单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3181	2025-03-29	Ginsenoside Rb1 and Berberine Synergistically Protect Against Type 2 Diabetes Mellitus via GDF15/HAMP Pathway Throughout the Liver Lobules: Insights from Spatial Transcriptomics Analysis 2025-Mar-25, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107711 PMID:40147680	研究论文	本研究探讨了人参皂苷Rb1和小檗碱通过GDF15/HAMP通路在肝小叶中对2型糖尿病的协同保护作用	首次利用空间转录组学揭示了Rb1和BBR组合治疗在肝小叶各区域对代谢的全面调控作用，并提出了GDF15/HAMP通路作为关键机制	研究仅基于db/db小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探究人参皂苷Rb1和小檗碱组合治疗对2型糖尿病的保护作用及其分子机制	db/db小鼠模型	代谢组学	2型糖尿病	空间转录组学分析	db/db小鼠模型	转录组数据	NA
3182	2025-03-29	Coordinated regulation of cortical astrocyte maturation by OLIG1 and OLIG2 through BMP7 signaling modulation 2025-Mar-24, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.03.008 PMID:40139307	研究论文	本研究揭示了bHLH转录因子Olig1和Olig2通过调节Bmp7表达协同调控皮质星形胶质细胞成熟的关键机制	首次发现Olig1和Olig2通过直接结合Bmp7增强子抑制其表达来促进星形胶质细胞成熟	研究主要聚焦于皮质星形胶质细胞，其他脑区星形胶质细胞的成熟机制仍需进一步探索	阐明调控皮质星形胶质细胞成熟的分子机制	皮质星形胶质细胞	神经科学	神经系统疾病	单细胞RNA测序、基因敲除	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量（使用基因修饰小鼠模型）
3183	2025-03-29	Hepatic Growth Factor as a Potential Biomarker for Lung Adenocarcinoma: A Multimodal Study 2025-Mar-19, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47030208 PMID:40136462	研究论文	本研究通过整合多种分析方法，探索炎症细胞因子与肺腺癌之间的因果关系，并发现肝细胞生长因子（HGF）作为潜在生物标志物的重要临床意义	首次采用孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）和转录组测序（RNA-seq）数据的综合方法，揭示了HGF等炎症细胞因子与肺腺癌的因果关系及其在肿瘤微环境中的作用	研究未涉及具体干预措施或治疗效果的验证，且样本来源和数量未明确说明	探索炎症细胞因子与肺腺癌（LUAD）之间的因果关系及其分子机制	炎症细胞因子和肺腺癌患者	生物医学研究	肺腺癌	孟德尔随机化（MR）分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
3184	2025-03-29	Multi-Omics Profiling Reveals Glycerolipid Metabolism-Associated Molecular Subtypes and Identifies ALDH2 as a Prognostic Biomarker in Pancreatic Cancer 2025-Mar-18, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo15030207 PMID:40137171	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了胰腺癌中甘油脂代谢相关的分子亚型，并鉴定ALDH2作为预后生物标志物	首次在胰腺癌中系统研究甘油脂代谢的分子特征，并发现新的预后生物标志物ALDH2	研究结果需要更多独立队列验证，ALDH2的功能机制有待进一步研究	探索甘油脂代谢在胰腺癌中的分子特征及其临床意义	胰腺癌患者样本	癌症研究	胰腺癌	多组学分析（包括单细胞RNA测序、空间转录组学、脂质组学）、随机森林算法	随机森林(RF)	多组学数据（基因组、转录组、脂质组）	930例胰腺癌样本
3185	2025-03-29	K-Volume Clustering Algorithms for scRNA-Seq Data Analysis 2025-Mar-11, Biology DOI:10.3390/biology14030283 PMID:40136539	研究论文	本文提出了一种名为K-Volume的新型聚类算法，用于分析单细胞RNA测序数据	该算法使用由簇内点定义的总凸体积作为生物学相关且几何可解释的标准，同时通过非线性优化优化层次结构和每层的簇数	NA	解决计算生物学中高维和结构化数据聚类的关键挑战	单细胞和多组学数据集	计算生物学	NA	scRNA-Seq	K-Volume聚类算法	单细胞RNA测序数据	NA
