单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 3201 - 3220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3201 | 2025-04-01 |
Single-cell network biology enabling cell-type-resolved disease genetics
2025-Mar-27, Genomics & informatics
DOI:10.1186/s44342-025-00042-7
PMID:40148916
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review | 本文综述了基于单细胞RNA测序技术的细胞类型特异性基因网络模型及其在疾病遗传学中的应用 | 提出了基于单细胞RNA测序数据的细胞类型特异性基因网络模型，为疾病遗传学提供了细胞层面的解析 | 未提及具体的技术实施难点或数据局限性 | 探索细胞类型特异性基因网络在疾病遗传学中的作用 | 单细胞RNA测序数据和基因网络模型 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 基因网络模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 3202 | 2025-04-01 |
Integrated single-cell and bulk transcriptomic analysis identifies a novel macrophage subtype associated with poor prognosis in breast cancer
2025-Mar-27, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03750-w
PMID:40148933
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研究论文 | 通过整合单细胞和批量转录组分析，识别出一种与乳腺癌不良预后相关的新型巨噬细胞亚型 | 发现了一种新型巨噬细胞亚型M_Macrophage-SPP1-C1Q，并开发了基于随机森林的预测模型Macro.RF | 未提及具体样本量限制或数据来源的局限性 | 研究乳腺癌肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的异质性及其临床意义 | 乳腺癌患者的单细胞RNA测序和批量RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（RNA-seq） | 随机森林（RF） | RNA测序数据 | NA |
| 3203 | 2025-04-01 |
Loss of OBSCN expression promotes bladder cancer progression but enhances the efficacy of PD-L1 inhibitors
2025-Mar-27, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-025-01379-w
PMID:40149008
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研究论文 | 本研究探讨了OBSCN基因表达缺失在膀胱癌进展中的作用及其对PD-L1抑制剂疗效的影响 | 首次报道了OBSCN在膀胱癌中的作用，发现OBSCN低表达患者预后较差但对PD-L1抑制剂反应更好 | 研究主要基于公共数据库和有限样本量的组织芯片，需要更多独立队列验证 | 探索膀胱癌免疫逃逸的内在机制，寻找预测性生物标志物和干预新靶点 | 膀胱癌患者和癌细胞系 | 肿瘤免疫学 | 膀胱癌 | RNA测序、免疫组化(IHC)、Western blot、单细胞测序分析 | COX回归模型、Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据、临床数据、组织样本 | 80例膀胱癌患者组织样本(来自曙光医院)和TCGA等公共数据库数据 |
| 3204 | 2025-04-01 |
Combined targeting of glioblastoma stem cells of different cellular states disrupts malignant progression
2025-Mar-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-58366-5
PMID:40140646
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研究论文 | 本研究通过靶向胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的不同细胞状态，揭示了其恶性进展的分子机制并提出联合靶向治疗策略 | 发现MEOX2-NOTCH和SRGN-NFκB轴在CL和MES GSCs中的关键作用，并鉴定出FDA批准的靶向药物 | 未明确说明实验样本的具体数量及临床前模型的局限性 | 探索胶质母细胞瘤干细胞异质性机制并开发联合靶向治疗方案 | 胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）的经典（CL）和间充质（MES）亚群 | 肿瘤生物学 | 胶质母细胞瘤 | RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 3205 | 2025-04-01 |
IGF1 Signaling Regulates Neuropeptide Expression in Hypothalamic Neurons Under Physiological and Pathological Conditions
2025-Mar-24, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqaf051
PMID:40105689
