本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3221 | 2025-11-13 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类气道上皮细胞对两种真菌病原体的细胞类型特异性反应 | 首次报道使用单细胞转录组分析研究人类气道上皮细胞对曲霉菌和球孢子菌感染的反应 | 动物模型不能完全模拟人类疾病,需要使用先进的人类细胞模型 | 研究人类气道上皮细胞对不同真菌病原体的早期发病机制 | 原代人类气道上皮细胞 | 单细胞生物学 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3222 | 2025-11-13 |
Excessive IL-10 and IL-18 trigger hemophagocytic lymphohistiocytosis-like hyperinflammation and enhanced myelopoiesis
2022-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.06.017
PMID:35792218
|
研究论文 | 本研究探讨了IL-10和IL-18在触发噬血细胞性淋巴组织细胞增生症样超炎症反应中的协同作用 | 首次揭示IL-10和IL-18共同升高足以驱动HLH样超炎症综合征,并证明IL-10阻断具有保护作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化需进一步验证 | 研究IL-10和IL-18在超炎症反应中的协同作用机制 | 87例继发性HLH患者、转基因小鼠模型、培养的巨噬细胞 | 免疫学 | 噬血细胞性淋巴组织细胞增生症 | 单细胞RNA测序、细胞培养、转基因模型 | 转基因小鼠模型 | RNA测序数据、细胞表型数据 | 87例HLH患者样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3223 | 2025-11-13 |
A mouse model of the LEAP study reveals a role for CTLA-4 in preventing peanut allergy induced by environmental peanut exposure
2022-08, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.02.024
PMID:35288169
|
研究论文 | 本研究通过建立模拟LEAP临床试验的小鼠模型,揭示了食用花生制品通过CTLA-4通路预防环境暴露诱发花生过敏的免疫机制 | 首次建立模拟人类LEAP研究的小鼠模型,发现CTLA-4在调节T滤泡辅助细胞反应和预防花生过敏中的关键作用 | 研究使用成年BALB/c小鼠,与人类婴幼儿免疫系统存在差异;仅使用单一商业花生酱产品 | 探究早期食用花生制品预防花生过敏的免疫学机制 | BALB/c小鼠 | 免疫学 | 花生过敏 | 单细胞RNA测序,分子免疫学方法 | 小鼠疾病模型 | 基因表达数据,免疫反应数据 | 未明确样本数量的小鼠实验 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3224 | 2025-11-13 |
Dihydroartemisinin beneficially regulates splenic immune cell heterogeneity through the SOD3-JNK-AP-1 axis
2022-08, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-021-2061-7
PMID:35226255
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术揭示了双氢青蒿素通过SOD3-JNK-AP-1轴调节脾脏免疫细胞异质性的机制 | 首次发现双氢青蒿素通过SOD3-JNK-AP-1信号轴调节脾脏免疫细胞亚群的重组,并证明SOD3敲除小鼠对该调节作用具有抵抗性 | NA | 阐明双氢青蒿素的免疫调节机制 | 小鼠脾脏免疫细胞 | 单细胞生物学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序,细胞学方法,生物化学方法 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3225 | 2025-11-13 |
Lidocaine Ameliorates Psoriasis by Obstructing Pathogenic CGRP Signaling‒Mediated Sensory Neuron‒Dendritic Cell Communication
2022-08, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2022.01.002
PMID:35032503
|
研究论文 | 本研究揭示利多卡因通过阻断CGRP信号通路介导的感觉神经元-树突状细胞通讯治疗银屑病的机制 | 首次证明硬膜外利多卡因注射可通过抑制异常感觉神经生长和CGRP介导的树突状细胞IL-23产生治疗银屑病 | 仅为初步研究,样本量有限,需要更大规模的临床试验验证 | 探究神经系统在银屑病发病机制中的作用及神经干预的治疗潜力 | 银屑病患者和咪喹莫特诱导的银屑病大鼠模型 | 免疫学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序,细胞共培养 | 动物模型 | 基因表达数据,临床评分数据 | 银屑病患者和动物模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3226 | 2025-11-13 |
Transcriptomes of MPO-Deficient Patients with Generalized Pustular Psoriasis Reveals Expansion of CD4+ Cytotoxic T Cells and an Involvement of the Complement System
2022-08, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2021.12.021
PMID:34973310
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析MPO缺陷型泛发性脓疱型银屑病患者的转录组特征 | 首次系统分析MPO基因型对中性粒细胞和PBMC亚群及其差异基因表达的影响 | 研究仅针对稳定期患者样本,未验证发现是否适用于急性表皮情况 | 探究MPO缺陷在泛发性脓疱型银屑病发病机制中的作用 | MPO缺陷型泛发性脓疱型银屑病患者的外周血单个核细胞和中性粒细胞 | 单细胞组学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 批量RNA测序数据 | MPO缺陷型泛发性脓疱型银屑病患者队列 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3227 | 2025-11-13 |
Single-cell RNA sequencing reveals that BMPR2 mutation regulates right ventricular function via ID genes
2022-07, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00327-2021
PMID:34857612
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示BMPR2突变通过ID基因调控右心室功能的机制 | 首次证明BMPR2信号通过ID基因和USP9X调控心脏分化,并阐明其在先天性心脏病相关肺动脉高压中的作用机制 | 研究样本量有限,动物模型与人类疾病存在差异 | 阐明BMPR2信号通过下游效应子ID基因在心脏发育中促进先天性心脏病患者肺动脉高压进展的机制 | 先天性心脏病相关肺动脉高压患者、基因敲除小鼠、人胚胎干细胞和诱导多能干细胞 | 单细胞测序 | 先天性心脏病和肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、基因敲除、共聚焦显微镜、超声检查 | 基因敲除动物模型、干细胞分化模型 | 单细胞RNA测序数据、影像数据、生理指标数据 | 25只基因敲除小鼠(其中12只发病)、患者来源iPSCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3228 | 2025-11-13 |
Profiling of lung SARS-CoV-2 and influenza virus infection dissects virus-specific host responses and gene signatures
2022-06, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.01881-2021
PMID:34675048
|
研究论文 | 通过空间转录组学分析比较SARS-CoV-2和流感病毒感染的肺部宿主反应差异 | 首次使用空间转录组学技术揭示SARS-CoV-2在肺部非均匀分布特征及其与干扰素反应的关联 | 样本量有限,主要基于尸检组织样本 | 解析SARS-CoV-2和流感病毒特异性宿主反应及基因特征 | COVID-19患者、H1N1流感患者和未感染对照者的肺部组织 | 空间转录组学 | COVID-19, 流感 | 靶向转录组学, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间转录组数据 | COVID-19患者、流感患者和未感染对照的肺部组织样本 | NanoString | 空间转录组学 | GeoMX平台 | NanoString GeoMX数字空间分析平台用于FFPE组织 |
| 3229 | 2025-11-12 |
SLPI⁺ AT2-Like Cells Orchestrate Lung Adenocarcinoma Invasion via Wnt Pathway Activation and Stromal Crosstalk in a Spatially Defined Margin Niche
2025-Nov-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202516580
PMID:41216859
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据,发现SLPI表达的AT2样细胞在肺腺癌侵袭边缘驱动肿瘤进展 | 首次识别出位于肿瘤侵袭边缘的SLPI表达AT2样细胞亚群,揭示了其通过Wnt通路激活和基质互作协调肺腺癌侵袭的空间机制 | NA | 阐明肺腺癌侵袭过程中的细胞类型、空间分布和功能互作机制 | 肺腺癌肿瘤微环境中的SLPI表达AT2样细胞、MRC1表达组织驻留巨噬细胞和癌症相关肌成纤维细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,空间分布数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3230 | 2025-11-12 |
Unveiling the toxicological impact of cigarette smoke exposure on chronic obstructive pulmonary disease: integrated insights from network toxicology and multi-omics
2025-Nov-11, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-025-04783-8
PMID:41217457
|
研究论文 | 本研究整合网络毒理学、多组学分析和实验验证,揭示香烟烟雾暴露通过特定化合物和枢纽基因导致慢性阻塞性肺疾病的发病机制 | 首次系统整合网络毒理学、多组学分析和实验验证,构建香烟烟雾诱导慢性阻塞性肺疾病的化合物-靶点-疾病网络 | 研究主要基于数据库预测和动物实验,需要进一步临床验证 | 阐明香烟烟雾暴露诱导慢性阻塞性肺疾病的系统毒理学机制 | 香烟烟雾中的有害化合物及其与慢性阻塞性肺疾病相关的基因靶点 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 网络毒理学, 多组学分析, 分子对接, 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 随机森林(RF), 支持向量机递归特征消除(SVM-RFE), LASSO | 基因组数据, 转录组数据 | 涉及93种香烟有害化合物的筛选和28个致病基因的鉴定 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 3231 | 2025-11-12 |
PIP4K2A: A Novel CD8+ T Cell-Related Biomarker Associated with Lung Function Decline in COPD
2025-Nov-11, Biochemical genetics
IF:2.1Q3
DOI:10.1007/s10528-025-11274-1
PMID:41217726
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,识别了与COPD中CD8+ T细胞相关的生物标志物,并构建了诊断模型 | 首次发现PIP4K2A作为CD8+ T细胞相关生物标志物与COPD肺功能下降显著相关 | 研究样本来源于公共数据库,临床验证样本规模有限 | 阐明CD8+ T细胞在COPD发病机制中的分子机制 | COPD患者和健康对照者的肺组织样本 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, qRT-PCR, 生物信息学分析 | LASSO回归, 线性回归 | 基因表达数据 | 从GEO数据库获取的COPD患者和对照样本,具体数量未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3232 | 2025-11-12 |
STAHD: a scalable and accurate method to detect spatial domains in high-resolution spatial transcriptomics data
2025-Nov-10, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf619
PMID:41212773
|
研究论文 | 提出一种名为STAHD的可扩展且准确的方法,用于检测高分辨率空间转录组数据中的空间域 | 结合图注意力自编码器和多层次k路图分割技术,将大图分解为紧凑子图并生成低维嵌入,提高了计算效率和聚类准确性 | NA | 开发能够处理大规模高分辨率空间转录组数据的空间域检测方法 | 人类和小鼠的空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肿瘤微环境 | 空间转录组学 | 图注意力自编码器, 多层次k路图分割 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3233 | 2025-11-12 |
Meflin/ISLR is a meningeal cell-specific marker involved in the development of meninges and meningioma progression
2025-Nov-10, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
DOI:10.1111/bpa.70048
PMID:41213602
|
研究论文 | 本研究探讨Meflin/ISLR在脑膜发育和脑膜瘤进展中的表达模式及功能 | 首次揭示Meflin在脑膜发育早期表达,并发现其高表达与脑膜瘤WNT信号通路激活相关 | Meflin在脑膜瘤进展中的具体分子机制仍需进一步研究 | 探究Meflin在脑膜发育和脑膜瘤病理生理学中的作用 | 小鼠胚胎脑膜、人类脑膜瘤样本 | 分子生物学 | 脑膜瘤 | 谱系追踪、单细胞RNA测序、基因表达分析 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | Meflin报告基因小鼠系、人类脑膜瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3234 | 2025-11-12 |
Oligo-CALL: A next-generation barcoding platform for studying resistance to targeted therapy
2025-Nov-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adw9990
PMID:41202131
|
研究论文 | 开发了一种名为Oligo-CALL的新型细胞条形码平台,用于研究靶向治疗耐药性 | 开发了Oligo-CALL平台,实现了高效的谱系追踪、活克隆分离以及与单细胞RNA测序的无缝整合 | NA | 研究靶向治疗耐药性的分子机制和谱系演化 | 肺癌细胞 | 单细胞多组学 | 肺癌 | CRISPR-based cellular barcoding, single-cell RNA sequencing | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | Oligo-CALL | 寡核苷酸诱导的CRISPR转录激活因子辅助谱系标记平台 |
| 3235 | 2025-11-12 |
TransST: transfer learning embedded spatial factor modeling of spatial transcriptomics data
2025-Nov-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06099-z
PMID:41199193
|
研究论文 | 提出一种名为TransST的迁移学习框架,用于提升空间转录组数据的细胞水平异质性推断 | 通过迁移学习自适应利用外部细胞标记信息来改善空间转录组数据分析 | NA | 开发空间转录组数据分析方法以更可靠地提取生物信号 | 空间转录组数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 迁移学习框架 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3236 | 2025-11-12 |
CellSP enables module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data
2025-Nov-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08891-2
PMID:41193576
|
研究论文 | 本文提出了CellSP计算框架,用于识别、可视化和表征亚细胞空间转录组数据中的功能相关模式 | 引入了'基因-细胞模块'概念,能够识别多个细胞中具有协调亚细胞转录分布的基因集 | NA | 开发能够识别和解释亚细胞转录空间分布功能模式的工具 | 小鼠脑组织、肾脏癌和健康样本、阿尔茨海默病小鼠模型 | 空间转录组学 | 肾脏癌,阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 计算框架 | 空间转录组数据 | 多种组织和技术的数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3237 | 2025-11-12 |
Multi-Omics Advances in Major Depressive Disorder for Molecular Insights, Biomarker Discovery, and Therapeutic Development
2025-Nov-05, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2025.1075
PMID:41213078
|
综述 | 本文综述了多组学技术在重度抑郁症研究中的最新进展,包括分子机制解析、生物标志物发现和治疗方法开发 | 整合多组学方法与计算系统生物学,将多组学信号转化为候选生物标志物和机制导向疗法 | 讨论了当前研究的局限性和转化优先事项 | 通过多组学方法解析重度抑郁症的多因素病因学并开发精准精神病学方法 | 重度抑郁症的分子机制、生物标志物和治疗方法 | 自然语言处理 | 精神疾病 | GWAS、单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | AI驱动的网络建模 | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 3238 | 2025-11-12 |
Serum response factor is essential for endometrial function and prevention of inflammatory fibrosis
2025-Nov-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2510060122
PMID:41150713
|
研究论文 | 本研究揭示血清反应因子(SRF)对子宫内膜功能和防止炎症性纤维化的重要作用 | 首次发现SRF在子宫内膜中的关键功能及其在子宫内膜异位症中的失调机制 | 动物模型与人类疾病的差异可能限制结果的直接转化应用 | 探究SRF在子宫内膜功能和生殖成功中的分子机制 | 人类子宫内膜异位症患者组织、人子宫内膜基质细胞、条件性基因敲除小鼠 | 生殖医学 | 子宫内膜异位症 | 免疫组织化学分析、RNA干扰、单细胞RNA测序 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据、基因表达数据、组织学图像 | 人类子宫内膜异位症患者组织样本和基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3239 | 2025-11-12 |
STORIES: learning cell fate landscapes from spatial transcriptomics using optimal transport
2025-Nov-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02855-4
PMID:41184554
|
研究论文 | 提出了一种名为STORIES的新计算方法,通过最优传输学习空间转录组数据中的细胞命运景观 | 将最优传输扩展到空间转录组数据分析,学习空间感知的细胞分化潜能 | NA | 从多个时间点的空间转录组数据推断细胞命运轨迹 | 空间转录组数据,特别是蝾螈神经再生和小鼠胶质细胞生成过程 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 最优传输,神经网络 | 空间转录组数据 | 三个大型Stereo-seq时空图谱数据集 | NA | 空间转录组学 | Stereo-seq | NA |
| 3240 | 2025-11-12 |
Squidiff: predicting cellular development and responses to perturbations using a diffusion model
2025-Nov-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-025-02877-y
PMID:41184550
|
研究论文 | 提出基于扩散模型的生成框架Squidiff,用于预测不同细胞类型在环境变化下的转录组变化 | 通过连续去噪和语义特征整合,学习瞬态细胞状态并预测时间和条件下高分辨率转录组景观 | NA | 预测细胞发育和对扰动的反应,促进细胞命运决定调控原理的理解 | 细胞分化、基因扰动和药物反应预测,血管类器官发育,中子辐射和生长因子反应 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 扩散模型 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |