单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3201	2025-04-13	An anti-FAP-scFv-functionalized exosome-carrying hydrogel delivers SKI mRNA to fibrotic nucleus pulposus cells to alleviate intervertebral disc degeneration by regulating FOXO3 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107776 PMID:40213661	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号抑制因子在髓核纤维化中的作用及机制，并开发了一种靶向递送SKI mRNA的Gel@EX系统以缓解椎间盘退变	开发了一种pH响应的外泌体/水凝胶系统Gel@EX，用于靶向递送SKI mRNA至表达FAP的纤维化髓核细胞，并通过调控FOXO3抑制TGF-β信号通路	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TGF-β信号抑制因子在髓核纤维化中的作用机制，并开发新的治疗策略	纤维化髓核细胞（NPC）和椎间盘退变（IVDD）	生物医学工程	椎间盘退变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接、共免疫沉淀	大鼠模型	RNA测序数据、分子相互作用数据	未明确说明具体样本数量，但涉及大鼠模型和HEK-293T细胞
3202	2025-04-13	Hepatic stellate cell-derived microfibrillar-associated protein 2 prevents liver fibrosis by regulating extracellular matrix and inflammation 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.109771 PMID:40213670	研究论文	研究探讨了微纤维相关蛋白2（MFAP-2）在肝纤维化中的作用及其机制	揭示了HSC来源的MFAP-2在肝纤维化中的保护作用及其通过调节ECM和炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MFAP-2在肝纤维化进程和消退中的作用	肝星状细胞（HSCs）和肝纤维化小鼠模型	肝病研究	肝纤维化	组织芯片、小鼠模型、RNA测序（bulk和scRNA-seq）、蛋白质组学	小鼠肝纤维化模型（CCl4注射和胆管结扎）	基因表达数据、蛋白质数据	人类组织芯片和小鼠模型
3203	2025-04-13	A distinct subgroup with Schwann-like differentiation presents immune resistance and poor prognosis in plantar melanoma 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99526 PMID:40213656	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了足底黑色素瘤中一个具有雪旺细胞样分化的亚群，该亚群与免疫抵抗和不良预后相关	首次揭示了足底黑色素瘤向雪旺细胞样分化的独特进化轨迹，并发现该过程受特定转录因子调控，导致免疫耐受和淋巴结转移倾向增加	样本量相对有限（20例足底黑色素瘤和6例正常样本），且机制研究有待进一步深入	探究足底黑色素瘤的肿瘤异质性、细胞亚群进化及其对免疫环境和预后的影响	足底黑色素瘤患者肿瘤组织	digital pathology	melanoma	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, multiplex immunohistochemistry (mIHC), single-cell multiomics analysis	NA	single-cell RNA sequencing data, spatial transcriptomics data, bulk RNA sequencing data	20例足底黑色素瘤样本和6例正常样本（单细胞分析），68例黑色素瘤患者（批量RNA测序分析）
3204	2025-04-13	O-GlcNAcylation of circadian clock protein Bmal1 impairs cognitive function in diabetic mice 2024-Nov, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00263-6 PMID:39375536	research paper	该研究揭示了高血糖通过增加海马神经元中Bmal1的O-GlcNAcylation修饰，进而导致认知功能障碍的分子机制	首次发现高血糖通过O-GlcNAcylation修饰Bmal1影响生物钟基因表达，进而导致线粒体钙超载和神经元损伤	研究仅在糖尿病小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究糖尿病相关认知功能障碍的分子机制	糖尿病小鼠模型中的海马神经元	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	糖尿病小鼠模型
