本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3221 | 2025-10-06 |
Functional Diversity of Two Novel Embryonic Microglial Subpopulations and Their Developmental Trajectories in Developing Mouse Brains
2025-Jul-25, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.70064
PMID:40714978
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序在小鼠胚胎大脑中发现两个新型胚胎小胶质细胞亚群并揭示其发育轨迹 | 首次识别出两个功能不同的胚胎小胶质细胞亚群(EM1和EM2),并阐明它们从CD68阴性向CD68阳性转变的发育轨迹 | 研究仅使用E14小鼠胚胎大脑样本,未采用小胶质细胞分选方法,可能影响细胞纯度 | 探索胚胎小胶质细胞的功能多样性和发育轨迹 | 小鼠胚胎大脑中的小胶质细胞 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,免疫荧光染色,生物信息学分析 | 无监督聚类分析 | 单细胞基因表达数据,图像数据 | 胚胎第14天小鼠大脑细胞,以及出生后第1、14、90天小鼠大脑样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3222 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics reveals macrophage domestication by epithelial cells promotes immunotherapy resistance in small cell lung cancer
2025-Jul-24, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01005-5
PMID:40702109
|
研究论文 | 通过空间转录组学揭示上皮细胞驯化巨噬细胞促进小细胞肺癌免疫治疗耐药性的机制 | 首次发现上皮细胞通过MIF基因诱导髓系细胞向M2巨噬细胞极化,并通过SPP1-PI3K-AKT信号轴驱动上皮细胞亚型转化 | 样本量有限(18例患者),需要更大规模研究验证 | 探究小细胞肺癌肿瘤微环境中免疫化疗耐药机制 | 广泛期小细胞肺癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间单细胞转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 18例广泛期小细胞肺癌患者 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3223 | 2025-10-06 |
Neoadjuvant immune checkpoint inhibition improves protection against hepatic melanoma metastasis
2025-Jul-24, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217950
PMID:40714065
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型证明新辅助免疫检查点抑制剂治疗对肝黑色素瘤转移具有更好的保护作用 | 首次比较新辅助与辅助免疫检查点抑制剂在肝黑色素瘤转移模型中的疗效差异,并揭示TH1/TH2免疫反应转变机制 | 研究基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 评估新辅助免疫检查点抑制剂对肝黑色素瘤转移的预防效果 | WT31和B16F10 luc2黑色素瘤细胞系及小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,免疫荧光,原位杂交,多重细胞因子检测 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,图像数据,细胞因子数据 | 小鼠模型实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3224 | 2025-10-06 |
RBM17 promotes hepatocellular carcinoma progression by regulating lipid metabolism and immune microenvironment: implications for therapeutic targeting
2025-Jul-23, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-025-02642-2
PMID:40702000
|
研究论文 | 本研究揭示了RNA结合蛋白RBM17通过调控可变剪接影响肝细胞癌脂质代谢和免疫微环境的机制 | 首次阐明RBM17通过调控CSAD和HACD3基因的可变剪接促进M2巨噬细胞浸润和CD8 T细胞功能,并发现RUNX1-RBM17信号轴在肝癌中的新作用 | NA | 探索RBM17在肝细胞癌进展中的作用机制及其治疗靶点潜力 | 肝细胞癌细胞和组织 | 癌症生物学 | 肝细胞癌 | 无标记蛋白质组学、单细胞测序、高通量测序、流式细胞术、液相色谱-串联质谱、多参数免疫荧光、染色质免疫沉淀 | NA | 蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、质谱数据、流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学, 代谢组学 | NA | NA |
3225 | 2025-10-06 |
Single-cell perspective on the Monocyte-to-HDL cholesterol ratio as a metastasis biomarker in papillary thyroid cancer
2025-Jul-23, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14373-9
PMID:40702447
|
