单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3181	2025-02-26	The pluripotency factor Tex10 finetunes Wnt signaling for PGC and male germline development 2023-Feb-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.23.529824 PMID:36865339	研究论文	本文探讨了Tex10在原始生殖细胞（PGC）规范和精子发生中的晚期发育作用，发现Tex10通过调节Wnt信号在PGC样细胞阶段发挥关键作用	揭示了Tex10在PGC规范和男性生殖系发育中通过精细调节Wnt信号的新角色	研究主要依赖于细胞和动物模型，可能无法完全反映人类生理情况	研究Tex10在PGC规范和精子发生中的作用	原始生殖细胞（PGC）和精子发生过程	生物医学	NA	单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据	NA
3182	2025-02-26	Rare and Common Variants in KIF15 Contribute to Genetic Risk of Idiopathic Pulmonary Fibrosis 2022-07-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202110-2439OC PMID:35417304	研究论文	本研究通过全外显子组数据分析、单变异疾病关联测试、KIF15功能研究及人类肺单细胞RNA测序数据，探讨了KIF15基因在特发性肺纤维化（IPF）和家族性肺纤维化中的遗传风险	首次将KIF15基因的罕见有害变异和常见变异与IPF易感性联系起来，揭示了非端粒酶途径的细胞增殖与IPF的关联	研究主要依赖于基因负担分析和单细胞RNA测序数据，可能未涵盖所有潜在的遗传变异和机制	识别与IPF和家族性肺纤维化相关的基因，特别是富含罕见有害变异的基因	1,725例IPF患者和23,509例对照受试者的全外显子组数据	遗传学	特发性肺纤维化	全外显子组测序、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	1,725例IPF患者和23,509例对照受试者
3183	2025-02-26	Single-Cell Transcriptomics Reveals a Conserved Metaplasia Program in Pancreatic Injury 2022-02, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2021.10.027 PMID:34695382	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了胰腺损伤中保守的化生程序	首次定义了胰腺损伤中腺泡细胞向导管化生（ADM）的细胞群体及其转录变化，并发现了疾病进展的标志物	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限（15例）	研究胰腺损伤中腺泡细胞向导管化生的细胞群体及其转录变化，探索疾病进展的机制	小鼠胰腺腺泡细胞及人类慢性胰腺炎样本	单细胞转录组学	胰腺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色、电子显微镜	NA	单细胞转录组数据、免疫染色图像	超过13,000个EYFP+细胞，15例人类慢性胰腺炎样本
3184	2025-02-26	Single-cell RNA transcriptome landscape of hepatocytes and non-parenchymal cells in healthy and NAFLD mouse liver 2021-Nov-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.103233 PMID:34755088	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了健康和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠肝脏中的肝细胞和非实质细胞的转录组景观	揭示了肝星状细胞在基因表达调控和向肌成纤维细胞转分化中的双重作用，并发现了库普弗细胞与单核细胞来源的巨噬细胞在NAFLD进展中的不同表达谱	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探索NAFLD的细胞和分子机制	健康和非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠的肝细胞和非实质细胞	单细胞测序	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	82,168个单细胞转录组
3185	2025-02-26	Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450 PMID:33982010	研究论文	本文展示了一个基于开源软件构建的单细胞RNA测序数据分析流程	使用模块化构建的开源软件进行数据分析，提供了更高的灵活性和定制化分析能力	未提及具体的数据集或实验结果，可能缺乏实际应用验证	开发一个灵活且可定制的单细胞RNA测序数据分析流程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3186	2025-02-26	Succinate Produced by Intestinal Microbes Promotes Specification of Tuft Cells to Suppress Ileal Inflammation 