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当前共找到 40345 篇文献，本页显示第 3241 - 3260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3241 | 2026-05-08 |
A single-cell transcriptome atlas reveals the transcriptionally earliest state in rice callus
2026-Mar-25, BMC plant biology
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s12870-026-08596-6
PMID:41882557
|
研究论文 | 通过单细胞转录组图谱揭示水稻愈伤组织转录最早期的细胞状态 | 首次利用单细胞RNA测序构建水稻胚性和分化愈伤组织的转录组图谱，鉴定出愈伤组织创始细胞和茎尖分生细胞分别代表胚性和分化愈伤组织的最早期转录状态 | NA | 解析水稻愈伤组织发育过程中细胞命运转变的初始状态和调控因子 | 水稻（Oryza sativa L.）胚性和分化愈伤组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 水稻胚性和分化愈伤组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台 |
| 3242 | 2026-05-08 |
The expression characteristics of miR-206-3p in musculoskeletal tissue and its clinical significance
2026-Mar-25, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-026-06785-5
PMID:41882698
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研究论文 | 探讨miR-206-3p在骨肌组织中的表达特征及其与老年骨肌减少症患者临床参数的相关性 | 挑战了miR-206传统上被视为肌肉特异性分子的观点，发现其在骨-肌肉祖细胞中共表达，并作为骨肌交互的关键分子枢纽 | 未明确说明局限性，但研究基于老年髋部骨折患者的前瞻性队列，可能限制普适性 | 阐明miR-206-3p在骨肌组织中的表达模式和细胞特异性，及其与肌力、步速和骨密度的相关性 | 158例老年髋部骨折患者（79例骨肌减少症和79例对照）的骨肌组织样本 | 数字病理学 | 老年疾病 | qRT-PCR, 原位杂交, scRNA-seq | NA | 图像与序列数据 | 158例患者（79例骨肌减少症，79例对照） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3243 | 2026-05-08 |
Deep Single-Cell Transcriptomic Profiling of Bovine Milk Somatic Cells Revealed Expression of Stem Cell Related Transcription Factors
2026-Mar-24, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes17040365
PMID:42074484
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研究论文 | 利用深度单细胞转录组测序技术解析牛乳体细胞中干细胞相关转录因子的表达 | 通过深度单细胞RNA测序揭示了低深度测序未能检测的稀有转录因子，强调了测序深度对解析细胞转录状态和功能异质性的重要性 | 仅包含两头泌乳中期荷斯坦奶牛的数据，样本量有限 | 进一步表征牛乳体细胞的单细胞转录组，重点关注高分辨率基因表达谱和细胞异质性 | 两头健康泌乳中期的荷斯坦奶牛的牛乳体细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2头荷斯坦奶牛 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 基于液滴的微流控平台进行单细胞转录组测序 |
| 3244 | 2026-05-08 |
Integrated machine learning and multi-omics analysis identifies ALOX5 as a potential therapeutic target for tubulointerstitial inflammation in diabetic kidney disease
2026-Mar-19, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-44445-0
PMID:41857149
|
研究论文 | 通过整合多组学数据和机器学习方法，识别ALOX5作为糖尿病肾病肾小管间质性炎症的潜在治疗靶点 | 首次综合运用多组学数据、机器学习和单细胞测序技术，揭示ALOX5在肾小管间质性炎症中的关键作用，并筛选出天然小分子和厚朴酚作为潜在抑制剂 | ALOX5的具体免疫调控机制仍需进一步验证，且研究主要基于计算分析和体外实验，缺乏体内实验证据 | 识别糖尿病肾病肾小管组织中的关键炎症生物标志物并阐明其免疫调控机制 | 糖尿病肾病患者的肾小管组织及浸润的巨噬细胞 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | 转录组测序，单细胞测序，多重免疫组化 | LASSO，随机森林 | 基因表达数据，单细胞转录组数据 | 多个GEO转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3245 | 2026-05-08 |
Celcomen: spatial causal disentanglement for single-cell and tissue perturbation modeling
2026-Mar-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-69856-5
PMID:41851134
