单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-06-17	Exercise mitigates flow recirculation and activates metabolic transducer SCD1 to catalyze vascular protective metabolites 2024-02-16, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adj7481 PMID:38354249	研究论文	研究探讨了运动如何通过激活代谢转换酶SCD1产生保护性代谢物来改善血管健康	揭示了运动通过增加SCD1表达催化抗炎脂质代谢物，从而减轻血管炎症的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人体中的适用性尚需验证	探究运动对血管保护的代谢机制	野生型小鼠和内皮特异性SCD1敲除小鼠	心血管生物学	心血管疾病	非靶向代谢组学分析、计算机模拟分析、单细胞转录组学	小鼠模型	代谢组数据、转录组数据	未明确说明小鼠数量
302	2025-06-17	Integration of scHi-C and scRNA-seq data defines distinct 3D-regulated and biological-context dependent cell subpopulations 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.29.560193 PMID:37873257	研究论文	开发了一种名为MUDI的计算方法，整合scHi-C和scRNA-seq数据，以精确定义3D调控和生物背景依赖的细胞亚群	首次在单细胞分辨率上整合3D染色质结构和基因表达数据，定义了拓扑整合亚群（TISPs）和拓扑保守关联域（CAD）	NA	研究3D染色质结构在单细胞分辨率上对基因表达的调控及其在癌症细胞异质性中的作用	乳腺癌细胞模型	计算生物学	乳腺癌	scHi-C, scRNA-seq	MUDI算法	单细胞多组学数据	公开可用的和新生成的scHi-C和scRNA-seq数据
303	2025-06-16	Mechanism of Dihydroartemisinin in activating macrophages to enhance host resistance to malaria 2025-Jul-25, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156913 PMID:40450979	research paper	本研究探讨了双氢青蒿素（DHA）在治疗疟疾过程中促进巨噬细胞向M1表型极化的分子机制	首次揭示了DHA通过上调NLRP12表达促进巨噬细胞M1极化的分子机制，并发现NLRP12缺失会抑制炎症相关细胞因子的分泌	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	阐明DHA激活巨噬细胞增强宿主抗疟疾抵抗力的分子机制	巨噬细胞（小鼠RAW 264.7细胞系和小鼠原代巨噬细胞）	免疫学	疟疾	流式细胞术、单细胞RNA测序、无标记定量蛋白质组学分析	小鼠疟疾模型	基因表达数据、蛋白质组数据	小鼠巨噬细胞系和原代巨噬细胞
304	2025-06-16	Pro-Inflammatory Immune Microenvironment and THBS1-Positive Monocytes as Drivers of Osteoclastogenesis in Postmenopausal Osteoporosis 2025-Jun-14, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf083 PMID:40515615	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析了绝经后骨质疏松症(PMOP)患者骨髓微环境的细胞景观，并确定了关键的破骨细胞生成通路	首次提供了PMOP患者骨髓微环境的单细胞转录组数据，并鉴定了具有破骨细胞生成潜力的单细胞亚群(THBS1+)	样本量相对较小(10例PMOP患者和10例对照)	阐明绝经后骨质疏松症的发病机制并寻找潜在治疗靶点	绝经后骨质疏松症患者的骨髓细胞	单细胞转录组学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	20例样本(10例PMOP患者和10例对照)，共93,867个细胞
305	2025-06-16	CXCL6 Is a Novel Biliary Marker and a Downstream Target of MMP7 in Biliary Atresia 2025-Jun-14, Hepatology research : the official journal of the Japan Society of Hepatology IF:3.9Q1 DOI:10.1111/hepr.14217 PMID:40515742	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了CXCL6作为MMP7的下游靶标在胆道闭锁中的新型胆道标志物作用	首次发现CXCL6是MMP7的下游靶标，并确认其作为胆道闭锁的新型胆道标志物	未明确MMP7-CXCL6通路在胆道闭锁发病机制中的具体分子机制	探究MMP7在胆道闭锁发病中的下游信号通路	胆道闭锁患者的肝脏组织和血清样本	分子病理学	胆道闭锁	scRNA-seq, QRT-PCR, 免疫组化, western blot, ELISA, 免疫荧光	NA	RNA测序数据, 蛋白质表达数据	胆道闭锁患者与非胆道闭锁胆汁淤积患者及正常对照的肝脏和血清样本