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研究论文 | 本研究探讨了胰岛素样生长因子1（IGF1）在下丘脑神经元中的作用及其调控机制 | 揭示了IGF1信号在生理和病理条件下对下丘脑神经元神经肽表达的调控作用，并发现高胰岛素血症是驱动细胞IGF1抵抗的新机制 | 研究主要基于小鼠和人类模型，可能无法完全反映人体内的复杂调控网络 | 探究IGF1在下丘脑神经元中的作用及其调控机制 | 下丘脑神经元，特别是NPY/AgRP和POMC神经元 | 神经科学 | 代谢性疾病 | RT-qPCR, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类模型 |
| 3206 | 2025-04-01 |
Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs driving type 1 diabetes progression
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.13.637721
PMID:40027657
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研究论文 | 通过单细胞多组学和空间转录组学揭示了胰腺细胞类型特异性基因调控程序在1型糖尿病进展中的作用 | 首次在多达32名非糖尿病、自身抗体阳性和1型糖尿病胰腺供体中进行了单核多组学和空间转录组学分析，揭示了1型糖尿病进展中的细胞类型特异性调控程序 | 样本量相对有限（32名供体），且仅针对胰腺组织进行研究 | 揭示1型糖尿病在胰腺中的进展机制 | 非糖尿病、自身抗体阳性和1型糖尿病胰腺供体的853,005个细胞 | 生物医学 | 1型糖尿病 | 单核多组学、空间转录组学 | NA | 单细胞基因组数据、空间转录组数据 | 32名胰腺供体的853,005个细胞 |
| 3207 | 2025-04-01 |
An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution
2025-Mar-17, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043
PMID:40157887
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研究论文 | 该研究构建了一个包含1,348,268个T细胞的人类T细胞参考数据库，并开发了一个名为STCAT的自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释T细胞亚型和状态 | 构建了最大的人类T细胞参考数据库，开发了STCAT自动注释工具，其准确率比现有工具高28% | NA | 为T细胞亚型和状态提供参考列表和自动注释工具，以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究 | 人类T细胞 | 生物信息学 | 肺癌、COVID-19、卵巢癌 | scRNA-seq | 分层模型和标记校正 | 单细胞RNA测序数据 | 1,348,268个T细胞，来自35种条件和16种组织 |
| 3208 | 2025-04-01 |
Current Applications of Single-Cell RNA Sequencing in Glioblastoma: A Scoping Review
2025-Mar-14, Brain sciences
IF:2.7Q3
DOI:10.3390/brainsci15030309
PMID:40149830
|
综述 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在胶质母细胞瘤（GBM）中的应用，重点关注其在解决肿瘤复杂性和治疗耐药性以及改善患者预后方面的潜力 | 通过scRNA-seq技术揭示GBM的复杂细胞和免疫景观，为改进诊断和个性化治疗铺平道路 | 仅纳入2009年至2024年间发表的英文或西班牙语研究，可能遗漏其他语言的重要研究 | 探索scRNA-seq在GBM诊断、预后、治疗及癌症生物学理解中的临床应用 | 胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微环境和细胞亚群 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 24项研究，其中11项关注GBM样本的肿瘤微环境和细胞亚群，5项研究GBM癌症生物学，3项研究疾病预后，3项应用转化研究，2项解决治疗相关问题 |
| 3209 | 2025-04-01 |
Multi-Omics Analysis of the Anoikis Gene CASP8 in Prostate Cancer and Biochemical Recurrence (BCR)
2025-Mar-07, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines13030661
PMID:40149637
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研究论文 | 通过多组学分析探讨前列腺癌中Anoikis基因CASP8的作用及其与生化复发（BCR）的关系 | 首次通过单细胞和空间转录组学分析探索Anoikis基因集在前列腺癌细胞中的表达模式，并构建了一个能更好预测前列腺癌BCR的预测模型 | 未提及具体样本量，可能影响结果的普遍性 | 探讨Anoikis基因CASP8在前列腺癌和生化复发中的作用及机制 | 前列腺癌细胞和生化复发（BCR）患者 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学、空间转录组学、基于汇总数据的孟德尔随机化（SMR） | 四基因预后模型 | 转录组数据 | NA |
| 3210 | 2025-04-01 |
Editorial for Brain Sciences Special Issue "Advances in Restorative Neurotherapeutic Technologies"
2025-Mar-05, Brain sciences
IF:2.7Q3
DOI:10.3390/brainsci15030273
PMID:40149794
|
评论 | 这篇社论介绍了《脑科学》特刊《恢复性神经治疗技术的进展》的主要内容 | 强调了从组织学技术到单细胞RNA测序等技术创新对神经科学进步的推动作用 | NA | 介绍恢复性神经治疗技术的最新进展 | 神经科学领域的技术创新 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 3211 | 2025-04-01 |
