单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 3201 - 3220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3201 | 2025-02-25 |
Integrating transcriptomics and scPagwas analysis predicts naïve CD4 T cell-related gene DRAM2 as a potential biomarker and therapeutic target for colorectal cancer
2025-Feb-21, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13731-x
PMID:39984869
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学和scPagwas分析，预测了与幼稚CD4 T细胞相关的基因DRAM2作为结直肠癌的潜在生物标志物和治疗靶点 | 首次结合单细胞转录组学和scPagwas算法，揭示了DRAM2基因在结直肠癌进展中的关键作用，并验证了其作为治疗靶点的潜力 | 研究主要基于转录组数据分析，实验验证部分仍需进一步扩展 | 探索结直肠癌与幼稚CD4 T细胞的关系，识别生物标志物和治疗靶点 | 结直肠癌患者和幼稚CD4 T细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学, scPagwas算法, 加权基因共表达网络分析, SMR算法 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3202 | 2025-02-25 |
Analysis of thyroid carcinoma composition and spatial architecture in the progression of dedifferentiation, lymphatic metastasis, and gastric metastasis
2025-Feb-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06252-5
PMID:39984992
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术探索了甲状腺癌（TC）及其胃肠道转移细胞的空间分布特征 | 揭示了肿瘤特异性髓系细胞与TC去分化及不良预后的相关性，并验证了其与CD44+组织干细胞的紧密定位 | 胃肠道转移在甲状腺癌患者中较为罕见，其潜在机制仍不明确 | 探索甲状腺癌及其胃肠道转移细胞的空间分布特征 | 甲状腺癌（包括乳头状甲状腺癌PTC、未分化甲状腺癌ATC）及其相关淋巴转移（ATC-LM）和胃转移（ATC-GM） | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 包括PTC、ATC、ATC-LM和ATC-GM的组织样本 |
| 3203 | 2025-02-25 |
Human spindle-shaped urine-derived stem cell exosomes alleviate severe fatty liver ischemia-reperfusion injury by inhibiting ferroptosis via GPX4
2025-Feb-21, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04202-y
PMID:39985001
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研究论文 | 本研究探讨了尿液来源的干细胞（USCs）不同亚群的异质性，以寻找最适合治疗严重脂肪肝缺血再灌注损伤（IRI）的细胞亚型 | 通过单细胞RNA测序和批量RNA测序，首次发现梭形尿液来源的干细胞（SS-USCs）具有强大的组织修复和抗氧化能力，并通过其外泌体中的GPX4蛋白显著抑制铁死亡，从而缓解严重脂肪肝IRI | 研究主要基于动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探索最适合治疗严重脂肪肝缺血再灌注损伤的尿液来源干细胞亚型 | 梭形尿液来源的干细胞（SS-USCs）和米形尿液来源的干细胞（RS-USCs） | 细胞生物学 | 脂肪肝 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（Bulk RNA-seq）、质谱分析 | 大鼠脂肪肝移植模型、小鼠脂肪肝IRI模型、脂肪肝细胞缺氧-复氧模型 | RNA测序数据、蛋白质组数据 | 多种动物模型和细胞模型 |
| 3204 | 2025-02-25 |
Clonal Heterogeneity in Human Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Its Impact on Tumor Progression
2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.11.637729
PMID:39990481
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学方法，分析了人类胰腺导管腺癌（PDAC）的克隆异质性及其对肿瘤进展的影响 | 揭示了PDAC肿瘤内显著的克隆异质性，挑战了传统的基底型和经典型二元分类，支持了由克隆进化和空间组织影响的转录连续体 | 研究样本量相对有限（n = 62），且主要关注原发性PDAC，未涉及转移性PDAC | 探讨PDAC的克隆异质性及其对肿瘤生物学的影响 | 人类胰腺导管腺癌（PDAC）样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据，空间转录组数据 | 62个原发性PDAC样本，443,451个单细胞，53,236个空间转录组点 |
| 3205 | 2025-02-25 |
Specific cell states underlie complex tissue regeneration in spiny mice
2025-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637521
PMID:39990382
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研究论文 | 本文研究了刺鼠复杂组织再生过程中特定细胞状态的作用 | 揭示了刺鼠在损伤后基质细胞如何重新进入细胞周期并维持细胞周期进程的时空控制，以及通过单细胞RNA测序鉴定了与再生和瘢痕组织相关的关键细胞类型 | 研究主要集中于刺鼠的耳部再生，未涉及其他组织或物种的广泛验证 | 探讨哺乳动物复杂组织再生过程中细胞增殖动态和特定细胞类型的作用 | 刺鼠的耳部组织 | 细胞生物学 | NA | 免疫染色、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 刺鼠耳部组织样本 |
