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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2026-04-12 |
Mining Spatial Transcriptomics Datasets using DeepSpaceDB
2025-09-05, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68892
PMID:40982393
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研究论文 | 本文介绍了DeepSpaceDB数据库,一个用于空间转录组学数据探索的综合动态数据库,并通过示例展示了其工作流程和应用 | 开发了DeepSpaceDB数据库,提供高级工具和交互功能,促进空间转录组学数据的访问和深入分析 | 空间转录组学仍是一种高度专业化的实验技术,存在显著的技术和财务限制 | 促进空间转录组学数据的访问和分析,以探索组织结构和疾病生物学 | 小鼠脑样本和鼠肝中的结直肠癌转移区域与健康组织区域 | 空间转录组学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 302 | 2026-04-12 |
Development of Drug-resistant Cell Lines for Experimental Procedures
2025-08-12, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68957
PMID:40889269
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研究论文 | 本文介绍了用于实验程序的耐药细胞系的开发方法及其在癌症治疗研究中的应用 | 系统描述了通过逐步增加药物浓度诱导耐药细胞系的方法,并强调这些模型可用于多种高通量分析和体内外实验 | 未提及具体癌症类型或药物种类,方法描述较为通用,缺乏特定实验数据支持 | 开发耐药细胞系以研究癌症治疗中的耐药机制并寻找克服治疗失败的策略 | 癌症细胞系(具体类型未指定) | NA | 癌症(未指定具体类型) | 细胞活力测定、非线性回归分析、微阵列、单细胞测序 | NA | 实验数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 303 | 2026-04-12 |
Using R, Seurat, and CellChat to Analyze a Single-Cell Transcriptomics Dataset of Mouse Skin Wound Healing
2025-08-01, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67266
PMID:40824857
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方法学论文 | 本文提供了一个使用R、Seurat和CellChat分析小鼠皮肤伤口愈合单细胞转录组数据集的逐步可视化工作流程 | 为缺乏生物信息学背景的伤口愈合科学家提供了一个图形化编码环境下的详细、可视化单细胞分析协议,旨在降低技术门槛 | 主要是一个方法学指南,依赖于已发表的数据集,未提出新的生物学发现或算法 | 旨在使更多伤口愈合科学家能够在自己的实验室中直接使用生物信息学工具,以促进对其自身单细胞数据集的深入分析以及对已发表数据集的更广泛再分析 | 小鼠皮肤伤口愈合过程中的细胞 | 生物信息学 | 皮肤伤口愈合 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 304 | 2026-04-12 |
Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours
2025-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-08952-w
PMID:40335695
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研究论文 | 本研究通过识别并表征蓝斑核周围异质性的GABA能神经元群,揭示了它们如何调控蓝斑核功能,进而控制全局觉醒水平和相关行为 | 首次在蓝斑核树突场中识别出一群在转录组、空间分布和功能上均具有多样性的GABA能神经元,并阐明了它们通过接收远程输入、调节蓝斑核放电模式来控制觉醒和探索行为的新机制 | NA | 探究局部神经调制输入如何控制蓝斑核功能,以及蓝斑核及其周围神经元在调控觉醒、回避状态和相关行为中的具体作用 | 小鼠的蓝斑核及蓝斑核周围区域的神经元 | 神经科学 | 神经精神疾病 | 病毒示踪,单细胞RNA测序,空间转录组学,神经环路研究方法 | NA | 转录组数据,空间定位数据,行为数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 305 | 2026-04-12 |
Alterations in genomic features and the tumour immune microenvironment predict immunotherapy outcomes in advanced biliary tract cancer patients
2025-Jun, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03011-7
PMID:40211026
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研究论文 | 本研究构建了一个多维策略,用于预测晚期胆道癌患者免疫治疗的预后和反应 | 通过整合基因组特征(如序列熵和突变)与肿瘤免疫微环境(如单细胞转录组数据中的细胞通讯分析),开发了集成模型EM-CXCL10,其预测性能优于传统指标如肿瘤突变负荷 | 样本量相对较小(60名患者),且部分分析基于公共单细胞数据集(GSE125449),可能限制模型的泛化能力 | 预测晚期胆道癌患者对免疫治疗(抗PD-1)的反应和预后,以指导个性化临床决策 | 晚期胆道癌患者 | 机器学习 | 胆道癌 | 520基因面板测序、多重循环细胞因子检测、单细胞转录组测序 | LASSO算法、Cox回归 | 基因组序列数据、细胞因子数据、单细胞转录组数据 | 60名晚期胆道癌患者,其中30名进行基因面板测序,50名进行细胞因子检测 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 306 | 2026-04-12 |
Metabolic stress and age drive inflammation and cognitive decline in mice and humans