306	2025-06-16	CDKN1A as a potential target for Eltrombopag treatment in ITP and its regulation of the communication between macrophages and transitional B cells in ITP 2025-Jun-14, Annals of hematology IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s00277-025-06436-5 PMID:40515824	研究论文	本研究旨在识别与免疫性血小板减少症（ITP）患者对Eltrombopag反应相关的新生物标志物，并探讨巨噬细胞和过渡B细胞在ITP发病机制中的作用	首次将CDKN1A识别为影响ITP患者对Eltrombopag治疗反应的关键基因，并揭示了CDKN1A通过TGFβ信号通路与过渡B细胞相互作用促进疾病进展的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏在体实验验证	探索ITP的发病机制及Eltrombopag治疗反应的分子基础	免疫性血小板减少症（ITP）患者及RAW264.7巨噬细胞系	免疫学	免疫性血小板减少症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、分子对接	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	使用GSE112278和GSE196676两个公共数据集的数据，具体样本数量未明确说明
307	2025-06-16	Integrated Metabolomics and Spatial Transcriptomics of Cystic Pancreatic Cancer Precursors Reveals Dysregulated Polyamine Metabolism as a Biomarker of Progression 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2931 PMID:40184234	研究论文	通过代谢组学和空间细胞转录组学分析囊性胰腺癌前体，揭示多胺代谢失调作为进展的生物标志物	首次整合代谢组学和空间转录组学技术，识别出多胺代谢途径的紊乱与胰腺癌前体恶性风险相关	样本量相对有限（125例患者），且未涉及长期随访数据验证生物标志物的临床效用	鉴定可用于评估胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤（IPMN）恶性风险的代谢标志物	125例低级别（LG）或高级别（HG）异型增生IPMN患者的囊液及组织样本	癌症代谢组学	胰腺癌	非靶向代谢组学、空间转录组学、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	125例患者囊液样本（含LG/HG异型增生及IPMN/PDAC病例）
308	2025-06-16	Single-Cell Transcriptomic Landscape Deciphers Intratumoral Heterogeneity and Subtypes of Acral and Mucosal Melanomas 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-3164 PMID:40192737	研究论文	通过单细胞转录组和基因组分析，揭示了肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性、微环境特征及亚型特异性治疗策略	首次全面比较了肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的单细胞转录组特征，发现了亚型特异性的基质-免疫互作模式和分子程序，并提出了精准治疗靶点	样本量相对有限（42例），且未涵盖所有黑色素瘤亚型	解析肢端黑色素瘤和黏膜黑色素瘤的瘤内异质性及微环境特征，探索亚型特异性治疗策略	42例黑色素瘤样本（28例肢端型，11例黏膜型，3例非肢端皮肤型）	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序、全外显子组测序、体外功能实验（迁移实验、共培养系统）和体内异种移植模型	NA	单细胞转录组数据、基因组数据	42例黑色素瘤样本（28 AM, 11 MM, 3非肢端皮肤型）
309	2025-06-16	Azacitidine, Venetoclax, and Magrolimab in Newly Diagnosed and Relapsed Refractory Acute Myeloid Leukemia: Phase Ib/II Study and Correlative Analysis 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0229 PMID:40198272	研究论文	评估阿扎胞苷、维奈托克和magrolimab三联疗法在新诊断和复发难治性急性髓系白血病中的安全性和有效性	首次在临床中评估了magrolimab与阿扎胞苷-维奈托克联合使用的效果，并进行了相关分析	研究样本量有限，且生存结果未达预期	评估三联疗法在急性髓系白血病患者中的疗效和安全性	新诊断和复发难治性急性髓系白血病成年患者	临床医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	临床数据	一线队列54名患者，复发难治队列52名患者
310	2025-06-16	Using proteomics and single-cell sequencing to analyze the pathogenesis of recurrent implantation failure associated with uterine natural killer cells 2025-Jun-13, Archives of gynecology and obstetrics IF:2.1Q2 DOI:10.1007/s00404-025-08074-8 PMID:40514455	研究论文	通过蛋白质组学和单细胞测序技术分析复发性植入失败（RIF）与子宫自然杀伤细胞（NK细胞）相关的发病机制	首次整合蛋白质组学和单细胞测序数据，鉴定出与RIF相关的三个关键基因（AMPD3、H6PD和PAK2）以及HR转录因子对PAK2的调控作用	样本量较小（6例RIF患者和6例对照），需要更大规模的研究验证结果	探究复发性植入失败的分子机制，特别是NK细胞在其中的作用	复发性植入失败患者的子宫内膜组织和NK细胞	生殖医学	不孕症	蛋白质组学、单细胞测序	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据	6例RIF患者和6例对照的子宫内膜组织