2020-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.029 PMID:32828819	研究论文	本文研究了肠道微生物产生的琥珀酸如何促进Tuft细胞的分化，从而抑制回肠炎症	揭示了Tuft细胞通过感知微生物代谢产物琥珀酸来调节免疫反应的新机制，并提出了通过扩增Tuft细胞治疗克罗恩病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，需进一步验证其临床适用性	探讨Tuft细胞在克罗恩病中的作用及其与肠道微生物的相互作用	克罗恩病患者、健康个体、TNFΔARE/+小鼠和Atoh1基因敲除小鼠	免疫学	克罗恩病	单细胞RNA测序、质谱分析、微生物组分析、显微镜观察、细胞因子检测	NA	基因表达数据、代谢物数据、微生物组数据、图像数据	19名克罗恩病患者、14名健康个体、TNFΔARE/+小鼠和Atoh1基因敲除小鼠
3187	2025-02-26	Dual indexed library design enables compatibility of in-Drop single-cell RNA-sequencing with exAMP chemistry sequencing platforms 2020-Jul-02, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06843-0 PMID:32616006	研究论文	本文介绍了一种名为TruDrop的双索引文库结构，用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）与新型测序技术（如Illumina NovaSeq 6000）的兼容性问题	开发了TruDrop双索引文库结构，解决了scRNA-seq与新型测序技术的兼容性问题，并显著提高了测序数据的质量	尚未系统评估TruDrop文库在其他测序平台上的表现	提高单细胞RNA测序的兼容性和数据质量，以支持更高通量的测序需求	单细胞RNA测序文库	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	24个单细胞RNA测序文库
3188	2025-02-25	Novel therapeutic targets uncovered by genome-wide integrative analysis in bronchopulmonary dysplasia 2025-Dec, The journal of maternal-fetal & neonatal medicine : the official journal of the European Association of Perinatal Medicine, the Federation of Asia and Oceania Perinatal Societies, the International Society of Perinatal Obstetricians DOI:10.1080/14767058.2025.2469837 PMID:39988826	研究论文	本研究通过整合基因组关联研究、单细胞转录组学和孟德尔随机化分析，揭示了支气管肺发育不良（BPD）的基因表达失调和分子通路	首次结合GWAS、scRNA-seq和MR分析，揭示了BPD的基因表达失调和分子通路，并预测了潜在的治疗药物	未提及样本量及具体实验验证结果	识别BPD的基因表达失调并探索相关分子通路，以发现新的治疗靶点	支气管肺发育不良（BPD）患者	基因组学	支气管肺发育不良	GWAS, scRNA-seq, MR分析	NA	基因组数据、单细胞转录组数据	NA
3189	2025-02-25	The Role of Autophagy and Cell Communication in COPD Progression: Insights from Bioinformatics and scRNA-seq 2025-Dec, COPD IF:2.2Q3 DOI:10.1080/15412555.2024.2444663 PMID:39991824	研究论文	本研究利用生物信息学工具和单细胞RNA测序技术，探讨了自噬和细胞通讯在慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的作用	通过生物信息学工具和scRNA-seq数据，识别了吸烟激活的自噬相关基因，并分析了COPD中的免疫景观和细胞通讯模式	研究主要依赖于生物信息学分析，缺乏实验验证	探讨自噬和细胞通讯在COPD进展中的作用	COPD患者	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
3190	2025-02-25	Single Cell Deletion of the Transcription Factors Trps1 and Sox9 in Astrocytes Reveals Novel Functions in the Adult Cerebral Cortex 2025-Apr, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.24645 PMID:39610085	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9技术删除成年大脑皮层中的转录因子Trps1和Sox9，揭示了它们在星形胶质细胞中的新功能	首次在成年大脑皮层中通过单细胞和空间转录组学技术揭示了Trps1和Sox9在星形胶质细胞中的特异性功能及其对周围细胞的非细胞自主效应	研究仅限于成年大脑皮层的星形胶质细胞，未涉及其他脑区或发育阶段	探索转录因子Trps1和Sox9在成年大脑皮层星形胶质细胞中的功能及其异质性	成年大脑皮层的星形胶质细胞	神经科学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞转录组学, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
