单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3221	2025-02-27	Targeted delivery of CCL3 reprograms macrophage antigen presentation and enhances the efficacy of immune checkpoint blockade therapy in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-23, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010947 PMID:39988347	研究论文	本研究探讨了CCL3在调节肝细胞癌（HCC）肿瘤免疫微环境（TIME）中的作用，并展示了其通过增强抗原呈递和免疫细胞招募来提高免疫检查点阻断疗法效果的潜力	首次揭示了CCL3在HCC中的免疫调节作用，特别是其在增强巨噬细胞抗原呈递和T细胞激活方面的机制，并展示了其与免疫检查点阻断疗法结合的潜力	研究主要基于临床前模型和体外实验，尚未进行大规模临床试验验证	研究CCL3在HCC肿瘤免疫微环境中的作用及其对免疫治疗效果的增强作用	肝细胞癌（HCC）的肿瘤免疫微环境（TIME）	肿瘤免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、多重免疫荧光、共培养系统、共聚焦成像、代谢物检测	NA	基因表达数据、细胞功能数据、代谢数据	人类HCC样本（来自The Cancer Genome Atlas数据库）及临床前HCC模型
3222	2025-02-27	SREBF1-based metabolic reprogramming in prostate cancer promotes tumor ferroptosis resistance 2025-Feb-23, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02354-7 PMID:39988626	研究论文	本研究探讨了前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	通过单细胞测序和转录因子调控网络分析，首次揭示了SREBF1在前列腺癌代谢重编程和铁死亡抵抗中的关键作用，并验证了SREBF1抑制剂的治疗效果	研究主要基于实验室数据，尚未进行大规模临床试验验证	探讨前列腺癌中代谢重编程与铁死亡抵抗的关联及其治疗潜力	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, hdWGCNA, bulk RNA分析	NA	RNA测序数据	正常前列腺组织和不同类型前列腺癌组织样本
3223	2025-02-27	Osteocyte connexin hemichannels and prostaglandin E2 release dictate bone marrow mesenchymal stromal cell commitment 2025-Feb-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2412144122 PMID:39937859	研究论文	本文揭示了骨细胞连接蛋白43（Cx43）半通道在调控骨髓间充质干细胞和祖细胞（BM-MSPCs）命运决定中的关键作用	首次揭示了Cx43半通道通过释放前列腺素E2（PGE2）调控BM-MSPCs的成骨和成脂分化，提供了骨细胞与BM-MSPCs之间精确调控的通信机制	研究主要基于转基因小鼠模型，尚未在人类细胞或临床样本中验证	探讨骨细胞如何与BM-MSPCs通信以协调骨形成	骨髓间充质干细胞和祖细胞（BM-MSPCs）	细胞生物学	NA	流式细胞术、单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	两种转基因小鼠模型（R76W和Δ130 to 136）
3224	2025-02-27	The correlation between immune profiles and pathological changes in pulmonary tuberculosis granulomas revealed by bioinformatic analysis and experimental validation 2025-Feb-11, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland) DOI:10.1016/j.tube.2025.102614 PMID:39999566	研究论文	本文通过生物信息学分析和实验验证，揭示了免疫特征与肺结核肉芽肿病理变化之间的相关性	首次结合单细胞转录组和微环境空间特征分析，揭示了免疫细胞对肉芽肿扩展的贡献，并通过机器学习筛选出与肉芽肿大小相关的6种细胞因子	研究主要依赖于生物信息学分析和局部队列验证，可能需要更大规模的多中心研究来进一步验证结果	探讨免疫系统在肺结核肉芽肿结构形成中的作用	肺结核肉芽肿及其相关的免疫细胞和细胞因子	生物信息学	肺结核	单细胞转录组分析、免疫荧光、流式细胞术、机器学习	NA	转录组数据、免疫细胞数据	局部队列的肺结核感染患者和健康对照
3225	2025-02-27	Chronic alcohol consumption enhances the differentiation capacity of hematopoietic stem and progenitor cells into osteoclast precursors 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.05.636743 PMID:39975302	研究论文	本文研究了长期饮酒（CAC）如何增强造血干细胞和祖细胞（HSPCs）向破骨细胞前体的分化能力	首次揭示了CAC通过改变HSPCs的功能、转录组和表观基因组，增强其向破骨细胞前体分化的能力	研究主要基于恒河猴模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探讨长期饮酒对造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化能力的影响	造血干细胞和祖细胞（HSPCs）及其分化的破骨细胞前体	生物医学	骨质疏松	光谱流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞数据、基因表达数据	恒河猴模型