研究论文 | 从单细胞角度探讨单核细胞与高密度脂蛋白胆固醇比率作为甲状腺乳头状癌转移生物标志物的潜力 | 首次从单细胞视角揭示MHR在甲状腺乳头状癌中的潜在作用,发现与胆固醇稳态失调相关的细胞簇和巨噬细胞亚群 | NA | 探讨单核细胞与高密度脂蛋白胆固醇比率作为甲状腺乳头状癌淋巴结转移生物标志物的作用机制 | 甲状腺乳头状癌患者临床数据、单细胞RNA测序数据、体外实验模型 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 共培养实验, Transwell实验 | NA | 临床数据, 单细胞RNA测序数据, 实验数据 | GSE191288和GSE193581数据集整合分析 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3226 | 2025-10-06 |
Prkcq in ILC2 cells-enhanced the amounts of tissue-resident macrophages promotes pancreatic fibrosis in chronic pancreatitis
2025-Jul-22, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2025.110559
PMID:40706949
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析发现Prkcq通过调控ILC2细胞影响组织驻留巨噬细胞数量,从而促进慢性胰腺炎中的胰腺纤维化 | 首次揭示Prkcq在ILC2细胞中通过调控IL-4表达影响TRM数量,进而驱动胰腺纤维化的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究慢性胰腺炎中纤维化形成的分子机制 | 小鼠慢性胰腺炎模型中的ILC2细胞和组织驻留巨噬细胞 | 单细胞测序 | 慢性胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从GEO数据库获取的小鼠单细胞测序数据 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3227 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics identifies chondrocyte differentiation dynamics in vivo and in vitro
2025-Jul-22, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.031
PMID:40712580
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析体内外软骨细胞分化动态,为改善体外软骨生成提供框架 | 结合胚胎长骨单细胞RNA测序数据与公共数据构建软骨内骨化图谱,首次将人类胚胎干细胞软骨生成协议与体内数据进行轨迹对齐分析 | 研究主要基于转录组数据,缺乏蛋白质水平和功能验证的深入分析 | 改善体外软骨生成方法,促进肌肉骨骼疾病建模和再生医学发展 | 胚胎长骨组织、人类胚胎干细胞、已发表的体外软骨生成协议 | 单细胞生物学 | 肌肉骨骼疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 单核RNA测序(snRNA-seq) | 轨迹对齐分析 | 单细胞转录组数据 | 胚胎长骨样本和人类胚胎干细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
3228 | 2025-10-06 |
Marsupial single-cell transcriptomics identifies temporal diversity in mammalian developmental programs
2025-Jul-22, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.037
PMID:40712578
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组技术构建了有袋类动物负鼠的早期发育图谱,揭示了哺乳动物发育程序的时间多样性 | 首次在有袋类动物中构建了原肠胚形成和早期器官发生的单细胞转录组图谱,发现了前部结构发育的转录程序比真兽类更早启动和更快进展 | 研究仅针对单一有袋类物种,未与其他有袋类物种进行比较 | 研究哺乳动物发育程序的时间多样性,特别关注有袋类动物的异时发育现象 | 负鼠(Monodelphis domestica)的胚胎发育过程 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 负鼠胚胎发育多个时期的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3229 | 2025-10-06 |
A visual-omics foundation model to bridge histopathology with spatial transcriptomics
2025-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02707-1
PMID:40442373
|
研究论文 | 开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型,能够整合组织病理学图像与空间转录组学数据 | 首个将组织病理学图像与转录组学数据整合的基础模型,通过将转录组数据转化为'句子'形式实现跨模态学习 | NA | 构建能够桥接组织病理学与空间转录组学的计算模型 | 32个器官的组织样本 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 基础模型 | 图像,转录组数据 | 220万对组织图像和转录组数据 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium | Visium空间转录组平台 |
3230 | 2025-10-06 |
CD206+ macrophages facilitate wound healing through interactions with Gpnmbhi fibroblasts
2025-Jul, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-025-00496-4
PMID:40495034
|