3191	2025-02-25	Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00261.2024 PMID:39832482	研究论文	本研究探讨了臭氧暴露对健康老龄小鼠和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响	通过空间转录组学揭示了老龄小鼠肺部炎症和细胞外基质组织信号的年龄依赖性变化，并强调了在风险人群中模拟环境暴露的重要性	研究未明确环境压力和遗传突变在联合作用下的影响	理解臭氧暴露对老龄和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响	年轻（8-14周龄）、中年（44-52周龄）和老年（>80周龄）小鼠	呼吸病理学	呼吸系统疾病	空间转录组学	NA	基因表达数据	不同年龄组的小鼠
3192	2025-02-25	Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration 2025-Feb-24, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.70028 PMID:39989140	研究论文	本文通过多组学整合分析，提出了一种新的CHI3L1相关血管表型分类，用于定义胶质瘤微环境，并探讨了这些表型的生物学特征、基因组改变、治疗脆弱性和免疫特征	提出了基于CHI3L1相关血管特征的血管相关风险评分（VR评分），并通过无监督共识聚类将胶质瘤分为三种不同的血管表型，揭示了CHI3L1相关血管表型在胶质瘤免疫景观中的重要作用	研究主要基于多组学数据，仍需进一步实验验证这些表型在临床中的实际应用效果	探讨CHI3L1信号通路在胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用，并优化治疗策略以改善患者预后	胶质瘤	数字病理学	胶质瘤	多组学整合分析、单细胞RNA测序、机器学习算法	无监督共识聚类	转录组、基因组、数字病理、临床数据	多个数据集中的胶质瘤样本
3193	2025-02-25	Presence of tertiary lymphoid structures and exhausted tissue-resident T cells determines clinical response to PD-1 blockade in renal cell carcinoma 2025-Feb-24, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0991 PMID:39992403	研究论文	本文通过转录组分析研究了肾细胞癌（RCC）患者对PD-1单药治疗的响应机制，发现三级淋巴结构（TLS）和耗竭的组织驻留T细胞在临床响应中的关键作用	首次通过单细胞转录组学和外部队列验证，识别出与不良临床结果相关的耗竭CD8+ T细胞群体，并整合这些发现提出新的治疗靶点	研究样本量相对较小（102例患者），且仅针对肾细胞癌，可能限制了结果的普适性	探讨肾细胞癌患者对PD-1单药治疗的响应机制，寻找克服抗PD-1单药治疗耐药性的潜在治疗靶点	102例肾细胞癌患者的生物样本	肿瘤免疫学	肾细胞癌	转录组分析、单细胞转录组学	NA	转录组数据	102例肾细胞癌患者
3194	2025-02-25	Intratumoral Fusobacterium nucleatum Recruits Tumor-Associated Neutrophils to Promote Gastric Cancer Progression and Immune Evasion 2025-Feb-24, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2580 PMID:39992708	研究论文	本文研究了肿瘤内微生物群对胃癌（GC）恶性进展过程中肿瘤免疫微环境（TIME）的影响，特别是Fusobacterium nucleatum（F. nucleatum）的作用	揭示了F. nucleatum通过招募肿瘤相关中性粒细胞（TANs）重塑肿瘤免疫微环境，并激活IL-17/NF-κB/RelB信号通路，促进GC免疫逃逸的机制	研究主要基于小鼠模型和人类GC组织样本，尚未在更大规模的人类临床试验中验证	探讨肿瘤内微生物群对胃癌进展和免疫逃逸的影响，以改进治疗方法	胃癌组织和Fusobacterium nucleatum感染的小鼠模型	肿瘤免疫学	胃癌	16S rRNA扩增子测序，单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据，组织样本	人类GC组织样本和小鼠模型
3195	2025-02-25	Single cell multiome analysis of the bovine placenta identifies gene regulatory networks in trophoblast differentiation† 2025-Feb-23, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf036 PMID:39987557	研究论文	本文通过单细胞多组学分析，研究了牛胎盘中的基因调控网络，特别是滋养层细胞分化过程中的分子机制	首次在牛胎盘中使用10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）分析染色质可及性景观，揭示了滋养层细胞分化中的转录因子结合位点和候选基因调控网络	研究仅针对牛胎盘，结果可能不直接适用于其他物种	研究牛胎盘发育和滋养层细胞分化的分子机制，以理解牛妊娠失败的机制	牛胎盘中的细胞群体，包括滋养层细胞、间充质细胞、内皮细胞、免疫细胞和上皮细胞	单细胞组学	妊娠失败	10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）	NA	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	发育中（第40天）和成熟（第170天）的牛胎盘样本
