单细胞与空转测序相关文章

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当前共找到 40356 篇文献,本页显示第 3181 - 3200 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
3181 2026-05-08
Characterization of Human Group 9 Innate Lymphoid Cells in Response to Allergen Immunotherapy in Patients With Allergic Rhinitis
2026-May, Allergy IF:12.6Q1
研究论文 揭示过敏性鼻炎患者中第9群先天淋巴样细胞(ILC9)的存在及其在变应原免疫治疗中的特征 首次报道了ILC9细胞亚群的存在,并阐明了其在过敏性鼻炎患者鼻黏膜和外周血中的高表达,以及对变应原免疫治疗的响应和调控机制 研究样本量有限,且仅关注了尘螨皮下免疫治疗(SCIT)一种免疫治疗方式,机制研究主要基于体外实验 探究过敏性鼻炎患者中ILC9细胞的存在、功能及其在变应原免疫治疗中的变化 过敏性鼻炎患者和接受皮下免疫治疗的患者 免疫学 过敏性鼻炎 流式细胞术、单细胞RNA测序、qRT-PCR、siRNA敲低、免疫荧光染色 NA 单细胞转录组数据、基因表达数据 未明确列出具体样本数量 Illumina, 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序系统
3182 2026-05-08
Ectopic expression of MUC5B in the respiratory bronchiole initiates endoplasmic reticulum stress in the IPF lung
2026-May-01, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1
研究论文 利用空间转录组学技术,探究MUC5B异位表达在特发性肺纤维化(IPF)发病机制中的作用,特别是其如何在内质网应激中发挥作用 首次通过空间转录组学揭示MUC5B在呼吸性细支气管中的异位表达与内质网应激及远端分泌标志物的共定位关系 仅使用有限样本(15例IPF和13例对照),且机制验证仅通过体外实验 阐明MUC5B驱动肺纤维化的发病机制 特发性肺纤维化(IPF)患者和健康对照的肺组织样本 数字病理学 特发性肺纤维化 空间转录组学 半监督聚类 空间转录组数据 15例IPF患者和13例对照(含MUC5B启动子变异阳性与阴性) NA 空间转录组学 CosMx CosMx平台(43个视野,覆盖15例IPF和13例对照)
3183 2026-05-08
Co-morbid biomarkers for sarcopenic obesity associated with gut microbiota metabolites: From burden to treatment
2026-May, PLoS computational biology IF:3.8Q1
研究论文 通过整合差异表达基因、基因共表达网络分析和肠道菌群代谢物靶点,结合机器学习方法识别肌肉减少性肥胖的共病生物标志物,并在高脂饮食诱导的小鼠模型中进行验证 首次通过整合多组学数据(差异表达基因、基因共表达网络分析和肠道菌群代谢物靶点)结合多种机器学习方法(LASSO、XGBoost、SVM-REF、随机森林)识别肌肉减少性肥胖的共病生物标志物,并在单细胞测序和小鼠模型中验证 未明确说明局限性 识别肌肉减少性肥胖(SO)的共病生物标志物,并探讨其与肠道菌群代谢物的关联及潜在治疗化合物 中国中老年人(CHARLS数据库)和饮食诱导肥胖小鼠 机器学习 老年疾病 机器学习, 单细胞测序, 分子对接 LASSO, XGBoost, SVM-REF, 随机森林 基因表达数据, 单细胞测序数据 中国中老年人(2011年样本量未明确,2018年样本量未明确); 四个独立GEO队列 NA 单细胞测序 NA NA
3184 2026-05-08
Interleukin-7 receptor activation in interstitial macrophages promotes lung fibrosis through secreted phosphoprotein 1
2026-May-01, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1