| 3206 | 2025-02-25 |
CausalGeD: Blending Causality and Diffusion for Spatial Gene Expression Generation
2025-Feb-11, ArXiv
PMID:39990788
|
研究论文 | 本文提出了一种结合因果关系和扩散过程的方法CausalGeD，用于生成空间基因表达数据 | CausalGeD首次将扩散和自回归过程结合，利用基因间的因果关系，无需预定义关系即可捕捉调控机制 | 现有方法的性能有限，结构相似性通常低于60% | 提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）数据整合的性能 | 基因表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST） | Causal Attention Transformer | 基因表达数据 | 10个组织数据集 |
| 3207 | 2025-02-25 |
Identifying Reproducible Transcription Regulator Coexpression Patterns with Single Cell Transcriptomics
2025-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.15.580581
PMID:38559016
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，识别与人类和小鼠转录调控因子（TR）表达最协调的基因伙伴，构建单细胞共表达网络，并评估跨物种和细胞类型的TR共表达模式的一致性 | 通过整合120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞），构建跨物种和细胞类型的TR共表达网络，并结合ChIP-seq数据识别跨方法和物种支持的候选调控相互作用 | 研究主要关注跨细胞类型的可重复性，可能忽略了特定生物背景下的信号 | 识别跨物种和细胞类型的转录调控因子共表达模式，并评估其一致性 | 人类和小鼠的转录调控因子（TR）及其共表达基因伙伴 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集（超过2800万个细胞） |
| 3208 | 2025-02-25 |
Metabolic Adaptations Rewire CD4 T Cells in a Subset-Specific Manner in Human Critical Illness with and without Sepsis
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635146
PMID:39975258
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研究论文 | 本文研究了危重病患者的CD4 T细胞在代谢和免疫方面的功能特性，特别是在有和无败血症的情况下 | 研究发现CD4 T细胞在危重病中表现出增加的亚群特异性代谢可塑性，特别是调节性T细胞（Tregs）获得糖酵解能力，稳定了抑制性标志物FOXP3和TIGIT，并与临床疾病严重程度相关 | 研究中未明确这些代谢和免疫功能障碍是否在所有危重病患者中普遍存在，且样本量可能有限 | 探讨危重病患者的CD4 T细胞在代谢和免疫方面的功能特性，特别是在有和无败血症的情况下 | 危重病患者的CD4 T细胞，包括有和无败血症的患者，以及健康成年人 | 免疫学 | 败血症 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 危重病患者和健康成年人的CD4 T细胞样本 |
| 3209 | 2025-02-25 |
Histopathologic Evaluation and Single-Cell Spatial Transcriptomics of the Colon Reveal Cellular and Molecular Abnormalities Linked to J-Pouch Failure in Patients with Inflammatory Bowel Disease
2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635092
PMID:39974918
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研究论文 | 本研究通过组织病理学评估和单细胞空间转录组学，揭示了与炎症性肠病患者J型储袋失败相关的细胞和分子异常 | 首次结合组织病理学特征和单细胞空间转录组学技术，系统地研究了与J型储袋失败相关的分子机制 | 研究为回顾性病例对照研究，可能存在选择偏倚，且样本量有限 | 探讨炎症性肠病患者J型储袋失败的组织病理学特征和分子机制 | 接受IPAA手术的炎症性肠病患者 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞空间转录组学 | NA | 组织样本和转录组数据 | 417名患者 |
| 3210 | 2025-02-25 |
Cigarette smoke and biological age induce degenerative heterogeneity in retinal pigment epithelium
2025-Jan-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.27.635096
PMID:39974955
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研究论文 | 本文研究了香烟烟雾如何通过表观遗传变化诱导视网膜色素上皮（RPE）细胞的退化异质性，并加速老化过程 | 研究发现香烟烟雾通过表观遗传变化诱导RPE细胞的退化异质性，这种变化与老化不同，并且老化使RPE对香烟烟雾的损害更加敏感 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨香烟烟雾如何通过表观遗传变化诱导RPE细胞的退化异质性，并加速老化过程 | 年轻和老年小鼠的视网膜色素上皮（RPE）细胞 | 生物医学 | 老年性黄斑变性（AMD） | snRNA-seq, snATAC-seq, scRNA-seq, TUNEL标记 | NA | 单细胞RNA测序数据, 单细胞ATAC测序数据 | 年轻和老年小鼠的RPE/脉络膜组织 |
| 3211 | 2025-02-25 |