3196	2025-02-25	A Case-Driven Multi-Omics Analysis for Longitudinal Ibrutinib Response Evaluation of Patients With Chronic Lymphocytic Leukemia 2025-Feb-23, European journal of haematology IF:2.3Q2 DOI:10.1111/ejh.14397 PMID:39988467	研究论文	本文通过多组学方法分析了慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者在接受伊布替尼治疗期间的分子和临床动态变化	利用单细胞转录组学等多组学方法，首次建立了伊布替尼治疗反应的纵向多组学分析框架	研究仅涉及两名患者，样本量较小，可能影响结果的普遍性	探索CLL患者在接受伊布替尼治疗期间的分子水平变化，特别是克隆惯性的分子基础	两名在接受伊布替尼单药治疗期间外周血中仍存在CLL细胞的患者	数字病理学	慢性淋巴细胞白血病	单细胞转录组学	NA	DNA和RNA数据	两名患者的血液样本
3197	2025-02-25	FOXO regulation of TXNIP induces ferroptosis in satellite cells by inhibiting glutathione metabolism, promoting Sarcopenia 2025-Feb-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05592-1 PMID:39982519	研究论文	本研究通过单细胞测序和公共转录组数据库比较年轻和老年小鼠的骨骼肌，揭示了衰老相关肌肉减少症的分子机制	发现了FOXO1通过调控TXNIP抑制谷胱甘肽代谢，导致卫星细胞铁死亡，进而引发肌肉减少症的新机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨衰老相关肌肉减少症的分子机制	年轻和老年小鼠的骨骼肌	分子生物学	老年病	单细胞测序，转录组分析	NA	基因表达数据	年轻和老年小鼠的骨骼肌样本
3198	2025-02-25	Systematic inference of super-resolution cell spatial profiles from histology images 2025-Feb-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57072-6 PMID:39984438	研究论文	本文介绍了一种名为HistoCell的弱监督深度学习方法，用于从组织学图像中直接推断出超分辨率的细胞空间分布，包括细胞类型、细胞状态及其空间网络	HistoCell方法在仅使用组织学图像的情况下，能够实现细胞类型/状态预测的最先进性能，并显著提高空间转录组数据的去卷积精度，从而准确注释细微的癌症组织结构	NA	开发一种从组织学图像中推断细胞空间分布的方法，以支持癌症诊断和治疗	组织学图像中的细胞空间分布	数字病理学	癌症	深度学习	NA	图像	多种癌症组织
3199	2025-02-25	Bioinformatics analysis reveals key mechanisms of oligodendrocytes and oligodendrocyte precursor cells regulation in spinal cord Injury 2025-Feb-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90489-z PMID:39984610	研究论文	本文通过单细胞测序和微阵列数据分析，揭示了脊髓损伤中少突胶质细胞及其前体细胞调控的关键机制，并提出了新的分类模型	提出了基于少突胶质细胞及其前体细胞分化相关基因表达的新型脊髓损伤分类模型，并推测增强这些细胞的分化和抑制炎症浸润可能改善预后	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，需要进一步的大规模临床验证	研究脊髓损伤中少突胶质细胞及其前体细胞的调控机制，以改善预后	小鼠和人类的脊髓损伤样本	生物信息学	脊髓损伤	单细胞测序（scRNA-seq）和微阵列数据分析	基于基因表达的分类模型	基因表达数据	59,558个细胞来自39个小鼠样本，164个脊髓损伤样本和3个未受伤样本的微阵列数据，以及38名脊髓损伤患者、10名健康对照和10名创伤对照的临床数据
3200	2025-02-25	Predicting immunotherapy prognosis and targeted therapy sensitivity of colon cancer based on a CAF-related molecular signature 2025-Feb-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90899-z PMID:39984646	研究论文	本文通过分析癌症相关成纤维细胞（CAFs）在结肠癌中的浸润相关基因，构建了一个CAF分子特征（CAFscore），用于预测免疫治疗预后和靶向治疗敏感性	首次通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）和LASSO回归分析构建了CAF分子特征（CAFscore），并揭示了其在结肠癌预后和治疗反应中的关键作用	研究主要基于TCGA和GSE39582队列的数据，可能需要更多独立队列验证	研究CAFs在结肠癌中的浸润及其对预后和治疗反应的影响	结肠癌患者	数字病理学	结肠癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	TCGA和GSE39582队列的数据