2025-Mar, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz.70060
PMID:40110679
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研究论文 | 本研究探讨代谢应激和年龄如何驱动小鼠和人类的炎症及认知衰退 | 结合小鼠高脂饮食模型和人类死后脑组织分析,揭示了代谢应激通过微胶质细胞介导的炎症机制(特别是SPP1基因)促进认知衰退,并首次在小鼠和人类中展示空间转录组学数据的一致性 | 研究主要基于动物模型和死后组织,可能无法完全反映活体动态过程;样本量有限,且人类数据来自死后组织,存在潜在偏差 | 探究代谢应激(如肥胖、糖尿病)与认知障碍(包括阿尔茨海默病)之间的机制联系 | 高脂饮食喂养的小鼠模型,以及阿尔茨海默病和2型糖尿病患者的死后脑组织与对照 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,认知评估数据 | 小鼠模型和人类死后组织样本(具体数量未在摘要中明确) | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 307 | 2026-04-12 |
Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480
PMID:40051633
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析人类CD14+CD16+单核细胞,识别出一个具有增强迁移和炎症表型的亚群,该亚群可能对神经炎症疾病有重要贡献 | 首次在CD14+CD16+单核细胞中通过单细胞RNA测序识别出具有独特迁移和炎症特征的亚群(Group 1单核细胞),并关联其与神经炎症疾病的潜在机制 | 研究主要基于体外实验和单细胞测序数据,缺乏体内验证和临床样本的直接证据 | 探究CD14+CD16+单核细胞的异质性及其在神经炎症疾病中的作用 | 人类CD14+CD16+单核细胞 | 数字病理学 | 神经炎症疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 308 | 2026-04-12 |
Therapeutic application of human type 2 innate lymphoid cells via induction of granzyme B-mediated tumor cell death
2024-02-01, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2023.12.015
PMID:38211590
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研究论文 | 本文探讨了人类2型先天淋巴样细胞(ILC2s)通过诱导颗粒酶B介导的肿瘤细胞死亡在肿瘤治疗中的潜在应用 | 首次发现人类ILC2s分泌颗粒酶B并直接裂解肿瘤细胞,通过DNAM-1-CD112/CD155相互作用调控,揭示了其在抗肿瘤免疫中的新角色 | 未明确长期安全性或临床转化中的具体挑战 | 研究人类ILC2s的抗肿瘤机制及其治疗潜力 | 人类2型先天淋巴样细胞、急性髓系白血病细胞及实体瘤模型 | 免疫学 | 白血病、实体瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 309 | 2026-04-12 |
Deep scRNA sequencing reveals a broadly applicable Regeneration Classifier and implicates antioxidant response in corticospinal axon regeneration
2023-12-20, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.09.019
PMID:37848024
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研究论文 | 本研究通过深度单细胞RNA测序揭示了适用于多种神经元类型的再生分类器,并强调了抗氧化反应在皮质脊髓轴突再生中的关键作用 | 开发了一个广泛适用的再生分类器,能够预测不同神经元类型在发育阶段或损伤后的再生潜力,并通过条件基因删除验证了NRF2在皮质脊髓束再生中的作用 | 仅对数百个表型鉴定的神经元进行了深度测序,样本规模相对较小,可能限制了结果的普适性 | 探究中枢神经系统轴突再生的生物学机制,特别是皮质脊髓束在脊髓损伤后的再生潜力 | 皮质脊髓束神经元,特别是经过PTEN和SOCS3删除处理的再生神经元 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | 监督分类(使用Garnett) | 单细胞转录组数据 | 数百个表型鉴定的神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 310 | 2026-04-12 |
Probing regenerative heterogeneity of corticospinal neurons with scRNA-Seq
2023-Feb-21, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2588274/v1
PMID:36865182
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探究了皮质脊髓神经元在脊髓损伤后再生能力的异质性 | 通过单细胞RNA测序技术深入分析稀有再生神经元,揭示了抗氧化反应和线粒体生物合成在皮质脊髓神经元再生中的关键作用,并开发了再生分类器用于预测不同神经元类型的再生能力 | 研究仅涉及数百个表型鉴定的皮质脊髓神经元,样本量相对较小,可能无法全面代表所有神经元亚群的再生特性 | 探究皮质脊髓神经元在脊髓损伤后再生能力的异质性及其分子机制 | 皮质脊髓神经元 | 单细胞测序 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | 监督分类方法(Garnett) | 单细胞RNA测序数据 | 数百个表型鉴定的皮质脊髓神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 311 | 2026-04-12 |
Multiplexed droplet single-cell sequencing (Mux-Seq) of normal and transplant kidney
2022-03, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1111/ajt.16871
PMID:34687145