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研究论文 | Celcomen通过生成图神经网络在空间转录组学数据中解构细胞内和细胞间基因调控程序 | 首次将数学因果关系框架应用于空间转录组学，实现虚拟组织的扰动模型生成后扰动反事实数据 | NA | 建模疾病和治疗引起的单细胞空间分辨组织反应 | 人类胶质母细胞瘤、人类胎儿脾脏和小鼠肺癌样本 | 机器学习 | 多发性疾病 | 空间转录组学 | 生成图神经网络 | 空间转录组数据 | 人类胶质母细胞瘤样本、人类胎儿脾脏样本和小鼠肺癌样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3246 | 2026-05-08 |
Illuminating cell states by a comprehensive and interpretable single cell foundation model
2026-Mar-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70071-5
PMID:41839876
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研究论文 | 引入CellVQ模型，通过大规模单细胞数据集和单细胞离散化模块，提升泛化能力和可解释性 | 提出单细胞离散化模块将高维稀疏数据转化为细胞编码，并开发CellVQ-Graph工具整合多模态数据构建知识图谱 | 实际应用中仍面临数据稀疏性和异质性的挑战 | 开发一个真正适用且可泛化的单细胞基础模型，提高数据表示、泛化能力和可解释性 | 单细胞测序数据及多模态数据（基因、细胞通讯、注释） | 机器学习 | 非特定疾病 | 单细胞测序 | CellVQ基础模型 | 单细胞数据、基因、细胞通讯、注释 | 6800万细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3247 | 2026-05-08 |
scTWAS: a powerful statistical framework for single-cell transcriptome-wide association studies
2026-Mar-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70374-7
PMID:41820391
|
research paper | 提出scTWAS统计框架，利用单细胞数据进行细胞类型特异性转录组全关联研究 | 首次开发针对单细胞数据的TWAS方法，通过潜变量模型和矩估计应对单细胞数据的强噪声、技术变异和高稀疏性挑战 | 未明确提及局限性 | 开发一种使用单细胞数据进行细胞类型特异性TWAS的统计方法 | 血液和脑组织中的单细胞数据，29种血液学特征和三种免疫相关疾病，以及阿尔茨海默病 | machine learning | 阿尔茨海默病，免疫相关疾病 | scRNA-seq | 潜变量模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 3248 | 2026-05-08 |
CRISPR-based functional genomics for dissecting therapeutic dependency in primary acute myeloid leukemia samples
2026-Mar-05, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2026.02.003
PMID:41759529
|
研究论文 | 开发了一种优化的CRISPR平台，用于在原代急性髓系白血病样本中进行功能基因组学分析，以解析治疗依赖性 | 首次将CRISPR功能基因组学直接应用于原代急性髓系白血病患者样本，结合体外和体内CRISPR-Cas9敲除及CRISPRi筛选，并集成Perturb-seq技术解析调控网络和细胞异质性 | 主要依赖患者来源的异种移植模型和原代样本，可能无法完全模拟体内微环境；筛选结果需要进一步临床验证 | 建立一种通用且稳健的框架，利用CRISPR功能基因组学直接解析原代AML患者样本中的癌症依赖性和细胞异质性 | 原发性急性髓系白血病样本，包括患者来源的异种移植模型和原代样本 | 功能基因组学 | 急性髓系白血病 | CRISPR-Cas9, CRISPRi, Perturb-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3249 | 2026-05-08 |
Robust and efficient annotation of cell states through gene signature scoring
2026-03-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280926.125
PMID:41708334
|
研究论文 | 系统评估现有基因签名评分方法并开发调整邻居评分算法，显著提高单细胞RNA测序数据中细胞状态注释的准确性和稳定性 | 提出调整邻居评分算法，通过增强对照基因选择显著改善分数稳定性和跨签名可比性，实现与监督方法相当的无监督细胞状态注释 | 未明确说明，但可能依赖先验的基因签名定义，且在高度异质性数据中的泛化性能有待进一步验证 | 开发稳健高效的基因签名评分框架，改进单细胞RNA测序分析中的无监督细胞状态注释 | 九个健康和癌症单细胞RNA测序数据集中的细胞状态 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 调整邻居评分 | 单细胞转录组数据 | 九个健康和癌症单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3250 | 2026-05-08 |
GSTA1 Conferred Tolerance to Osimertinib and Provided Strategies to Overcome Drug-Tolerant Persister in EGFR-Mutant Lung Adenocarcinoma
2026-03, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer
IF:21.0Q1
DOI:10.1016/j.jtho.2025.10.001
PMID:41076079
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析EGFR突变肺腺癌患者样本，揭示了GSTA1在奥希替尼耐药持久性细胞中的作用及克服策略 | 首次阐明RSPH1-CALML4-GSTA1调控轴及PROS1-AXL信号通路在药物耐受持久性细胞形成中的机制，并提出GSTA1抑制剂curzerene联合奥希替尼的可行治疗方案 | 药物耐受持久性细胞形成机制尚不完全清楚，限制TKI治疗后耐受状态或耐药出现时的治疗选择 | 解析EGFR-TKI诱导的药物耐受持久性细胞的细胞和转录组特征，探索克服药物耐受和耐药的新策略 | 接受一线奥希替尼治疗的肺腺癌患者样本（包括基线、药物耐受持久性状态和稳定耐药状态） | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3251 | 2026-05-08 |
Transcription and potential functions of a novel XIST isoform in male peripheral glia
2026-02-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280832.125
PMID:41386982
|
研究论文 | 通过整合分析多个人体组织器官的单细胞RNA-seq数据，发现雄性外周神经胶质细胞中表达一种新型XIST异构体，该异构体由第一个外显子末端的替代启动子驱动，在施万细胞中活跃，尤其在非髓鞘化施万细胞中表达水平更高，并可能通过竞争性miRNA结合调控神经胶质-神经元相互作用 | 首次发现XIST在雄性外周施万细胞中表达，揭示其非X染色体失活的新功能，并鉴定出一种由替代启动子驱动的新型较短转录本 | 未明确说明，但推断可能缺乏直接的功能验证实验，且样本仅限于人类组织数据，缺少动物模型验证 | 研究XIST在雄性外周神经胶质细胞中的表达及潜在功能 | 多个人体组织器官的单细胞RNA-seq数据及外周神经组织的批量转录组和表观基因组数据 | 自然语言处理 | 心肌病、多发性神经病 | 单细胞RNA测序、单细胞表观基因组测序、批量转录组测序、批量表观基因组测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据、单细胞表观基因组数据、批量转录组数据、批量表观基因组数据 | 多个人体组织器官样本及外周神经组织样本 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞表观基因组测序、批量RNA测序、批量表观基因组测序 | NA | NA |
| 3252 | 2026-05-08 |
Landscape of microRNA and target expression variation and covariation in single mouse embryonic stem cells
2026-02-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279914.124
PMID:41526192
|
研究论文 | 通过遗传扰动和多组学方法，系统研究小鼠胚胎干细胞中microRNA及其靶标表达变异和共变的全景图谱 | 首次在单细胞水平上全面描述microRNA动态变化，发现microRNA形成四个不同的共表达组，并揭示miR-291a等可变表达的microRNA更易诱导靶标共变 | 基于小鼠胚胎干细胞，结果可能不适用于其他细胞类型；遗传缺失Dicer可能导致脱靶效应 | 探究microRNA在单细胞水平上调控靶标表达变异和共变的替代功能 | 小鼠胚胎干细胞（mESCs） | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、转录抑制 | NA | 基因表达数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3253 | 2026-05-08 |
scSHEFT enables multiomics label transfer from scRNA-seq to scATAC-seq through dual alignment
2026-02-03, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280410.125
PMID:41558828
|
研究论文 | 提出一种名为scSHEFT的工具，通过双重对齐策略实现从scRNA-seq到scATAC-seq的多组学标签转移 | 通过引入基因活性分数桥接异质特征，并结合原始ATAC-seq嵌入保留信息，采用锚点对齐与对比学习策略实现组间对齐与组内异质性的平衡 | 未明确提及 | 解决scRNA-seq与scATAC-seq之间特征异质性导致的细胞类型标注困难，实现跨组学标签转移并发现新细胞类型 | 多种规模的单细胞多组学数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序， 单细胞ATAC测序 | 锚点对齐， 对比学习 | 基因表达计数数据， 峰值计数数据， 基因活性分数 | 七个数据集 | NA | 单细胞RNA测序， 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 3254 | 2026-05-08 |
Airway epithelial heterogeneity and mucus plugging in asthmatic bronchioles
2026-Feb-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202409-1849OC
PMID:40986379
|
研究论文 | 探讨哮喘细支气管中气道上皮异质性与粘液栓形成的关系 | 首次通过空间转录组学和多重免疫表型分析，揭示哮喘细支气管上皮中MUC5AC高表达细胞生态位的异质性分布及其与粘液栓形成的关联 | 研究样本量有限，且主要基于严重和致命性哮喘患者的离体组织，可能无法完全代表轻度哮喘的病理过程 | 测试假设：哮喘细支气管表现出上皮生物学紊乱，导致MUC5AC为主的粘液栓形成 | 严重哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织 | 数字病理学 | 哮喘 | RNA原位杂交、免疫组化、空间转录组学、多重免疫表型分析 | NA | 组织切片图像 | 严重哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3255 | 2026-02-26 |
Sarcoidosis in focus: spatial transcriptomics offers a new perspective
2026-Feb-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1093/ajrccm/aamaf103
PMID:41738154
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3256 | 2026-05-08 |
scDenorm: a denormalization tool for integrating single-cell transcriptomics data
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag032
PMID:41915012
|
研究论文 | 提出一种名为scDenorm的去标准化工具，用于整合单细胞转录组学数据 | 首次提出能逆转delta方法标准化后的单细胞组学数据、恢复原始计数并保持数据完整性的算法 | 仅对delta方法标准化的数据进行验证，未评估其他标准化方法的适用性 | 解决单细胞组学数据整合中因不同标准化方法导致的批次效应和基因表达失真问题 | 单细胞转录组学数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3257 | 2026-05-08 |
SCSEQ: A web tool for analyzing single-cell RNA-seq data
2026-Jan-21, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giag029
PMID:42084898
|
研究论文 | 开发了一个名为SCSEQ的交互式网页生物信息学分析平台，用于处理和分析单细胞RNA测序数据 | 提供一个无需编程技能即可使用的单细胞RNA测序数据分析平台，整合了从数据预处理到下游分析（如基因富集分析、转录因子分析、细胞间通讯分析等）的完整工作流，并支持不同工作流之间的信息传递和多种输入格式 | 未明确指出局限性，但可能依赖于用户对参数设置的理解，以及平台对大规模数据的处理能力有待进一步验证 | 解决单细胞RNA测序数据分析中数据处理和处理的挑战，为无编程背景的研究人员提供便捷的分析工具 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3258 | 2026-05-08 |
Cell-type- and chromosome-specific chromatin landscapes and DNA replication programs of Drosophila testis tumor stem cell-like cells
2026-01-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280809.125
PMID:41371963
|
研究论文 | 开发细胞类型特异性基因组技术，分析果蝇睾丸肿瘤干细胞样细胞的转录组、组蛋白修饰图谱和复制时序 | 首次在体内对成年干细胞进行细胞类型特异性全基因组分析，整合转录组、染色质和复制数据，揭示生殖系干细胞样细胞独特的复制程序 | 仅使用了果蝇睾丸肿瘤干细胞样细胞模型，可能无法完全代表正常干细胞状态 | 阐明体内成体干细胞的转录、染色质和复制时序特征及其细胞类型特异性差异 | 果蝇睾丸生殖系干细胞样细胞和体细胞囊肿干细胞样细胞 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, 细胞类型特异性染色质分析, 复制时序分析 | NA | 单细胞转录组数据, 组蛋白修饰数据（H3K4me3, H3K27me3, H3K9me3）, 复制时序数据 | 果蝇睾丸组织, 包含生殖系干细胞和体细胞囊肿干细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 染色质免疫沉淀测序, 复制时序测序 | NA | NA |
| 3259 | 2026-05-08 |
Recovering gene regulatory networks in single-cell multi-omics data with PRISM-GRN
2026-01-05, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.280757.125
PMID:41067887
|
研究论文 | 提出PRISM-GRN模型，利用贝叶斯框架整合scRNA-seq与scATAC-seq数据及已知调控网络，重建细胞类型特异性基因调控网络 | 创新性地将已知基因调控网络和生物可解释机制融入概率框架，通过机制驱动的生成过程和先验网络引导的推理过程实现精确稳健的GRN重建 | 具体局限未在摘要中提及 | 开发一种能够利用多组学数据和先验知识重建细胞类型特异性基因调控网络的方法 | 多组学单细胞数据中的基因调控网络 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 四个基准数据集及PBMC数据集 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 3260 | 2026-05-08 |
Microenvironment-aware spatial modeling for accurate inference of cell identity
2026-Jan-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf1477
PMID:41495904
|
研究论文 | 提出了一种名为MEcell的无参数方法，通过显式纳入空间上下文和自动调整其贡献来改进细胞身份建模 | 首次开发了无参数方法MEcell，能够显式结合空间上下文并自动调整其对细胞身份建模的贡献 | 在多个空间转录组平台和组织类型上进行了验证，但未提及对某些特定疾病或复杂组织的适用性 | 准确推断空间组学数据中的细胞身份 | 空间转录组数据中的细胞身份 | 计算生物学 | 未提及 | 空间转录组学 | 无参数模型 | 空间转录组数据 | 90个模拟数据集和7个真实数据集 | Vizgen, 10x Genomics, NanoString, BGI | 空间转录组学 | MERFISH/Vizgen, Xenium, CosMx, Visium HD, Slide-seqV2, open-ST | MERFISH/Vizgen平台, 10x Xenium平台, NanoString CosMx平台, 10x Visium HD平台, Slide-seqV2平台, open-ST平台 |