3186	2025-03-29	Burn-Related Glycocalyx Derangement and the Emerging Role of MMP8 in Syndecan Shedding 2025-Mar-06, Biology DOI:10.3390/biology14030269 PMID:40136525	research paper	该研究探讨了烧伤后糖萼紊乱及MMP8在糖萼脱落中的新作用	首次提出MMP8在烧伤后糖萼脱落和肺损伤中的关键作用	样本量较小（28例患者），且为观察性研究	揭示烧伤后糖萼紊乱的分子机制及潜在治疗靶点	烧伤患者血清及体外肺组织模型	分子病理学	烧伤	scRNA-seq, 微阵列转录组分析	体外肺组织模型	转录组数据, 血清蛋白数据	28例烧伤患者
3187	2025-03-29	AJGM: joint learning of heterogeneous gene networks with adaptive graphical model 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf096 PMID:40073230	研究论文	提出了一种自适应联合图形模型（AJGM），用于从具有未知异质性的单细胞或批量数据中估计多个基因网络	引入整体网络捕捉所有样本共享的关系，通过自适应权重连接子类型网络和整体网络，更有效地关注跨网络共享的基因关系，提高网络估计的准确性	未明确说明模型在处理非高斯分布数据时的具体表现，以及在实际应用中的计算复杂度	推断基因网络以揭示生物途径和基因间的功能关系	单细胞或批量基因表达数据	生物信息学	三阴性乳腺癌	自适应联合图形模型（AJGM）	GGM, AJGM	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
3188	2025-03-29	mastR: an R package for automated identification of tissue-specific gene signatures in multi-group differential expression analysis 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf114 PMID:40098239	research paper	介绍了一个名为mastR的R包，用于在多组差异表达分析中自动识别组织特异性基因标记	mastR是一种针对标记的批量RNA-seq数据设计的自动化标记识别方法，明确考虑了背景表达	虽然mastR在标记选择性能上与Seurat相当或更好，但未明确提及其在处理复杂数据集时的局限性	开发一种自动化方法，用于从标记的批量RNA-seq数据中识别组织特异性基因标记	标记的批量RNA-seq数据和模拟的scRNA-seq数据	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	edgeR, limma	RNA-seq数据	NA
3189	2025-03-29	Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans 2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.70060 PMID:40110679	研究论文	研究代谢应激和年龄如何驱动小鼠和人类的炎症及认知衰退	揭示了代谢应激通过炎症机制（特别是小胶质细胞介导的）促进认知障碍的新机制，并发现分泌型磷蛋白1（SPP1）在代谢驱动的认知障碍中的潜在作用	机制尚未完全明确，且研究主要基于小鼠模型和有限的人类死后组织样本	探讨代谢应激与认知障碍之间的关联及其潜在的炎症机制	小鼠和人类（阿尔茨海默病和2型糖尿病患者）	神经科学	阿尔茨海默病, 2型糖尿病	高脂饮食模型、空间转录组学、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、认知评估数据	小鼠模型及人类死后组织样本（具体数量未提及）
3190	2025-03-29	Identification and Validation of Key Biomarkers in the Proximal Aqueous Humor Outflow Pathway 2025-Feb-25, Current issues in molecular biology IF:2.8Q3 DOI:10.3390/cimb47030147 PMID:40136401	研究论文	本研究旨在识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，以深入了解青光眼的病理生理学	通过微阵列和单细胞RNA测序技术，首次鉴定出CTTNBP2和MGARP作为小梁网细胞的标志物，以及JAM2、PODXL和IFI27作为Schlemm管内皮细胞的新生物标志物	研究仅基于体外细胞实验，未进行体内验证，且样本来源和数量未明确说明	识别和验证小梁网和Schlemm管内皮细胞的关键生物标志物，为青光眼的靶向治疗奠定基础	人类小梁网细胞和Schlemm管内皮细胞	生物医学研究	青光眼	微阵列、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、qPCR	NA	基因表达数据	NA
