘤代谢环境的重塑作用及其与患者不良预后的关联	首次在食管鳞状细胞癌中识别出抗原呈递的癌症相关成纤维细胞（apCAF）亚群，并揭示了其对肿瘤代谢环境的重塑机制	研究中未详细探讨apCAF如何具体影响免疫逃逸的分子机制	探讨癌症相关成纤维细胞在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的代谢重编程作用及其对患者预后的影响	食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3263	2025-02-26	Nintedanib improves bleomycin-induced pulmonary fibrosis by inhibiting the Clec7a/SPP1 pathway in interstitial macrophages 2025-Apr, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111635 PMID:39892726	研究论文	本研究通过单细胞测序和RNA-seq数据的整合分析，揭示了Nintedanib在治疗特发性肺纤维化中的新机制	发现了Nintedanib通过抑制间质巨噬细胞中的Clec7a，进而抑制SPP1介导的纤维化通路，提供了新的治疗视角	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	揭示Nintedanib在治疗特发性肺纤维化中的具体作用机制	特发性肺纤维化小鼠模型	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序, RNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠肺组织样本
3264	2025-02-26	A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and innovations 2025-Apr, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2025.108362 PMID:39919386	review	本文系统回顾了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的应用和创新，特别是在胰岛细胞中的应用	强调了scRNA-seq在理解细胞类型、基因活动和细胞相互作用方面的进展，并讨论了其在复杂生物过程和疾病研究中的重要性	讨论了scRNA-seq的挑战和局限性	研究单细胞RNA测序在细胞多样性和复杂生物过程中的应用	胰岛细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3265	2025-02-26	Unveiling FKBP7 as an early endoplasmic reticulum sentinel in pancreatic stellate cell activation, collagen remodeling and tumor progression 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217538 PMID:39924075	研究论文	本文揭示了FKBP7在胰腺星状细胞激活、胶原重塑和肿瘤进展中的早期内质网哨兵作用	首次发现FKBP7作为胰腺星状细胞激活的早期标志物，并揭示其通过调节特定胶原亚型的分泌来影响肿瘤微环境	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床环境中进行验证	探讨内质网驻留蛋白FKBP7在胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的作用	胰腺星状细胞（PSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、免疫组织化学、功能分析	NA	RNA测序数据、组织样本	PDAC患者组织样本
3266	2025-02-26	The development and potent antitumor efficacy of CD44/CD133 dual-targeting IL7Rα-armored CAR-T cells against glioblastoma 2025-Apr-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217541 PMID:39952598	研究论文	本文开发了一种针对CD44和CD133的双靶向IL7Rα装甲CAR-T细胞，用于治疗胶质母细胞瘤（GBM），并展示了其在临床前模型中的抗肿瘤效果	开发了一种新型的双靶向CAR-T细胞（Tanζ-T28-Δ7R），结合了CD44和CD133的靶向能力以及IL-7受体α的细胞内结构域，增强了抗肿瘤效果	研究主要基于临床前模型，尚未进行大规模临床试验验证其安全性和有效性	开发一种针对胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法，克服肿瘤异质性和免疫抑制微环境的挑战	胶质母细胞瘤（GBM）患者来源的胶质瘤干细胞（GSCs）、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和胶质母细胞瘤类器官（GBOs）	免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	CAR-T细胞	测序数据、细胞表型数据	患者来源的GSCs、颅内异种移植模型、患者来源的异种移植模型和GBOs
3267	2025-02-26	Resolving the bone - optimizing decalcification in spatial transcriptomics and molecular pathology 2025-Mar, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2446038 PMID:39723974	综述	本文探讨了在空间转录组学和分子病理学中优化骨组织脱钙的方法，以提高研究结果	提出了传统和现代脱钙方法的比较，并提供了技术和方法上的改进建议，以实现分子稳健的骨和钙化组织处理	未提及具体实验数据或样本量，可能缺乏实证支持	优化骨组织脱钙方法，以改善空间转录组学和分子病理学的研究结果	骨组织和钙化组织	分子病理学	NA	脱钙技术	NA	NA	NA
3268	2025-02-26	Biological and clinical significance of tumour-infiltrating lymphocytes in the era of immunotherapy: a multidimensional approach 2025-Mar, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-024-00984-x PMID:39820025	综述	本文讨论了肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）在免疫治疗时代的生物学和临床意义，并提出了系统研究TILs的概念框架	提出了一个系统研究TILs的概念框架，并总结了TILs在免疫检查点抑制剂治疗中的生物学特性和生物标志物潜力	大多数研究集中在主要TIL亚群的丰度上，但尚未开发出标准化的量化策略或分析其他关键方面，如它们的功能特征、空间分布和/或排列、肿瘤抗原反应性、克隆多样性和异质性	探讨TILs在免疫治疗中的生物学和临床意义，并支持该领域的未来发展	肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	免疫学	实体瘤	单细胞转录组学、蛋白质组学、高维空间平台和先进计算模型	NA	NA	NA
3269	2025-02-26	GAMG alleviates liver fibrosis through inducing ferroptosis in inflammatory macrophages via the IRF1/SLC7A11 signaling pathway 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103509 PMID:39904190	研究论文	本研究探讨了GAMG通过IRF1/SLC7A11信号通路诱导炎症巨噬细胞铁死亡，从而缓解肝纤维化的机制	首次揭示了GAMG通过激活IRF1/SLC7A11轴诱导炎症巨噬细胞铁死亡的新机制，为肝纤维化治疗提供了新策略	研究中未详细探讨GAMG在其他类型细胞中的作用及其潜在的副作用	研究GAMG在肝纤维化中的作用及其机制	肝纤维化小鼠模型和炎症巨噬细胞	生物医学	肝纤维化	单细胞RNA测序、质谱代谢组学分析	NA	RNA测序数据、代谢组学数据	肝纤维化小鼠模型和炎症巨噬细胞
3270	2025-02-26	Inhibition of glutathione peroxidase 4 suppresses gastric cancer peritoneal metastasis via regulation of RCC2 homeostasis 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103519 PMID:39908861	研究论文	本研究探讨了谷胱甘肽过氧化物酶4（GPx4）在胃癌腹膜转移中的作用及其分子机制	揭示了GPx4通过调节RCC2的稳态促进胃癌腹膜转移的分子机制，并发现GPx4抑制通过促进ROS诱导的RCC2泛素化和降解来抑制胃癌进展和转移	研究中使用的样本量有限，且主要依赖于体外和体内实验，需要进一步临床验证	探讨GPx4在胃癌腹膜转移中的作用及其分子机制，以寻找新的治疗靶点	胃癌细胞和腹膜转移模型	癌症研究	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、蛋白质组学分析	NA	RNA测序数据、蛋白质组数据	回顾性临床样本和实验模型
3271	2025-02-26	Human placental extract improves liver cirrhosis in mice with regulation of macrophages and senescent cells 2025-Mar, Regenerative therapy IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.reth.2025.01.017 PMID:39991509	研究论文	本研究探讨了人胎盘提取物（HPE）对肝硬化小鼠模型的治疗效果及其机制	首次使用空间转录组学详细分析HPE对肝硬化的抗炎机制，特别是对巨噬细胞和衰老细胞的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	开发肝硬化的新型治疗方法，替代肝移植	肝硬化小鼠模型	生物医学	肝硬化	实时PCR、免疫染色、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据、血清ALT水平数据	每组8只小鼠
3272	2025-02-26	SenSkin™: a human skin-specific cellular senescence gene set 2025-Feb-25, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01568-y PMID:39998731	研究论文	本文介绍了一种名为SenSkin™的人类皮肤特异性细胞衰老基因集，通过文献综述和通路分析进行构建，并在时序衰老和光老化数据集中进行了验证	SenSkin™是针对皮肤特异性细胞衰老的基因集，相较于非组织特异性基因集，能更有效地检测皮肤中的衰老细胞	研究主要基于RNA-seq数据，未涉及其他类型的数据验证	开发并验证一种针对人类皮肤特异性细胞衰老的基因集，以提高检测皮肤衰老细胞的敏感性和特异性	人类皮肤细胞	生物信息学	NA	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	多个RNA-seq数据集（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq）
3273	2025-02-26	Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals an Aggressive Basal-Like Tumor Cell Subpopulation Associated With Poor Prognosis in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 2025-Feb-24, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16915 PMID:39993788	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了肝内胆管癌中与不良预后相关的侵袭性基底样肿瘤细胞亚群	首次在肝内胆管癌中识别出基底样肿瘤细胞亚群，并揭示了其与MET信号通路激活及不良预后的关联	样本量相对较小，仅包括23名患者的26个肿瘤样本	解析肝内胆管癌的肿瘤异质性，识别新的治疗靶点	肝内胆管癌患者的肿瘤样本	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组测序、免疫组化染色、多重免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、图像数据	23名患者的26个肿瘤样本，6名患者的6个肿瘤切片
3274	2025-02-26	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing to identify a distinct tumor stem cells and construct a novel prognostic signature for evaluating prognosis and immunotherapy in LUAD 2025-Feb-22, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06243-6 PMID:39987127	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别了肺腺癌中的肿瘤干细胞基因特征，并构建了一个新的预后标志物模型，用于评估肺腺癌的预后和免疫治疗效果	结合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个包含49个肿瘤干细胞相关基因的预后模型，并揭示了TAF10在肺腺癌中的潜在治疗靶点作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于TAF10的功能研究，未全面验证所有基因的功能	识别肺腺癌中的肿瘤干细胞基因特征，构建预后模型并评估免疫治疗效果	肺腺癌（LUAD）	生物信息学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），qRT-PCR，Western blot，免疫组化	Lasso-Cox回归模型	RNA测序数据	NA