311	2025-06-16	Macrophage heterogeneity in autoimmune diseases 2025-Jun-13, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2025.104993 PMID:40516246	review	本文综述了自身免疫性疾病中巨噬细胞的异质性及其潜在治疗靶点	利用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞的显著异质性，为理解其发育、表型多样性和功能可塑性提供了新视角	NA	探讨自身免疫性疾病中巨噬细胞的异质性及其在精准治疗中的潜在应用	巨噬细胞	生命科学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
312	2025-06-16	Characterizing chromosome instability reveals its association with lipid-associated macrophages and clonal evolution of lymph node metastasis in esophageal squamous cell carcinoma 2025-Jun-13, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217874 PMID:40516322	研究论文	本研究探讨了染色体不稳定性（CIN）在食管鳞状细胞癌（ESCC）淋巴结转移中的作用及其机制	揭示了CIN与脂质相关巨噬细胞（LA-TAMs）之间的新联系，以及CIN在淋巴结转移克隆进化中的关键作用	未明确说明样本量的具体数量或研究的时间跨度	研究CIN在ESCC淋巴结转移中的功能影响和潜在机制	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者及其淋巴结转移样本	肿瘤学	食管癌	单细胞RNA测序、全外显子测序、基因组测序、空间蛋白质分析	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	NA
313	2025-06-16	Exploring the molecular mechanisms of lactylation-related biological functions and immune regulation in sepsis-associated acute kidney injury 2025-Jun-12, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01745-5 PMID:40504273	研究论文	本研究探讨了乳酰化相关基因在脓毒症相关急性肾损伤(SA-AKI)中的表达模式及功能作用	首次系统研究了乳酰化修饰在SA-AKI中的作用机制，鉴定了关键基因PECR和TP53I3及其与免疫调节的关联	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索乳酰化相关基因在SA-AKI中的分子机制	脓毒症相关急性肾损伤患者样本	生物信息学	急性肾损伤	转录组分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、机器学习算法(Lasso回归和随机森林)	Lasso回归、随机森林	转录组数据	GSE232404数据集中的SA-AKI样本
314	2025-06-16	Comprehensive analysis of SELPLG as a potential immunotherapy target and prognostic biomarker in oncology 2025-Jun-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02934-0 PMID:40504320	研究论文	通过生物信息学分析全面评估SELPLG作为潜在免疫治疗靶点和预后生物标志物在肿瘤学中的作用	首次全面分析SELPLG在不同癌症类型和阶段的表达模式及其与免疫细胞浸润的关系	研究主要基于生物信息学分析，缺乏实验验证	评估SELPLG作为癌症预后和治疗靶点的潜力	多种癌症类型中的SELPLG表达	生物信息学	多种癌症	生物信息学分析、单细胞测序、基因集富集分析(GSEA)	Cox比例风险回归模型	mRNA表达数据、单细胞测序数据、突变数据	多种癌症类型的肿瘤和正常组织样本
315	2025-06-16	High ELK3 expression is associated with the wild type IDH1 in glioma and enhances infiltration of M2 macrophages 2025-Jun-12, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115064 PMID:40513332	research paper	本研究探讨了ELK3在神经胶质瘤预后中的作用及其与IDH1状态和肿瘤免疫浸润的关系	首次发现ELK3表达与IDH1野生型神经胶质瘤相关，并揭示了ELK3通过促进M2巨噬细胞浸润在肿瘤免疫微环境中的调控作用	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探究ELK3在神经胶质瘤预后评估和免疫浸润调控中的作用机制	神经胶质瘤组织和相关公共数据库数据	肿瘤生物学	神经胶质瘤	生物信息学分析、免疫组织化学(IHC)、RT-qPCR、Western blotting、免疫共培养	预后诺模图(nomogram)	基因表达数据、蛋白质表达数据、临床数据	TCGA队列数据及验证队列
