单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3261	2025-02-23	Single-cell and Spatial Transcriptomics Illuminate Bat Immunity and Barrier Tissue Evolution 2025-Feb-03, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf017 PMID:39836373	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，研究了埃及果蝠的免疫和屏障组织进化，揭示了其独特的补体系统基因表达模式	首次在埃及果蝠中通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了其补体系统基因在肺和肠道上皮中的独特表达模式，并与小鼠和人类进行了比较	研究主要集中在中东果蝠，可能不适用于其他蝙蝠物种	探讨埃及果蝠对病原体的抵抗机制，特别是补体系统基因的表达和进化	埃及果蝠的肠道、肺和血液细胞	比较免疫学	NA	单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	基因表达数据	埃及果蝠、小鼠和人类的肠道、肺和血液细胞样本
3262	2025-02-23	The Society for Immunotherapy of Cancer Perspective on Tissue-Based Technologies for Immuno-Oncology Biomarker Discovery and Application 2025-Feb-03, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2469 PMID:39625818	评论	本文总结了免疫肿瘤学中基于组织的技术用于生物标志物发现和应用的最新进展	本文强调了多参数、多组学和计算平台在生成前所未有的深度数据方面的潜力，以发现更强大的生物标志物，从而增强患者选择和个性化治疗方法	需要权衡各种技术的优缺点，包括最小化患者采样、最大化数据输出、评估结果的再现性和代表性，同时减少数据碎片化以实现协调	评估和推进免疫肿瘤学中生物标志物技术的应用，以改善患者护理	免疫肿瘤学中的生物标志物	数字病理学	癌症	多重免疫组化、免疫荧光、单细胞转录组学、质谱定量和空间分辨蛋白质组学成像技术	NA	多组学数据	NA
3263	2025-02-23	Applications and emerging challenges of single-cell RNA sequencing technology in tumor drug discovery 2025-Feb, Drug discovery today IF:6.5Q1 DOI:10.1016/j.drudis.2025.104290 PMID:39828052	review	本文综述了单细胞RNA测序技术在肿瘤药物发现中的应用及面临的挑战	探讨了单细胞RNA测序技术在肿瘤药物发现中的新应用，包括阐明肿瘤机制、识别靶点、筛选药物以及理解药物作用和耐药性	讨论了使用单细胞RNA测序技术在药物开发中面临的挑战	推动肿瘤治疗的发展	肿瘤药物发现	生物信息学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3264	2025-02-23	Exosome-based targeted delivery of NF-κB ameliorates age-related neuroinflammation in the aged mouse brain 2025-Feb, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-024-01388-8 PMID:39833561	研究论文	本研究评估了装载不可降解形式IκB的外泌体（Exo-srIκB）在缓解老年小鼠脑部神经炎症中的治疗效果	使用外泌体作为药物递送载体，装载不可降解的IκB，有效抑制NF-κB的核转位，从而缓解老年小鼠脑部的神经炎症	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索外泌体作为治疗老年相关神经炎症的潜在治疗剂	老年小鼠的脑部	神经科学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	老年小鼠脑部样本
3265	2025-02-23	Identifying patterns differing between high-dimensional datasets with generalized contrastive PCA 2025-Feb, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012747 PMID:39919147	研究论文	本文介绍了一种名为广义对比主成分分析（gcPCA）的新方法，用于比较不同实验条件下的高维数据集，以提取在一种条件下富集的低维模式	gcPCA是一种无需超参数调优的灵活方法，解决了传统对比主成分分析（cPCA）需要调优超参数且无法对称比较两个实验条件的问题	NA	开发一种无需超参数调优的方法，用于比较不同实验条件下的高维数据集，以提取在一种条件下富集的低维模式	高维生物数据	机器学习	II型糖尿病	单细胞RNA测序	gcPCA	高维数据	NA
