单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3241	2025-02-24	Meta-analyses of mouse and human prostate single-cell transcriptomes reveal widespread epithelial plasticity in tissue regression, regeneration, and cancer 2025-Jan-17, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01432-w PMID:39825401	研究论文	本文通过meta分析小鼠和人类前列腺单细胞转录组数据，揭示了组织退化、再生和癌症中广泛的上皮细胞可塑性	利用随机矩阵理论去噪数据集，建立了正常小鼠和人类前列腺的参考细胞类型分类，并使用最优传输方法比较跨物种上皮细胞群体的转录组相似性	研究主要依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到技术限制和样本量的影响	研究前列腺上皮细胞状态在组织稳态、肿瘤起始和进展中的动态变化	小鼠和人类前列腺组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	新的和已发表的小鼠和人类前列腺组织单细胞RNA测序数据集
3242	2025-02-24	Integrating Bulk and Single-Cell Transcriptomic Data to Identify Ferroptosis-Associated Inflammatory Gene in Alzheimer's Disease 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S497418 PMID:39959647	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了铁死亡相关炎症基因SLC11A1在阿尔茨海默病中的关键作用	首次从细胞类型特异性角度探讨了铁死亡、免疫炎症与阿尔茨海默病之间的分子机制，并发现了一个与铁死亡高度相关的小胶质细胞亚群	研究主要基于转录组数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	探讨铁死亡、免疫炎症与阿尔茨海默病之间的分子联系	阿尔茨海默病患者脑组织和外周血的RNA测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病	RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, 免疫荧光	NA	RNA测序数据	阿尔茨海默病患者脑组织和外周血的RNA测序数据，以及实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠脑组织的scRNA-seq数据
3243	2025-02-24	Systemic immune profiling analysis identifying M2-TAM related genes predicted colon cancer prognosis and chemotherapy responses 2024-Dec-27, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000040979 PMID:39969348	研究论文	本研究通过系统性免疫分析，识别了与M2型肿瘤相关巨噬细胞相关的基因，这些基因能够预测结肠癌的预后和化疗反应	开发了新的M2型巨噬细胞标志物，用于预测结肠癌患者的预后，并验证了这些标志物在外部数据集中的有效性	研究依赖于现有数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索与M2型巨噬细胞相关的基因标志物，以预测结肠癌的预后和化疗反应	结肠癌患者	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序，加权基因共表达网络分析，最小绝对收缩和选择算子，Cox回归	风险模型	转录组数据，单细胞RNA测序数据，临床数据	来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的结肠癌患者数据
3244	2025-02-23	Revealing the therapeutic targets, mechanisms, and heterogeneity of Huatan Jieyu Granules for Parkinson's disease through single-cell sequencing 2025-May-15, Journal of pharmaceutical and biomedical analysis IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jpba.2025.116679 PMID:39864142	研究论文	本研究通过单细胞测序技术探索了化痰解郁颗粒（HGs）对帕金森病（PD）的治疗靶点、机制和异质性	首次使用单细胞测序技术揭示了HGs治疗PD的分子机制和关键细胞类型	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本	探索HGs对PD的治疗效果及其分子机制	MPTP诱导的PD小鼠模型	数字病理学	帕金森病	单细胞测序	小鼠PD模型	单细胞RNA测序数据	未明确提及样本数量，但涉及空白组、PD模型组和药物治疗组的小鼠
