单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-06-13	Human microglia in brain assembloids display region- specific diversity and respond to hyperexcitable neurons carrying SCN2A mutation: Microglial diversity and response in assembloids 2025-Jun-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.04.657874 PMID:40501840	research paper	研究通过构建区域特异性大脑类器官并结合人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞在人类大脑不同区域的特性和作用	首次在区域特异性大脑类器官中整合人类小胶质细胞，并发现其对携带SCN2A突变的神经元过度兴奋的反应	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂环境	探讨小胶质细胞在人类大脑不同区域的特性和其在神经环路中的作用	人类小胶质细胞和区域特异性大脑类器官	神经科学	自闭症	单细胞RNA测序，化学遗传学	大脑类器官模型	基因表达数据，钙信号数据	多种区域特异性大脑类器官（皮质、纹状体和中脑）
302	2025-06-13	NOTCH3 Drives Fatty Acid Oxidation and Ferroptosis Resistance in Aggressive Meningiomas 2025-Jun-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6779386/v1 PMID:40502769	research paper	该研究探讨了NOTCH3在侵袭性脑膜瘤中驱动脂肪酸氧化和抗铁死亡的作用机制	首次揭示了NOTCH3通过调控脂肪酸氧化代谢重编程促进脑膜瘤恶性表型的新机制	研究主要基于细胞系模型，临床样本验证有限	探究NOTCH3信号在脑膜瘤代谢重编程中的作用	NOTCH3+人脑膜瘤细胞系和患者来源的原代脑膜瘤细胞	肿瘤代谢	脑膜瘤	单细胞RNA测序，代谢组学，脂质组学，bulk RNA测序	细胞系模型(CH157-MN)	基因表达数据，代谢数据	未明确说明具体样本数量，涉及多组细胞系实验
303	2025-06-13	Cell states and neighborhoods in distinct clinical stages of primary and metastatic esophageal adenocarcinoma 2025-Jun-03, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102188 PMID:40499545	research paper	通过多组学分析揭示食管腺癌（EAC）原发性和转移性肿瘤的细胞状态和微环境特征	识别了五种恶性细胞程序，包括未分化、中间、分化、上皮-间质转化和循环程序，并预测了它们与微环境细胞类型的显著相互作用	研究结果需要在外部队列中进一步验证	解析EAC疾病进展和治疗反应的机制	原发性和转移性EAC肿瘤	digital pathology	esophageal adenocarcinoma	single-nuclei transcriptomic sequencing, chromatin accessibility sequencing, spatial profiling, single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq	NA	transcriptomic data, chromatin accessibility data, spatial data	一个EAC肿瘤队列及三个外部单细胞RNA-seq和三个批量RNA-seq研究
304	2025-06-13	Novel mouse model reveals neurodevelopmental origin of PMM2-CDG brain pathology 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.01.657261 PMID:40501776	research paper	该研究通过新型小鼠模型揭示了PMM2-CDG脑病理的神经发育起源	通过配对flox等位基因和催化失活的knock-in等位基因，模拟患者相关的复合杂合致病变异，克服了全身敲除导致的胚胎致死性	研究主要基于小鼠模型，人类临床数据的验证有限	探究PMM2-CDG脑病理的神经发育机制	PMM2-CDG患者和小鼠模型	神经遗传学	先天性糖基化障碍	多组学分析（代谢组学、糖组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、糖蛋白组学）	小鼠模型	多组学数据	小鼠模型和PMM2-CDG患者死后小脑组织
305	2025-06-13	Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657106 PMID:40501812	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化	首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群	样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者）	确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化	人类肺部巨噬细胞亚群	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜	NA	基因表达数据	8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者）
306	2025-06-13	Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.31.657197 PMID:40501904	research paper	该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰	提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系	未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性	研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰	单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因	machine learning	NA	scRNA-seq	hypergraph learning	RNA-seq data	NA