3191	2025-03-29	Multiomic analysis uncovers a continuous spectrum of differentiation and Wnt-MDK-driven immune evasion in hepatoblastoma 2025-Feb-01, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2025.01.031 PMID:39900120	研究论文	通过多组学分析揭示肝母细胞瘤中连续的分化谱和Wnt-MDK驱动的免疫逃逸机制	首次在肝母细胞瘤中发现了肿瘤细胞的分化连续谱，并揭示了Wnt信号通过上调midkine表达来改变巨噬细胞表型，从而驱动免疫逃逸的新机制	需要进一步的机制和实际验证以实现临床转化	全面分析肝母细胞瘤的肿瘤微环境，揭示其空间结构和关键信号机制	肝母细胞瘤肿瘤微环境	肿瘤微环境	肝母细胞瘤	单细胞/核RNA测序、空间转录组学、多重免疫荧光染色、Western blotting	NA	RNA-seq数据、免疫荧光图像	15例单细胞/核RNA测序样本、22例空间转录组样本、7例多重免疫荧光染色样本、110例RNA-seq验证队列（包括肝母细胞瘤、非肿瘤和胎儿肝脏样本）
3192	2025-03-29	Cell signaling communication within papillary craniopharyngioma revealed by an integrated analysis of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing 2025-Jan-27, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06149-3 PMID:39871369	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，揭示了乳头状颅咽管瘤中细胞信号传导的主要通信机制	首次在乳头状颅咽管瘤中发现了成纤维细胞的存在，并揭示了上皮细胞与成纤维细胞之间通过Wnt信号通路和PI3K-Akt信号通路进行通信的关键作用	样本量较小（5个单细胞RNA测序样本和11个批量RNA测序肿瘤样本），可能影响结果的普遍性	阐明乳头状颅咽管瘤肿瘤细胞间的主要信号传导通信机制	乳头状颅咽管瘤肿瘤组织中的上皮细胞、成纤维细胞和中性粒细胞	生物信息学	颅咽管瘤	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	CellChat包（R软件）	RNA测序数据	5个单细胞RNA测序样本，11个肿瘤样本和5个正常对照的批量RNA测序数据
3193	2025-03-29	Multiomic characterization, immunological and prognostic potential of SMAD3 in pan-cancer and validation in LIHC 2025-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84553-3 PMID:39753728	研究论文	本研究通过生物信息学方法和体外实验，全面分析了SMAD3基因在泛癌中的表达、预后及免疫预测价值，并验证其在肝细胞癌中的功能	首次系统评估SMAD3在泛癌中的诊断、预后和免疫预测价值，并发现其与RNAm6A甲基化相关基因的关联	研究主要依赖生物信息学分析，体外实验仅针对肝细胞癌进行验证	评估SMAD3作为癌症预后生物标志物和治疗靶点的潜力	泛癌数据集及肝细胞癌样本	生物信息学	泛癌（包括肝细胞癌）	生物信息学分析、体外实验	NA	基因组数据、表达数据、甲基化数据	来自TCGA、GTEx等多个数据库的泛癌数据集
3194	2025-03-29	Common biomarkers of idiopathic pulmonary fibrosis and systemic sclerosis based on WGCNA and machine learning 2025-01-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-84820-3 PMID:39753882	研究论文	本研究通过WGCNA和机器学习方法，识别了特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症（SSc）的共同生物标志物CCL2，并探讨了其相关基因的富集通路和表达差异	首次使用WGCNA和机器学习方法识别IPF和SSc的共同生物标志物CCL2，并通过单细胞RNA测序揭示了CCL2在不同细胞类型中的表达差异	研究依赖于公共数据库的数据，未进行实验验证	探索IPF和SSc的共同生物标志物及其相关机制	特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症（SSc）患者	生物信息学	肺纤维化, 系统性硬化症	WGCNA, 蛋白质-蛋白质相互作用分析, Kaplan-Meier曲线, 单变量Cox分析, 机器学习, 单细胞RNA测序（sc-RNAseq）	机器学习	基因表达数据	来自Gene Expression Omnibus数据库的数据集
3195	2025-03-29	Further evidence of biallelic NAV3 variants associated with recessive neurodevelopmental disorder with dysmorphism, developmental delay, intellectual disability, and behavioral abnormalities 2025-Jan, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02718-6 PMID:39708122	研究论文	本研究进一步证实了NAV3基因的双等位基因变异与隐性神经发育障碍相关	扩展了NAV3基因致病性变异的范围，并验证了其与神经发育障碍的关联	样本量较小，仅涉及三个家族的五个患者	研究NAV3基因在人类疾病中的作用，特别是神经发育障碍	来自三个近亲家族的五个神经发育障碍患者	遗传学	神经发育障碍	外显子测序(ES)和单细胞测序	NA	基因测序数据	五个患者