316	2025-06-16	Integrative exome sequencing and machine learning identify MICB and interferon pathway genes as contributors to SSc risk 2025-Jun-12, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.05.009 PMID:40514331	研究论文	通过整合外显子测序和机器学习，识别出MICB和干扰素通路基因作为系统性硬化症(SSc)的风险因素	使用进化行动-机器学习(EAML)框架、单细胞RNA测序(scRNA-seq)和表达数量性状位点(eQTL)分析，识别出新的蛋白质编码变异和致病通路	研究主要基于高加索人和欧洲人后裔的数据，可能不适用于其他人群	识别系统性硬化症(SSc)的新风险位点和机制通路	系统性硬化症(SSc)患者和对照组的遗传数据	机器学习	系统性硬化症	外显子测序(ES)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、表达数量性状位点(eQTL)分析	EAML	遗传数据、RNA测序数据	初始GWAS研究包括2,559例SSc患者和893例对照，复制阶段包括9,846例SSc患者和18,333例对照
317	2025-06-16	Cytoskeletal-related genes function as checkpoints for the maintenance of VSMC contractile phenotype and prevent pathological remodeling in arterial diseases 2025-Jun-12, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.065 PMID:40516911	研究论文	本研究通过构建跨物种整合模型，揭示了细胞骨架相关基因在维持血管平滑肌细胞（VSMC）收缩表型及防止动脉疾病病理重塑中的关键作用	首次发现细胞骨架相关基因（Fblim1、Tns1和Synpo2）作为VSMC表型转换的检查点，并验证其在动脉疾病病理重塑中的功能	研究主要基于动物模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	揭示VSMC表型转换的分子机制，为动脉疾病提供新的治疗策略	血管平滑肌细胞（VSMC）	分子生物学	动脉疾病（包括动脉粥样硬化和主动脉瘤）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、siRNA介导的基因敲低、基因操纵动物模型	跨物种整合模型	基因表达数据	公共单细胞RNA-seq数据集、实验动物动脉瘤样本和PDGF-BB处理的VSMCs
318	2025-06-16	Perturb-Multimodal: A platform for pooled genetic screens with imaging and sequencing in intact mammalian tissue 2025-Jun-11, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.022 PMID:40513557	研究论文	介绍了一种名为Perturb-Multi的配对成像和测序方法，用于在组织中构建大规模多模态基因型-表型图谱	开发了Perturb-Multi平台，结合成像和测序技术，能够在完整哺乳动物组织中进行大规模基因筛选	目前仅在小鼠肝脏中进行了应用，尚未扩展到其他组织或物种	解析组织中基因对细胞和组织表型的遗传控制	小鼠肝脏中的细胞	基因组学	NA	成像技术、单细胞测序	NA	图像数据、基因表达数据	数百个基因扰动
319	2025-06-16	Transcriptomic profiling of vitiligo patients shows polar immune dysregulation in involved and uninvolved skin 2025-Jun-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.06.002 PMID:40513622	研究论文	通过转录组分析揭示白癜风患者病变和非病变皮肤的免疫失调特征	研究发现白癜风不仅涉及Th1/IFN轴，还涉及Th2和Th17/22轴的免疫失调，且在非病变皮肤中已存在这些变化	样本量较小（15例白癜风患者和14例健康对照）	获取白癜风病变和非病变皮肤的全局转录组特征	白癜风患者和健康对照的皮肤样本	转录组学	白癜风	RNA测序（bulk RNA-seq和单细胞RNA测序）、实时PCR、免疫组化	NA	转录组数据	15例白癜风患者的病变和非病变皮肤样本，14例匹配的健康对照
320	2025-06-16	Genetic deficiency of EXOSC10 ribonuclease disrupts spermatogenesis and male fertility in mice 2025-Jun-11, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110364 PMID:40513949	研究论文	本研究探讨了EXOSC10核糖核酸酶在小鼠雄性生殖细胞减数分裂中的关键作用	首次揭示了EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的调控机制及其对精子发生和雄性生育能力的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类或其他哺乳动物中验证	探究EXOSC10在雄性生殖细胞减数分裂中的功能及其对雄性生育能力的影响	小鼠雄性生殖细胞	生殖生物学	男性不育症	条件性基因敲除、scRNA-seq分析	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	NA