3205	2025-04-13	Changes in conjunctival mononuclear phagocytes and suppressive activity of regulatory macrophages in desiccation induced dry eye 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.09.003 PMID:39306240	research paper	研究干燥性干眼症对结膜免疫细胞数量和转录谱的影响，特别关注单核吞噬细胞	使用单细胞RNA测序和scATAC-seq技术分析干燥应激下结膜免疫细胞的基因表达和染色质可及性变化，发现单核吞噬细胞在干燥应激下的显著变化及其调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	评估干眼症对结膜免疫细胞的影响	C57BL/6小鼠的结膜免疫细胞	免疫学	干眼症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	非应激和干燥应激的C57BL/6小鼠
3206	2025-04-13	Accurate and Flexible Single Cell to Spatial Transcriptome Mapping with Celloc 2024-Oct, Small science IF:11.1Q1 DOI:10.1002/smsc.202400139 PMID:40212250	研究论文	介绍了一种名为Celloc的新方法，用于准确灵活地将单细胞RNA测序数据与低分辨率空间转录组数据映射	Celloc结合了图注意力自编码器和全面的损失函数，实现了灵活的单细胞到点的映射，能够解析每个点内的细胞组成或为scRNA-seq数据中的每个细胞分配空间位置	NA	弥补空间转录组数据分辨率不足和单细胞RNA测序数据缺乏空间信息的缺陷	单细胞RNA测序数据和低分辨率空间转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组	图注意力自编码器	基因表达数据	模拟ST数据和真实数据集
3207	2025-04-13	Single-cell sequencing reveals VEGFR as a potential target for CAR-T cell therapy in chordoma 2024-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02635-5 PMID:38605247	研究论文	通过单细胞测序技术识别VEGFR作为脊索瘤CAR-T细胞治疗的潜在靶点	首次在脊索瘤中识别VEGFR作为CAR-T细胞治疗的靶点，并探索了TGF-β scFv增强CAR-T细胞疗效的潜力	样本量较小（14例脊索瘤样本），且仅在体外和器官模型中进行验证	探索脊索瘤的新型免疫治疗靶点及CAR-T细胞治疗的潜力	脊索瘤患者样本及脊索瘤细胞系	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序	CAR-T细胞	RNA-seq数据	14例脊索瘤患者样本
3208	2025-04-13	Binned multinomial logistic regression for integrative cell-type annotation 2023-Dec, The annals of applied statistics DOI:10.1214/23-aoas1769 PMID:40206429	研究论文	提出一种新的多项逻辑回归估计器，用于整合具有不同分辨率标签的多个数据集，以建模细胞类型概率	提出一种新的多项逻辑回归估计器，能够整合多个具有不一致标签的数据集，解决了现有方法在统一建模方面的挑战	未明确提及具体限制，但可能涉及非凸优化问题的计算复杂性	开发一种自动化的细胞类型注释方法，以提高单细胞基因组学数据分析的效率和准确性	单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序	多项逻辑回归	单细胞RNA测序数据	十个单细胞RNA测序数据集
3209	2024-08-07	Re: Single-cell transcriptome analysis for characterizing primary Sca-1 positive, non-endothelial cardiac cells 2023-09, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2023.07.001 PMID:37454412	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3210	2025-04-12	Transcriptome analysis reveals the potential role of neural factor EN1 for long-terms survival in estrogen receptor-independent breast cancer 2025-Jun-18, Molecular therapy. Oncology DOI:10.1016/j.omton.2025.200965 PMID:40207200	研究论文	通过转录组分析揭示神经因子EN1在雌激素受体阴性乳腺癌长期生存中的潜在作用	发现神经相关通路在TNBC患者10年无复发生存中的差异富集，并开发了早期复发指数（ERI）及预测模型	研究主要基于回顾性数据，需要进一步实验验证EN1的功能机制	探索雌激素受体阴性乳腺癌复发相关的生物标志物和生物学过程	155名TNBC患者的285个癌及癌旁样本，以及7,449名乳腺癌患者的11个独立公共队列数据和26个单细胞RNA-seq数据集	生物信息学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	机器学习模型	转录组数据	155名TNBC患者（285个样本）+ 7,449名乳腺癌患者（公共数据）
