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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3241 | 2025-10-06 |
A novel mast cell marker gene-related prognostic signature to predict prognosis and reveal the immune landscape in head and neck squamous cell carcinoma
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1538641
PMID:40703522
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序鉴定肥大细胞标志基因,构建了基于14个肥大细胞相关基因的头颈鳞状细胞癌预后预测模型 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,构建基于肥大细胞相关基因的HNSCC预后预测模型,并揭示其与免疫景观的关联 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要进一步的前瞻性研究验证 | 开发头颈鳞状细胞癌的预后预测模型并探索其免疫特征 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, Cox回归, LASSO回归 | 预后预测模型, 诺模图 | 基因表达数据 | TCGA数据库中的HNSCC患者数据(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
3242 | 2025-10-06 |
Identification of lactylation-associated immune and metabolic regulators in bladder cancer via integrated bulk and single-cell transcriptomics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1604758
PMID:40703521
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研究论文 | 通过整合批量与单细胞转录组学识别膀胱癌中乳酸化相关的免疫和代谢调控因子 | 首次在膀胱癌中系统鉴定乳酸化相关枢纽基因,揭示FASN和RUNX2通过调控非组蛋白乳酸化影响肿瘤进展的新机制 | 研究主要基于TCGA数据库和体外实验,缺乏体内动物模型验证 | 探究乳酸代谢重编程和组蛋白乳酸化在膀胱癌进展中的调控机制 | 膀胱癌细胞系和TCGA数据库中的膀胱癌转录组数据 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 转录组测序,单细胞RNA测序,生物信息学分析,体外功能实验 | NA | 转录组数据,单细胞数据 | TCGA数据库膀胱癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
3243 | 2025-10-06 |
Multi-Target Synergy Against Acute Lung Injury: Systems Pharmacology Decoding Dahuang-Huangqin Herb Pair's Therapeutic Mechanism
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S527378
PMID:40703642
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研究论文 | 本研究通过整合网络药理学和多组学方法解析大黄-黄芩药对治疗急性肺损伤的多靶点协同作用机制 | 首次结合网络药理学、孟德尔随机化、单细胞RNA测序和分子对接等多模态方法系统解析中药药对的治疗机制 | 临床应用仍需药效学优化验证 | 研究大黄-黄芩药对治疗急性肺损伤的治疗机制 | 大黄-黄芩药对的活性成分及其与急性肺损伤相关的分子靶点 | 生物信息学 | 急性肺损伤 | 网络药理学,多组学分析,单细胞RNA测序,分子对接,孟德尔随机化 | 网络分析,分子对接模型 | 转录组数据,蛋白质相互作用数据,分子结构数据 | 207个活性成分和93个治疗靶点 | NA | 单细胞RNA测序,转录组学 | NA | NA |
3244 | 2025-10-06 |
A comprehensive characterization of metabolic signatures-hypoxia, glycolysis, and lactylation-in non-healing diabetic foot ulcers
2025, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2025.1593390
PMID:40703704
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法全面表征了糖尿病足溃疡中的代谢特征,包括缺氧、糖酵解和乳酸化修饰 | 首次在单细胞水平系统揭示糖尿病足溃疡中代谢重编程与细胞间通讯紊乱的关联,并识别出与代谢和免疫调控相关的诊断生物标志物 | 研究样本量有限,需要更大规模的外部验证来确认生物标志物的临床应用价值 | 探究糖尿病足溃疡中代谢失调的分子机制并识别潜在的诊断和治疗靶点 | 糖尿病足溃疡组织样本 | 生物信息学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, KEGG/GO富集分析, 伪时间轨迹分析, 细胞间通讯分析 | LASSO, 支持向量机, 随机森林 | 基因表达数据 | 未明确指定具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
3245 | 2025-10-06 |
Multi-omics and AI-driven advances in miRNA-mediated hair follicle regulation in cashmere goats
2025, Frontiers in veterinary science
IF:2.6Q1
DOI:10.3389/fvets.2025.1635202
PMID:40703926