3245	2025-02-23	EGR1 regulates oxidative stress and aldosterone production in adrenal cells and aldosterone-producing adenomas 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103498 PMID:39826326	研究论文	本文探讨了早期生长反应1（EGR1）在肾上腺细胞生物学中的双重作用，即调节氧化应激和醛固酮生成	揭示了EGR1在肾上腺细胞中调节氧化应激和醛固酮生成的新机制，并探讨了其在醛固酮生成腺瘤（APAs）和其他肾上腺皮质肿瘤发病机制中的潜在意义	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行大规模临床试验验证	探讨EGR1在肾上腺细胞中调节氧化应激和醛固酮生成的作用及其在APAs发病机制中的潜在意义	人类肾上腺细胞、醛固酮生成腺瘤（APAs）患者肾上腺组织、猪的肾上腺皮质	NA	内分泌高血压、醛固酮生成腺瘤	RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	人类肾上腺细胞、APAs患者肾上腺组织、猪的肾上腺皮质
3246	2025-02-23	Key glycometabolism during oocyte maturation and early embryonic development 2025-Mar-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-24-0275 PMID:39846956	综述	本文综述了葡萄糖代谢在卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的关键作用，探讨了代谢监测如何革新胚胎选择和个性化辅助生殖技术	揭示了葡萄糖、脂肪酸、氨基酸和核苷酸在早期胚胎发育中的复杂相互作用，并强调了非侵入性代谢监测在辅助生殖技术中的潜在应用	本文为综述性文章，未涉及具体实验数据或新发现，主要基于现有研究进行总结和分析	探讨代谢过程在卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的关键作用，以推动生殖医学和胚胎学的发展	哺乳动物卵母细胞和早期胚胎	生殖医学	NA	单细胞测序、代谢组学、生物信息学	NA	代谢数据	NA
3247	2025-02-23	Desflurane attenuates renal ischemia-reperfusion injury by modulating ITGB1/CD9 and reducing oxidative stress in tubular epithelial cells 2025-Mar, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2025.103490 PMID:39854938	研究论文	本研究探讨了地氟醚（DFE）通过调节ITGB1/CD9信号通路和减轻氧化损伤在肾缺血再灌注（I/R）损伤中的保护作用	首次揭示了地氟醚通过调节ITGB1/CD9信号通路在肾I/R损伤中的保护机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探讨地氟醚在肾缺血再灌注损伤中的保护作用及其机制	肾小管上皮细胞（TECs）和小鼠模型	生物医学	肾脏疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-qPCR、Western blot、TUNEL检测	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确提及具体样本数量
3248	2025-02-23	Differential expression of the MYC-Notch axis drives divergent responses to the front-line therapy in central and peripheral extensive-stage small-cell lung cancer 2025-Mar, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.70112 PMID:39974662	研究论文	本研究比较了中央型和周围型广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）对一线治疗的反应差异，并通过单细胞RNA测序探讨了潜在的生物学机制	首次揭示了中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的不同反应，并发现MYC-Notch-non-NE轴的差异激活状态可能是导致这些差异的原因	样本量较小（9个治疗初期的ES-SCLC样本），需要更大规模的研究来验证结果	探讨中央型和周围型ES-SCLC对一线治疗的反应差异及其生物学机制	广泛期小细胞肺癌（ES-SCLC）患者	癌症研究	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	265名患者（临床数据）和9个治疗初期的ES-SCLC样本（scRNA-seq数据）
3249	2025-02-23	Single-cell multiomics reveals a gene regulatory circuit driving leukemia cell differentiation 2025-Feb-22, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03309-z PMID:39984714	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析揭示了全反式维甲酸（ATRA）治疗后急性早幼粒细胞白血病（APL）细胞系NB4的分化调控轨迹	整合单细胞染色质可及性和单细胞转录组分析，发现了一个由SPI1和CEBPE转录因子组成的正反馈基因调控回路，该回路驱动白血病细胞分化	研究主要基于细胞系实验，未涉及体内实验或临床样本验证	探索ATRA诱导白血病细胞分化的分子机制	急性早幼粒细胞白血病（APL）细胞系NB4，以及非APL白血病细胞系HL60和K562	单细胞多组学	白血病	单细胞染色质可及性分析，单细胞转录组分析	NA	单细胞多组学数据	NB4、HL60和K562细胞系