3211	2025-04-12	Potential Crosstalk Between ANXA1+ Epithelial Cells and FABP4+ TAM Cells of Ferroptosis-Related Molecular Clusters Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Non-Small Cell Lung Cancer 2025-May, Molecular carcinogenesis IF:3.0Q2 DOI:10.1002/mc.23899 PMID:40040274	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关分子簇在非小细胞肺癌（NSCLC）肿瘤微环境（TME）中的作用及其对免疫抑制微环境的影响	首次揭示了ANXA1+上皮细胞和FABP4+ TAM细胞亚群通过铁死亡相关分子簇促进NSCLC免疫抑制微环境的机制，并建立了基于这些分子簇的新型预后标志物和治疗靶点	研究样本量相对较小（n=18），且需要进一步实验验证ANXA1和FABP4作为生物标志物的临床适用性	探究铁死亡如何通过重塑肿瘤微环境影响非小细胞肺癌的进展	非小细胞肺癌肿瘤微环境中的细胞亚群	肿瘤生物学	非小细胞肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	风险评分模型	单细胞转录组数据	85,562个细胞（来自18个样本）
3212	2025-04-12	Interleukin-11 expressed in the polyp-enriched fibroblast subset is a potential therapeutic target in Peutz-Jeghers syndrome 2025-May, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6408 PMID:40070038	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了Peutz-Jeghers综合征（PJS）息肉中富集的成纤维细胞亚群，并发现白细胞介素-11（IL-11）是其关键调控因子及潜在治疗靶点	首次鉴定出PJS息肉中富集的成纤维细胞亚群（pCTF），并揭示IL-11在成纤维细胞重编程中的核心作用，提出IL-11中和抗体作为新型治疗策略	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究PJS息肉形成的细胞机制并寻找治疗靶点	Peutz-Jeghers综合征（PJS）患者和小鼠模型的胃肠道息肉	数字病理学	胃肠道息肉病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Foxl1-Cre介导的Stk11条件性敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	PJS小鼠模型息肉及患者息肉样本（具体数量未明确说明）
3213	2025-04-12	Differential expression of endothelial derived galectins in response to shear stress 2025-Apr-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2025.114521 PMID:40107440	研究论文	研究探讨了剪切应力对内皮细胞中半乳糖凝集素表达的调控作用及其在血管疾病中的潜在治疗意义	首次揭示了剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控机制，并发现不同剪切应力环境下半乳糖凝集素表达的变化	研究主要基于体外细胞实验和公开数据集，缺乏更多体内实验验证	探究剪切应力对内皮细胞半乳糖凝集素表达的调控及其在血管疾病中的作用	人脐静脉内皮细胞(HUVEC)和人动脉内皮细胞(HAEC)	血管生物学	心血管疾病	qPCR、免疫荧光成像、ELISA、scRNAseq	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	公开数据集及培养的内皮细胞样本
3214	2025-04-12	GOLM1 Promotes Atherogenesis by Activating Macrophage EGFR-ERK Signaling Cascade 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325880 PMID:40026146	研究论文	本研究探讨了GOLM1在动脉粥样硬化中的作用及其机制	揭示了GOLM1通过激活巨噬细胞EGFR-ERK信号通路促进动脉粥样硬化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究GOLM1在动脉粥样硬化中的功能及治疗潜力	动脉粥样硬化患者和小鼠模型	心血管疾病研究	心血管疾病	免疫染色、ELISA、单细胞测序分析、全局磷酸化蛋白质组学分析	Apoe-/-小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	人类动脉粥样硬化病变基因表达数据集和小鼠模型
3215	2025-04-12	March2 Alleviates Aortic Aneurysm/Dissection by Regulating PKM2 Polymerization 2025-Apr-11, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325049 PMID:40079144	research paper	该研究揭示了E3泛素连接酶March2通过调节PKM2聚合来缓解主动脉瘤/夹层(AAD)的机制	首次发现March2通过促进PKM2的K33连接多聚泛素化来抑制血管平滑肌细胞凋亡，从而缓解AAD	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究March2在主动脉瘤/夹层(AAD)中的保护作用机制	人类AAD组织样本和基因工程小鼠模型	心血管疾病	主动脉瘤/夹层	单细胞RNA测序、CUT&Tag、qPCR	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	人类AAD组织样本和多种基因工程小鼠
3216	2025-04-12	Enhancing genetic transformation efficiency in cucurbit crops through AtGRF5 overexpression: Mechanistic insights and applications 2025-Apr-11, Journal of integrative plant biology IF:9.3Q1 DOI:10.1111/jipb.13912 PMID:40213927	研究论文	本研究通过过表达AtGRF5基因，显著提高了葫芦科作物的遗传转化效率，并揭示了其促进愈伤组织增殖和再生的分子机制	发现AtGRF5过表达能通过调控生长素相关基因和扩大干细胞群来提高转化效率，并开发了ABA诱导的AtGRF5表达系统以减少多效性影响	AtGRF5过表达可能导致生长缺陷，需要通过诱导系统来克服	提高葫芦科作物的遗传转化和基因编辑效率	葫芦科作物（黄瓜等）	植物基因工程	NA	DNSO方法、高分辨率时间序列转录组学、单细胞RNA测序、DAP-seq	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
3217	2025-04-12	Multimodal glioma immunotherapy combining TLR9-targeted STAT3 antisense oligodeoxynucleotides with PD1 immune checkpoint blockade 2025-Apr-11, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf099 PMID:40214214	研究论文	该研究描述了一种新型的双链STAT3反义寡核苷酸（CpG-STAT3dsASO），用于靶向人类/小鼠胶质瘤细胞和GAMs，但不影响T细胞，结合PD1免疫检查点阻断治疗胶质母细胞瘤	开发了一种新型的双链STAT3反义寡核苷酸，选择性靶向胶质瘤细胞和GAMs，避免了单链寡核苷酸的神经毒性，并与PD1阻断联合治疗显著提高了治疗效果	CpG-STAT3dsASO单药治疗未能达到治愈效果，仅招募了数量有限且大多耗竭的效应CD8+ T细胞	探索胶质母细胞瘤的新型免疫治疗方法，克服其治疗抵抗性	人类U251胶质母细胞瘤异种移植模型、小鼠GL261和神经细胞来源的QPP8胶质瘤模型	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	STAT3反义寡核苷酸技术、PD1免疫检查点阻断、空间转录组学	NA	NA	免疫正常或免疫缺陷小鼠
3218	2025-04-12	An unbiased genomewide screen uncovers 7 genes that drive hematopoietic stem cell fate from mouse embryonic stem cells 2025-Apr-10, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024027742 PMID:40209065	研究论文	通过无偏基因组筛选发现7个基因驱动小鼠胚胎干细胞向造血干细胞命运转变	采用全基因组CRISPR激活筛选技术，首次在体外鉴定出7个能够促进造血干细胞生成的基因	研究仅在小鼠胚胎干细胞中进行，尚未在人类细胞中验证	探索调控造血干细胞生成的分子机制	小鼠胚胎干细胞(mESCs)及其分化的中胚层KDR+前体细胞	再生医学	血液系统疾病	全基因组CRISPR激活筛选、单细胞RNA测序	小鼠模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及小鼠胚胎干细胞和移植实验
3219	2025-04-12	Alterations in genomic features and the tumour immune microenvironment predict immunotherapy outcomes in advanced biliary tract cancer patients 2025-Apr-10, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03011-7 PMID:40211026	研究论文	本研究构建了一个多维策略，用于预测晚期胆道癌患者免疫治疗的预后	通过整合基因组特征和肿瘤免疫微环境数据，开发了一个预测模型（EM-CXCL10），其预测性能优于传统的肿瘤突变负荷（TMB）和突变评分	样本量较小（60例患者），且仅针对晚期胆道癌患者	预测晚期胆道癌患者免疫治疗的预后	60例接受抗PD-1治疗的晚期胆道癌患者	肿瘤免疫学	胆道癌	520基因面板测序、多重循环细胞因子检测、单细胞转录组数据分析	LASSO算法、Cox回归、ROC曲线分析	基因组数据、转录组数据、临床数据	60例晚期胆道癌患者（其中30例进行基因测序，50例进行细胞因子检测）
3220	2025-04-12	Lost in translation: conserved amino acid usage despite extreme codon bias in foraminifera 2025-Apr-09, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03916-24 PMID:40042280	研究论文	通过单细胞转录组学和系统基因组学方法，探讨了有孔虫的密码子使用模式，揭示了在极端GC压力下氨基酸使用的保守性	在有孔虫这一古老且多样化的微真核生物类群中，发现了极端变异的核苷酸组成与高度保守的氨基酸使用模式之间的悖论	研究对象主要限于不可培养的有孔虫类群，可能无法完全代表其他真核生物的进化模式	探索真核生物基因组进化模式，特别是密码子使用与氨基酸选择之间的权衡关系	有孔虫（Foraminifera）这一单细胞真核生物类群	基因组学	NA	单细胞转录组学、系统基因组学	NA	转录组数据	49个个体（代表28个属）的1,044个基因家族数据