3226	2025-02-27	paraCell: a novel software tool for the interactive analysis and visualization of standard and dual host-parasite single-cell RNA-seq data 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf091 PMID:39988320	研究论文	本文介绍了一种名为paraCell的新型软件工具，用于交互式分析和可视化标准及双宿主-寄生虫单细胞RNA测序数据	paraCell软件工具的创新之处在于其允许用户无需编程技能即可可视化和分析预加载的单细胞数据，且源代码免费提供以支持远程安装	尽管paraCell降低了分析单细胞数据的门槛，但其功能和性能可能受限于预加载数据的质量和多样性	开发一个易于使用的软件工具，以促进寄生虫学领域对单细胞转录组数据的广泛利用	单细胞RNA测序数据，特别是涉及寄生虫及其宿主相互作用的数据	生物信息学	寄生虫感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	包括已发表的Plasmodium和Trypanosoma数据集，以及新生成的Toxoplasma-mouse和Theileria-cow scRNA-seq数据集
3227	2025-02-27	Sources of non-uniform coverage in short-read RNA-Seq data 2025-Feb-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.30.634337 PMID:39975309	研究论文	本文探讨了短读RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，并进行了针对性实验以研究片段长度、PCR升温速率和核糖体耗竭的影响	本文通过实验和数据分析，挑战了先前关于RNA-Seq非均匀性来源的假设，提供了新的见解	研究结果与先前出版物或建议相矛盾，可能需要进一步验证	研究RNA-Seq数据中非均匀覆盖的来源，以改进实验协议和分析方法	RNA-Seq数据中的非均匀覆盖现象	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	使用了不同样本质量、PCR循环数、逆转录酶和技术或生物学重复的现有数据集
3228	2025-02-27	Trajectory Inference with Cell-Cell Interactions (TICCI): intercellular communication improves the accuracy of trajectory inference methods 2025-02-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf027 PMID:39898810	研究论文	本文介绍了一种名为TICCI的新方法，通过整合细胞间通讯信息来提高单细胞转录组分析中细胞分化轨迹推断的准确性	TICCI通过引入细胞间通讯信息，解决了现有细胞分化轨迹推断算法在高维度、噪声和用户需要特定生物信息方面的挑战	NA	提高单细胞转录组分析中细胞分化轨迹推断的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Louvain分区算法、Chu-Liu算法、改进的扩散拟合时间算法	单细胞RNA测序数据	NA
3229	2025-02-27	Attractor Landscape Analysis Reveals a Reversion Switch in the Transition of Colorectal Tumorigenesis 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412503 PMID:39840939	研究论文	本文介绍了一个名为REVERT的系统框架，用于重建核心分子调控网络模型，并在结直肠肿瘤发生过程中识别出基于单细胞转录组数据的逆转开关	提出了REVERT框架，能够重建核心分子调控网络模型，并识别出基于单细胞转录组数据的逆转开关	NA	研究结直肠肿瘤发生过程中的细胞命运转变机制，并寻找逆转这种转变的分子开关	结直肠肿瘤发生过程中的细胞命运转变	系统生物学	结直肠癌	单细胞转录组分析	核心分子调控网络模型	单细胞转录组数据	患者来源的匹配结肠癌和正常结肠类器官
3230	2025-02-27	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	研究论文	本研究通过人源化小鼠模型，利用空间转录组学分析，揭示了HIV和结核共感染早期的转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在HIV和结核共感染的人源化小鼠模型中，使用空间转录组学技术揭示早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	研究仅基于小鼠模型，结果可能无法完全反映人类感染情况	理解HIV和结核共感染早期免疫细胞浸润和转录模式的变化	人源化小鼠模型	数字病理学	结核病	空间转录组学	NA	转录组数据	人源化小鼠感染后三周的肺样本