3266	2025-02-23	Single-cell transcriptomic atlas of different endometriosis indicating that an interaction between endometriosis-associated mesothelial cells (EAMCs) and ectopic stromal cells may influence progesterone resistance 2025-Feb, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70216 PMID:39968688	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，构建了不同类型子宫内膜异位症的单细胞转录组图谱，揭示了子宫内膜异位症相关间皮细胞与异位基质细胞之间的相互作用可能影响孕酮抵抗	首次在卵巢子宫内膜异位症中发现间皮细胞，并揭示了间皮细胞在不同亚型中经历不同程度的上皮-间质转化过程，以及通过FN1-AKT通路介导的细胞间通讯对基质细胞孕酮抵抗的影响	样本量较小，仅包括6名患者的手术活检样本	探索和阐明不同类型子宫内膜异位症之间的差异	子宫内膜异位症患者的手术活检样本	单细胞转录组学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	6名患者的手术活检样本
3267	2025-02-23	Neural pathways of nausea and roles in energy balance 2025-Feb, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2024.102963 PMID:39765206	review	本文综述了恶心神经通路的最新研究，特别是它们在能量平衡中的作用	通过单细胞测序和功能映射，揭示了涉及脑干最后区的恶心神经通路，并加深了对最后区在调节进食行为中作用的理解	恶心的神经基础尚未完全阐明，这限制了对这些感觉之间联系的理解	探讨恶心的神经通路及其在能量平衡中的作用	恶心的神经通路，特别是脑干最后区	神经科学	NA	单细胞测序，功能映射	NA	NA	NA
3268	2025-02-23	EPB41L4A-AS1 regulates cervical cancer by proliferative cells: mendelian randomization and single-cell transcriptomics analyses 2025-Jan-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-949 PMID:39974380	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，探讨了增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制	首次揭示了EPB41L4A-AS1通过调控增殖细胞在宫颈癌中的作用	研究主要基于单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，未涉及临床试验验证	探讨增殖细胞在宫颈癌中的作用及其机制	宫颈癌组织中的增殖细胞	生物信息学	宫颈癌	单细胞转录组学、孟德尔随机化、MTT、流式细胞术、GSEA、WGCNA	NA	单细胞转录组数据	宫颈癌组织与健康组织的单细胞转录组数据
3269	2025-02-23	By integrating single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing, plasma cells signature and tertiary lymphoid structures were verified to contribute to outcome in lung adenocarcinoma 2025-Jan-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-24-1746 PMID:39974398	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，验证了浆细胞特征和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的作用	结合单细胞RNA测序和批量RNA测序技术，首次系统性地探讨了浆细胞和三级淋巴结构在肺腺癌预后中的具体作用	研究主要依赖于公开数据库的数据，缺乏独立验证队列	探讨三级淋巴结构和浆细胞在肺腺癌预后中的作用	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据, 临床信息	来自GEO和TCGA数据库的肺腺癌患者数据
3270	2025-02-23	Cell-specific transcriptional signatures of vascular cells in Alzheimer's disease: perspectives, pathways, and therapeutic directions 2025-Jan-29, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-025-00798-0 PMID:39876020	综述	本文综述了阿尔茨海默病（AD）中血管细胞的细胞特异性转录特征及其在靶向治疗中的意义	利用高通量单细胞转录组技术深入研究AD中脑血管细胞的转录异质性，并探讨了血管细胞与神经胶质单元之间的细胞交流障碍	主要基于已发表的单细胞转录组研究，可能受限于样本量和数据质量	探讨AD中脑血管细胞的转录特征及其在治疗中的潜在应用	AD患者和认知正常的老年人的脑血管细胞	数字病理学	老年病	单细胞转录组技术	NA	转录组数据	人类死后脑组织样本