研究论文 该文章揭示了间质巨噬细胞通过分泌磷酸蛋白1(SPP1)在肺纤维化中的关键作用,并阐明了白细胞介素-7受体(IL7R)信号调控这一过程的机制 首次鉴定出间质巨噬细胞是肺纤维化中SPP1的主要来源,并发现IL7R信号通过调控SPP1和Gpnmb表达促进纤维化,为靶向IL-7/巨噬细胞/SPP1轴治疗肺纤维化提供新思路 主要基于小鼠模型和公共数据集,缺乏人体临床验证;未深入探讨IL7R信号下游具体分子通路 明确SPP1产生型巨噬细胞在肺纤维化中的功能角色及其调控机制 博来霉素诱导的肺纤维化小鼠模型、特发性肺纤维化患者单细胞RNA测序数据 数字病理学 肺纤维化 单细胞RNA测序、多组学分析、基因敲入报告小鼠、条件性基因敲除小鼠 NA 单细胞转录组数据 包括博来霉素处理小鼠(至少7天时间点)、Spp1-EGFP敲入报告小鼠、Il7r fl/fl Csf1r-iCre条件敲除小鼠,以及人类特发性肺纤维化公共数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
3185 2026-05-08
Single-cell spatiotemporal dissection of the human maternal-fetal interface
2026-May, Nature IF:50.5Q1
研究论文 通过整合单核转录组、染色质可及性、空间转录组和多重蛋白成像,构建了人类母胎界面从早期到足月的综合时空图谱 以前所未有的时空分辨率,系统解析了正常妊娠期间母胎界面的细胞状态、空间微环境和转录程序,并开发了预测细胞滋养层侵袭性的机器学习模型 未明确提及 揭示人类母胎界面的细胞、分子和空间程序,构建全面参考图谱 人类母胎界面(胎盘和蜕膜)的母体和胎儿细胞 机器学习, 数字病理学 先兆子痫, 早产, 流产 单核RNA-seq, 单核ATAC-seq, 空间转录组学, CODEX多重蛋白成像 机器学习模型 图像, 文本, 基因表达数据 正常妊娠样本(从早期到足月) 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 空间转录组学 10x Chromium 大规模配对单核转录组和染色质可及性分析,亚微米分辨率空间转录组学和CODEX多重蛋白成像
3186 2026-05-08
A transcriptional patient map of systemic lupus erythematosus reveals disease-related multicellular immune programs conserved between blood and kidney
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过分析1,167份样本(包括单细胞和批量血液转录组以及空间分辨肾脏组织转录组),构建系统性红斑狼疮(SLE)的转录患者图谱,揭示血液和肾脏中保守的多细胞免疫程序 利用无监督方法从独立单细胞RNA测序队列中推断患者水平转录组免疫程序,整合多分辨率数据(单细胞、批量血液和空间肾脏组织)以捕捉SLE异质性,并首次将血液免疫程序映射到肾脏组织病理区域 未明确说明局限性,可能包括样本量有限、验证队列不足或程序泛化性尚未完全验证 系统性红斑狼疮患者分层,揭示疾病相关的多细胞免疫程序 系统性红斑狼疮患者和健康对照组的外周血单核细胞(PBMCs),以及狼疮肾炎患者的肾脏活检组织 转录组学、单细胞基因组学、空间转录组学 系统性红斑狼疮、狼疮肾炎 RNA-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组学、蛋白质组学 NA 单细胞转录组、批量转录组、空间转录组 1,167份样本(783份SLE样本,384份健康对照样本) 10x Genomics, Illumina 单细胞RNA-seq、空间转录组学 10x 单细胞RNA测序平台、Illumina 测序平台 外周血单核细胞单细胞RNA测序、肾脏空间转录组分析(可能使用10x Visium)
3187 2026-05-08
Single-cell transcriptional landscape of muscle-derived stem/progenitor cells reveals hallmarks of aging and rejuvenation
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 利用单细胞转录组学和蛋白质组学全面描绘了小鼠肌肉衍生干/祖细胞在不同年龄阶段的转录景观,揭示了其衰老与年轻化的特征 首次通过单细胞转录组和蛋白质组学揭示了肌肉衍生干/祖细胞的完整分子特征,发现其沿转录连续谱分化,具有类似胚胎祖细胞的非经典多能性状态,区别于卫星细胞和成肌细胞 未提及具体局限性 阐明肌肉衍生干/祖细胞的分子身份和发育状态,以及衰老对其影响 不同年龄阶段小鼠的肌肉衍生干/祖细胞 单细胞转录组学 衰老相关疾病 单细胞转录组测序、蛋白质组学 NA 单细胞转录组数据、蛋白质组数据 不同年龄组小鼠的肌肉衍生干/祖细胞 NA 单细胞RNA测序、单细胞蛋白质组学 NA NA
3188 2026-05-08
Differential peripheral immune dynamics underlie therapeutic response to chemotherapy and chemo-immunotherapy in triple-negative breast cancer
