单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3221	2025-06-26	Recent Neuropathology Concepts 2025-Jun, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251320056 PMID:40079493	综述	本文总结了2024年欧洲毒理病理学会大会上关于神经病理学最新概念的讨论，涵盖了人工智能在毒理病理学中的应用、组织可视化与分析新技术以及特定病例报告	强调了人工智能和计算病理学在毒理病理学中的作用，以及新兴技术在药物筛选和开发中的当前和未来影响	NA	探讨神经病理学领域的最新概念和技术进展	毒理病理学家、神经病理学技术、药物筛选方法	数字病理学	NA	人工智能、冷冻荧光断层扫描、血脑屏障类器官、空间转录组学	NA	组织图像、转录组数据	NA
3222	2025-06-26	Blocking ITGA5 potentiates the efficacy of anti-PD-1 therapy on glioblastoma by remodeling tumor-associated macrophages 2025-Jun, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70016 PMID:40084746	研究论文	该研究探讨了阻断ITGA5如何通过重塑肿瘤相关巨噬细胞增强抗PD-1疗法对胶质母细胞瘤的疗效	揭示了circSDHAF2通过N-糖基化稳定ITGA5蛋白，促进MES-GBM细胞形成和SPP1+ MDMs的诱导，从而形成免疫抑制微环境的机制，并证明ITGA5阻断可增强抗PD-1疗法的抗肿瘤免疫	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，需要进一步的临床验证	解析胶质母细胞瘤中特定免疫抑制亚群驱动抗PD-1耐药的分子机制，并探索增强免疫疗法疗效的策略	胶质母细胞瘤组织、MES-GBM细胞、SPP1+ MDMs和T细胞	肿瘤免疫学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、免疫共沉淀、RNA免疫沉淀和下拉实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
3223	2025-06-26	Mini Review: Spatial Transcriptomics to Decode the Central Nervous System 2025-Jun, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251325204 PMID:40119776	review	这篇迷你综述探讨了空间转录组学（ST）在解码中枢神经系统（CNS）中的作用及其对神经退行性疾病研究的影响	综述了ST技术在提供空间分辨基因表达数据方面的革命性作用，特别是在神经退行性疾病中的应用	当前面临的挑战包括数据解释和分辨率限制	探索ST技术对CNS研究的贡献，特别是在神经退行性疾病中的应用	中枢神经系统（CNS）及神经退行性疾病（如阿尔茨海默病、帕金森病、多发性硬化症和肌萎缩侧索硬化症）	digital pathology	neurodegenerative disease	spatial transcriptomics (ST)	NA	gene expression data	NA
3224	2025-06-26	Uncovering somatic genetic drivers in prostate cancer through comprehensive genome-wide analysis 2025-Jun, GeroScience IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s11357-025-01623-8 PMID:40156736	研究论文	通过全基因组分析揭示前列腺癌中的体细胞遗传驱动因素	识别了150个与前列腺癌有因果关联的基因，其中MSMB基因在所有四种评估方法中均表现出强一致性	仅44.67%的基因在TCGA数据集中与孟德尔随机化分析结果一致	探索散发性前列腺癌的体细胞遗传驱动因素	前列腺癌相关基因	基因组学	前列腺癌	eQTL分析、孟德尔随机化(MR)、单细胞RNA测序、共定位分析	NA	基因组数据、RNA测序数据	UK Biobank(9131病例和173,493对照)、PRACTICAL研究(79,148病例和61,106对照)、FinnGen队列(13,216病例和119,948对照)
3225	2025-06-26	Bi-level identification of governing equations for nonlinear physical systems 2025-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00804-x PMID:40346196	研究论文	本文介绍了BILLIE框架，一种通过分层优化策略同时发现和验证非线性物理系统控制方程的方法	利用强化学习的策略梯度算法实现双层优化，同时发现和验证方程，提高了识别控制方程的准确性	未明确提及具体的数据规模或计算资源需求，可能在实际应用中存在限制	识别非线性物理系统的控制方程，以更好地理解这些系统	非线性物理系统，如湍流和三体系统，以及单细胞测序数据中的RNA和蛋白质速度方程	机器学习	NA	强化学习的策略梯度算法	BILLIE框架	观测数据和单细胞测序数据	NA