3231	2025-02-27	Single-cell sequencing of human Langerhans cells identifies altered gene expression profiles in patients with atopic dermatitis 2025-01-24, ImmunoHorizons DOI:10.1093/immhor/vlae009 PMID:39849992	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了特应性皮炎（AD）患者和健康对照者的皮肤Langerhans细胞（LCs）和T细胞，揭示了LCs在AD炎症循环中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别了AD患者皮肤中的LCs亚群，并揭示了这些细胞在AD炎症中的特定基因表达变化	研究样本量有限，且仅关注了LCs和T细胞，未涉及其他可能参与AD炎症的细胞类型	探讨Langerhans细胞在特应性皮炎（AD）炎症循环中的作用	特应性皮炎（AD）患者和健康对照者的皮肤Langerhans细胞（LCs）和T细胞	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	AD患者和健康对照者的皮肤活检样本
3232	2025-02-27	Resolving Resident Colonic Muscularis Macrophage Diversity and Plasticity During Colitis 2025-01-06, Inflammatory bowel diseases IF:4.5Q1 DOI:10.1093/ibd/izae155 PMID:39102823	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，调查了正常结肠和右旋糖酐硫酸钠诱导的结肠炎中肠肌层固有层的免疫细胞群体，揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了结肠炎期间结肠肌层巨噬细胞的多样性和可塑性，并验证了其在不同条件下的表型变化	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本的验证相对有限	研究结肠炎期间结肠肌层固有层免疫细胞的多样性和可塑性	结肠肌层固有层的免疫细胞，特别是巨噬细胞	免疫学	炎症性肠病	单细胞RNA测序、免疫组织化学、流式细胞术、细胞谱系追踪	NA	RNA测序数据、免疫组织化学图像、流式细胞术数据	动物模型（小鼠）和人类溃疡性结肠炎患者的样本
3233	2025-02-27	Deciphering the cellular and molecular landscape of pulmonary fibrosis through single-cell sequencing and machine learning 2025-Jan-02, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-06031-8 PMID:39748378	研究论文	本研究利用单细胞测序和机器学习技术，揭示了肺纤维化的复杂细胞和分子机制，旨在提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	通过单细胞测序和机器学习分析，发现了与肺纤维化相关的新的基因特征和免疫细胞特征，并开发了具有更高精度的诊断模型	研究主要基于肺纤维化患者的肺组织样本，样本来源和数量可能限制了结果的普适性	揭示肺纤维化的细胞和分子机制，提高诊断准确性并发现潜在的治疗靶点	肺纤维化患者的肺组织样本	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序	机器学习	基因表达数据	肺纤维化患者的肺组织样本
3234	2025-02-27	Berberine Inhibited SASP-Related Inflammation through RXRα/PPARγ/NEDD4 Pathway in Atherosclerosis 2025, The American journal of Chinese medicine DOI:10.1142/S0192415X25500107 PMID:39829230	研究论文	本研究探讨了小檗碱（BBR）通过RXRα/PPARγ/NEDD4信号通路抑制动脉粥样硬化中与衰老相关分泌表型（SASP）相关的炎症的机制	揭示了BBR通过RXRα/PPARγ/NEDD4信号通路抑制SASP相关炎症的新机制，并验证了其在动脉粥样硬化治疗中的潜在应用	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨BBR在动脉粥样硬化中抑制SASP相关炎症的分子机制	ApoE[Formula: see text]小鼠、RAW264.7细胞和腹膜巨噬细胞来源的泡沫细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞测序、Smart-seq分析、慢病毒介导的基因敲低	小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	ApoE[Formula: see text]小鼠、RAW264.7细胞和腹膜巨噬细胞来源的泡沫细胞
3235	2025-02-27	Single-Cell Analysis of Subcutaneous Fat Reveals Profibrotic Cells That Correlate With Visceral Adiposity in HIV 2024-Dec-18, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/clinem/dgae369 PMID:38820087	研究论文	本文通过单细胞分析皮下脂肪，揭示了与HIV感染者内脏脂肪量相关的纤维化细胞	首次在HIV感染者中，通过单细胞RNA测序技术，揭示了皮下脂肪中特定细胞类型和转录程序与内脏脂肪量的关系	需要进一步的纵向研究来确定因果关系和机制	研究HIV感染者中皮下脂肪的细胞类型组成和转录程序与内脏脂肪量的关系	HIV感染者	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	92名参与者进行了皮下脂肪活检用于批量RNA测序，43名参与者进行了单细胞RNA测序
