单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3241	2025-03-28	An initial game-theoretic assessment of enhanced tissue preparation and imaging protocols for improved deep learning inference of spatial transcriptomics from tissue morphology 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae476 PMID:39367648	research paper	本文探讨了通过改进组织制备和成像协议来提升深度学习在空间转录组学中从组织形态推断基因表达的性能	提出了一种优化的组织处理和成像协议，采用临床级标准（永久切片、自动组织染色和临床级扫描），显著提升了模型性能	研究仅针对13例病理T分期为III期的结直肠癌患者，样本量较小	评估改进的组织制备和成像协议对深度学习模型在空间转录组学中性能的影响	结直肠癌患者的组织切片	digital pathology	colorectal cancer	spatial transcriptomics, automated hematoxylin and eosin staining	Inceptionv3	whole slide images	13例病理T分期为III期的结直肠癌患者
3242	2025-03-28	An integrated single-cell reference atlas of the human endometrium 2024-Sep, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01873-w PMID:39198675	研究论文	介绍了一个高分辨率的人类子宫内膜单细胞参考图谱（HECA），整合了63名女性的子宫内膜单细胞转录组数据集，包括有和无子宫内膜异位症的患者	首次构建了一个高分辨率的子宫内膜单细胞参考图谱，识别了先前未报告的细胞类型，并通过空间转录组学验证	样本量虽然较大，但仍可能不足以覆盖所有子宫内膜异位症的亚型	研究人类子宫内膜的细胞组成及其在子宫内膜异位症中的变化	人类子宫内膜细胞	单细胞转录组学	子宫内膜异位症	单细胞转录组测序、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	313,527个细胞（63名女性），312,246个细胞核（63名捐赠者）
3243	2025-03-28	scDAPP: a comprehensive single-cell transcriptomics analysis pipeline optimized for cross-group comparison 2024-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqae134 PMID:39345754	research paper	本文介绍了一个名为scDAPP的R语言工作流程，用于单细胞或细胞核转录组数据的比较分析	开发了一个自动化、标准化的单细胞转录组数据分析流程，支持跨组比较，并提供了丰富的数据可视化	未提及具体的性能对比或与其他工具的详细比较	解决单细胞转录组数据分析中自动化、标准化和跨组比较的需求	单细胞或细胞核转录组数据	bioinformatics	NA	scRNA-seq	NA	transcriptomic data	NA
3244	2025-03-28	Molecular and network disruptions in neurodevelopment uncovered by single cell transcriptomics analysis of CHD8 heterozygous cerebral organoids 2024-Jul-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e34862 PMID:39149047	研究论文	通过单细胞转录组分析CHD8杂合脑类器官，揭示了神经发育中的分子和网络破坏	首次使用单细胞RNA-seq分析CHD8基因在脑类器官中的功能，揭示了与ASD相关的基因表达和细胞通讯变化	研究仅关注早期神经发育阶段，未涵盖ASD临床表型的全部复杂性	研究CHD8基因在神经和大脑发育中的分子和细胞功能，以及与ASD临床表现的联系	CHD8杂合脑类器官	神经科学	自闭症谱系障碍(ASD)	单细胞RNA-seq, CRISPR/Cas9编辑	脑类器官模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但分析了21个细胞簇
3245	2025-03-28	A phase 2 randomized trial with autologous polyclonal expanded regulatory T cells in children with new-onset type 1 diabetes 2024-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn2404 PMID:38718135	研究论文	一项关于在儿童新发1型糖尿病中使用自体多克隆扩增调节性T细胞的随机2期临床试验	首次在儿童和青少年中评估自体多克隆扩增调节性T细胞（expT）治疗新发1型糖尿病的安全性和有效性	单次剂量治疗未能显著改善β细胞功能，且治疗效果与T细胞质量相关	评估自体多克隆扩增调节性T细胞在儿童新发1型糖尿病中的治疗效果	110名新发1型糖尿病的儿童和青少年	临床试验	1型糖尿病	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	110名儿童和青少年