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综述 | 综述了多组学与人工智能驱动下miRNA调控绒山羊毛囊发育的最新进展 | 整合单细胞RNA测序、空间转录组学与人工智能分析揭示miRNA在毛囊调控中的新机制 | NA | 探索miRNA在绒山羊毛囊发育和纤维性状调控中的作用机制 | 绒山羊毛囊组织及相关细胞类型(角质形成细胞、真皮乳头细胞、滤泡干细胞) | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 转录组学, 蛋白质组学, 表观基因组学 | AI | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
3246 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Interaction between CCL19+ Inflammatory Keratinocytes and CCR7+ Dendritic Cells and B Cells in Pemphigus
2024-Oct, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.03.016
PMID:38537931
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
3247 | 2024-09-07 |
Bridging gaps: a neural network approach for cross-species scRNA-seq analysis in COVID-19
2024-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105324
PMID:39236555
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
3248 | 2025-10-06 |
Revealing the crucial roles of suppressive immune microenvironment in cardiac myxoma progression
2024-08-02, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01912-2
PMID:39090109
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了心脏粘液瘤中抑制性免疫微环境的关键作用 | 首次构建心脏粘液瘤的单细胞图谱,发现粘液瘤细胞具有成纤维细胞样特征但表达独特的磷酸二酯酶和增殖相关基因,并揭示了M2样巨噬细胞浸润与栓塞发生的临床关联 | 样本数量有限,体外共培养实验未能完全模拟体内复杂微环境 | 解析心脏粘液瘤的细胞组成和免疫微环境特征 | 心脏粘液瘤组织和其中的细胞群体 | 数字病理学 | 心脏肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 75,641个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3249 | 2025-10-06 |
A Cullin 5-based complex serves as an essential modulator of ORF9b stability in SARS-CoV-2 replication
2024-06-28, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-01874-5
PMID:38937432
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研究论文 | 本研究揭示了CUL5-TOM70-HSP90α复合物通过调控ORF9b蛋白稳定性在SARS-CoV-2复制中的关键作用 | 首次发现ORF9b蛋白在K67位点发生泛素化并通过蛋白酶体途径降解,鉴定出TOM70作为底物受体连接ORF9b与HSP90α和CUL5形成复合物 | 未明确说明研究的样本规模和技术重复次数 | 阐明SARS-CoV-2 ORF9b蛋白的稳定性调控机制及其在病毒复制中的作用 | SARS-CoV-2病毒ORF9b蛋白及其与宿主蛋白的相互作用 | 分子生物学 | COVID-19 | 单细胞测序,蛋白质泛素化分析 | NA | 测序数据,蛋白质相互作用数据 | COVID-19患者肺上皮细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3250 | 2025-10-06 |
Inhibition of the eukaryotic initiation factor-2α kinase PERK decreases risk of autoimmune diabetes in mice
2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI176136
PMID:38889047
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研究论文 | 通过抑制PERK激酶降低小鼠自身免疫性糖尿病风险的研究 | 首次发现PERK抑制可逆转应激人胰岛中的mRNA翻译阻断,并通过稳定PD-L1增强β细胞免疫检查点功能 | 研究主要基于小鼠模型和人胰岛体外实验,尚未进行人体临床试验 | 探索PERK抑制对自身免疫性糖尿病的预防作用 | 易患1型糖尿病的小鼠模型、人胰岛和EndoC-βH1人β细胞系 | 分子生物学 | 自身免疫性糖尿病 | 单细胞RNA测序、空间蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 未明确样本数量的小鼠模型、人胰岛和细胞系 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
3251 | 2025-10-06 |
Comparative single-cell RNA sequencing analysis of immune response to inactivated vaccine and natural SARS-CoV-2 infection
2024-04, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29577
PMID:38572977
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序比较分析灭活疫苗与自然SARS-CoV-2感染引起的免疫反应差异 | 首次对灭活疫苗和自然感染进行系统性单细胞RNA测序比较分析,揭示了IL-15RA/IL-15受体通路在疫苗加强免疫中的选择性激活作用 | 样本量相对有限(12名疫苗接种者),仅分析了外周血单核细胞 | 比较灭活SARS-CoV-2疫苗与自然感染引起的免疫反应差异 | 12名接种灭活疫苗的个体和COVID-19患者的外周血单核细胞 | 单细胞基因组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名疫苗接种者和COVID-19患者的系列PBMC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3252 | 2025-10-06 |