3236	2025-02-27	An organotypic atlas of human vascular cells 2024-Dec, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-024-03376-x PMID:39566559	研究论文	本研究整合了19个人体器官和组织的单细胞转录组数据，定义了约67,000个细胞中的42种血管细胞状态，揭示了血管细胞在分子水平上的多样性和器官特异性特征	首次系统地定义了人类血管细胞的器官特异性分子特征，并揭示了血管细胞间的分子交流途径	研究主要基于单细胞转录组数据，可能未完全捕捉到蛋白质水平和细胞功能的变化	揭示人类血管细胞在不同器官和组织中的分子特征和功能差异	人类血管细胞，包括内皮细胞和壁细胞	生物信息学	血管疾病	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	约67,000个细胞，来自62名捐赠者
3237	2025-02-27	cfDiffusion: diffusion-based efficient generation of high quality scRNA-seq data with classifier-free guidance 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf071 PMID:39987461	研究论文	本文提出了一种基于扩散模型的新方法cfDiffusion，用于高效生成高质量的scRNA-seq数据，并采用无分类器引导和高级特征缓存机制	cfDiffusion方法通过无分类器引导和缓存机制显著降低了模型开发的训练成本，并在生成多属性单细胞数据方面表现出优越的表达能力和效率	cfDiffusion的推理时间仍然比scDiffusion长	解决传统scRNA-seq模拟数据方法在数据分布和多属性细胞模拟方面的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	扩散模型	基因表达数据	多个测序平台的数据集
3238	2025-02-27	Meta-atlas of Juvenile and Adult Enteric Neuron scRNA-seq for Dataset Comparisons and Consensus on Transcriptomic Definitions of Enteric Neuron Subtypes 2024-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.31.621315 PMID:39574584	研究论文	本文通过整合多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集，旨在识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	通过数据整合生成肠神经元类型的共识视图，提高了稀有神经元类别的分辨率，为疾病状态下肠神经元的变化提供了新的理解	未来的研究需要将这些深度转录组数据与历史分类系统连接起来	识别新的细胞类型、共享的标记基因，并达成对肠神经元亚型转录组定义的共识	小鼠的肠神经系统	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多个小鼠单细胞或单核RNA测序数据集
3239	2025-02-27	Characterization of an orthotopic mouse transplant model reveals early changes in the tumor microenvironment of lung cancer 2024-Nov, BMB reports IF:2.9Q3 PMID:39044458	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了Lewis肺癌细胞系在小鼠原位移植模型中的早期肿瘤微环境变化	利用单细胞RNA测序技术，首次在Lewis肺癌细胞系中观察到Kras G12C突变细胞的分子动态变化，并揭示了肿瘤微环境中的早期基因表达变化	研究仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类肺癌的复杂性	研究肺癌早期阶段的细胞和分子动态变化	Lewis肺癌细胞系（LLC）及其在小鼠模型中的原位移植	肿瘤生物学	肺癌	单细胞RNA测序	小鼠原位移植模型	RNA测序数据	NA
3240	2025-02-27	Single-cell integration reveals metaplasia in inflammatory gut diseases 2024-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-07571-1 PMID:39567783	研究论文	本文通过整合25个单细胞RNA测序数据集，构建了一个包含约110万细胞和136种精细细胞状态的健康胃肠道参考图谱，并在此基础上分析了12种胃肠道疾病数据集，揭示了炎症性肠道疾病中的上皮细胞化生现象	开发了新的自动化质量控制方法（scAutoQC），并构建了一个包含160万细胞的资源库（gutcellatlas.org），首次揭示了炎症性肠道疾病中干细胞来源的上皮细胞化生现象	研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析	研究胃肠道组织在健康和疾病状态下的细胞组成，特别是炎症性肠道疾病中的细胞变化	健康对照和胃肠道疾病患者的单细胞RNA测序数据	基因组学	胃肠道疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	385个样本，来自189名健康对照