单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3181	2025-03-09	AI applications in HIV research: advances and future directions 2025, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2025.1541942 PMID:40051479	综述	本文探讨了人工智能（AI）在HIV研究中的应用进展及未来方向	整合AI与单细胞测序等技术，实现精确生物标志物识别和改进治疗靶向	数据限制和模型可解释性等挑战	探索AI技术在HIV研究中的应用进展	人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）和获得性免疫缺陷综合征（AIDS）	医学研究	HIV/AIDS	单细胞测序	NA	NA	NA
3182	2025-03-09	Single-cell genomics and spatial transcriptomics in islet transplantation for diabetes treatment: advancing towards personalized therapies 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1554876 PMID:40051625	review	本文综述了单细胞和空间转录组学在胰岛移植治疗糖尿病中的应用，强调了这些技术在糖尿病管理中的革命性潜力	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，全面解析胰岛移植中的细胞多样性和功能，以及移植胰岛与宿主组织的相互作用	需要解决伦理和技术挑战，以成功将这些集成方法应用于研究和临床实践	通过单细胞和空间转录组学技术，提升胰岛移植的效果，改善糖尿病患者的治疗结果	胰岛移植中的细胞多样性和功能，以及移植胰岛与宿主组织的相互作用	digital pathology	diabetes	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	gene expression data	NA
3183	2025-03-09	Development of a prognostic model for hepatocellular carcinoma based on microvascular invasion characteristic genes by spatial transcriptomics sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529569 PMID:40051627	研究论文	本研究通过空间转录组测序，基于微血管侵犯（MVI）特征基因开发了一种新的肝细胞癌（HCC）预后预测模型	首次基于MVI特征基因构建HCC预后预测模型，并通过外部验证队列验证其预测性能优于现有模型	研究样本量较小，仅包含4个不同分级的MVI样本	开发一种基于MVI特征基因的HCC预后预测模型，用于区分高风险和低风险患者并评估患者预后	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间转录组测序，单核RNA测序	Cox回归分析，LASSO回归分析，随机生存森林	基因表达数据	4个不同分级的MVI样本
3184	2025-03-09	Comprehensive multi-omics integration uncovers mitochondrial gene signatures for prognosis and personalized therapy in lung adenocarcinoma 2024-Oct-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-024-05754-y PMID:39434164	研究论文	本研究通过整合多组学数据，揭示了线粒体相关基因在肺腺癌（LUAD）中的预后意义，并开发了个性化治疗策略	首次通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，结合机器学习算法，开发了基于线粒体相关基因的人工智能预后签名（AIDPS）模型，并验证了其在多个独立数据集中的预后准确性	研究依赖于公开数据库中的数据，可能存在数据偏差或样本量不足的问题	阐明线粒体相关基因在肺腺癌中的预后意义，并开发个性化治疗策略	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习算法、AIDPS模型	转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据	来自公开数据库的肺腺癌患者数据
3185	2025-03-09	The effects of age and dysfunction on meibomian gland population dynamics 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.08.005 PMID:39122180	研究论文	本研究利用单细胞和空间转录组学技术，探究了与年龄相关的腺体萎缩和Awat2基因敲除小鼠中腺体功能异常的细胞组成、分化和基因表达变化	首次使用单细胞和空间转录组学技术揭示了腺体功能异常的分子机制，包括脂质生成基因的分层表达和免疫细胞浸润的增加	研究仅基于小鼠模型，未涉及人类样本，可能限制了结果的普适性	探究年龄和功能障碍对睑板腺细胞组成、分化和基因表达的影响	野生型小鼠和Awat2基因敲除小鼠的睑板腺	生物医学	干眼病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	年轻（6个月）和老年（22个月）野生型C57Bl/6小鼠，年轻（3个月）和老年（13个月）Awat2 KO小鼠
3186	2025-03-09	Analyzing embryo dormancy at single-cell resolution reveals dynamic transcriptional responses and activation of integrin-Yap/Taz prosurvival signaling 2024-Sep-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.06.015 PMID:39047740	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠胚胎在休眠状态下的转录动态和细胞存活机制	首次在单细胞分辨率下分子定义胚胎休眠，揭示了休眠胚胎的转录动态和细胞存活信号通路	研究仅限于小鼠胚胎，未涉及其他哺乳动物物种	研究胚胎休眠的分子机制和细胞存活信号通路	小鼠胚胎	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	未明确提及样本数量
3187	2025-03-09	Serine protease inhibitor, SerpinA3n, regulates cardiac remodelling after myocardial infarction 2024-Jul-02, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae075 PMID:38666458	研究论文	本研究探讨了丝氨酸蛋白酶抑制剂SerpinA3n在心肌梗死后心脏重塑中的作用	首次揭示了SerpinA3n在调节基质功能和心肌梗死后心脏重塑中的因果作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	理解Serpins在心肌梗死后瘢痕形成中的调节作用	心肌梗死后的小鼠心脏	心血管疾病	心肌梗死	单细胞转录组学、组织学、蛋白质组学分析	SerpinA3n条件性敲除小鼠模型	基因表达数据、组织学数据、蛋白质组数据	SerpinA3n条件性敲除小鼠