2026-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过整合系统免疫状态建模和通路级机制推断,分析三阴性乳腺癌患者外周血单核细胞单细胞RNA测序数据,揭示化疗和化学免疫疗法治疗反应背后的外周免疫动力学差异 结合系统级免疫状态建模与通路级机制推断,纵向分析两种治疗方案下的免疫协调程序,并投影到独立I-SPY2数据集验证泛化性 NA 阐明三阴性乳腺癌患者对化疗和化学免疫疗法反应与耐药的外周免疫动力学机制 晚期三阴性乳腺癌患者外周血单核细胞 机器学习 乳腺癌 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 多时间点样本(具体数量未在摘要中提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞3'测序平台
3189 2026-05-08
Tailoring the Extent of Lymphadenectomy for Esophageal Squamous Cell Carcinoma: Insights From a Comparative Study of Neoadjuvant Chemo-Immunotherapy and Surgery Cohort
2026-May, Thoracic cancer IF:2.3Q2
研究论文 比较食管鳞癌患者接受新辅助化学免疫治疗与单纯手术队列中淋巴结清扫范围的最佳数量,发现淋巴结清扫数量与预后的关系取决于治疗方案 首次揭示在新辅助化学免疫治疗背景下,淋巴结清扫数量与预后呈非线性“金发姑娘”原则关系,而非单纯手术中的持续生存获益,并通过单细胞测序阐明肿瘤反应性细胞毒性T细胞在转移阴性淋巴结中的富集机制 未明确提及 探讨食管鳞癌患者在新辅助化学免疫治疗与单纯手术队列中,淋巴结清扫数量对预后的影响及其免疫机制 621例接受R0切除的食管鳞癌患者(单纯手术组451例,新辅助化学免疫治疗组170例) 机器学学习 食管癌 单细胞RNA测序、T细胞受体测序 Cox回归模型 临床数据、单细胞测序数据、TCR测序数据 621例患者(单纯手术组451例,新辅助化学免疫治疗组170例),以及配对肿瘤和淋巴结样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
3190 2026-05-08
ICON: An isoform-aware hierarchical random forest model for cell type classification
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出一个异构体感知的分层随机森林模型,用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 联合建模基因和异构体水平表达,捕捉丰度和使用模式,实现超越基因水平分辨率的分类;提供可解释的输出,识别关键基因和异构体驱动细胞类型区分 未明确说明,但基于长读长单细胞RNA测序数据集进行基准测试,可能受限于长读长技术的当前采用范围 开发异构体感知的细胞类型注释方法,提高单细胞RNA测序数据中细胞亚型和动态状态的分辨率 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 机器学习 NA 长读长RNA测序 分层随机森林 基因和异构体表达数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
3191 2026-05-08
SpatialQuery: scalable discovery and molecular characterization of multicellular motifs from spatial omics data
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出 SpatialQuery 框架,用于从空间组学数据中规模化发现多细胞基序并对其进行分子表征 能够同时识别空间中的多细胞共定位模式(细胞基序)并对其进行分子分析,超越了传统的成对分析,可发现受空间背景调控的基因及其协调表达变化 NA 开发一个计算框架,以发现空间组学数据中的多细胞基序并分析其分子特征 空间转录组学和蛋白质组学数据(包括肠道管状结构、肾脏、结肠和鼠脑图谱) 数字病理学 肾脏疾病、结肠疾病 空间转录组学、空间蛋白质组学 NA 空间组学数据(基因表达和蛋白质数据) 多个空间数据集(肠道管状结构、肾脏、结肠、鼠脑图谱等) NA 空间转录组学 NA NA
3192 2026-05-08
A digital twin of pancreatic islet differentiation predicts cell fate