3271	2025-02-23	Mapping cell-cell fusion at single-cell resolution 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.627873 PMID:39896473	研究论文	本文开发了一种分子工具包ClonMapper Duo（CMDuo），用于在肿瘤细胞群体中追踪和分析单个细胞融合事件的起源和结果	开发了CMDuo平台，通过报告基因表达和工程化荧光相关索引序列与随机生成的核苷酸条形码相结合，识别经历细胞融合的细胞，并利用scRNA-seq对索引条形码进行测序，从而在整个细胞群体中映射每组亲本细胞和融合后代	未提及具体局限性	研究细胞融合在癌症进展和治疗反应中的作用	三阴性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	未提及具体样本数量
3272	2025-02-23	CD226 identifies effector CD8+ T cells during tuberculosis and costimulates recognition of Mycobacterium tuberculosis-infected macrophages 2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634303 PMID:39896604	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，研究了慢性感染期间肺实质CD8 T细胞的多样性变化，并确定了CD226在识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了CD226在CD8 T细胞识别结核分枝杆菌感染巨噬细胞中的关键作用，并证实了CD226在体内功能性T细胞中的表达	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	研究慢性结核感染期间肺实质CD8 T细胞的多样性变化及其功能	C57BL/6J小鼠的肺实质CD8 T细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	感染6周和41周的C57BL/6J小鼠
3273	2025-02-23	HPV integration in head and neck cancer: downstream splicing events and expression ratios linked with poor outcomes 2025-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.17.633627 PMID:39896613	研究论文	本文研究了HPV整合在头颈癌中的影响，特别是其与不良临床结果的关系	通过分析大量HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，揭示了HPV整合的致癌网络，并基于RNA特征对HPV整合阳性患者进行分类，发现部分患者具有更差的临床结果	主要关注RNA而非DNA，可能忽略了DNA层面的重要信息	探讨HPV整合在头颈癌中的致癌机制及其与临床结果的关系	261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括批量RNA-seq和单细胞RNA-seq数据	癌症研究	头颈癌	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	261个HPV相关的头颈鳞状细胞癌样本，包括102个HPV阳性参与者的DNA HPV整合事件
3274	2025-02-23	Pro-cumulin addition in a biphasic in vitro oocyte maturation system modulates human oocyte and cumulus cell transcriptomes 2025-Jan-17, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf001 PMID:39862403	研究论文	本研究探讨了在双相体外卵母细胞成熟系统中添加pro-cumulin对人类卵母细胞和卵丘细胞转录组的影响	首次在人类双相体外卵母细胞成熟系统中研究了pro-cumulin对卵母细胞和卵丘细胞转录组的调节作用	未在蛋白质组水平上评估pro-cumulin的影响，也未评估其对胚胎学结果的影响	研究pro-cumulin在双相体外卵母细胞成熟系统中的作用，以提高卵母细胞的发育能力	人类卵母细胞和卵丘细胞	生殖医学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	未明确提及具体样本数量，但涉及人类卵母细胞和卵丘细胞
3275	2025-02-23	Classifying cell cycle states and a quiescent-like G0 state using single-cell transcriptomics 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.16.589816 PMID:38659838	研究论文	本文介绍了一种高分辨率的细胞周期分类器ccAFv2，用于单细胞RNA测序数据中细胞周期状态的分类	ccAFv2能够分类六种细胞周期状态和一个类似静止的G0状态，并在多种细胞类型中表现出色	G0、G1和Late G1状态在非神经上皮细胞类型中的分类准确性较低	开发一种高精度的细胞周期分类器，以解析细胞异质性和细胞周期对细胞过程的影响	人类神经干细胞和其他细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ccAFv2分类器	单细胞RNA测序数据	人类和小鼠的细胞、细胞核和空间转录组数据
3276	2025-02-23	Piscis: a novel loss estimator of the F1 score enables accurate spot detection in fluorescence microscopy images via deep learning 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.31.578123 PMID:38352551	研究论文	本文介绍了一种名为Piscis的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，采用了一种新的损失函数SmoothF1 loss，该函数近似F1分数以直接惩罚假阳性和假阴性	提出了SmoothF1损失函数，这是一种新的损失函数，能够近似F1分数并直接惩罚假阳性和假阴性，同时保持可微性，适用于深度学习训练	NA	开发一种全自动的深度学习算法，用于荧光显微镜图像中的斑点检测，以提高RNA FISH成像数据的分析准确性和高通量处理能力	荧光显微镜图像中的斑点	计算机视觉	NA	RNA FISH	深度学习	图像	358张手动注释的实验RNA FISH图像和240张合成图像
3277	2025-02-23	Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data 2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.13.607784 PMID:39185246	研究论文	本文探讨了实验和计算方法如何改进单核RNA测序（snRNA-seq）数据中的等位基因失衡分析	开发了一套新的计算工具来处理和分析scRNA-seq和snRNA-seq数据，用于等位基因特异性表达（ASE）分析，并展示了如何通过实验选择（如RNA来源、读长、测序深度、基因分型等）提高ASE方法的效力	未明确提及研究的局限性	改进单细胞水平上的等位基因失衡分析方法，以更好地理解人类基因组变异对RNA表达的影响	单核RNA测序（snRNA-seq）数据	生物信息学	帕金森病	单核RNA测序（snRNA-seq），等位基因特异性表达（ASE）分析	NA	RNA测序数据	94名帕金森病患者的队列
3278	2025-02-23	GraphVelo allows for accurate inference of multimodal omics velocities and molecular mechanisms for single cells 2025-Jan-15, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5613372/v1 PMID:39877092	研究论文	本文介绍了GraphVelo，一种基于图的机器学习方法，用于从单细胞数据中推断多模态组学速度和分子机制	GraphVelo通过使用现有方法推断的RNA速度作为输入，推断出位于单细胞数据低维流形切空间的速度向量，保留了向量大小和方向信息，并扩展了RNA速度到多模态数据	现有方法在复杂转录动态、低表达或缺乏剪接动态的基因上存在限制，且不适用于非转录组模态的数据	提取高通量单细胞数据中的时间分辨信息，并揭示基因、病毒和宿主细胞之间的定量非线性调控关系	单细胞数据，包括病毒-宿主相互作用组和多组学数据集	机器学习	NA	scRNA-seq	基于图的机器学习	单细胞数据	多个合成和实验性scRNA-seq数据集
3279	2025-02-23	Infants display reduced NK cell responses in RSV and increased inflammatory responses in SARS-CoV-2 infections 2025-Jan-13, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5640872/v1 PMID:39877087	研究论文	本研究通过单细胞转录组学、表观基因组学和细胞因子分析，比较了婴儿在RSV和SARS-CoV-2感染中的免疫反应差异	揭示了RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中引发的不同免疫反应，特别是NK细胞和炎症反应的差异	样本量相对较小，且仅针对婴儿群体，可能无法推广到其他年龄段	比较RSV和SARS-CoV-2感染在婴儿中的免疫反应差异，以揭示其潜在机制	婴儿（中位年龄2.3个月）的血液样本	免疫学	呼吸道感染	单细胞转录组学、表观基因组学、细胞因子分析	NA	血液样本	RSV感染婴儿19例，SARS-CoV-2感染婴儿30例，健康对照17例
3280	2025-02-23	Brain aging and rejuvenation at single-cell resolution 2025-Jan-08, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2024.12.007 PMID:39788089	综述	本文综述了单细胞组学技术在脑衰老和再生研究中的应用，探讨了脑衰老过程中细胞类型的变化及细胞间相互作用，并提出了新的研究方向	利用单细胞组学技术提供了脑衰老和再生的无偏视图，强调了组合再生方法的潜力，并提出了新的研究方向，如脑衰老模型和神经干细胞作为再生焦点	NA	探讨脑衰老过程中单个细胞的变化如何导致与年龄相关的功能障碍，并评估再生干预措施的效果	脑细胞	单细胞组学	阿尔茨海默病, 帕金森病	单细胞转录组学	NA	单细胞组学数据	NA