3250	2025-02-23	Impaired inflammatory resolution with severe SARS-CoV-2 infection in leptin knock out obese hamster 2025-Feb-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111837 PMID:39981511	研究论文	本研究通过基因编辑的瘦素敲除肥胖仓鼠模型，探讨了肥胖与严重COVID-19之间的机制	首次使用瘦素敲除肥胖仓鼠模型模拟肥胖患者的严重COVID-19，并通过单细胞转录组学揭示了单核细胞来源的肺泡巨噬细胞在肺部过度炎症中的关键作用	研究主要依赖于动物模型，可能无法完全反映人类肥胖患者的复杂情况	探讨肥胖与严重COVID-19之间的机制，并建立可靠的临床前动物模型	瘦素敲除肥胖仓鼠	生物医学	COVID-19	单细胞转录组学	瘦素敲除肥胖仓鼠模型	基因表达数据	NA
3251	2025-02-23	Spatial transcriptomics-aided localization for single-cell transcriptomics with STALocator 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101195 PMID:39904340	研究论文	本文开发了一种名为STALocator的工具，用于将单细胞转录组数据定位到空间转录组数据中，以提高数据的空间分辨率和基因表达模式	STALocator工具结合了单细胞RNA测序和空间转录组技术，能够更好地定位单细胞并增强基因表达模式，识别更多空间可变基因和生物学相关的GO术语	空间转录组数据的质量（空间分辨率或基因覆盖度）仍远低于单细胞转录组数据	开发一种工具，将单细胞转录组数据与空间转录组数据结合，以提高数据的空间分辨率和基因表达模式	单细胞RNA测序数据和空间转录组数据	数字病理学	鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组（ST），荧光原位杂交（FISH），Xenium	NA	基因表达数据，空间信息	人类大脑和鳞状细胞癌数据
3252	2025-02-23	Inferring cell trajectories of spatial transcriptomics via optimal transport analysis 2025-Feb-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101194 PMID:39904341	研究论文	本文介绍了一种名为SpaTrack的方法，通过最优传输分析整合细胞转录组和空间位置信息，重建细胞分化轨迹	SpaTrack利用最优传输将基因表达和空间位置信息整合到转移成本中，从而构建反映分化拓扑和追踪细胞动态的详细空间轨迹	NA	研究目的是通过整合细胞转录组和空间位置信息，重建细胞分化轨迹	研究对象包括蝾螈端脑再生和小鼠中脑发育的时空轨迹，以及原发性肿瘤内的多种恶性细胞系	空间转录组学	NA	最优传输分析	NA	空间转录组数据	NA
3253	2025-02-23	Single-cell RNA-seq and pathological phenotype reveal the functional atlas and precise roles of Sox30 in testicular cell development and differentiation 2025-Feb-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07442-1 PMID:39971903	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和病理表型分析，揭示了Sox30在睾丸细胞发育和分化中的功能图谱和精确作用	首次详细描述了Sox30在睾丸细胞中的具体功能，特别是在初级精母细胞分化中的作用，并揭示了Sox30缺失对睾丸细胞间通讯和转录因子网络的影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究Sox30在睾丸细胞发育和分化中的具体功能	小鼠睾丸细胞	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量，但涉及小鼠睾丸细胞
3254	2025-02-23	Unravelling genotype-phenotype correlations in Stargardt disease using patient-derived retinal organoids 2025-Feb-19, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07420-7 PMID:39971915	研究论文	本研究利用患者来源的视网膜类器官探讨了Stargardt病的基因型-表型相关性	首次使用患者来源的iPSCs生成视网膜类器官，成功模拟了STGD1的视网膜特异性剪接缺陷，并揭示了基因型与表型之间的相关性	研究仅涉及两个单等位基因未解决的STGD1病例和一个双等位基因影响的对照病例，样本量较小	探讨STGD1的细胞和分子特征及其基因型-表型相关性	Stargardt病患者的视网膜类器官	数字病理学	视网膜疾病	iPSCs生成、scRNA-Seq、全基因组测序、长读长RNA-seq	NA	基因序列数据、RNA序列数据	两个单等位基因未解决的STGD1病例和一个双等位基因影响的对照病例
3255	2025-02-23	Polycystic ovary syndrome and epithelial-mesenchymal transition: Mendelian randomization and single-cell analysis insights 2025-Feb-19, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01617-2 PMID:39972362	研究论文	本研究通过转录组学和单细胞RNA测序结合Mendelian随机化分析，探索了与多囊卵巢综合征（PCOS）相关的上皮-间质转化（EMT）关键基因及其分子调控机制	首次从转录组学和单细胞RNA测序的角度，结合Mendelian随机化分析，识别了与PCOS相关的EMT关键基因，并揭示了成纤维细胞在PCOS病理中的关键作用	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探索与PCOS相关的EMT关键基因及其分子调控机制	多囊卵巢综合征（PCOS）患者	生物信息学	多囊卵巢综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq），Mendelian随机化分析	NA	转录组数据，单细胞RNA测序数据	公共数据库中的PCOS样本
