单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3261	2025-05-01	Myeloid deficiency of Z-DNA binding protein 1 restricts septic cardiomyopathy via promoting macrophage polarisation towards the M2-subtype 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70315 PMID:40289345	研究论文	本研究揭示了Z-DNA结合蛋白1（ZBP1）在脓毒症心肌病中的作用及其通过STAT1-ZBP1轴促进巨噬细胞M2亚型极化的机制	首次发现STAT1-ZBP1轴在巨噬细胞中促进脓毒症心肌病的作用，并证实ZBP1缺失可促进巨噬细胞向M2亚型极化	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探究ZBP1在脓毒症心肌病中的分子机制及其作为治疗靶点的潜力	LPS处理的小鼠心肌组织、内皮细胞、成纤维细胞和巨噬细胞	心血管疾病	脓毒症心肌病	scRNA-seq、snRNA-seq、免疫荧光、超声心动图	小鼠模型	mRNA测序数据、影像数据	LPS处理的小鼠心肌组织样本
3262	2025-05-01	cGAS/STING signalling in macrophages aggravates obliterative bronchiolitis via an IFN-α-dependent mechanism after orthotopic tracheal transplantation in mice 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70323 PMID:40292672	research paper	研究揭示了cGAS/STING信号通路通过IFN-α2依赖性机制在巨噬细胞中加剧小鼠原位气管移植后的闭塞性细支气管炎	首次阐明cGAS/STING信号通路通过IFN-α2依赖性机制在巨噬细胞中促进闭塞性细支气管炎的进展	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证	探究cGAS/STING信号通路在闭塞性细支气管炎发病机制中的作用	小鼠原位气管移植模型和巨噬细胞	免疫学	闭塞性细支气管炎	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫荧光染色、流式细胞术	小鼠基因敲除模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明具体样本量的小鼠实验
3263	2025-05-01	Deciphering of intra-tumoural heterogeneity and the interplay between metastasis-associated meta-program and myofibroblasts in gastric cancer 2025-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70319 PMID:40292733	研究论文	通过单细胞和空间转录组学解析胃癌的肿瘤内异质性，并揭示转移相关元程序与肌成纤维细胞的相互作用机制	鉴定了胃癌中的七个元程序（MP1-MP7），特别是MP7与肌成纤维细胞（myCAFs）的相互作用机制及其在免疫逃逸中的作用，为胃癌治疗提供了新的靶点	研究主要基于单细胞和空间转录组学数据，临床样本验证仍需进一步扩大样本量	解析胃癌的肿瘤内异质性及其与肿瘤微环境中肌成纤维细胞的相互作用	胃癌细胞、肌成纤维细胞（myCAFs）、CD8 T细胞	肿瘤生物学	胃癌	单细胞转录组学、空间转录组学、体外实验、临床样本分析、患者来源类器官模型（PDOs）	NA	转录组数据、临床数据	未明确提及具体样本数量，但涉及临床样本和PDOs模型
3264	2025-05-01	Elevated KIF2C Expression Drives Osteosarcoma Progression by Modulating the Wnt/β-Catenin Signaling Pathway and Contributing to an Immunosuppressive Tumor Microenvironment 2025-May, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70915 PMID:40292920	研究论文	研究KIF2C在骨肉瘤(OS)中的作用及其对肿瘤微环境的影响	首次揭示KIF2C通过调节Wnt/β-catenin信号通路和促进免疫抑制性肿瘤微环境来驱动骨肉瘤进展	研究主要基于公共数据集和体外/体内实验，需要进一步临床验证	探究KIF2C在骨肉瘤发生发展中的作用机制	骨肉瘤细胞和肿瘤微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	KEGG富集分析、GSVA、ssGSEA、ESTIMATE算法、单细胞测序、分子对接和分子动力学	体外细胞模型和体内动物模型	基因表达数据和蛋白质相互作用数据	公共数据集中的骨肉瘤样本和实验模型
3265	2025-05-01	Single-cell transcriptome unveils mesenchymal cell diversity in endometriosis 2025-Apr-30, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf065 PMID:40302519	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，揭示了子宫内膜异位症中间充质细胞的多样性及其在疾病发病机制中的关键作用	首次构建了子宫内膜异位症的单细胞图谱，鉴定了六个不同的间充质亚群，并阐明了它们在蛋白质合成、细胞粘附和代谢过程中的功能	样本量较小（仅3个子宫内膜异位症卵巢组织和3个正常卵巢组织），可能影响结果的普遍性	探究子宫内膜异位症中间充质细胞的多样性和功能	子宫内膜异位症和正常卵巢组织中的间充质细胞	单细胞转录组学	子宫内膜异位症	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	3个子宫内膜异位症卵巢组织和3个正常卵巢组织