研究论文 | 本研究揭示了CD206+巨噬细胞通过与Gpnmb高表达成纤维细胞相互作用促进伤口愈合的机制 | 首次通过CD206巨噬细胞耗竭模型和单细胞转录组学证实了CD206+巨噬细胞通过PDGF-A信号通路与Gpnmbhi成纤维细胞通讯促进伤口愈合 | 研究仅使用小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究CD206+巨噬细胞在伤口愈合过程中的具体作用机制 | 小鼠伤口愈合模型中的CD206+巨噬细胞和Gpnmbhi成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞转录组测序 | 小鼠基因敲除模型 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3231 | 2025-10-06 |
Applications of Spatial Transcriptomics in Veterinary Medicine: A Scoping Review of Research, Diagnostics, and Treatment Strategies
2025-Jun-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26136163
PMID:40649940
|
综述 | 本文对空间转录组学在兽医医学中的应用进行了范围综述,涵盖研究、诊断和治疗策略 | 首次系统梳理空间转录组学在兽医医学中的应用现状,识别研究空白和未来方向 | 兽医医学领域的代表性有限,存在疾病、物种、器官和地理偏见 | 评估空间转录组学在人类和动物健康研究、诊断和治疗中的应用现状 | 1398项符合纳入标准的研究,涵盖人类和动物健康研究 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 1398项研究 | 10x Genomics, Nanostring | 空间转录组学 | 10x Visium, Slide-seq, GeoMx, CosMX | 10x Visium空间转录组平台,Nanostring GeoMx和CosMX平台,MERFISH技术 |
3232 | 2025-10-06 |
Single cell immunophenotyping identifies CD8+ GZMK+ IFNG+ T cells as a key immune population in cutaneous Lyme disease
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.09.658661
PMID:40661371
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析识别出CD8+ GZMK+ IFNG+ T细胞是皮肤莱姆病中的关键免疫群体 | 首次使用单细胞转录组学结合适应性免疫受体测序全面解析皮肤莱姆病中的T细胞反应 | 样本量仍有限,且未详细探讨其他免疫细胞亚群的功能 | 研究皮肤莱姆病中T细胞的免疫反应特征 | 莱姆病患者的游走性红斑病变组织和自体未受累皮肤组织 | 单细胞生物学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序,适应性免疫受体测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 扩展样本量(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3233 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics yield insights into the stress-immune interplay and inform disease risk
2025-Jun-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.05.658150
PMID:40661381
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学研究应激激素对免疫细胞的调控机制及其与疾病风险的关联 | 首次在单细胞分辨率下揭示生理水平应激激素诱导的细胞类型特异性转录组变化,并发现可用于区分应激相关疾病的分子特征 | 使用体外模型可能无法完全模拟体内复杂的应激环境 | 探究应激激素在单细胞水平对免疫功能的调控机制及其与疾病风险的关联 | 原代外周血单个核细胞和中性粒细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病, 精神疾病, 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 两个独立人类队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3234 | 2025-10-06 |
Diminished and altered cellular senescence response in delayed wound healing of aging
2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.08.658533
PMID:40661498
|
研究论文 | 本研究探讨细胞衰老反应在老年个体伤口愈合延迟中的作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示衰老伤口中p16/p21/Ki67衰老成纤维细胞数量减少和功能转变 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限 | 阐明年龄相关的细胞衰老反应改变如何影响伤口愈合过程 | 年轻与老年小鼠的皮肤伤口组织及人类供体伤口组织 | 细胞生物学 | 伤口愈合障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 年轻与老年小鼠的伤口组织及有限人类样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3235 | 2025-10-06 |
NPAS4 Depletion in POMC Neurons Protects From Obesity and Alters the Feeding-regulated Transcriptome in Male Mice
2025-May-19, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqaf083
PMID:40296822
|