3196	2025-03-29	Integrative multi-omics analysis and machine learning refine global histone modification features in prostate cancer 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1557843 PMID:40144021	研究论文	通过整合多组学分析和机器学习，研究前列腺癌中组蛋白修饰的全局特征及其对肿瘤异质性的影响	开发了综合机器学习组蛋白修饰评分（CMLHMS），用于根据组蛋白修饰模式将前列腺癌分为两种亚型，并揭示了与治疗反应相关的潜在治疗靶点	研究可能受限于样本量或数据集的多样性，且未在独立队列中验证CMLHMS模型的普适性	探索组蛋白修饰在前列腺癌异质性中的作用，并开发新的分类模型以指导精准治疗	前列腺癌（PCa）患者及其组蛋白修饰模式	机器学习	前列腺癌	多组学分析、单细胞RNA测序、药物敏感性分析	CMLHMS（综合机器学习组蛋白修饰评分）	多组学数据、单细胞RNA测序数据	NA
3197	2025-03-29	The role of TRAF2 in pan-cancer revealed by integrating informatics and experimental validation 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1563435 PMID:40144665	研究论文	通过整合信息学和实验验证揭示了TRAF2在泛癌中的作用	揭示了TRAF2在多种癌症中的突变和过表达情况，及其与肿瘤微环境中免疫检查点基因和免疫细胞浸润的关联	研究主要基于数据库分析和体外实验，体内实验仅针对肝细胞癌，未涵盖所有癌症类型	探讨TRAF2在癌症预后和免疫治疗中的潜在作用	TRAF2基因及其在多种癌症中的表达和功能	生物信息学与肿瘤免疫学	肝癌及其他多种癌症	数据库分析（HPA、TIMER 2.0、TCGA、cBioPortal、GSCA、LinkedOmics）、单细胞测序、免疫荧光染色、siRNA敲除	Cox回归分析、Kaplan-Meier生存分析	基因表达数据、突变数据、表观遗传数据、单细胞测序数据	多种癌症的肿瘤组织和正常组织样本（具体数量未明确提及）
3198	2025-03-29	Programmed cell death-related prognostic genes mediate dysregulation of the immune microenvironment in triple-negative breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1563630 PMID:40145099	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌中的程序性细胞死亡相关基因，揭示其对肿瘤微环境的调控机制	首次全面解析PCD介导的TNBC微环境失调分子框架，并鉴定CEBPB+ CAF亚型作为免疫治疗抵抗的关键预测因子	样本量较小（仅9例TNBC样本），需要在更大队列中验证发现	阐明程序性细胞死亡在三阴性乳腺癌肿瘤微环境失调中的作用机制	三阴性乳腺癌患者样本和同源小鼠模型	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	scRNA-seq, SCENIC, Monocle, CellChat, scMetabolism, qRT-PCR, 免疫印迹, 免疫组化, 多重免疫荧光	NMF, Cox回归模型	单细胞转录组数据, 临床样本数据	9例TNBC样本（人类）及同源小鼠模型
3199	2025-03-29	Postischemic inactivation of HIF prolyl hydroxylases in endothelium promotes maladaptive kidney repair by inducing glycolysis 2024-Dec-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI176207 PMID:39621585	研究论文	本文研究了内皮细胞中氧感应脯氨酰羟化酶（PHD）在缺血性急性肾损伤（AKI）后肾脏修复中的作用	发现内皮PHD1、PHD2和PHD3的同时失活会通过诱导糖酵解促进肾脏不良修复，并揭示了MCT4抑制剂syrosingopine的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型，人类肾脏样本的验证有限	探索缺血性AKI向CKD转变的内皮细胞机制	小鼠和人类肾脏内皮细胞	肾脏病学	急性肾损伤和慢性肾病	scRNA-Seq	PHDTiEC小鼠模型	基因表达数据	小鼠和人类肾脏样本
3200	2025-03-29	Addressing the mean-variance relationship in spatially resolved transcriptomics data with spoon 2024-Nov-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.04.621867 PMID:39574747	研究论文	本文提出了一种名为spoon的统计框架，用于解决空间转录组数据中的均值-方差关系问题，以更准确地识别空间可变基因	使用Empirical Bayes技术消除技术偏差，改进空间可变基因的优先排序	NA	解决空间转录组数据分析中的均值-方差关系问题	空间转录组数据中的空间可变基因(SVGs)	生物信息学	NA	RNA测序	Empirical Bayes	空间转录组数据	模拟和真实空间转录组数据