3188	2025-03-09	Insights into midgut cell types and their crucial role in antiviral immunity in the lepidopteran model Bombyx mori 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1349428 PMID:38420120	综述	本文综述了鳞翅目模型家蚕中肠细胞类型及其在抗病毒免疫中的关键作用	揭示了昆虫中肠细胞类型与免疫防御机制之间的复杂相互作用，并利用单细胞转录组学技术发现了中肠细胞中以前未被识别的亚群	NA	探讨昆虫中肠细胞类型在消化和免疫中的复杂作用	家蚕的中肠细胞	昆虫免疫学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
3189	2024-08-07	[Research progress of single-cell RNA sequencing in airway type 2 inflammatory diseases] 2023-12-07, Zhonghua er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Chinese journal of otorhinolaryngology head and neck surgery DOI:10.3760/cma.j.cn115330-20230413-00169 PMID:38186104	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
3190	2025-03-08	Timing neural development and regeneration 2025-Apr, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102976 PMID:40010202	综述	本文综述了哺乳动物神经祖细胞时间身份调控机制的最新进展，及其在胶质细胞向神经元重编程策略中的潜在应用	整合时间身份规范与促神经因子过表达以提高重编程效率并扩大从重编程哺乳动物胶质细胞生成的神经元亚型范围	NA	探讨神经祖细胞时间身份调控机制及其在神经再生治疗中的潜在应用	哺乳动物神经祖细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3191	2025-03-08	Heterogeneities of Site-Specific N-Glycosylation in the Hippocampus of Depression-like Behavior Models in Mice Induced by Acute Stress and Chronic Stress 2025-Mar-07, Journal of proteome research IF:3.8Q1 DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00655 PMID:39992808	研究论文	本文通过整合N-糖蛋白组学和蛋白质组学分析，研究了急性应激和慢性应激诱导的抑郁样行为模型小鼠海马中糖蛋白和位点特异性糖基化的异质性	首次在抑郁样行为模型中系统分析了急性应激和慢性应激对海马糖基化的影响，并鉴定了与糖基化相关的基因	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本，且未深入探讨糖基化变化与抑郁行为之间的因果关系	探讨急性应激和慢性应激对抑郁样行为模型小鼠海马糖基化的影响	小鼠海马组织	糖生物学	抑郁症	N-糖蛋白组学、蛋白质组学、ScRNA-seq	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	控制组、急性应激组和慢性应激组小鼠海马组织
3192	2025-03-08	Unraveling asthma through single-cell RNA sequencing in understanding disease mechanisms 2025-Mar-07, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma DOI:10.1080/02770903.2025.2472358 PMID:40014380	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基本原理及其在哮喘研究中的应用，旨在增强对哮喘病理生理学的理解并指导未来研究方向	利用scRNA-seq技术揭示了哮喘中免疫细胞亚型的多样性及其在疾病进展中的具体作用，为开发靶向治疗策略提供了理论基础	数据整合方法需要进一步优化，当前发现的临床适用性有限，未来研究应克服这些限制，改进细胞类型注释，并扩展至纵向和临床数据	阐明scRNA-seq的基本原理并总结其在哮喘研究中的应用，以增强对哮喘病理生理学的理解	哮喘的细胞类型异质性及其功能状态，特别是免疫细胞和气道重塑	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
3193	2025-03-08	Transcriptomic profiling reveals mechanism, therapeutic potential, and prognostic value of cancer stemness characteristic in nasopharyngeal carcinoma 2025-Mar-07, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01561-w PMID:40053129	研究论文	本文通过生物信息学和机器学习技术，结合单细胞RNA测序和大规模转录组数据集，研究了鼻咽癌中的干细胞特性，并识别了与癌症干细胞相关的特征	首次在鼻咽癌中识别并验证了与癌症干细胞相关的特征（STEM-signature），并发现了四种与干细胞特性相关的miRNA，这些miRNA可能作为治疗靶点	研究主要依赖于生物信息学分析和实验室基础实验，临床验证和样本量可能有限	研究鼻咽癌中癌症干细胞特性的机制、治疗潜力和预后价值	鼻咽癌细胞及其干细胞特性	生物信息学	鼻咽癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、机器学习	LASSO Cox回归模型	RNA-seq数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量，但使用了单细胞RNA测序和大规模转录组数据集
3194	2025-03-08	Immunosuppressive microenvironment of liver restrains chemotherapeutic efficacy in triple-negative breast cancer 2025-Mar-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010871 PMID:40050043	研究论文	本文探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）肝转移与原发性肿瘤在化疗效果上的差异及其免疫微环境的影响	揭示了TNBC肝转移肿瘤化疗效果较差的免疫相关机制，并提出了通过增强巨噬细胞活性或使用NET抑制剂来改善化疗效果的新策略	研究主要依赖于小鼠模型和公开数据库的单细胞RNA测序数据，可能无法完全反映人类患者的复杂情况	研究TNBC肝转移与原发性肿瘤在化疗效果上的差异及其免疫微环境的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）的肝转移肿瘤和原发性肿瘤	肿瘤学	乳腺癌	单细胞RNA测序、免疫组化、伤口愈合实验、集落形成实验、流式细胞术	小鼠模型	RNA测序数据、图像数据	NA
3195	2025-03-08	A Single-Cell Transcriptome Atlas Characterizes the Immune Landscape of Human Testes During Aging 2025-Mar-06, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70032 PMID:40051066	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了33个年龄在21至69岁之间的人类睾丸样本中的免疫细胞，揭示了年龄对睾丸免疫细胞的影响	首次系统地描述了人类睾丸在衰老过程中免疫细胞的变化，特别是单核细胞和MRC1组织驻留巨噬细胞的年龄相关变化	样本量相对较小，且仅涵盖了21至69岁的年龄范围，可能无法全面反映所有年龄段的免疫变化	研究衰老对人类睾丸免疫细胞的影响及其分子机制	人类睾丸样本中的免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	33个年龄在21至69岁之间的人类睾丸样本
3196	2025-03-08	Adipose-derived stem cells attenuate rheumatoid arthritis by restoring CX3CR1+ synovial lining macrophage barrier 2025-Mar-05, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04144-5 PMID:40038808	研究论文	本研究探讨了脂肪来源干细胞（ADSCs）通过恢复CX3CR1+滑膜巨噬细胞屏障来缓解类风湿性关节炎（RA）的机制	揭示了ADSCs通过线粒体转移改善CX3CR1+巨噬细胞的能量代谢特征，并促进屏障恢复的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证	探讨ADSCs在RA治疗中的作用机制，特别是其与CX3CR1+巨噬细胞的相互作用	血清转移诱导的关节炎模型小鼠	细胞治疗	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA测序数据	血清转移诱导的关节炎模型小鼠
3197	2025-03-08	Discovering root causal genes with high-throughput perturbations 2025-Mar-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100949 PMID:40042510	研究论文	本文提出了一种利用高通量扰动技术（Perturb-seq）识别根因基因的新方法，以开发针对疾病早期阶段的治疗方法	首次提出利用Perturb-seq技术从单细胞RNA-seq数据中学习基因间的因果顺序，并将其应用于批量RNA-seq数据以识别特定患者的根因基因	RNA-seq数据存在测量误差、高维性和非线性等挑战，可能影响根因果效应的准确估计	识别根因基因，以开发针对疾病早期阶段的治疗方法	基因表达水平	生物信息学	黄斑变性和多发性硬化症	Perturb-seq, 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
3198	2025-03-08	GCLink: a graph contrastive link prediction framework for gene regulatory network inference 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf074 PMID:39960893	研究论文	本文提出了一种名为GCLink的图对比链接预测框架，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络	GCLink引入了图对比学习策略，通过聚合基因的特征和邻域信息来学习其表示，减少了对样本量的依赖，并提高了预测潜在基因调控相互作用的能力	尽管GCLink在大多数情况下优于其他最先进的方法，但其在数据集有限的情况下表现仍需进一步验证	研究目的是开发一种能够从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络的新方法	研究对象是基因调控网络及其在单细胞RNA测序数据中的应用	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图对比学习模型	单细胞RNA测序数据	多个真实单细胞RNA测序数据集
3199	2025-03-08	Benchmarking copy number aberrations inference tools using single-cell multi-omics datasets 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf076 PMID:40037644	研究论文	本文评估了五种从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的最先进方法，并提供了选择合适方法的指南	首次全面评估了从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的五种方法的性能，并提供了详细的性能比较	研究仅限于五种方法，可能未涵盖所有现有工具	评估和比较从单细胞RNA测序数据推断拷贝数变异的计算方法的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
3200	2025-03-08	Single cell immunoprofile of synovial fluid in rheumatoid arthritis with TNF/JAK inhibitor treatment 2025-Mar-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57361-0 PMID:40038288	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了类风湿性关节炎患者滑膜液中的免疫细胞特征及其在TNF/JAK抑制剂治疗前后的变化	首次在单细胞水平上揭示了滑膜液中致病细胞的功能及其在药物特异性治疗中的作用	研究样本量有限，且仅针对特定药物（阿达木单抗和托法替尼）进行了分析	探讨类风湿性关节炎患者滑膜液中致病细胞的功能及其在药物特异性治疗中的作用	类风湿性关节炎患者的滑膜液	单细胞测序	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	类风湿性关节炎患者的滑膜液样本