研究论文 | 本研究揭示了转录因子NPAS4在POMC神经元中对摄食行为的调控作用 | 首次发现NPAS4在POMC神经元中被摄食刺激诱导,并证明其缺失通过改变抑制性GABA能信号传导来调控摄食行为 | 研究仅使用雄性小鼠,未评估性别差异;机制研究仍需进一步深入 | 探究NPAS4在POMC神经元中对摄食调控的作用机制 | 雄性小鼠的POMC神经元 | 神经科学 | 肥胖症 | 条件性基因敲除,单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3236 | 2025-10-06 |
Adipose-derived leptin and complement factor D mediate osteoarthritis severity and pain
2025-Apr-25, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adt5915
PMID:40279436
|
研究论文 | 本研究揭示了脂肪源性瘦素和补体因子D在骨关节炎严重程度和疼痛中的关键作用 | 首次通过脂肪营养不良小鼠模型证实脂肪-关节信号交流的存在,并发现瘦素通过调控补体因子D影响骨关节炎表型 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究肥胖相关脂肪因子在骨关节炎发病机制中的具体作用 | 脂肪营养不良小鼠模型、脂肪组织植入物、关节组织 | 骨科学 | 骨关节炎 | 空间转录组学、全局无监督多组学分析 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据、蛋白质组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
3237 | 2025-10-06 |
Novel insights into kidney disease: the scRNA-seq and spatial transcriptomics approaches: a literature review
2025-Apr-08, BMC nephrology
IF:2.2Q2
DOI:10.1186/s12882-025-04103-5
PMID:40200175
|
文献综述 | 本文综述了单细胞RNA测序与空间转录组学在肾脏疾病研究中的应用与发展 | 整合单细胞RNA测序与空间转录组学技术,以前所未有的分辨率解析肾脏微环境中细胞亚群的动态相互作用 | NA | 总结单细胞RNA测序与空间转录组学在肾脏疾病研究中的应用价值 | 肾脏疾病相关的细胞异质性和空间组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
3238 | 2025-10-06 |
Transcriptional regulatory network analysis identifies GRN as a key regulator bridging chemotherapy and immunotherapy response in small cell lung cancer
2025-Feb-05, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-025-01667-5
PMID:39910394
|
研究论文 | 本研究通过构建小细胞肺癌的转录调控网络,发现GRN是连接化疗和免疫治疗反应的关键调控因子 | 首次识别GRN作为小细胞肺癌化疗和免疫治疗反应的关键枢纽基因,揭示了其在治疗耐药中的桥梁作用 | 研究机制仍需进一步实验验证,临床样本量有限 | 探索小细胞肺癌对化疗和免疫治疗耐药的分子机制 | 小细胞肺癌细胞和患者样本 | 生物信息学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序,转录调控网络分析 | 网络分析 | 基因组数据,单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3239 | 2025-10-06 |
High Glucose Promotes the Ferroptosis and Dysfunction of Endothelial Cells by Downregulating SLC3A2 and Promoting the Development of Nephropathy
2025, International journal of endocrinology
IF:2.3Q3
DOI:10.1155/ije/1186113
PMID:40703306
|
研究论文 | 本研究探讨高葡萄糖通过下调SLC3A2促进内皮细胞铁死亡和功能障碍,从而推动糖尿病肾病发展的机制 | 首次发现SLC3A2是糖尿病肾病中铁死亡的关键调节因子,并证实STAT1抑制剂氟达拉滨具有治疗潜力 | 需要进一步研究具体机制和治疗策略,样本来源有限 | 探究糖尿病肾病中内皮细胞功能障碍和铁死亡的分子机制 | 人脐静脉内皮细胞(HUVECs)和STZ处理的糖尿病小鼠 | 生物医学研究 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序,qPCR,western blotting,铁测量,TUNEL检测,生物信息学分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质数据,细胞表型数据 | GSE13535数据集和实验细胞及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3240 | 2025-10-06 |
Integrative multi-omics analysis reveals the interaction mechanisms between gut microbiota metabolites and ferroptosis in rheumatoid arthritis
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1608262
PMID:40703513
|
研究论文 | 通过整合多组学方法揭示肠道微生物代谢物与铁死亡在类风湿关节炎中的相互作用机制 | 首次整合多组学数据与机器学习算法,结合单细胞转录组分析,系统阐明GPX3和MYC作为关键铁死亡调节因子在RA中的作用机制 | 研究主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限,需要进一步的功能实验确认 | 系统研究类风湿关节炎中铁死亡关键基因与肠道代谢物的调控关系 | 类风湿关节炎患者的多组学数据 | 生物信息学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序,分子对接,分子动力学模拟 | LASSO,SVM,RFE-RF | 转录组数据,单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |