单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3241	2025-04-08	From Invaginating Site to Deep Lesion: Spatial Transcriptomics Unravels Ectopic Endometrial Penetration Features in Adenomyosis 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411752 PMID:40190183	研究论文	利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，研究腺肌症中子宫内膜异位穿透特征的分子机制	首次绘制了腺肌症从子宫内膜内陷部位到异位病变的空间转录组图谱，并揭示了SFRP5上皮细胞、ESR1平滑肌细胞和CNN1基质成纤维细胞在病理过程中的作用	研究样本量未明确说明，且体外实验的验证可能无法完全模拟体内环境	阐明腺肌症中子宫内膜异位穿透的分子机制	腺肌症患者的子宫内膜内陷部位和异位病变	数字病理学	腺肌症	空间转录组学、单细胞RNA测序、批量RNA测序解卷积、组织学技术	NA	转录组数据、组织学图像	NA
3242	2025-04-08	Single-Cell Atlas Reveals Tumorigenic Profiles and Immune Dynamics of Adrenal Incidentalomas 2025-Apr-07, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413493 PMID:40190189	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫动态	发现了与肿瘤发生相关的肾上腺皮质细胞亚型，提出了clusterin作为肾上腺皮质腺瘤的潜在生物标志物，并揭示了MYCN阳性簇与较差生存率的相关性	研究依赖于公共数据集整合，可能受限于原始数据的质量和覆盖范围	探究肾上腺偶发瘤的肿瘤发生特征和免疫微环境动态	非功能性肾上腺皮质腺瘤、Conn综合征和嗜铬细胞瘤	数字病理学	肾上腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	302,696个细胞
3243	2025-04-08	Pyrroloquinoline Quinone Reprograms the Single-Cell Landscape of Immune Aging in Hematopoietic Immune System 2025-Apr-07, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70050 PMID:40192736	研究论文	本研究探讨了吡咯喹啉醌（PQQ）对造血免疫系统衰老的单细胞景观的重编程作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了PQQ在减少氧化应激和逆转衰老相关表型方面的作用，并鉴定了关键分子靶点如ASPP1、Yy1和CD62L	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索PQQ作为抗氧化剂在改善免疫系统衰老中的潜在治疗作用	小鼠的脾脏和骨髓细胞	免疫学	衰老相关免疫功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习程序	单细胞转录组数据	小鼠模型中的脾脏和骨髓细胞
3244	2025-04-08	Single-cell transcriptomic landscape deciphers intratumoral heterogeneity and subtypes of acral and mucosal melanoma 2025-Apr-07, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3164 PMID:40192737	研究论文	本研究通过单细胞转录组和基因组分析，揭示了肢端黑色素瘤（AM）和黏膜黑色素瘤（MM）的瘤内异质性、微环境特征及亚型特异性治疗策略	首次系统比较AM和MM的单细胞转录组和基因组特征，发现亚型特异性基质-免疫互作及分子程序，并提出精准治疗靶点（如AM中的TIGIT、MM中的CXCL3⁺巨噬细胞）	样本量相对有限（42例），且未涵盖所有黑色素瘤亚型	解析AM和MM的瘤内异质性及微环境特征，探索亚型特异性治疗策略	肢端黑色素瘤（AM）和黏膜黑色素瘤（MM）的肿瘤细胞及微环境	数字病理	黑色素瘤	scRNA-seq（单细胞转录组测序）、全外显子测序、体外迁移实验、共培养系统、异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、基因组数据	42例黑色素瘤样本（28例AM、11例MM、3例非肢端皮肤黑色素瘤）
3245	2025-04-08	Single-cell transcriptional responses of T cells during microsporidia infection 2025-Apr-05, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07990-4 PMID:40185986	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠脾脏T细胞在微孢子虫感染期间的转录反应	首次全面分析了微孢子虫感染期间T细胞各亚群的反应，发现了Th1、Tfh、效应CD8+ T细胞和增殖CD8+ T细胞的激活和扩增，并识别了特定基因表达模式	仅在小鼠模型中进行研究，未涉及人类或其他动物模型	探究微孢子虫感染期间T细胞各亚群的作用和功能	小鼠脾脏T细胞	免疫学	微孢子虫病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，研究对象为小鼠脾脏T细胞
3246	2025-04-08	Machine learning-based in-silico analysis identifies signatures of lysyl oxidases for prognostic and therapeutic response prediction in cancer 2025-Apr-05, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-025-02176-1 PMID:40186284	研究论文	本研究通过机器学习方法全面评估了赖氨酰氧化酶（LOX/LOXL）在癌症中的表达及其临床意义	开发了一种新的胶质瘤预后模型，并揭示了LOXL2过表达在复发性胶质瘤中的恶性细胞群体特征	研究主要基于公共数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	评估LOX/LOXL家族在癌症中的表达及其对预后和治疗反应的预测价值	33种癌症类型，特别是胶质瘤、膀胱癌和肾癌	机器学习	癌症	RNA测序（包括bulk和单细胞RNA测序）	机器学习算法（共10种）	RNA测序数据	来自GEO、CGGA和TCGA的六个数据集
3247	2025-04-08	RIPK2 promotes colorectal cancer metastasis by protecting YAP degradation from ITCH-mediated ubiquitination 2025-Apr-04, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07599-9 PMID:40185717	研究论文	本研究揭示了RIPK2通过保护YAP免受ITCH介导的泛素化降解促进结直肠癌转移的机制	首次发现RIPK2作为独立风险因子通过调控YAP稳定性促进结直肠癌转移，并揭示了细菌感染-MDP-NOD2-RIPK2-YAP信号轴	未明确RIPK2在其他癌症类型中的普适性作用，动物模型需要进一步验证	探究结直肠癌转移的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞及肿瘤组织	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学分析	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	未明确样本量（包含CRC组织与癌旁组织的对比）
3248	2025-04-08	CD47-amyloid-β-CD74 signaling triggers adaptive immunosuppression in sepsis 2025-Apr-04, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-025-00442-4 PMID:40185975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和常规RNA测序分析脓毒症的免疫景观，发现适应性免疫受到急性且强烈的抑制	发现CD47通过诱导淀粉样蛋白β（Aβ）的产生，与B细胞上的CD74相互作用，导致B细胞抑制和随后的适应性免疫抑制	研究主要基于小鼠模型，临床数据验证有限	阐明脓毒症中宿主反应失调的机制	脓毒症患者的免疫细胞和小鼠模型	免疫学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和常规RNA-seq	NA	RNA测序数据	脓毒症患者和小鼠模型
3249	2025-04-08	CCR8 antagonist suppresses liver cancer progression via turning tumor-infiltrating Tregs into less immunosuppressive phenotype 2025-Apr-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03286-x PMID:40186298	研究论文	本研究探讨了CCR8拮抗剂IPG0521m通过改变肿瘤浸润性调节性T细胞（Tregs）的表型，抑制肝癌进展的机制	首次揭示了CCR8拮抗剂在肝癌中的作用机制，并展示了IPG0521m通过改变Tregs的免疫抑制表型增强抗肿瘤免疫的新策略	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	探究CCR8拮抗剂在肝癌治疗中的作用及机制	人类肝癌组织和小鼠肝癌模型	肿瘤免疫学	肝癌	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序、实时PCR	小鼠肝癌模型	基因表达数据、细胞表型数据	人类肝癌组织样本和小鼠模型
3250	2025-04-08	Circadian Rhythm Disruption in Triple-Negative Breast Cancer: Molecular Insights and Treatment Strategies 2025-Apr, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.70042 PMID:40193174	研究论文	探讨昼夜节律紊乱（CRD）对三阴性乳腺癌（TNBC）的影响，通过分析RNA测序数据、代谢组学特征和肿瘤微环境评估，揭示CRD对代谢重编程和免疫逃逸的作用	首次使用CYCLOPS方法分析TNBC中节律基因表达模式的显著变化，并发现CRD与色氨酸代谢上调和免疫抑制微环境的相关性	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	探索昼夜节律紊乱对三阴性乳腺癌的影响及其潜在治疗策略	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	bulk RNA测序、单细胞RNA测序、代谢组学分析	CYCLOPS	RNA测序数据、代谢组学数据	未明确说明样本数量
3251	2025-04-08	Single-cell sequencing reveals the same heterogeneity of neutrophils in heatstroke-induced lung and liver injury 2025-Mar-28, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.mucimm.2025.03.005 PMID:40158777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了热射病（HS）诱导的肺和肝损伤中中性粒细胞的异质性	发现中性粒细胞通过'Cxcr2-Cxcl2'受体-配体对增强浸润是HS诱导肺损伤的显著特征，并识别了Cd177+中性粒细胞在器官损伤中的关键作用及Cebpe的转录调控功能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索热射病导致多器官功能障碍（MODS）的机制	热射病小鼠模型的肺组织和肝组织	数字病理	热射病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA序列数据	未明确说明样本数量，仅提及使用小鼠模型
3252	2025-04-08	Deep learning in single-cell and spatial transcriptomics data analysis: advances and challenges from a data science perspective 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf136 PMID:40185158	review	本文综述了深度学习方法在单细胞和空间转录组数据分析中的进展与挑战，并从数据科学的角度进行了系统评价	系统评估了58种计算方法在21个数据集上的性能，揭示了模型性能在不同数据集和评估指标间的显著差异，并提出了深度学习方法在转录组数据分析中的三个关键发展方向	高质量标注数据集仍然有限，且生物组织的复杂相关性使得准确重建细胞状态和空间背景具有挑战性	探讨深度学习方法在单细胞和空间转录组数据分析中的应用及其面临的挑战	单细胞和空间转录组数据	machine learning	NA	单细胞测序、空间转录组学	深度学习	基因表达、表观遗传修饰、代谢物水平、空间位置等多模态数据	21个数据集来自9个基准测试
3253	2025-04-08	Novel Perspective on Sevoflurane-Induced Cognitive Dysfunction: Implications of Neuronal SIRPα and Microglial Synaptic Remodeling 2024-12-18, ACS chemical neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.1021/acschemneuro.4c00485 PMID:39644326	研究论文	本研究探讨了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的新生小鼠认知功能障碍中的作用	揭示了神经元SIRPα和小胶质细胞突触重塑在七氟烷诱导的认知功能障碍中的新机制，并提出了潜在的干预靶点	研究仅基于新生小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究七氟烷麻醉对新生小鼠认知功能的影响及其分子机制	新生小鼠	神经科学	认知功能障碍	单细胞转录组测序、慢病毒介导的基因过表达	小鼠模型	转录组数据、行为学数据	未明确说明数量的新生小鼠
3254	2025-04-08	MultiSC: a deep learning pipeline for analyzing multiomics single-cell data 2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae492 PMID:39376034	研究论文	提出了一种名为MultiSC的深度学习流程，用于分析多组学单细胞数据	开发了一个新的流程MultiSC，利用多模态约束自编码器和基于矩阵分解的模型来整合多组学数据并预测转录因子调控的靶基因	未提及具体的局限性	解决多组学单细胞数据整合和分析工具缺乏的问题	多组学单细胞数据	机器学习	NA	NEAT-seq	多模态约束自编码器（single-cell hierarchical constraint autoencoder）、基于矩阵分解的模型（scMF）、多元线性回归模型	基因表达、染色质可及性、转录因子蛋白表达	未提及具体样本数量
3255	2025-04-08	Emerging drug targets for triple-negative breast cancer: a guided tour of the preclinical landscape 2022-05, Expert opinion on therapeutic targets IF:4.6Q1 DOI:10.1080/14728222.2022.2077188 PMID:35574694	综述	本文综述了三阴性乳腺癌(TNBC)治疗中的新兴靶点，重点讨论了癌细胞膜分子、细胞内信号通路及肿瘤微环境(TME)的潜在治疗价值	总结了TNBC治疗靶点的最新研究进展，并提出了针对TNBC分子异质性和TME的联合治疗策略	靶点识别和验证面临遗传、分子和免疫学方法的应用挑战，以及临床前研究向临床实践的转化困难	开发针对TNBC的新型有效靶向治疗	三阴性乳腺癌(TNBC)	肿瘤学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序、耐热II组内含子逆转录酶测序、人源化小鼠模型	NA	NA	NA