Integrated Spheroid-to-Population Framework for Evaluating PFHpA-Associated Metabolic Dysfunction and Steatotic Liver Disease
2025-Mar-04, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5960979/v1
PMID:40092438
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研究论文 | 本研究旨在通过整合人类流行病学数据和体外实验结果，探讨短链全氟烷基物质PFHpA对代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)发展的影响 | 首次建立从3D肝球体到人群研究的整合框架来评估PFHpA的肝毒性机制，并应用LUCID模型分析暴露-组学特征-疾病风险的关联 | 研究主要基于肥胖青少年队列，结果可能不适用于普通人群 | 阐明PFHpA在MASLD发病中的作用机制 | 接受减重手术的肥胖青少年队列和3D人肝球体模型 | NA | 脂肪性肝病 | 单细胞转录组学、多组学整合分析、LUCID模型 | LUCID | 血浆样本、肝脏活检组织、单细胞转录组数据、蛋白质组和代谢组数据 | Teen-LABS队列中的肥胖青少年(具体人数未明确说明)和3D人肝球体模型 |
| 3212 | 2025-04-01 |
The Spatial Transcriptomic Atlas of Human Limbus and Vital Niche Microenvironment Regulating the Fate of Limbal Epithelial Stem Cells
2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.3.52
PMID:40131296
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研究论文 | 本研究利用空间转录组技术生成人类角膜缘的空间图谱，揭示角膜缘上皮干细胞（LESCs）与微环境之间的深层相互作用 | 首次绘制人类角膜缘的空间转录组图谱，发现GPHB5可能是LESCs的新潜在生物标志物，并揭示了COL6A2/CD44信号在细胞间双向通讯中的关键作用 | 样本量相对较小，仅分析了有限数量的样本 | 揭示角膜缘微环境对LESCs命运的调控机制 | 人类角膜缘组织及角膜缘上皮干细胞（LESCs） | 空间转录组学 | 角膜疾病 | 空间转录组技术、单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 每个样本分析超过400个位点 |
| 3213 | 2025-04-01 |
Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target
2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70361
PMID:40152081
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research paper | 该研究通过荟萃分析、孟德尔随机化和生物信息学方法，探讨了尿酸与重症肌无力（MG）的关系，并确定了IGF1R作为潜在的治疗靶点 | 首次揭示了低尿酸水平与MG的关联，并发现IGF1R在MG中的保护作用及其作为治疗靶点的潜力 | 研究依赖于公共数据集和临床中心的患者数据，可能存在样本选择偏差 | 探讨尿酸与MG的关系及其潜在机制，寻找MG的治疗靶点 | 重症肌无力（MG）患者 | 生物信息学 | 重症肌无力 | 荟萃分析、孟德尔随机化、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接 | NA | 基因表达数据、临床数据 | 公共数据集（TCGA、GEO）和临床中心的MG患者数据 |
| 3214 | 2025-04-01 |
CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information
2025-Feb-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15030342
PMID:40149878
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研究论文 | 提出了一种基于GAT的方法CellGAT，用于构建整合多组学信息的细胞通讯网络 | 整合了配体-受体对基因表达数据、蛋白质相互作用信息、蛋白质复合物数据和实验验证的通路信息，使用图注意力网络构建细胞通讯网络 | 未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制 | 提高细胞间通讯预测的准确性 | 细胞间通讯网络 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | GAT | 基因表达数据 | NA |
| 3215 | 2025-02-28 |
Publisher Correction: Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes
2025-Feb-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-90745-2
PMID:40011623
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 3216 | 2025-04-01 |
VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2025-Feb-22, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15030323
PMID:40149859
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研究论文 | 本文研究了VPS25在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中促进免疫抑制微环境的作用及其临床意义 | 揭示了VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT信号轴促进免疫逃逸的新机制，并首次提出VPS25作为免疫治疗反应的预测生物标志物 | 研究主要基于TCGA数据集和体外实验，需要更多临床样本验证 | 探究ESCRT机器成员VPS25在HNSCC肿瘤进展和免疫微环境调控中的作用 | 头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)组织和CAL27细胞系 | 肿瘤免疫学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA-seq、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、组织微阵列、单细胞数据 | TCGA数据集和HNSCC组织微阵列(具体数量未明确说明) |
| 3217 | 2025-04-01 |
A Complete Spatial Map of Mouse Retinal Ganglion Cells Reveals Density and Gene Expression Specializations
2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.10.637538
PMID:39990332
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research paper | 研究通过空间转录组学和机器学习技术，全面绘制了小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）亚型的空间分布图 | 首次全面揭示了小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异，特别是与天空视觉和ART区域相关的特异性分布 | 研究结果与灵长类动物黄斑区的基因表达相关性有限，提示小鼠与灵长类中央视觉的特化可能存在差异 | 探索小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异 | 小鼠视网膜神经节细胞（RGCs） | 空间转录组学 | NA | en-face cryosectioning, 空间转录组学, 机器学习 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 3218 | 2025-04-01 |
UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing
2025-Jan-20, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-024-02586-y
PMID:39833568
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research paper | 介绍了一种名为UDA-seq的通用工作流程，用于大规模多模态单细胞测序 | UDA-seq通过整合后索引步骤提高了通量，并系统性地适应了现有的基于液滴的单细胞多模态方法 | 需要进一步验证其在更广泛的组织和细胞类型中的适用性 | 开发一种通用的单细胞多模态测序方法，以提高通量和自动化潜力 | 各种组织和细胞类型，包括临床活检标本 | digital pathology | cancer | droplet microfluidics, single-cell combinatorial indexing sequencing | NA | single-cell multimodal data | 超过100,000个高质量单细胞数据集，来自36个冷冻临床活检标本 |
| 3219 | 2025-04-01 |
Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes
2025-01-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-85169-x
PMID:39762337
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了小耳症软骨细胞中的线粒体功能障碍 | 首次在小耳症软骨细胞中发现线粒体功能障碍，并识别出与线粒体功能相关的关键基因 | 研究样本仅限于单侧非综合征性小耳症患者，结果可能不适用于其他类型的小耳症 | 探究小耳症软骨细胞中线粒体功能障碍的机制 | 小耳症患者和健康对照者的软骨细胞 | 数字病理学 | 小耳症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 小耳症患者和健康对照者的软骨样本 |
| 3220 | 2025-04-01 |
Spatial transcriptomics unveils estrogen-modulated immune responses and structural alterations in the ectocervical mucosa of depot medroxyprogesterone acetate users
2025-01-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-83775-9
PMID:39762272
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研究论文 | 本研究利用高分辨率空间转录组学技术，揭示了使用长效醋酸甲羟孕酮（DMPA）避孕药后，宫颈黏膜中雌激素调节的免疫反应和结构变化 | 首次应用空间转录组学技术揭示DMPA使用者的宫颈黏膜分子标记的空间定位及其与雌激素调控的关联 | 研究样本来自肯尼亚性工作者，可能限制了结果的普遍性 | 探究DMPA对宫颈黏膜屏障功能的影响及其分子机制 | 使用DMPA或非激素避孕药的肯尼亚性工作者的宫颈组织样本 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 空间转录组学、基因集富集分析、免疫组化 | 无监督聚类 | 基因表达数据、免疫组化图像 | 来自肯尼亚性工作者的宫颈组织样本（具体数量未明确提及） |