3246	2025-03-28	Synovial fibroblast gene expression is associated with sensory nerve growth and pain in rheumatoid arthritis 2024-Apr-10, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adk3506 PMID:38598614	research paper	该研究通过机器学习方法识别与类风湿关节炎疼痛相关的基因表达模块，并验证了滑膜成纤维细胞与疼痛感知神经元之间的相互作用	使用GbGMI机器学习方法识别815个与疼痛相关的基因模块，并发现滑膜成纤维细胞通过表达特定基因促进疼痛感知神经元的生长	研究主要基于有限炎症的滑膜活检样本，可能不适用于高炎症状态的类风湿关节炎患者	探究类风湿关节炎疼痛与滑膜成纤维细胞基因表达的关系	类风湿关节炎患者的滑膜活检样本和疼痛感知神经元	machine learning	rheumatoid arthritis	single-cell RNA sequencing, receptor-ligand interaction analysis	GbGMI	gene expression data	两个独立的滑膜活检样本队列（已确诊和早期未治疗的类风湿关节炎患者）
3247	2025-03-28	Bacterial phenotypic heterogeneity through the lens of single-cell RNA sequencing 2024 Feb-Apr, Transcription DOI:10.1080/21541264.2024.2334110 PMID:38532542	综述	本文综述了细菌表型异质性通过单细胞RNA测序的研究进展	应用单细胞转录组学技术研究微生物群体，为细胞分化和细菌生态学提供新见解	NA	探讨微生物系统中的转录异质性及其在细胞生物学和异质性机制中的作用	细菌群体及其转录异质性	微生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
3248	2025-03-28	Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions 2024-01-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03159-6 PMID:38217002	research paper	提出了一种名为niche-DE的新统计方法，用于分析空间转录组数据中的细胞类型特异性niche相关基因	niche-DE方法能够识别由细胞-细胞相互作用驱动的局部基因表达变化，而非全局基因表达变化	NA	开发新的统计方法以分析空间转录组数据中的细胞-细胞相互作用	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学	niche-DE, niche-LR	空间转录组数据	NA
3249	2025-03-28	Targeting of epigenetic co-dependencies enhances anti-AML efficacy of Menin inhibitor in AML with MLL1-r or mutant NPM1 2023-04-13, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-023-00826-6 PMID:37055414	研究论文	该研究探讨了Menin抑制剂（MI）在治疗具有MLL1重排或NPM1突变的急性髓系白血病（AML）中的疗效，并发现通过靶向表观遗传共依赖性可以增强MI的抗AML效果	研究发现MI与BET、MOZ、LSD1或CBP/p300抑制剂联合使用可在体外和体内显著增强对AML细胞的杀伤效果，为克服MI单药治疗的耐药性提供了新策略	研究主要基于临床前模型，尚未在临床试验中验证这些联合治疗方案的疗效和安全性	探索增强Menin抑制剂在AML治疗中疗效的新方法	具有MLL1重排或NPM1突变的急性髓系白血病细胞	肿瘤学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序、ChiP-Seq、ATAC-Seq、RNA测序、RPPA、质谱流式细胞术（CyTOF）、CRISPR-Cas9筛选	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
3250	2025-03-28	Multi-omic analysis of the cardiac cellulome defines a vascular contribution to cardiac diastolic dysfunction in obese female mice 2023-03-29, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-023-00983-6 PMID:36988733	研究论文	本研究通过多组学分析探讨了肥胖雌性小鼠心脏细胞组中血管对心脏舒张功能障碍的贡献	揭示了平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体（SMC-MR）缺失在预防肥胖相关冠状动脉和心脏舒张功能障碍中的作用，并发现了SMC-MR信号在心脏炎症和白细胞招募中的新机制	研究仅限于雌性小鼠模型，未涉及雄性小鼠或人类样本	探讨肥胖雌性小鼠中平滑肌细胞特异性矿物皮质激素受体缺失对冠状动脉和心脏舒张功能的影响	肥胖雌性小鼠及其心脏非心肌细胞群体	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、基因表达谱分析	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	肥胖雌性小鼠及其对照组