3256	2025-02-23	Integration of single-cell and spatial transcriptomics reveals fibroblast subtypes in hepatocellular carcinoma: spatial distribution, differentiation trajectories, and therapeutic potential 2025-Feb-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06192-0 PMID:39966876	研究论文	本研究通过整合单细胞和空间转录组学，揭示了肝细胞癌中成纤维细胞亚型的空间分布、分化轨迹及其治疗潜力	首次在肝细胞癌中分类出三种成纤维细胞亚群，并揭示了它们在肿瘤内的空间分布及分化轨迹，特别是VEGFA+CAFs在肿瘤特异性分化中的关键作用	研究主要基于转录组数据，缺乏蛋白质水平的验证，且样本量虽大但可能不足以代表所有肝细胞癌患者	深入理解肝细胞癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的多样性，以预测患者预后并指导治疗策略	肝细胞癌中的癌症相关成纤维细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组分析	机器学习模型	RNA测序数据	训练队列88例，验证队列94例，总计超过120万细胞
3257	2025-02-23	T-type calcium channels regulate medulloblastoma and can be targeted for therapy 2025-Feb-17, Journal of neuro-oncology IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s11060-025-04967-5 PMID:39961940	研究论文	本研究探讨了T型钙通道在髓母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次全面多组学表征T型钙通道在髓母细胞瘤中的表达，并提供了将mibefradil重新用于治疗这些常见儿童脑肿瘤的临床前数据	NA	研究T型钙通道在髓母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力	髓母细胞瘤	NA	髓母细胞瘤	RNA-seq, 单细胞RNA-seq, RPPA, hdWGCNA	NA	RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据, 蛋白质组数据	超过30%的髓母细胞瘤肿瘤样本
3258	2025-02-23	Divergence in cellular markers observed in single-cell transcriptomics datasets between cultured primary trabecular meshwork cells and tissues 2025-Feb-14, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-025-04528-5 PMID:39952952	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序比较了培养的原代人类小梁网细胞与组织中的细胞，揭示了细胞标记物的差异	首次报道了使用单细胞RNA测序比较培养的原代人类小梁网细胞与组织中的细胞，提供了关于细胞身份和可转化性的重要见解	从体外研究到体内或体外研究的转化仍然是一个挑战	研究人类小梁网细胞的细胞异质性和基因表达变化	人类小梁网细胞和组织	单细胞转录组学	青光眼	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	14个原代人类小梁网体外样本，包括4个来自青光眼患者的样本
3259	2025-02-23	Microglial Regulation of Neural Networks in Neuropsychiatric Disorders 2025-Feb-11, The Neuroscientist : a review journal bringing neurobiology, neurology and psychiatry DOI:10.1177/10738584251316558 PMID:39932233	研究论文	本文探讨了小胶质细胞在中枢神经系统中的重要作用及其与神经网络的复杂相互作用，特别是在神经精神疾病和神经退行性疾病中的影响	利用单细胞测序技术揭示了小胶质细胞亚型的多样性，并深入探讨了其在神经精神疾病中的功能	未具体提及研究的局限性	研究小胶质细胞在神经精神疾病和神经退行性疾病中的作用，以探索新的治疗策略	小胶质细胞及其与神经网络的相互作用	神经科学	阿尔茨海默病、抑郁症、癫痫	单细胞测序技术	NA	NA	NA
3260	2025-02-23	Precise gene expression deconvolution in spatial transcriptomics with STged 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf087 PMID:39970279	研究论文	本文介绍了一种名为STged的新型计算框架，用于从空间转录组学数据中精确解卷积细胞类型特异性基因表达	STged通过整合基于图的空间相关性和参考基因签名，使用非负最小二乘回归框架，实现了精确且具有生物学意义的解卷积，超越了传统的解卷积方法	NA	研究目的是开发一种能够从空间转录组学数据中重建细胞类型特异性基因表达谱的计算方法	人类胰腺导管腺癌、人类鳞状细胞癌数据集以及小鼠肾脏组织	数字病理学	胰腺癌、鳞状细胞癌	空间转录组学	非负最小二乘回归	基因表达数据	人类胰腺导管腺癌、人类鳞状细胞癌数据集以及小鼠肾脏组织