3266	2025-05-01	Investigation into the Spatial Heterogeneity of Lung Composite Large-Cell Neuroendocrine Carcinoma Spatial Transcriptomic Analysis of Combined Large-Cell Neuroendocrine Carcinoma 2025-Apr-30, Cancer biotherapy & radiopharmaceuticals DOI:10.1089/cbr.2025.0043 PMID:40304569	research paper	本研究探讨了肺复合大细胞神经内分泌癌（CoLCNEC）的空间转录组表达模式，并识别了关键基因	利用空间转录组技术（ST）分析了CoLCNEC患者的样本，发现了基因SMC1A在肿瘤区域的显著上调及其在癌细胞迁移、侵袭和细胞周期中的作用	研究仅基于一个CoLCNEC患者的样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性	探索CoLCNEC的空间转录组表达模式，识别关键基因并验证其作为治疗靶点的潜力	肺复合大细胞神经内分泌癌（CoLCNEC）患者的肿瘤组织	digital pathology	lung cancer	空间转录组技术（ST）、高通量测序、免疫组化、RT-qPCR、Western blot、流式细胞术	NA	基因表达数据、空间位置数据	一个CoLCNEC患者的样本，包含三种不同成分（LCNEC、腺癌和鳞状细胞癌）
3267	2025-05-01	Decoding Alzheimer's Disease: Single-Cell Sequencing Uncovers Brain Cell Heterogeneity and Pathogenesis 2025-Apr-30, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-04997-0 PMID:40304967	综述	本文系统总结了单细胞转录组和表观基因组方法在阿尔茨海默病研究中的应用，重点关注细胞类型和亚型特异性转录组变化的表征	利用单细胞测序技术揭示了阿尔茨海默病大脑的细胞和分子异质性，并整合多种组学技术阐明疾病轨迹和细胞通讯网络	NA	增强对阿尔茨海默病发病机制的理解，并为精准医学识别新的治疗靶点和生物标志物	阿尔茨海默病患者大脑中的神经元和胶质细胞亚群	数字病理学	老年病	scRNA-seq, ATAC-seq, 空间转录组学	NA	单细胞测序数据	NA
3268	2025-05-01	Integrative Analysis of Lactylation-Associated Features in Abdominal Aortic Aneurysm and Its Immune Microenvironment Utilizing scRNA-seq and Bulk RNA Sequencing 2025-Apr-29, Circulation journal : official journal of the Japanese Circulation Society IF:3.1Q2 DOI:10.1253/circj.CJ-24-0892 PMID:40301103	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究腹部主动脉瘤（AAA）中乳酰化与免疫微环境的关系	首次揭示了乳酰化在不同免疫细胞类型中的异质性及其与免疫反应的关联，并鉴定了8个与乳酰化相关的核心基因	研究结果需要进一步的实验验证，特别是在人类样本中的应用	阐明乳酰化与AAA免疫反应之间的相互关系	腹部主动脉瘤（AAA）患者	生物信息学	心血管疾病	scRNA-seq, Bulk RNA测序	机器学习算法（113种组合）	RNA测序数据	NA
3269	2025-05-01	Broad rim lesions are a new pathological and imaging biomarker for rapid disease progression in multiple sclerosis 2025-Apr-29, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-025-03625-7 PMID:40301560	research paper	该研究通过分析多发性硬化症（MS）尸检队列，发现了一种新型病变类型——宽边缘病变，可作为疾病快速进展的生物标志物	首次揭示了宽边缘病变作为MS快速进展的新型病理和影像学生物标志物，并验证了其与疾病进展的关联	研究样本来自尸检队列，可能无法完全反映活体患者的动态病理过程	探索多发性硬化症疾病进展的潜在机制并寻找相关生物标志物	多发性硬化症患者尸检脑组织样本和独立PET研究队列	digital pathology	multiple sclerosis	空间转录组学、PET成像	NA	组织病理学图像、转录组数据、PET影像数据	尸检队列186例，PET研究队列114例
3270	2025-05-01	Clinical Diagnosis and Treatment System for Neurological Psychological Gastrointestinal Diseases Based on Multimodal Artificial Intelligence and Immunology 2025-Apr-29, Current pharmaceutical biotechnology IF:2.2Q3 DOI:10.2174/0113892010359130250413024112 PMID:40304348	research paper	开发了一种基于多模态人工智能和免疫学的神经系统心理胃肠疾病临床诊疗系统，用于预测和辅助治疗结直肠癌	结合神经免疫基因调控设计人工智能多模态胃肠疾病临床信息系统，利用单细胞测序技术和分子模拟技术深入分析生存预测系统中的特征选择生物机制	未提及具体样本量及模型在更广泛人群中的适用性验证	优化结直肠癌的诊疗策略，满足临床定价机构的需求	结直肠癌患者	digital pathology	colorectal cancer	single-cell sequencing, molecular simulation	AI multimodal system	gene expression levels, immune cell status, living habits data	NA
3271	2025-05-01	Autosomal dominant SLURP1 variants cause palmoplantar keratoderma and progressive symmetric erythrokeratoderma 2025-Apr-28, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf049 PMID:39913669	研究论文	该研究通过全外显子测序发现了导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的SLURP1基因新变异	首次发现常染色体显性遗传的SLURP1变异会导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症，并揭示了其作用机制	研究样本量较小（仅3个无亲缘关系的家系）	鉴定导致掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症的新遗传变异	表皮分化障碍患者（包括掌跖角化症和进行性对称性红斑角化症表型）	遗传学	皮肤疾病	全外显子测序、计算机模拟预测、患者角质形成细胞实验、高分辨率空间转录组学、定量细胞因子分析	NA	基因序列数据、细胞实验数据	3个无亲缘关系的家系
3272	2025-05-01	LAMA4+ CD90+ eCAFs provide immunosuppressive microenvironment for liver cancer through induction of CD8+ T cell senescence 2025-Apr-28, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02162-7 PMID:40289085	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，鉴定了与肝细胞癌预后不良相关的CD90 eCAFs亚型，并揭示了其通过LAMA4诱导CD8+ T细胞衰老的机制	首次鉴定了LAMA4+ CD90+ eCAFs亚型，揭示了其通过ITGA6受体介导的DNA损伤信号通路诱导CD8+ T细胞衰老的新机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床样本验证不足	探究肝细胞癌中肿瘤微环境与免疫系统的相互作用机制	肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肝癌	单细胞RNA测序、空间转录组、siRNA转染、Western blot、流式细胞术	自发小鼠肝细胞癌模型(DEN+CCL4诱导)	单细胞转录组数据、空间转录组数据、流式细胞数据	未明确说明样本数量，包含人类肝细胞癌样本和小鼠模型
3273	2025-05-01	Transcriptomic characterization of transitioning cell types in the skin of Atlantic salmon 2025-Apr-28, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02196-w PMID:40289111	research paper	本研究通过单核测序和空间转录组学技术，描述了健康大西洋鲑鱼组织中及伤口愈合过程中间充质基质细胞的转录组特征	首次绘制了伤口愈合过程中潜在分化间充质基质细胞亚群的转录组活性，揭示了不同亚群的空间生态位	研究仅针对大西洋鲑鱼，结果可能不适用于其他物种	探究大西洋鲑鱼皮肤伤口愈合过程中细胞转录组的变化	大西洋鲑鱼的间充质基质细胞（成纤维细胞样成体干细胞）	转录组学	NA	单核测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
3274	2025-05-01	InSituCor: exploring spatially correlated genes conditional on the cell type landscape 2025-Apr-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03554-1 PMID:40275395	research paper	介绍了一个名为InSituCor的工具包，用于发现空间转录组数据中与细胞类型景观无关的空间相关基因模块	InSituCor能够识别不受已知因素（如细胞类型分布）影响的空间相关基因，从而揭示更有意义的生物学关系	未明确提及具体的技术限制或数据适用范围	探索空间转录组数据中与细胞类型景观无关的空间相关基因	空间转录组数据中的基因表达模式	空间转录组学	NA	空间转录组学分析	NA	空间转录组数据	NA
3275	2025-05-01	Intratumoral microbiota predicts the response to neoadjuvant chemoimmunotherapy in triple-negative breast cancer 2025-Apr-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010365 PMID:40280564	research paper	该研究探讨了肿瘤内微生物群在三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应预测中的作用	首次证实肿瘤内微生物群可作为预测三阴性乳腺癌患者对新辅助化疗免疫治疗反应的生物标志物	样本量相对较小(89例患者)，且仅针对早期三阴性乳腺癌患者	探索肿瘤内微生物群在预测三阴性乳腺癌新辅助化疗免疫治疗反应中的作用	89例早期三阴性乳腺癌女性患者	digital pathology	triple-negative breast cancer	16S rDNA sequencing, scRNA-seq	machine-learning models	genomic sequencing data, transcriptome data	89例早期三阴性乳腺癌女性患者