3251	2025-03-28	m6A is required for resolving progenitor identity during planarian stem cell differentiation 2022-11-02, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2021109895 PMID:35971838	研究论文	本研究探讨了m6A mRNA修饰在涡虫干细胞分化和组织稳态中的作用	揭示了m6A修饰与染色质修饰复合物NuRD之间未被认识的联系	研究结果主要基于涡虫模型，在高等生物中的适用性需要进一步验证	探究m6A mRNA修饰在干细胞分化和组织再生中的作用机制	涡虫干细胞(neoblasts)	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过20,000个细胞
3252	2025-03-28	Macrophage-specific inhibition of the histone demethylase JMJD3 decreases STING and pathologic inflammation in diabetic wound repair 2022-11, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-022-00919-5 PMID:36127466	研究论文	本研究探讨了JMJD3在糖尿病伤口修复中调控巨噬细胞炎症反应的作用机制	首次揭示了JMJD3通过JAK1,3/STAT3信号通路调控糖尿病伤口巨噬细胞炎症反应的新机制，并发现STING基因在其中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外实验，需要进一步临床验证	探究糖尿病伤口愈合障碍的分子机制并寻找潜在治疗靶点	糖尿病伤口中的巨噬细胞	分子生物学	糖尿病并发症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Jmjd3Lyz2基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类和小鼠糖尿病伤口样本
3253	2025-03-28	Venus: An efficient virus infection detection and fusion site discovery method using single-cell and bulk RNA-seq data 2022-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010636 PMID:36301997	研究论文	介绍了一种名为Venus的高效计算方法，用于病毒检测和整合位点发现，适用于单细胞和批量RNA-seq数据	提出了一种新的计算流程Venus，能够在单细胞和批量RNA-seq数据中高效准确地检测病毒及其整合位点	未明确提及具体限制	开发一种高效准确的病毒检测和整合位点发现方法，以支持公共卫生和病毒病理学研究	病毒感染的细胞和组织，特别是HBV、HIV等病毒	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	包括HBV相关肝细胞癌、HIV感染接受抗逆转录病毒治疗的患者、HIV感染的神经系统患者和深度测序的T细胞
3254	2025-03-28	Single-cell roadmap of human gonadal development 2022-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04918-4 PMID:35794482	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学、染色质可及性分析及荧光显微镜技术，绘制了人类第一和第二孕期性腺发育的全面图谱	揭示了人类特异性调控程序，定义了性别决定时的体细胞状态，包括双潜能早期支持群体，以及在男性和女性性腺发育中的关键细胞和分子事件	研究依赖于有限的样本获取，且人类与小鼠之间的关键差异可能影响结果的普适性	探索人类性腺发育的细胞和分子机制，以指导体外性腺发生研究	人类和小鼠的性腺发育过程	发育生物学	生殖系统疾病	单细胞转录组学、空间转录组学、染色质可及性分析、荧光显微镜	NA	转录组数据、显微图像	人类第一和第二孕期的性腺样本及小鼠等效发育阶段样本
3255	2025-03-28	Molecular hallmarks of heterochronic parabiosis at single-cell resolution 2022-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04461-2 PMID:35236985	研究论文	通过单细胞RNA测序研究异时共生中年轻和老年血液对不同器官细胞类型的特异性反应	首次在单细胞水平上揭示了异时共生中年轻血液对多种器官细胞类型的基因表达影响，特别是线粒体功能在恢复老化中的作用	研究仅关注了基因表达变化，未涉及这些变化的长期功能影响	探索血液因子与细胞完整性之间的系统性相互作用	20个器官的细胞类型，特别是脂肪间充质基质细胞、造血干细胞和肝细胞	分子生物学	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	20个器官的单细胞数据