Evaluation of T Cell Receptor Construction Methods from scRNA-Seq Data
2025-Jan-15, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzae086
PMID:39666949
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研究论文 | 本文评估了从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据构建T细胞受体（TCR）的不同方法，并引入了一种新的模拟器YASIM-scTCR | 引入了一种新的模拟器YASIM-scTCR，能够生成包含不同测序深度和读长的TCR衍生序列的scTCR-seq数据 | 测序深度对成功构建TCR具有关键限制 | 评估从scRNA-seq数据构建TCR的不同方法的性能 | T细胞受体（TCR） | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 实验性单细胞免疫分析数据集 |
| 3212 | 2025-02-25 |
Ectopic expression of NKG7 enhances CAR-T function and improves the therapeutic efficacy in liquid and solid tumors
2024-Dec, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107506
PMID:39551173
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据探索了肿瘤浸润T细胞的特征，发现NKG7的异位表达能显著增强CAR-T细胞的功能，并提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果 | 利用临床肿瘤样本的单细胞测序数据寻找增强CAR-T细胞功能的策略，并首次发现NKG7的异位表达能显著提高CAR-T细胞的治疗效果 | 缺乏治疗后的活检数据，尤其是在实体肿瘤中，限制了CAR-T细胞体内特性的理解 | 探索增强CAR-T细胞功能的策略，并提高其在液体和实体肿瘤中的治疗效果 | 消化系统癌症的肿瘤浸润T细胞（TILs） | 生物医学 | 消化系统癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | CAR-T细胞模型 | RNA测序数据 | 19个临床样本 |
| 3213 | 2025-02-25 |
Epsins oversee smooth muscle cell reprograming by influencing master regulators KLF4 and OCT4
2024-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.08.574714
PMID:39131381
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研究论文 | 本文研究了Epsins蛋白家族如何通过影响主调控因子KLF4和OCT4来调控平滑肌细胞的重编程，从而影响冠状动脉疾病的病理过程 | 揭示了Epsins在平滑肌细胞重编程中的新作用，并发现Epsins通过增强OCT4活性和抑制KLF4来促进平滑肌细胞向有益细胞类型转化 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究 | 探索Epsins在平滑肌细胞重编程中的作用及其在冠状动脉疾病中的潜在治疗价值 | 平滑肌细胞 | 分子生物学 | 冠状动脉疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 小鼠动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞 |
| 3214 | 2025-02-25 |
Gas6-Axl signal promotes indoor VOCs exposure-induced pulmonary fibrosis via pulmonary microvascular endothelial cells-fibroblasts cross-talk
2024-08-05, Journal of hazardous materials
IF:12.2Q1
DOI:10.1016/j.jhazmat.2024.134786
PMID:38824778
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研究论文 | 本研究探讨了室内挥发性有机化合物（VOCs）暴露通过肺微血管内皮细胞与成纤维细胞的相互作用促进肺纤维化的机制 | 揭示了VOCs暴露通过Gas6-Axl信号通路激活成纤维细胞的新机制，并发现Atf3基因在调控PANoptosis表型中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人体内的机制仍需进一步验证 | 阐明VOCs暴露诱导肺纤维化的潜在分子机制 | 小鼠模型及肺微血管内皮细胞与成纤维细胞 | 生物医学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 3215 | 2025-02-25 |
Engrailed transcription factors direct excitatory cerebellar neuron diversity and survival
2023-Dec-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.30.569445
PMID:38077070
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间表达分析，定义了小脑核内侧兴奋性神经元的分子亚域，并揭示了EN1/2在小脑兴奋性神经元谱系中的保守作用 | 首次定义了胚胎期小脑核内侧兴奋性神经元的分子多样性，并揭示了EN1/2在小脑兴奋性神经元分化与存活中的保守功能 | 研究主要聚焦于胚胎期，未涉及成年期的分子机制 | 研究小脑核内侧兴奋性神经元的分子多样性及其发育机制 | 小脑核内侧兴奋性神经元 | 神经科学 | NA | scRNA-seq, 空间表达分析 | NA | 基因表达数据 | 胚胎期小脑核内侧兴奋性神经元 |
| 3216 | 2025-02-24 |
Integration of single-cell and bulk RNA sequencing data using machine learning identifies oxidative stress-related genes LUM and PCOLCE2 as potential biomarkers for heart failure