Immune features revealed by single-cell RNA and single-cell TCR/BCR sequencing in patients with rheumatoid arthritis receiving COVID-19 booster vaccination
2024-04, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29573
PMID:38566569
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研究论文 | 通过单细胞RNA和TCR/BCR测序揭示类风湿关节炎患者接种COVID-19加强疫苗后的免疫特征 | 首次在RA患者中结合单细胞RNA测序和单细胞TCR/BCR测序分析COVID-19加强疫苗的免疫反应 | 样本量较小,仅观察了疫苗接种前后两个时间点 | 研究COVID-19加强疫苗对类风湿关节炎患者免疫细胞亚群和免疫反应的影响 | 稳定期类风湿关节炎患者 | 单细胞测序分析 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR/BCR测序 | NA | 单细胞转录组数据, 免疫受体序列数据 | 配对的外周血单个核细胞样本(接种前1周和接种后4周) | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞免疫组库测序 | NA | NA |
3253 | 2025-10-06 |
vSPACE: Exploring Virtual Spatial Representation of Articular Chondrocytes at the Single-Cell Level
2024-Feb-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.07.577817
PMID:38370845
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研究论文 | 开发了一种名为vSPACE的新方法,通过虚拟空间表示展示人类关节软骨细胞的单细胞RNA测序数据 | 提出了一种将单细胞RNA测序数据在二维空间中虚拟空间表示的新方法,模拟空间转录组学技术概念但以虚拟方式实现 | 方法目前仅限于二维空间表示,且仅在人关节软骨细胞数据上验证 | 探索单细胞水平上关节软骨细胞的虚拟空间表示方法 | 人类关节软骨细胞 | 单细胞分析 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | vSPACE | 单细胞RNA测序数据 | 6名健康捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3254 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals endoplasmic reticulum stress-related CAF subpopulations associated with chordoma progression
2024-02-02, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noad173
PMID:37772937
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学技术,揭示了脊索瘤中与内质网应激相关的癌症相关成纤维细胞亚群及其与肿瘤进展的关系 | 首次在脊索瘤中鉴定出表达缺氧基因且功能富集于内质网应激的CAF亚群,并证明其与肿瘤细胞的空间邻近关系和临床预后价值 | 样本量相对有限,需要更大规模的研究验证 | 解析脊索瘤中癌症相关成纤维细胞的异质性、空间分布和临床意义 | 脊索瘤组织和髓核组织样本 | 数字病理学 | 脊索瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 多重定量免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据, 免疫荧光图像 | 单细胞测序: 6个肿瘤样本(3原发+3复发)+3个对照样本, 共72,097个细胞; 批量RNA测序: 126例患者; QIF验证: 105例患者 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 多重定量免疫荧光 | NA | NA |
3255 | 2025-10-06 |
CGCom: a framework for inferring Cell-cell Communication based on Graph Neural Network
2023-Nov-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.10.566642
PMID:38014057
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研究论文 | 提出基于图神经网络的细胞间通讯推断框架CGCom,利用空间转录组数据预测细胞间通讯 | 首次将图神经网络与空间转录组数据结合,利用细胞邻近信息和配体-受体信号下游分子调控信息来推断细胞间通讯 | 仅在小鼠胚胎seqFISH数据集上进行了验证,尚未在其他生物系统或技术平台上测试 | 开发能够准确推断细胞间通讯的计算方法 | 小鼠胚胎细胞 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学,单细胞转录组测序 | 图神经网络(GNN) | 空间转录组数据,单细胞基因表达数据 | 小鼠胚胎seqFISH数据集 | NA | 空间转录组学,seqFISH | seqFISH | NA |
3256 | 2025-10-06 |
Senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus
2023-03, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2022-223227
PMID:36564153