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 构建胰腺胰岛分化的数字孪生模型以预测细胞命运 首次整合时间序列多组学数据构建预测性数字孪生模型,能够解析谱系轨迹并推断细胞命运决定的因果调控因子 未提及具体局限性 建立预测性框架以解析细胞命运特化和谱系轨迹的调控决定因素 人诱导多能干细胞分化为胰腺胰岛类器官的过程 机器学习 糖尿病 单细胞测序 数字孪生模型 时间序列多组学数据 NA NA 单细胞多组学 NA NA
3193 2026-05-08
Unlocking Multi-Sample Differential Expression for Spatial Transcriptomics Data with TESSERA
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 提出了一种基于空间广义线性模型的方法TESSERA,用于分析多样本空间转录组数据,解决了传统方法在处理不同样本间坐标系统、细胞类型和组织结构差异时的不足 首次将空间统计方法扩展到多样本空间转录组数据分析,提供了高效可扩展的模型拟合与统计推断框架,支持跨样本差异表达分析 未提及 开发一种能够处理多样本空间转录组数据差异表达分析的新方法 模拟数据和人肾组织样本的空间转录组数据 数字病理学 肾脏疾病 空间转录组学 空间广义线性模型 基因表达计数数据 人肾组织样本(具体数量未提及) NA 空间转录组学 NA NA
3194 2026-05-08
Multiomic Profiling of 85 iPSC Lines from Familial Dementia Reveals Cellular Diversity and Regulators of Organoid Development
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 对85株家族性痴呆患者的iPSC系进行多组学分析,揭示细胞多样性与类器官发育调控因子 首次对多种MAPT突变iPSC系开展系统性的全基因组测序、单细胞RNA测序和DNA甲基化分析,发现新的亚群标记物与基因组编辑意外事件 未深入探讨不同突变类型对iPSC异质性的具体机制影响 系统表征家族性痴呆相关iPSC系的分子和遗传特征,提升其在疾病模型与治疗开发中的应用价值 85株携带MAPT突变的iPSC系及其同源对照组 数字病理学 老年性疾病 全基因组测序, 单细胞RNA测序, DNA甲基化分析 NA 基因组序列, 转录组数据, 甲基化数据 85株iPSC系 Illumina 单细胞RNA测序, 全基因组测序 Illumina NovaSeq NA
3195 2026-05-08
Spatially Distinct Macrophage Subsets Drive Myofibroblast Heterogeneity and Maladaptive Fibrosis in Lupus Nephritis
2026-Apr-30, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了狼疮性肾炎中巨噬细胞亚群驱动肌成纤维细胞异质性和适应不良性纤维化的空间特异性机制 首次在人类狼疮性肾炎中描绘了巨噬细胞与成纤维细胞相互作用的空间和功能异质性图谱,识别出两种具有不同空间定位和功能的肌成纤维细胞亚群(间质性促炎亚型Myofib1和肾小球纤维化重塑亚型Myofib2)及其与不同巨噬细胞亚群的互作模式 主要基于横断面活检样本,缺乏纵向追踪数据;小鼠体外共培养模型可能无法完全模拟人体内复杂的微环境;样本量相对有限 研究狼疮性肾炎中巨噬细胞与成纤维细胞相互作用的细胞图谱,为开发抗纤维化治疗策略提供靶点 人类狼疮性肾炎肾活检样本(156例患者和30例健康对照)以及小鼠模型 数字病理学 狼疮性肾炎 单细胞RNA测序、空间转录组学、体外共培养 NA 基因表达数据、空间转录数据 156例人类狼疮性肾炎活检样本、30例健康对照、6例狼疮性肾炎患者的空间转录组样本 10x Genomics 单细胞RNA测序、空间转录组学 10x Chromium, 10x Visium 10x Chromium用于单细胞RNA测序,10x Visium用于空间转录组学分析
3196 2026-05-08
Multi-omics analysis of type II diabetic wound healing reveals CD44-mediated immune cell crosstalk dysfunction in mice and humans
2026-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过多组学分析揭示CD44介导的II型糖尿病伤口愈合中免疫细胞相互作用异常 首次对db/db小鼠伤口愈合模型进行时间序列单细胞多组学分析,并系统比较与人类糖尿病足溃疡的异同,发现CD44作为免疫细胞互作关键枢纽 未提及 阐明II型糖尿病伤口愈合过程中免疫细胞动态变化及分子机制,寻找潜在治疗靶点 糖尿病db/db小鼠与非糖尿病小鼠的皮肤细胞,以及人类糖尿病足溃疡组织 计算机视觉 糖尿病相关慢性伤口 单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、多组学分析 NA 单细胞转录组和表面蛋白表达数据 db/db小鼠和非糖尿病小鼠三个时间点(炎症期、延迟增殖期、恢复期)的皮肤样本;人类慢性伤口研究整合数据集 NA 单细胞RNA测序 NA NA