3226	2025-06-26	Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks 2025-Jun, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00809-6 PMID:40425827	research paper	介绍了一种基于空间转录组学的细胞间通信工具STCase，能够识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	提出了一种可解释的多视图图神经网络，通过CCC感知注意力机制识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	未提及具体的技术限制或样本量不足的问题	开发一种工具来识别细胞类型的生态位并揭示生态位特异的细胞间通信事件	细胞间通信（CCC）和空间转录组学数据	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	空间转录组学（ST）	多视图图神经网络	空间转录组学数据	NA
3227	2025-06-26	Sparse deconvolution of cell type medleys in spatial transcriptomics 2025-Jun, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013169 PMID:40505018	研究论文	提出了一种名为WISpR的机器学习算法，用于在空间转录组学中准确预测细胞类型分布	WISpR算法整合了位点特异性超参数和稀疏驱动建模，克服了现有方法忽视生物学基础约束的缺点	未明确提及具体局限性	提高空间转录组学中细胞类型分布预测的准确性	正常和癌变组织中的细胞类型分布	空间转录组学	癌症	空间转录组学	WISpR（Weight-Induced Sparse Regression）	空间转录组数据	十个数据集
3228	2025-06-26	Single cell sequencing and spatial multiomics of diabetic kidney segmentation insights zonation-specific therapeutic metabolic pathways 2025-Jun, Cell insight DOI:10.1016/j.cellin.2025.100252 PMID:40547113	研究论文	通过整合高分辨率空间多组学和单细胞转录组学，研究糖尿病肾病（DN）肾脏区域特异性代谢失调，并探索治疗代谢途径	首次绘制了糖尿病肾脏区域特异性代谢失调的空间图谱，并发现GPX3作为成纤维细胞富集的生物标志物与肾功能障碍密切相关	研究主要基于小鼠模型，临床验证仍需进一步扩展	探索糖尿病肾病肾脏区域特异性代谢失调及其治疗靶点	糖尿病肾病小鼠模型及临床患者样本	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞测序、空间多组学、空间代谢组学、空间蛋白质组学	NA	空间多组学数据、单细胞转录组数据	糖尿病小鼠模型及临床DN患者样本
3229	2025-06-26	Secreted Phosphoprotein 1 in Lung Diseases 2025-May-30, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo15060365 PMID:40559389	review	本文综述了分泌磷蛋白1（SPP1）在肺部疾病中的作用及其潜在的治疗靶点	重点探讨了SPP1在间质性肺疾病（ILDs）中的表达及其在纤维化过程中的作用，结合了单细胞RNA测序的最新数据	主要基于现有文献综述，缺乏新的实验数据支持	探讨SPP1在肺部疾病中的病理机制及其作为治疗靶点的潜力	SPP1及其在肺部疾病中的表达和作用	NA	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
3230	2025-06-26	Exploring the Role of Bifenthrin in Recurrent Implantation Failure and Pregnancy Loss Through Network Toxicology and Molecular Docking 2025-May-29, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics13060454 PMID:40559927	研究论文	本研究探讨了双酚菊酯（BF）通过网络毒理学和分子对接在复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）中的潜在作用	首次通过整合网络毒理学和分子对接方法，识别了BF与RIF和RPL相关的四个枢纽基因，并构建了诊断模型	缺乏体内和体外实验证据，需要进一步研究阐明BF导致RIF和RPL的具体机制	探究双酚菊酯（BF）与复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）的潜在关联	双酚菊酯（BF）及其潜在靶点，复发性着床失败（RIF）和复发性妊娠丢失（RPL）患者	网络毒理学	生殖系统疾病	RNA-seq, 分子对接	诊断模型	基因表达数据	来自GEO数据库的RIF和RPL队列数据
3231	2025-06-26	A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687 PMID:40343798	research paper	该研究揭示了视黄酸（RA）与YAP1信号轴在心脏祖细胞（CPCs）中调控心房谱系基因表达和心房细胞命运的作用机制	首次发现Hippo效应因子YAP1与TEAD4整合到心房转录因子增强子网络中，并证实YAP1激活CPCs中的RA增强子，揭示了YAP1与RA信号协同诱导心脏发生中心房谱系的新机制	研究主要基于hESC来源的CPCs和小鼠胚胎模型，人类心脏发育的复杂性可能需要更多体内模型验证	阐明视黄酸信号通路调控心脏祖细胞心房谱系分化的分子机制	人类胚胎干细胞来源的心脏祖细胞（hESC-CPCs）和小鼠胚胎第二心区CPCs	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）, snATAC-seq（单核染色质可及性测序）	人类胚胎干细胞分化模型、小鼠基因敲除模型、心脏类器官模型	基因组学数据、单细胞转录组数据、表观遗传数据	未明确样本量（使用hESC-CPCs和小鼠胚胎模型）
3232	2025-06-26	Integrative Spatial Proteomics and Single-Cell RNA Sequencing Unveil Molecular Complexity in Rheumatoid Arthritis for Novel Therapeutic Targeting 2025-May-22, Proteomes IF:4.0Q2 DOI:10.3390/proteomes13020017 PMID:40559990	研究论文	本研究通过整合空间蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，揭示了类风湿性关节炎(RA)的分子复杂性，并提出了新的治疗靶点	结合激光捕获显微切割(LCM)与质谱蛋白质组学及单细胞RNA测序技术，首次在空间和蛋白质水平上解析了RA滑膜组织的异质性	研究样本量有限，且仅针对滑膜组织进行分析，未考虑其他可能受影响的组织	深入理解RA的分子机制并发现新的治疗靶点	类风湿性关节炎患者的滑膜组织	生物医学研究	类风湿性关节炎	激光捕获显微切割(LCM)、质谱蛋白质组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	蛋白质组数据、单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，但包括患病和健康对照的滑膜组织样本
3233	2025-06-26	Calbindin 2 as a Novel Biomarker and Therapeutic Target for Abdominal Aortic Aneurysm: Integrative Analysis of Human Proteomes and Genetics 2025-May-06, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.039195 PMID:40314374	研究论文	本研究通过整合人类蛋白质组和遗传学数据，发现CALB2作为腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	首次将CALB2与腹主动脉瘤的发病机制联系起来，并验证了其作为治疗靶点的潜力	研究主要基于小鼠模型，人类临床试验尚未进行	寻找腹主动脉瘤的新型生物标志物和治疗靶点	腹主动脉瘤患者和小鼠模型	生物医学研究	腹主动脉瘤	蛋白质组范围孟德尔随机化、遗传相关性分析、共定位分析、RNA测序、单细胞/单核RNA测序、空间转录组学	载脂蛋白E缺陷小鼠模型	蛋白质组数据、遗传数据、RNA测序数据	NA
3234	2025-06-26	Candidate Biomarkers for Hard-to-Heal Wounds Revealed by Single-Cell RNA Sequencing of Wound Fluid in Murine Wound Models 2025 May-Jun, Wound repair and regeneration : official publication of the Wound Healing Society [and] the European Tissue Repair Society IF:3.8Q1 DOI:10.1111/wrr.70038 PMID:40444294	研究论文	通过小鼠伤口模型中的伤口液单细胞RNA测序，揭示了难愈性伤口的候选生物标志物	首次使用伤口液中的细胞进行单细胞RNA测序，探索不同病理延迟伤口模型中的共同基因表达模式	研究仅基于小鼠模型，结果尚未在临床环境中验证	探索不依赖于单一病理的难愈性伤口治疗靶点	小鼠伤口模型中的伤口液细胞	数字病理	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列数据	三种代表性延迟伤口模型(老年、糖尿病和脂多糖诱导的炎症伤口模型)与正常年轻小鼠的比较
3235	2025-06-26	Spatial transcriptomic analysis of HIV and tuberculosis coinfection in a humanized mouse model reveals specific transcription patterns, immune responses and early morphological alteration signaling 2025-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.29.635571 PMID:39975088	research paper	该研究通过空间转录组学分析，揭示了HIV和结核分枝杆菌共感染在小鼠模型中的早期转录模式、免疫反应和形态学改变信号	首次在人类化小鼠模型中，使用空间转录组学技术研究HIV和结核分枝杆菌共感染的早期免疫细胞浸润和转录模式	研究仅关注了感染后三周的早期阶段，未探讨长期感染效应	理解HIV和结核分枝杆菌共感染早期的表型和功能变化	人类化小鼠模型的肺组织	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics	humanized mouse model	spatial transcriptomic data	多组人类化小鼠（单感染HIV、单感染结核分枝杆菌、共感染组）
3236	2025-06-26	A Toolkit for Single-Nucleus Characterization of Glioblastoma 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4654-0_18 PMID:40553287	研究论文	本文介绍了一个用于胶质母细胞瘤单核表征的工具包，包括核分离、计数和质量控制的详细协议	提供了一个优化的单核制备流程，适用于冷冻样本和难以解离的组织，如脑或脑肿瘤组织	未提及该工具包在不同实验室条件下的可重复性和适用性	开发一个高效的单核RNA测序（snRNA-seq）工具包，用于胶质母细胞瘤的表征	胶质母细胞瘤（GBM）的临床标本和患者来源的GBM细胞系	数字病理学	胶质母细胞瘤	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3237	2025-06-26	Single-cell and spatial transcriptomics reveal a stress-induced EMT-like epithelial subset driving immune activation in silica-injured lung 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1609616 PMID:40547038	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了二氧化硅暴露下小鼠肺部上皮细胞动态变化及其在免疫激活中的作用	发现了一种新型应激诱导的上皮细胞亚群C0，该亚群具有混合表型，能够通过特定信号通路驱动免疫细胞的招募和激活	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中得到验证	探究慢性损伤过程中肺上皮细胞调控免疫反应的机制	二氧化硅暴露的小鼠肺部上皮细胞	数字病理	肺损伤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA测序数据	二氧化硅暴露的小鼠肺部组织样本
3238	2025-06-26	A CD8+ T Cell Infiltration-Driven Prognostic Signature for Gastric Cancer: Bridging Tumor Immunity and Clinical Outcomes 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/6629479 PMID:40547199	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据，揭示了胃癌中CD8+ T细胞的异质性及其与临床预后的关系	首次系统解析了胃癌微环境中CD8+ T细胞的功能亚群，并鉴定了一个由SELL、CD79B和RAMP2组成的三基因预后标志物	样本量相对较小（23例胃癌组织），且需要进一步的前瞻性临床验证	探究胃癌微环境中CD8+ T细胞异质性及其与肿瘤进展和免疫治疗反应的关系	胃癌组织中的CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量转录组分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	无监督聚类、伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据、批量转录组数据	23例胃癌组织（来自GEO数据库）和TCGA-STAD数据集
3239	2025-06-26	Interrogation of macrophage-related prognostic signatures reveals a potential immune-mediated therapy strategy by histone deacetylase inhibition in glioma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1554845 PMID:40548122	研究论文	该研究通过分析胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）的基因特征，构建了一个预后模型，并筛选出Vorinostat作为潜在的治疗药物	结合单细胞RNA测序和WGCNA分析，识别了14个与GAMs相关的预后基因，并验证了Vorinostat在胶质瘤微环境中的抑制作用	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅使用了胶质瘤细胞-巨噬细胞共培养模型，未进行体内实验	探索胶质瘤相关巨噬细胞的分子机制，寻找潜在的治疗靶点和药物	胶质瘤相关巨噬细胞（GAMs）	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq, WGCNA, Cox回归分析, LASSO回归分析	预后模型	基因表达数据	NA
3240	2025-06-26	Development of a machine learning-derived dendritic cell signature for prognostic stratification in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1621370 PMID:40552290	研究论文	开发了一种基于机器学习的树突状细胞特征，用于肺腺癌的预后分层	首次构建了树突状细胞相关特征（DCRS），并验证其在多个外部队列中的预后性能，同时揭示了PLEK2在肺腺癌中的功能作用	研究依赖于单细胞RNA测序数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索树突状细胞在肺腺癌中的转录多样性和预后价值	肺腺癌（LUAD）患者和正常组织的树突状细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高维加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）、伪时间分析	Lasso-Cox、RSF、CoxBoost、Stepwise-Cox	RNA测序数据	七个外部队列的临床样本和肺腺癌细胞系