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类膝关节软骨和半月板组织,发现了一个以ZEB1转录因子为主要调控因子的衰老细胞群在骨关节炎中起关键作用 | 首次在软骨和半月板组织中鉴定出共享的致病性衰老细胞亚群,并确定FAP和ZEB1作为该细胞群的主要调控因子 | 样本量相对有限(健康组n=6-7,OA组n=6),功能验证实验需要进一步扩展 | 研究骨关节炎发病机制中软骨和半月板组织的细胞异质性 | 人类膝关节软骨和半月板组织 | 单细胞生物学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,基因过表达和敲除 | NA | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 软骨70,972个细胞,半月板78,017个细胞;来自健康(n=6-7)和OA(n=6)膝关节 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3257 | 2025-10-06 |
Comparison of oocyte vitrification using a semi-automated or a manual closed system in human siblings: survival and transcriptomic analyses
2022-Dec-05, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-022-01064-3
PMID:36464714
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研究论文 | 比较半自动与手动封闭系统对人类姐妹卵母细胞玻璃化冷冻的效果,包括存活率和转录组分析 | 首次使用单细胞RNA-seq技术评估卵母细胞玻璃化冷冻的转录组后果,并比较新型半自动化系统与传统手动方法的差异 | 研究样本量有限,且不同研究间未观察到一致的转录组特征 | 评估半自动化卵母细胞玻璃化冷冻系统的效率及其对卵母细胞转录组的影响 | 人类姐妹卵母细胞 | 生殖医学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA-seq, 玻璃化冷冻技术 | NA | 基因表达数据, 形态测量数据 | 人类姐妹卵母细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3258 | 2025-10-06 |
Uncoupling immune trajectories of response and adverse events from anti-PD-1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma
2022-09, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2022.03.039
PMID:35430299
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了肝细胞癌患者接受抗PD-1免疫治疗的应答和不良反应的免疫轨迹机制 | 首次在肝细胞癌中识别出与抗PD-1治疗应答和不良反应相关的CXCR3+CD8+效应记忆T细胞和CD11c+抗原呈递细胞,并提出了抗PD-1与抗TNFR2联合治疗新策略 | 样本量相对有限(新加坡队列32例,韩国队列29例),需要在更大规模研究中验证 | 解析肝细胞癌患者接受抗PD-1免疫治疗的应答和免疫相关不良反应的免疫机制 | 肝细胞癌患者和小鼠肝细胞癌模型 | 免疫学 | 肝细胞癌 | 飞行时间质谱流式细胞术, 单细胞RNA测序, 流式细胞术验证, 批量RNA测序 | 小鼠肝细胞癌模型 | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据, 批量RNA测序数据 | 新加坡队列32例患者60份外周血样本,韩国队列29例患者,20份治疗前后肿瘤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
3259 | 2025-10-06 |
Investigating intestinal farnesoid X receptor functions at the intestinal mucosal barrier and in the intestinal microbiota in a biliary obstruction mouse model
2025-Aug-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00223.2024
PMID:40623002
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研究论文 | 本研究通过肠道特异性敲除小鼠和胆道梗阻模型,探讨法尼醇X受体在肠道黏膜屏障和微生物群中的功能 | 首次阐明FXR在生理和胆道梗阻条件下对肠道屏障功能和微生物群的调节作用,并发现其可能通过调控Reg3γ影响肠道功能 | 研究机制尚未完全阐明,需要进一步验证FXR与Reg3γ的直接调控关系 | 研究法尼醇X受体在胆道梗阻疾病中肠道屏障功能和微生物群调节的作用机制 | 肠道特异性敲除小鼠和胆道梗阻小鼠模型 | 分子生物学 | 胆道梗阻疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3260 | 2025-10-06 |
Idiopathic Subglottic Stenosis and the Epithelial Interface of Host and Environment
2025-Aug-01, Journal of the American College of Surgeons
IF:3.8Q1
DOI:10.1097/XCS.0000000000001340
PMID:39902917
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究特发性声门下狭窄的发病机制,揭示上皮细胞异常与微生物群移位在纤维化过程中的作用 | 首次使用单细胞RNA测序技术对iSGS患者队列进行无偏倚分析,发现上皮祖细胞缺失和微生物群移位的病理机制 | 疾病罕见性和患者地理分布广泛可能限制样本规模,动物模型结果向人类转化的有效性需进一步验证 | 阐明特发性声门下狭窄的发病机制和病理过程 | 国际iSGS患者队列的病变黏膜组织和动物模型 | 单细胞基因组学 | 特发性声门下狭窄 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 国际iSGS患者队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |