单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3201	2025-05-06	Deconvoluting single-cell transcriptomics reveals cellular programs regulated by cell-cell communication in colorectal cancer 2025-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.09.648030 PMID:40321215	meta-analysis	通过单细胞转录组学解析结直肠癌中细胞间通讯调控的细胞程序	提出了一种新颖的分析框架，利用分层语言模型识别基因表达模块（GEMs），并通过因果发现方法系统地揭示配体-受体信号传导和跨细胞类型通讯调控的GEMs	NA	深入理解结直肠癌中细胞间通讯（CCC）网络的复杂性	153名患者的279个单细胞样本	单细胞转录组学	结直肠癌	单细胞转录组学、空间转录组学	分层语言模型	单细胞RNA测序数据、空间转录组数据	153名患者的279个样本
3202	2025-05-06	De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279281.124 PMID:40107722	研究论文	介绍了一种名为LongSom的计算工作流程，用于从高质量的长读单细胞RNA测序数据中检测体细胞变异	LongSom能够在不需要正常样本的情况下进行从头变异检测，包括线粒体SNVs、拷贝数变异和基因融合，以重建肿瘤克隆异质性	NA	研究癌症进化、克隆异质性和治疗耐药性	人类卵巢癌样本	数字病理学	卵巢癌	长读单细胞RNA测序（LR scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3203	2025-05-06	De novo antibody identification in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotype-resolved germline assemblies 2025-Apr-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279392.124 PMID:40118521	研究论文	通过全长单B细胞转录组学和匹配的单倍型解析种系组装，从人类血液中鉴定新抗体	结合种系IG位点的基因组测序和同一供体B细胞的单细胞转录组测序，首次实现了对种系IG单倍型的全面解析及其与表达抗体库的关联分析	研究仅针对MMR疫苗接种后的B细胞，可能无法全面反映其他免疫挑战下的抗体库特征	理解种系IG单倍型如何影响表达的抗体库	人类B细胞及其表达的抗体	免疫组学	麻疹	全长单细胞转录组测序、单倍型解析种系组装	NA	基因组序列、转录组序列	来自同一供体的B细胞（具体数量未明确说明）
3204	2025-05-06	Single-cell transcriptome analyses of PBMCs reveal the immunological characteristics of individuals with phlegm-dampness constitution 2025-Apr, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1113-3 PMID:40126771	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示痰湿体质个体的免疫学特征	首次使用单细胞RNA测序技术分析痰湿体质个体的外周血单核细胞，揭示其免疫学特征	样本量较小，仅为初步研究	探索中医体质分类的分子免疫学基础	痰湿体质个体的外周血单核细胞(PBMCs)	单细胞转录组学	代谢性疾病	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	痰湿体质个体的PBMCs样本
3205	2025-05-06	SLC27A2 marks lipid peroxidation in nasal epithelial cells driven by type 2 inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps 2025-Apr, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01440-1 PMID:40195539	研究论文	本文揭示了慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)中鼻息肉上皮细胞脂质代谢失调和脂质过氧化增加在疾病发病机制中的作用	首次发现SLC27A2/FATP2在鼻息肉上皮细胞中的上调与脂质过氧化增加相关，并证实FATP2介导的脂质过氧化是CRSwNP上皮功能障碍和炎症的关键驱动因素	研究主要基于体外实验和测序数据分析，缺乏动物模型验证	阐明慢性鼻窦炎伴鼻息肉的发病机制并寻找潜在治疗靶点	鼻息肉上皮细胞	NA	慢性鼻窦炎伴鼻息肉	bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3206	2025-05-06	Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data identifies BHLHE40 as a key gene in pancreatic cancer progression and gemcitabine resistance 2025-Apr, Seminars in oncology IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152338 PMID:40250076	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别BHLHE40作为胰腺癌进展和吉西他滨耐药的关键基因	首次发现BHLHE40通过调控SAT1和免疫逃逸机制与胰腺癌的恶性和化疗耐药性显著相关	研究主要基于公共数据集，缺乏实验验证	研究胰腺导管腺癌（PDAC）进展和化疗耐药的分子机制，寻找新的治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, ChIP-seq	NA	基因表达数据	公共数据集（TCGA和GEO）
3207	2025-05-06	Development of a hypoxia-responsive macrophage prognostic model using single-cell and bulk RNA sequencing in pancreatic cancer 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322618 PMID:40315225	research paper	开发了一种基于单细胞和批量RNA测序的低氧响应性巨噬细胞预后模型，用于胰腺癌	整合了单细胞RNA测序数据和TCGA-PAAD数据库，构建了一个包含13个关键基因的低氧相关预后模型，该模型在预测化疗反应和不良预后方面优于传统临床病理特征	未明确说明样本量的具体数量，且模型的泛化能力需进一步验证	研究胰腺导管腺癌（PDAC）中低氧肿瘤微环境的复杂动态，构建低氧相关预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	digital pathology	pancreatic cancer	scRNA-seq, bulk RNA sequencing	Cox regression, Lasso regression	RNA sequencing data	NA