3197 2026-05-08
High cRel-expressing germinal center B cells favor precursor plasma cell generation
2026-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 利用cRel荧光报告小鼠和单细胞RNA测序,揭示高表达cRel的生发中心B细胞偏向生成前体浆细胞 首次在自然表达变异水平上阐明cRel对生发中心B细胞输出中前体浆细胞生成的调控作用,而非前体记忆B细胞 未提供具体局限性信息,但可能包括未直接验证cRel过表达或缺失的功能性影响 研究转录因子cRel在生发中心B细胞选择中的生理功能 cRel荧光报告小鼠的生发中心B细胞(包括明区和暗区细胞) 分子生物学 NA 单细胞RNA测序、流式细胞术 NA 基因表达数据 小鼠生发中心B细胞样本(约6-9%明区细胞表达高cRel) NA 单细胞RNA测序 NA NA
3198 2026-05-08
MatriSpace: Identification and visualization of spatially resolved ECM gene expression patterns in health and disease
2026-Apr-29, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍了一个名为MatriSpace的计算框架,用于识别和可视化健康与疾病中空间分辨的细胞外基质基因表达模式 开发了一个专门针对ECM基因的空间转录组数据挖掘框架,提供两种操作模式(用户上传数据集或探索公共数据集),并能从单基因到组织微环境和功能ECM单元等多个层面生成空间分辨的基因表达图谱 论文未明确说明限制,但可能包括对数据质量或计算资源的依赖 利用空间转录组学识别不同细胞群体对ECM生产的空间贡献,并用于治疗目的 健康与疾病样本中的细胞外基质基因表达模式 计算生物学 NA 空间转录组学 NA 空间转录组数据 NA NA 空间转录组学 NA NA
3199 2026-05-08
Integrative multi-omics analysis identifies key ubiquitination regulators in prostate cancer
2026-Apr-28, Translational oncology IF:4.5Q1
研究论文 通过整合单细胞RNA测序和GWAS数据,识别并验证了前列腺癌中关键泛素化调控基因POLI和TRIM8的因果作用和生物学功能 首次通过整合scRNA-seq和GWAS数据的多组学分析方法,系统性地鉴定前列腺癌中与泛素化过程相关的关键因果基因,并通过体内外实验验证TRIM8的抑癌功能 泛素化相关基因的筛选局限于已有的基因集合,且主要依赖生物信息学分析,部分结果需要更大样本量的临床队列验证 识别前列腺癌中泛素化关键调控基因并验证其多层次的生物学作用 前列腺癌患者的组织样本和细胞系 机器学习 前列腺癌 单细胞RNA测序、全基因组关联分析、孟德尔随机化、免疫组化、Western blot、qPCR、分子对接 NA 基因表达数据、GWAS数据 30例前列腺癌组织样本(按Gleason分级),细胞系包括22Rv1、LNCaP、PC-3和RWPE-1 NA 单细胞RNA测序 NA NA
3200 2026-05-08
Fibroblast signaling influences macrophage-dependent, biomaterial-induced tissue remodeling
2026-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 揭示纳米纤维-水凝胶复合材料诱导软组织重塑的机制,证明该过程由成纤维细胞与巨噬细胞之间的信号交流驱动,且炎症信号持续升高 挑战了传统认为炎症抑制重塑的观点,发现促炎和抗炎信号在长期过程中均持续升高;通过单细胞RNA测序鉴定出重塑微环境中的独特 ⁺ 巨噬细胞和 ⁺ 成纤维细胞,并揭示成纤维细胞向巨噬细胞的信号传导模式 未明确提及局限性 探究生物材料诱导组织重塑的免疫机制,特别是成纤维细胞与巨噬细胞间的关键相互作用 小鼠模型(巨噬细胞耗竭实验)及纳米纤维-水凝胶复合材料 机器学习 NA 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 小鼠(具体样本量未提及) 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序平台
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