3275	2025-02-26	NK cell immunopotentiators-loaded nanoliposomes enhance ADCC effect for targeted therapy against HER2-positive breast cancer 2025-Feb-22, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-02023-9 PMID:39987140	研究论文	本研究探讨了通过负载NK细胞免疫增强剂的纳米脂质体增强ADCC效应，以针对HER2阳性乳腺癌进行靶向治疗	通过单细胞测序和生物信息学分析揭示了HER2阳性乳腺癌对曲妥珠单抗反应降低的关键机制，并设计了HER2靶向的pH敏感纳米脂质体来递送NK细胞免疫增强剂，显著增强了NK细胞的功能活性和肿瘤微环境中的浸润，从而提高了曲妥珠单抗的抗肿瘤效果	研究主要基于体外实验和HER2乳腺癌模型，尚未进行大规模临床试验验证	增强HER2阳性乳腺癌对曲妥珠单抗的治疗反应，克服耐药性问题	HER2阳性乳腺癌患者肿瘤组织中的NK细胞	肿瘤免疫治疗	乳腺癌	单细胞测序、生物信息学分析	NA	单细胞测序数据	NA
3276	2025-02-26	Interferon-gamma receptor signaling regulates innate immunity during Staphylococcus aureus craniotomy infection 2025-Feb-22, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03376-9 PMID:39987156	研究论文	本文研究了干扰素-γ受体信号在金黄色葡萄球菌颅骨感染期间对先天免疫的调控作用	发现了IFN-γ在颅骨感染中的关键保护作用，通过增强巨噬细胞和小胶质细胞的抗菌活性	研究中未观察到粒细胞或巨噬细胞/小胶质细胞Ifngr1条件性敲除小鼠的表型变化，表明存在冗余机制	开发针对颅骨感染中免疫功能障碍的替代治疗策略	金黄色葡萄球菌颅骨感染模型	免疫学	感染性疾病	单细胞转录组学	Ifngr1缺陷小鼠模型	基因表达数据	Ifngr1缺陷小鼠与野生型小鼠
3277	2025-02-26	Interpretable single-cell factor decomposition using sciRED 2025-Feb-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57157-2 PMID:39987196	研究论文	本文介绍了sciRED方法，用于改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	sciRED通过去除已知的混杂效应、使用旋转提高因子可解释性、将因子映射到已知协变量、识别可能捕获隐藏生物现象的未解释因子，并确定结果因子代表的基因和生物过程，从而改进了单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	NA	改进单细胞RNA测序数据的因子分析解释性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	sciRED	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
3278	2025-02-26	Human nasal turbinate stem cells with specific gene signatures (HAS2, CXCL1, KRTAP1-5, GSTT2B, and C4B) attenuate rheumatoid arthritis 2025-Feb-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90707-8 PMID:39987230	研究论文	本研究探讨了人鼻甲来源的干细胞（hNTSCs）对类风湿性关节炎（RA）小鼠的治疗效果，并鉴定了具有治疗效果的hNTSCs基因特征	首次鉴定了hNTSCs在RA治疗中的特定基因特征（HAS2、CXCL1、KRTAP1-5、GSTT2B和C4B），并揭示了其通过抑制效应T细胞增殖和破骨细胞生成来发挥治疗作用的机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	研究hNTSCs对RA的治疗效果及其机制	人鼻甲来源的干细胞（hNTSCs）和胶原诱导的关节炎（CIA）小鼠	干细胞治疗	类风湿性关节炎	流式细胞术、TRAP染色、微阵列分析、RT-qPCR、单细胞RNA测序	CIA小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	20名健康对照者的hNTSCs和CIA小鼠
3279	2025-02-26	Unveiling the cell-type-specific landscape of cellular senescence through single-cell transcriptomics using SenePy 2025-Feb-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57047-7 PMID:39987255	研究论文	本文介绍了一种名为SenePy的分析算法，用于定义跨多种细胞类型和组织的细胞衰老的细胞类型特异性和通用特征	开发了SenePy评分平台，利用72个小鼠和64个人类的加权单细胞转录组特征，更好地再现体内细胞衰老	NA	识别细胞衰老的细胞类型特异性特征，并研究其在健康和疾病状态下的积累动力学	小鼠和人类的单细胞转录组数据	生物信息学	肿瘤生成、炎症、心肌梗死	单细胞转录组学	SenePy算法	单细胞转录组数据	72个小鼠和64个人类的单细胞样本
3280	2025-02-26	Emergence of inflammatory fibroblasts with aging in Hermansky-Pudlak syndrome associated pulmonary fibrosis 2025-Feb-22, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07589-9 PMID:39987372	研究论文	本文研究了与肺纤维化发病和进展相关的细胞相互作用，通过单细胞RNA测序技术构建了年轻和老年Hermansky-Pudlak综合征（HPS）小鼠模型的肺细胞图谱	发现了HPS小鼠中SAA3炎症性肺成纤维细胞的年龄依赖性增加，并揭示了HPS1和HPS2小鼠中不同类型的细胞相互作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量较少，可能限制了结果的普适性	探究肺纤维化的发病机制及进展过程中的细胞相互作用	Hermansky-Pudlak综合征（HPS）小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	年轻和老年HPS小鼠模型及三名HPS1患者的肺组织