3208	2025-05-06	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing identifies and validates T cell-related prognostic model in hepatocellular carcinoma 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0322706 PMID:40315269	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了一个与T细胞相关的肝细胞癌预后模型	首次整合单细胞和批量RNA测序数据，识别T细胞相关基因并构建预后模型，模型包含PTTG1、LMNB1、SLC38A1和BATF等基因	样本量相对较小，单细胞数据仅来自10名患者，外部验证数据集有限	开发肝细胞癌患者的预后风险模型，以改善个性化治疗策略	肝细胞癌患者及其T细胞相关基因	数字病理学	肝细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq, IHC	LASSO回归	RNA测序数据	10名患者的scRNA-seq数据，TCGA数据库的批量RNA-seq数据，25名患者的IHC验证数据
3209	2025-05-04	Integrating RNA-seq and scRNA-seq to explore the prognostic features and immune landscape of exosome-related genes in breast cancer metastasis 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2024.2447917 PMID:39847423	research paper	通过整合RNA-seq和scRNA-seq数据，探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的预后特征和免疫景观	开发了一个基于外泌体相关基因的新型风险评分模型，并通过RNA-seq和scRNA-seq数据的综合分析验证了其预测准确性	模型的预测性能AUC值在0.602至0.654之间，仍有提升空间	探索外泌体相关基因在乳腺癌转移中的作用，并开发可靠的预后模型	乳腺癌（BRCA）样本	digital pathology	breast cancer	RNA-seq, scRNA-seq	Lasso-Cox regression	RNA-seq数据, scRNA-seq数据	TCGA数据库中的BRCA队列样本
3210	2025-05-04	Revealing the role of natural killer cells in ankylosing spondylitis: identifying diagnostic biomarkers and therapeutic targets 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2457523 PMID:39853176	研究论文	本研究通过生物信息学方法和实验验证探讨了自然杀伤细胞（NK细胞）在强直性脊柱炎（AS）中的作用	揭示了NK细胞在AS发病机制中的潜在作用，并鉴定出与NK细胞相关的关键基因作为AS的诊断生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公共数据集，样本量可能有限，且实验验证部分仅进行了RT-PCR验证	探索NK细胞在AS发病机制中的作用，并寻找诊断生物标志物和治疗靶点	强直性脊柱炎（AS）患者和对照组的NK细胞	生物信息学	强直性脊柱炎	微阵列数据分析、scRNA-seq、WGCNA、RT-PCR	NA	基因表达数据	来自公共数据集GSE25101、GSE73754、GSE194315和Liu的研究的样本
3211	2025-05-04	Unraveling diabetic kidney disease: insights from single-cell RNA sequencing 2025-Jun, International urology and nephrology IF:1.8Q3 DOI:10.1007/s11255-025-04362-z PMID:39799255	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究糖尿病肾病的发病机制和诊断方法	采用单细胞RNA测序技术分析糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液中的基因表达，揭示组织功能、细胞相互作用和疾病进展	未提及具体样本量或实验设计的局限性	提高对糖尿病肾病（DKD）的理解，改善早期筛查和个性化管理	糖尿病肾病患者的肾组织、血液和尿液	digital pathology	diabetic kidney disease	scRNA-seq	NA	gene expression data	NA
3212	2025-05-04	A Bifunctional Antibody Targeting PD-1 and TGF-β Signaling Has Antitumor Activity in Combination with Radiotherapy and Attenuates Radiation-Induced Lung Injury 2025-May-02, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-23-0903 PMID:39878763	研究论文	研究双功能抗体JS-201联合放疗的抗肿瘤效果及其对放射性肺损伤的缓解作用	首次研究双功能抗体JS-201（靶向PD-1和TGF-β信号）联合放疗的抗肿瘤效果及其对放射性肺损伤的缓解作用	研究仅限于动物模型，尚未进行临床试验	探索JS-201联合放疗在抗肿瘤和减轻放射性肺损伤方面的效果	肿瘤模型和放射性肺损伤模型	肿瘤免疫治疗	肺癌	转录组测序和单细胞测序	Lewis肺癌荧光素酶阳性模型	测序数据	多种肿瘤模型和放射性肺损伤模型
3213	2025-05-04	Mosaic loss of Y chromosome and mortality after coronary angiography 2025-May-02, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehaf035 PMID:39935193	研究论文	研究Y染色体嵌合缺失（LOY）与接受冠状动脉造影男性患者心血管死亡率之间的关联	首次在人类研究中证实LOY与心血管死亡率显著相关，并揭示了LOY通过促纤维化和促炎症机制影响心血管健康的分子途径	研究仅针对接受冠状动脉造影的男性患者，结果可能不适用于其他人群	探究LOY与心血管疾病预后的关系	1698名接受冠状动脉造影的男性患者	心血管疾病研究	心血管疾病	全基因组甲基化分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、蛋白质表达数据	1698名男性患者
3214	2025-05-04	Inhibition of DKK-1 by WAY262611 Inhibits Osteosarcoma Metastasis 2025-May-02, Molecular cancer therapeutics IF:5.3Q1 DOI:10.1158/1535-7163.MCT-24-0744 PMID:39781890	research paper	该研究探讨了通过抑制DKK-1来阻止骨肉瘤转移的效果	首次展示了小分子抑制剂WAY262611在体外和体内对DKK-1的抑制作用及其对骨肉瘤转移的预防效果	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未进行人体临床试验	探索DKK-1作为骨肉瘤治疗靶点的潜力	骨肉瘤细胞系和小鼠模型	癌症研究	骨肉瘤	单细胞RNA测序	小鼠原位植入/截肢模型	体外和体内实验数据	骨肉瘤细胞系和患者来源的异种移植模型