307	2025-06-13	Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.31.657193 PMID:40502011	research paper	该研究通过分析果蝇嗅觉回路中Beats和Sides基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制，揭示了这些基因在嗅觉神经元及其突触目标神经元中的特异性表达	首次全面描述了Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路中的组合表达模式，并探索了这些基因在神经元识别和突触发育中的潜在作用	虽然发现了基因组合表达模式，但破坏Beat-IIa-Side-IV相互作用并未导致显著的突触错配，表明可能存在其他补偿机制	探究Beats和Sides基因家族在果蝇嗅觉回路组装中的作用	果蝇的嗅觉受体神经元(ORNs)及其突触目标投射神经元(PNs)	神经生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因陷阱转基因驱动系	NA	基因表达数据	NA
308	2025-06-13	Highly sensitive and scalable time-resolved RNA sequencing in single cells with scNT-seq2 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.03.657745 PMID:40502146	research paper	介绍了一种高灵敏度和可扩展的单细胞时间分辨RNA测序方法scNT-seq2	通过系统优化第二链cDNA合成步骤，显著提高了读取对齐率、减少了背景突变并增强了文库复杂性	未提及具体的技术应用限制或样本类型的局限性	开发一种更高效的工具以在单细胞分辨率下解析基因表达动态	4sU标记的K562细胞	基因组学	NA	scNT-seq2, 时间分辨单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，仅提到4sU标记的K562细胞
309	2025-06-13	Single-cell transcriptomics reveals probiotic reversal of neonatal morphine-induced gene disruptions underlying adolescent pain hypersensitivity 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657034 PMID:40502161	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新生儿期吗啡暴露对青少年小鼠中脑基因表达的影响以及益生菌干预的潜在逆转作用	首次提供了新生儿吗啡暴露及益生菌干预后青少年中脑的单细胞RNA测序数据集，揭示了益生菌对吗啡诱导的转录组改变的缓解作用	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究早期阿片类药物暴露对神经发育的影响及益生菌干预的治疗潜力	青少年小鼠的中脑细胞	神经科学	疼痛敏感	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	107,427个中脑单细胞
310	2025-06-13	Synthbar: A Lightweight Tool for Adding Synthetic Barcodes to Sequencing Reads 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657070 PMID:40502055	research paper	介绍了一个名为Synthbar的轻量级工具，用于在测序读取中添加合成条形码	填补了现有工具无法轻松添加合成细胞条形码（CB）的空白，支持用户自定义CB并修改读取结构	未提及具体性能指标或与其他工具的对比结果	开发一个工具，使得基于微孔板的单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法能够兼容需要细胞条形码的计算工具	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	测序数据	NA
311	2025-06-13	Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration 2025-Jun, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01955-w PMID:40404995	研究论文	该研究探讨了衰老过程中小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进白质退化	揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞的机制，及其在衰老相关白质退化中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究衰老过程中白质退化的免疫机制	小鼠白质中的小胶质细胞和CD8 T细胞	神经退行性疾病研究	神经退行性疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本量（小鼠模型）
312	2025-06-13	Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma 2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586 PMID:40412102	研究论文	本文报告了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例	首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例	仅为单病例报告，需要前瞻性临床研究进一步验证	评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效	EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	临床数据和单细胞测序数据	1例患者
313	2025-06-13	scExploreR: a flexible platform for democratized analysis of multimodal single-cell data by non-programmers 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656649 PMID:40501593	research paper	介绍了一个名为scExploreR的灵活平台，旨在为非程序员提供多模式单细胞数据的民主化分析	scExploreR作为一个打包的R Shiny应用，能够本地运行或轻松部署在服务器上，提供广泛的绘图定制选项，支持多模式数据处理，无需编程经验即可进行全面的数据分析	虽然scExploreR为非程序员提供了强大的分析工具，但对于高度复杂的分析任务，可能仍需要一定的编程知识	开发一个平台，使非程序员能够直接探索和分析单细胞数据，弥合生物学家与计算科学家之间的沟通鸿沟	多模式单细胞数据	生物信息学	NA	单细胞测序	R Shiny	单细胞数据	NA