3256	2025-03-27	Erythroblastic island: the niche for erythroid terminal differentiation and beyond 2025-Jun, Blood science (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/BS9.0000000000000228 PMID:40129604	review	本文综述了关于红细胞岛（EBI）的最新发现，探讨了其潜在的免疫功能，并提供了未来研究的视角	挑战了传统观点，提出红细胞岛可能支持其他造血谱系细胞，并发现了红细胞岛巨噬细胞的新标记——促红细胞生成素受体	尚不清楚免疫倾向性红细胞母细胞是否及如何在红细胞岛中成熟	探讨红细胞岛的功能及其在造血系统中的潜在作用	红细胞岛（EBI）及其细胞组成	NA	NA	谱系追踪小鼠模型、成像流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
3257	2025-03-27	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-Mar-26, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本文研究了PRMT1在内皮细胞中的作用，特别是在慢性阻塞性肺病（COPD）发病机制中的角色	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	PRMT1在内皮细胞中的具体作用机制仍需进一步研究	探讨PRMT1在内皮细胞中的作用及其在COPD发病机制中的影响	内皮细胞和慢性阻塞性肺病（COPD）	分子生物学	慢性阻塞性肺病（COPD）	RNA测序（bulk RNA sequencing和single-cell RNA sequencing）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠	基因表达数据	小鼠模型和肺内皮细胞
3258	2025-03-27	Role and Validation of Lactylation-Related Gene Markers in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Mar-25, Applied biochemistry and biotechnology IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s12010-025-05216-1 PMID:40131629	研究论文	本研究探讨了乳酸化相关基因标记在绝经后骨质疏松症中的作用及其验证	首次利用单细胞RNA测序数据和转录组数据，结合机器学习算法，揭示了乳酸化相关基因在绝经后骨质疏松症中的重要作用，并构建了诊断模型	研究样本量有限，且未进行实验验证	探究乳酸化相关基因在绝经后骨质疏松症中的作用，并寻找潜在的诊断生物标志物	绝经后骨质疏松症患者	数字病理学	骨质疏松症	scRNA-seq, 转录组测序, Mendelian randomization (MR) 分析	机器学习算法组合	单细胞RNA测序数据, 转录组数据	未明确提及具体样本数量
3259	2025-03-27	Macrophage Subpopulation Promotes Skeletal Muscle Regeneration Through HGF/MET Signaling-Mediated Skeletal Muscle Stem Cell Proliferation 2025-Mar-25, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70042 PMID:40132988	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，揭示了巨噬细胞亚群Mac_1通过HGF/MET信号通路促进骨骼肌干细胞增殖，从而促进骨骼肌再生的机制	首次鉴定出促进骨骼肌再生的巨噬细胞亚群Mac_1，并阐明其通过HGF/c-Met信号通路抑制Cdkn1b表达来促进肌肉卫星细胞增殖的分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究骨骼肌再生过程中巨噬细胞亚群的作用及其分子机制	年轻(8周龄)和老年(24月龄)小鼠的骨骼肌组织和肌肉卫星细胞	细胞生物学	肌肉疾病	单细胞RNA测序	3D肌肉类器官模型	基因表达数据	年轻和老年小鼠的骨骼肌组织
3260	2025-03-27	Single-cell sequencing combined with urinary multi-omics analysis reveals that the non-invasive biomarker PRDX5 regulates bladder cancer progression through ferroptosis signaling 2025-Mar-24, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-13881-y PMID:40122834	研究论文	本研究通过单细胞测序和尿液多组学分析揭示了非侵入性生物标志物PRDX5通过铁死亡信号调控膀胱癌进展的机制	首次结合单细胞RNA测序和尿液多组学数据，系统研究了PRDX5在膀胱癌中的表达特征及其通过调控ROS水平和铁死亡通路促进肿瘤进展的机制	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明过氧化物酶5(PRDX5)在膀胱癌中的表达特征及其生物学意义，特别是研究其通过调控活性氧(ROS)水平和激活铁死亡通路对膀胱癌进展的影响	膀胱癌组织和细胞	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、尿液蛋白质组学、转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的膀胱癌组织样本和单细胞测序数据