3215	2025-05-04	GRACE: Unveiling Gene Regulatory Networks With Causal Mechanistic Graph Neural Networks in Single-Cell RNA-Sequencing Data 2025-May, IEEE transactions on neural networks and learning systems IF:10.2Q1 DOI:10.1109/TNNLS.2024.3412753 PMID:38896510	研究论文	本文介绍了一种名为GRACE的新型图因果自编码器框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	结合结构因果模型和图神经网络，明确建模基因间的因果关系，提高了基因调控网络和基因因果推理的准确性	NA	从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络并进行基因因果推理	基因调控网络和基因因果关系	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图神经网络(GNN)和因果自编码器	基因表达数据	七个基准数据集和人类外周血单个核细胞(PBMC)样本
3216	2025-05-04	Single-Nucleus RNA Sequencing and Spatial Transcriptomics for Squamous Cell Carcinoma Arising From Ovarian Mature Teratoma 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70022 PMID:39948701	研究论文	本研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，分析了卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）的分子病理学特征，并探索了潜在的治疗靶点	首次应用单核RNA测序和空间转录组学技术全面解析SCC-MT的分子特征，并发现KLF5基因在肿瘤发展中的关键作用	研究样本量有限，且功能验证仅在一个细胞系中进行	阐明SCC-MT的分子病理学特征并探索新的治疗靶点	卵巢成熟畸胎瘤衍生的鳞状细胞癌（SCC-MT）	数字病理学	卵巢癌	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	临床SCC-MT样本和一个细胞系（NOSCC-1）
3217	2025-05-04	Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States 2025-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529 PMID:39969959	研究论文	通过空间转录组学研究导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN），揭示了惰性和恶性状态的分化	利用数字空间RNA分析（DSP-RNA）技术，首次在IPMN中定义了三种不同的上皮转录组状态，并与癌症风险相关联	样本量较小（10个IPMN标本），可能影响结果的广泛适用性	提高对IPMN恶性转化风险的预测能力，改善风险分层	导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）标本	数字病理学	胰腺癌	数字空间RNA分析（DSP-RNA），全转录组分析	NA	RNA表达数据	10个IPMN标本，涵盖从正常导管到癌症的发育不良变化谱
3218	2025-05-04	Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration 2025-May, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70028 PMID:39989140	research paper	该研究通过多组学整合分析，提出了一种新的CHI3L1相关血管表型分类，用于定义胶质瘤微环境	首次提出CHI3L1相关血管表型分类，并构建了血管相关风险(VR)评分，为胶质瘤的治疗策略优化提供了新见解	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性研究验证	探究CHI3L1信号通路在胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用	胶质瘤及其微环境	digital pathology	glioma	bulk and single-cell transcriptome, genomics, digital pathology	machine learning algorithms	transcriptome, genomics, digital pathology, clinical data	多个数据集（具体样本量未明确说明）
3219	2025-05-04	The correlation between immune profiles and pathological changes in pulmonary tuberculosis granulomas revealed by bioinformatic analysis and experimental validation 2025-May, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland) DOI:10.1016/j.tube.2025.102614 PMID:39999566	研究论文	通过生物信息学分析和实验验证揭示了免疫特征与肺结核肉芽肿病理变化之间的相关性	首次结合单细胞转录组和微环境空间特征分析免疫细胞对肉芽肿扩展的贡献，并通过机器学习筛选出6种与肉芽肿大小相关的细胞因子	研究结果需要在更大规模的队列中进行进一步验证	探究免疫系统在肺结核肉芽肿结构形成中的作用	肺结核肉芽肿和患者外周血免疫细胞	生物信息学	肺结核	单细胞转录组测序、免疫荧光、流式细胞术	机器学习	转录组数据、图像数据	已发表的Mtb感染患者和健康对照的外周血转录组数据，以及本地队列的验证数据
3220	2025-05-04	Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects 2025-May, Journal of neuroendocrinology IF:3.3Q2 DOI:10.1111/jne.70015 PMID:40055943	research paper	该研究探讨了Prader-Willi综合征(PWS)患者下丘脑视交叉上核(SCN)中精氨酸加压素(AVP)神经元和星形胶质细胞的选择性变化	首次揭示了PWS患者SCN中AVP神经元数量增加和星形胶质细胞减少的特定变化	研究样本来自尸检组织，可能存在死后变化影响结果	探究PWS患者昼夜节律紊乱的神经生物学基础	PWS患者和匹配对照的下丘脑视交叉上核组织	神经生物学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序、免疫组织化学	NA	基因表达数据、组织图像数据	PWS患者和对照的尸检下丘脑组织样本(具体数量未明确说明)