2025-Apr, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.140793
PMID:39929468
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，利用机器学习方法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因LUM和PCOLCE2作为潜在生物标志物 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据，应用多种机器学习算法识别出与心力衰竭相关的氧化应激基因，并验证了其在心力衰竭中的诊断潜力 | 需要进一步研究以验证其临床应用价值 | 探索氧化应激相关基因在心力衰竭中的作用，并识别潜在生物标志物 | 心力衰竭患者和小鼠模型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | AUCell, UCell, singscore, ssgsea, AddModuleScore, LASSO, XGBoost, Boruta, 随机森林, 梯度提升机, 决策树, 支持向量机递归特征消除 | RNA测序数据 | 来自Gene Expression Omnibus的单细胞RNA测序数据集和心力衰竭患者样本 |
| 3217 | 2025-02-24 |
Tumor infiltration of inactive CD8 + T cells was associated with poor prognosis in Gastric Cancer
2025-Mar, Gastric cancer : official journal of the International Gastric Cancer Association and the Japanese Gastric Cancer Association
IF:6.0Q1
DOI:10.1007/s10120-024-01577-4
PMID:39722065
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研究论文 | 本研究探讨了胃癌复杂肿瘤免疫微环境中各种免疫细胞的功能，特别是CD8 + T细胞的浸润与预后的关系 | 通过单细胞RNA测序和免疫组化分析，揭示了CD8 + T细胞在胃癌中的活性状态及其与预后的关联 | 样本量相对较小（34例患者进行单细胞RNA测序），且仅分析了Epstein-Barr病毒阴性病例的TCR库 | 探讨胃癌肿瘤免疫微环境中CD8 + T细胞的功能及其对预后的影响 | 胃癌患者及其肿瘤组织中的CD8 + T细胞 | 肿瘤免疫学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组化 | NA | RNA测序数据、免疫组化数据 | 34例胃癌患者的肿瘤和正常组织进行单细胞RNA测序，157例胃癌患者进行免疫组化分析 |
| 3218 | 2025-02-24 |
The molecular structure of SHISA5 protein and its novel role in primary biliary cholangitis: From single-cell RNA sequencing to biomarkers
2025-Mar, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.139775
PMID:39800023
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了原发性胆汁性胆管炎（PBC）患者和健康对照者的肝组织样本，揭示了SHISA5蛋白在PBC中的表达特征及其可能的生物学功能 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了SHISA5蛋白在PBC中的表达特征，并预测了其分子结构及可能的生物学功能 | 研究样本量未明确说明，且功能分析基于预测，需进一步实验验证 | 探究SHISA5蛋白在原发性胆汁性胆管炎（PBC）中的表达特征及其生物学功能 | PBC患者和健康对照者的肝组织样本 | 数字病理学 | 原发性胆汁性胆管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未明确说明 |
| 3219 | 2025-02-24 |
Dectin-2 depletion alleviates osteoclast-induced bone loss in periodontitis via Syk/NOX2/ROS signaling
2025-Mar-01, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 本研究探讨了Dectin-2在牙周炎中通过Syk/NOX2/ROS信号通路调控破骨细胞诱导的骨丢失的作用 | 首次揭示了Dectin-2在破骨细胞生成中的关键作用及其通过Syk/NOX2/ROS/MAPK信号轴调控的机制 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 探索Dectin-2在破骨细胞生成和骨丢失中的作用，为牙周炎等骨疾病提供新的治疗靶点 | RAW264.7细胞、骨髓来源的巨噬细胞（BMDMs）和Dectin-2基因敲除小鼠 | 生物医学 | 牙周炎 | 单细胞测序、转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3220 | 2025-02-24 |
YTHDF2-mediated m6A modification of ONECUT2 promotes stemness and oxaliplatin resistance in gastric cancer through transcriptionally activating TFPI
2025-Mar, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2024.101200
PMID:39823826
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序识别了胃癌中与奥沙利铂耐药相关的细胞亚群，并揭示了YTHDF2介导的m6A修饰通过转录激活TFPI促进胃癌干细胞特性和奥沙利铂耐药的分子机制 | 首次揭示了YTHDF2介导的m6A修饰通过调控ONECUT2影响胃癌干细胞特性和奥沙利铂耐药的分子机制，并验证了ONECUT2小分子抑制剂CSRM617的治疗潜力 | 研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床患者中验证ONECUT2抑制剂的有效性 | 探究胃癌中奥沙利铂耐药的分子机制，寻找新的治疗靶点 | 胃癌细胞和小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量，但涉及胃癌细胞和小鼠模型 |