3256	2025-04-07	Identification of molecular clusters and a risk prognosis model for diffuse large B-cell lymphoma based on lactate metabolism-related genes 2025-Apr-05, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06321-1 PMID:40186663	研究论文	本研究基于乳酸代谢相关基因（LMRGs）识别了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的分子簇并构建了风险预后模型	开发了一个包含五个LMRGs的风险预后模型，揭示了高风险患者预后较差的原因，并发现B细胞中高LMRG风险评分可能通过MIF-CD74/CXCR4通路促进免疫抑制	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探索乳酸代谢相关基因与DLBCL预后及免疫微环境相互作用的关系	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	数字病理学	淋巴瘤	Cox回归、LASSO回归、单细胞RNA测序	风险预后模型	基因表达数据	来自GSE10846和GSE87371数据集的患者数据
3257	2025-04-07	Atf3 controls transitioning in female mitochondrial cardiomyopathy as identified by spatial and single-cell transcriptomics 2025-Apr-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adq1575 PMID:40184463	research paper	该研究通过空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了线粒体心肌病（MCM）从代偿到功能障碍转变的机制，并发现Atf3在女性MCM进展中的关键作用	首次结合空间转录组学和单核RNA测序技术，揭示了Atf3在女性线粒体心肌病进展中的性别特异性调控作用	研究样本量有限，仅基于一名患者和小鼠模型，需要在更大样本中验证	探究线粒体心肌病从代偿到功能障碍转变的分子机制	线粒体心肌病患者的心脏组织和小鼠模型	转录组学	线粒体心肌病	空间转录组学, 单核RNA测序(snRNA-seq)	Ndufs6基因敲除小鼠模型(FS6KD)	RNA测序数据	一名患者和小鼠模型
3258	2025-04-07	Injury and obesity differentially and synergistically induce dysregulation of synovial immune cells in osteoarthritis 2025-Apr-04, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.03.001 PMID:40188009	研究论文	研究探讨了损伤和肥胖如何差异性和协同性地影响骨关节炎中滑膜免疫细胞的失调	首次揭示了损伤和肥胖在骨关节炎中独立和协同地改变滑膜免疫细胞景观的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索损伤和肥胖对骨关节炎滑膜免疫细胞的影响	小鼠膝关节囊中的免疫细胞	免疫学	骨关节炎	单细胞转录组学、免疫分析、转基因小鼠模型、遗传命运图谱方法	转基因小鼠模型	转录组数据、免疫细胞表型数据	未明确说明小鼠数量，但涉及正常体重和肥胖小鼠的比较
3259	2025-04-07	Integrated proteogenomic characterization of localized prostate cancer identifies biological insights and subtype-specific therapeutic strategies 2025-Apr-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58569-w PMID:40180929	研究论文	本文通过整合基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组数据，对145例中国患者的局限性前列腺癌进行了分子分型，并鉴定出NANS蛋白作为潜在的预后生物标志物和治疗靶点	首次在局限性前列腺癌中整合多组学数据进行分子分型，并发现NANS蛋白通过调节sialoglycan-sialic acid-Siglec轴逆转免疫抑制微环境的新机制	样本量相对有限（145例），且仅针对中国患者群体	阐明局限性前列腺癌的分子异质性并发现新的治疗靶点	145例中国患者的局限性前列腺癌样本	数字病理学	前列腺癌	基因组测序、转录组测序、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学、scRNA-seq、免疫荧光分析	细胞来源原位移植小鼠模型	多组学数据（基因组、转录组、蛋白质组、磷酸化蛋白质组）	145例局限性前列腺癌患者样本
3260	2025-04-07	Development and validation of basement membrane-related signatures for predicting postoperative recurrence, tumor microenvironment and drug candidates in chordomas 2025-Apr-03, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-025-14006-1 PMID:40181316	研究论文	本研究开发并验证了与基底膜相关的基因特征，用于预测颅底脊索瘤的术后复发、肿瘤微环境和药物候选	首次建立了由五个基底膜相关基因组成的预后特征，并验证了其在颅底脊索瘤中的独立预后价值，同时揭示了基底膜相关基因通过PI3K-Akt信号通路影响脊索瘤的恶性行为	样本量相对较小（77例批量转录组测序和6例单细胞RNA测序），且仅针对颅底脊索瘤患者	探索基底膜相关基因在颅底脊索瘤预后评估和生物学行为中的作用	颅底脊索瘤患者	数字病理学	颅底脊索瘤	批量转录组测序、单细胞RNA测序、LASSO Cox回归分析	NA	转录组数据	77例批量转录组测序和6例单细胞RNA测序的颅底脊索瘤患者