3276	2025-05-01	Semaphorin 6A phase separation sustains a histone lactylation-dependent lactate buildup in pathological angiogenesis 2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2423677122 PMID:40244673	研究论文	本文研究了Semaphorin 6A通过相分离机制维持组蛋白乳酸化依赖的乳酸积累在病理性血管生成中的作用	揭示了SEMA6A通过相分离机制招募RHOA和P300，促进P300磷酸化和组蛋白乳酸化循环的新机制	研究主要聚焦于视网膜缺血性疾病中的血管生成，可能不适用于其他类型的血管疾病	探究病理性血管生成中组蛋白乳酸化修饰的调控机制	内皮细胞(ECs)和视网膜病理性血管生成	分子生物学	视网膜缺血性疾病	CUT&Tag, scRNA-seq	NA	基因组数据, 单细胞转录组数据	NA
3277	2025-05-01	St3gal5-mediated sialylation of glyco-CD177 on neutrophils restricts neuroinflammation following CNS injury 2025-Apr-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2426187122 PMID:40244680	研究论文	本研究揭示了St3gal5介导的中性粒细胞CD177糖基化在限制中枢神经系统损伤后神经炎症中的作用	首次发现CD177中性粒细胞作为抗炎亚群在中枢神经系统损伤后的作用，并鉴定St3gal5作为调控CD177糖基化的关键酶	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探索中性粒细胞CD177糖基化在中枢神经系统损伤后神经炎症中的调控机制	人类和小鼠的中性粒细胞	免疫学	中枢神经系统损伤	单细胞RNA测序、糖蛋白组学	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类和小鼠样本
3278	2025-05-01	Cross-Species Multi-Omics Analysis Reveals Myeloid-Driven Endothelial Oxidative Stress in Ischemic Stroke 2025-Apr-16, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL37429 PMID:40302336	研究论文	通过跨物种多组学分析揭示缺血性中风中的髓系细胞驱动的内皮氧化应激	整合了bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学和流式细胞术数据，揭示了髓系细胞在中风后如何通过炎症和代谢机制影响血脑屏障的破坏	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证可能有限	探索缺血性中风中外周和中枢免疫反应的相互作用及其对血脑屏障的影响	人类和小鼠模型中的缺血性中风	生物医学研究	缺血性中风	bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学、流式细胞术	小鼠tMCAO模型	RNA-seq数据、流式细胞数据、空间转录组数据	人类和小鼠模型中的缺血性中风样本
3279	2025-05-01	Multiomics Analysis Reveals Neuroblastoma Molecular Signature Predicting Risk Stratification and Tumor Microenvironment Differences 2025-Apr-04, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00882 PMID:39762147	research paper	通过多组学分析揭示神经母细胞瘤的分子特征，预测风险分层和肿瘤微环境差异	构建了一个新的恶性亚群1相关特征（MSRS），作为独立的预后因素，并优于其他临床特征和已发表的特征	未提及具体样本量，可能限制了结果的普遍性	探索神经母细胞瘤的分子标志物，以指导临床分类和个体化治疗	神经母细胞瘤（NB）患者	digital pathology	neuroblastoma	multiomics profiling, single-cell transcriptome sequencing	MSRS	multiomics data, single-cell transcriptome data	NA
3280	2025-05-01	Impaired megakaryopoiesis due to aberrant macrophage polarization via BTK/Rap1/NF-κB pathway in sepsis-induced thrombocytopenia 2025-Apr-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2024.12.048 PMID:39741411	research paper	本研究揭示了脓毒症诱导的血小板减少症（SIT）中巨噬细胞通过BTK/Rap1/NF-κB通路影响巨核细胞生成的机制	首次发现BTK抑制剂BGB-3111通过调节巨噬细胞极化和Rap1/NF-κB信号通路改善SIT	研究主要基于小鼠模型，人类患者中的验证仍需进一步研究	探究脓毒症诱导血小板减少症的发病机制及潜在治疗靶点	脓毒症患者和小鼠模型中的巨噬细胞与巨核细胞	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序	小鼠疾病模型	基因表达数据	SIT患者和小鼠模型