314	2025-06-13	Chevreul: An R Bioconductor Package for Exploratory Analysis of Full-Length Single Cell Sequencing 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656486 PMID:40501968	研究论文	介绍了一个名为Chevreul的开源R Bioconductor包和交互式R Shiny应用，用于处理和可视化单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Chevreul区别于其他scRNA-seq分析工具的特点在于其易用性、能够分析全长RNA测序数据以推断外显子覆盖和转录本异构体，并支持批次校正	NA	开发一个工具，使没有编程经验的研究人员能够分析全长scRNA-seq数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
315	2025-06-13	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	介绍了一种名为SMURF的计算工具，用于分析高分辨率空间转录组数据，能够准确地将mRNA分配给单个细胞并分析复杂组织亚结构中的细胞	SMURF引入了新颖的“软分割”方法，能够准确地将捕获点的mRNA分配给附近的细胞，并能将复杂组织结构中的细胞“展开”并放置在标准笛卡尔坐标上	NA	开发一种计算工具，用于高分辨率空间转录组数据的分析，以揭示组织组织和区域变异的原理	小鼠小肠	空间转录组学	NA	Visium HD	SMURF	空间转录组数据	NA
316	2025-06-13	Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice 2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656371 PMID:40501538	research paper	该研究探讨了成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合中的作用	研究发现成熟成骨细胞在骨折后仍能增殖，并参与矿化骨痂的形成	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	了解细胞增殖在骨折愈合中的具体作用机制	小鼠骨折模型中的成骨细胞	骨生物学	骨折	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	多组转基因小鼠
317	2025-06-13	Altered Hepatic Metabolism in Down Syndrome 2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656393 PMID:40502193	research paper	该研究通过多组学分析揭示了唐氏综合症患者肝脏代谢的广泛变化，特别是胆汁酸水平升高和肝功能异常的蛋白质特征	首次在人群和小鼠模型中系统揭示了唐氏综合症与肝脏代谢紊乱的关联，并发现饮食脂肪调节可显著影响相关基因表达和肝脏病理	研究主要基于小鼠模型，人类样本的病理机制验证仍需进一步研究	探究唐氏综合症对肝脏代谢的影响及其潜在调控机制	唐氏综合症患者(400+人血浆样本)和Dp16小鼠模型	代谢组学	唐氏综合症	多组学分析、bulk RNA测序、单细胞转录组学	Dp16小鼠模型	血浆代谢组数据、RNA测序数据	400+人血浆样本和Dp16小鼠模型
318	2025-06-13	White and Brown Adipose Tissue Share a Common Fibro-Adipogenic Progenitor Population 2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656577 PMID:40501707	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了白色和棕色脂肪组织中存在共同的纤维脂肪祖细胞群	首次在棕色脂肪组织中鉴定出纤维脂肪祖细胞样细胞（FAPLs），扩展了对脂肪祖细胞群体的认识	研究仅基于体外培养的脂肪前体细胞，未完全反映体内微环境的影响	探究白色和棕色脂肪组织中祖细胞群体的异同及其功能特性	培养的白色和棕色脂肪前体细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量（培养的脂肪前体细胞）
319	2025-06-13	Identification of Synovial Lymphatics in the TMJ and their Roles in Arthritis and Pain 2025-May-30, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6683299/v1 PMID:40502768	research paper	该研究首次识别了颞下颌关节（TMJ）中的滑膜淋巴系统，并探讨了其在关节炎和疼痛中的作用	首次发现TMJ中的滑膜淋巴系统，并揭示淋巴功能障碍如何驱动TMJ关节炎和疼痛	研究主要基于小鼠模型和人类组织，临床应用的直接证据尚需进一步研究	探讨TMJ关节炎中淋巴系统的调控和功能	颞下颌关节（TMJ）的淋巴系统	生物医学研究	关节炎	遗传报告小鼠、组织透明化、3D体积成像、功能遗传学、scRNA-seq	小鼠模型	组织样本、基因表达数据	遗传报告小鼠和人类组织样本
320	2025-06-13	Quantitative molecular cartography of emergency myelopoiesis reveals conserved modules of hematopoietic activation 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656712 PMID:40501607	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，开发了一种通用的细胞注释方法和造血分化定量模型，揭示了不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的分子机制	开发了HemaScribe细胞注释方法和HemaScape造血分化定量模型，发现了多种在不同造血干细胞层级上增强骨髓生成的策略，并识别了一个跨多种炎症挑战的髓系前体细胞模块	NA	阐明不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的共享或独特分子机制	造血干细胞和前体细胞(HSPCs)	生物医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	HemaScribe, HemaScape	基因表达数据	NA