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研究论文 | 本文介绍了多重液滴单细胞测序(Mux-Seq)在正常和移植肾脏中的应用,验证了其减少实验批次偏差的潜力 | 首次将Mux-Seq应用于肾脏组织,特别是移植排斥样本,展示了其在处理小样本输入时的优势,并利用Demuxlet工具进行细胞解复用 | 研究样本量较小(仅6个正常和2个移植肾脏),且为概念验证阶段,需要更大规模研究来验证其普遍适用性 | 开发并验证一种优化处理珍贵、低输入人类肾脏活检组织的单细胞测序协议,以理解移植排斥中的同种免疫损伤机制 | 正常和移植肾脏组织样本,包括免疫细胞和实质细胞 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 8个样本(6个正常肾脏,2个移植肾脏) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 液滴单细胞测序(Mux-Seq) |
| 312 | 2026-04-12 |
From GWAS to Gene: Transcriptome-Wide Association Studies and Other Methods to Functionally Understand GWAS Discoveries
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.713230
PMID:34659337
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综述 | 本文综述了整合GWAS与功能基因组学数据以识别遗传调控基因的生物信息学方法,重点关注精细定位和基因优先排序方法,特别是转录组范围关联研究(TWAS) | 系统分类并比较了整合GWAS与功能基因组学的方法,深入讨论了TWAS方法的多样性、差异及面临的挑战 | 作为综述文章,未进行原始数据分析,主要基于现有文献总结,可能未涵盖所有最新方法 | 探讨如何通过数据整合方法理解GWAS发现的非编码区域功能,以揭示复杂疾病机制并促进临床应用 | 人类复杂疾病或性状相关的遗传变异及受调控的基因 | 生物信息学 | 复杂人类疾病 | GWAS, 高通量测序, 单细胞测序, 染色体构象捕获, 基因编辑技术, 多重报告基因检测 | NA | 基因组数据, 转录组数据, 功能注释数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 313 | 2026-04-12 |
Extraction of Distinct Neuronal Cell Types from within a Genetically Continuous Population
2020-07-22, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2020.04.018
PMID:32396852
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研究论文 | 本研究通过投射依赖的单细胞转录组分析和单突触狂犬病示踪技术,比较了小鼠初级视觉皮层中投射至不同高级视觉区域的皮质-皮质投射神经元,发现尽管这些神经元在转录组上仅形成一个遗传簇,但其基因表达存在系统性差异,且选择性接收来自其投射区域的反馈输入 | 揭示了皮质-皮质投射神经元在单一遗传簇内仍存在与解剖投射类型相关的系统性基因表达差异,并首次证明这些神经元接收来自其投射区域的特定反馈输入,挑战了仅依赖基因表达聚类识别神经元类型的传统观点 | 研究仅聚焦于小鼠初级视觉皮层的特定层(2/3层)皮质-皮质投射神经元,结论在其他脑区或物种中的普适性有待验证;单细胞转录组分析可能受技术灵敏度限制,未能检测到更细微的表达差异 | 探究皮质-皮质投射神经元的转录组特征与其解剖投射类型之间的关联,并解析其反馈回路的功能组织 | 小鼠初级视觉皮层中投射至不同高级视觉区域的层2/3皮质-皮质投射神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组测序、单突触狂犬病示踪 | NA | 基因表达数据、神经解剖追踪数据 | 未明确说明样本数量,但涉及多个投射类型的小鼠皮质-皮质投射神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 314 | 2026-04-11 |
Silencing Adamts2 attenuates fibroblast-mediated fibrosis and promotes axonal regeneration in an in vitro model
2026-Jul, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112450
PMID:41785981
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析小鼠脊髓损伤后成纤维细胞的变化,筛选出高表达基因Adamts2,并在体外模型中验证了沉默Adamts2可减弱成纤维细胞介导的纤维化并促进轴突再生 | 首次利用单细胞测序数据筛选脊髓损伤后成纤维细胞特异性高表达的Adamts2基因,并系统阐明其在调控纤维化和轴突再生中的双重作用机制 | 研究主要基于体外细胞模型,缺乏体内动物实验的验证 | 探索通过靶向Adamts2基因来抑制纤维化瘢痕形成、促进脊髓损伤后神经修复的治疗策略 | 小鼠脊髓成纤维细胞和运动神经元 | 单细胞组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,RNA干扰 | 体外TGFβ诱导的成纤维细胞模型,共培养模型 | 单细胞测序数据,基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 315 | 2026-04-11 |
PIN1 suppresses bladder cancer progression by inducing cellular senescence and activating the interferon response pathway
2026-Jul, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2026.112476
PMID:41831815
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研究论文 | 本研究揭示了PIN1在膀胱癌中作为肿瘤抑制因子的新角色,通过诱导细胞衰老和激活干扰素反应通路来抑制癌症进展 | 首次在膀胱癌中识别PIN1为肿瘤抑制因子,并阐明其通过激活干扰素通路诱导细胞衰老的分子机制 | 研究主要基于体外和动物模型,临床转化潜力需进一步验证 | 探究PIN1在膀胱癌中的表达模式、生物学功能及其分子机制 | 膀胱癌组织、细胞系及小鼠异种移植模型 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序、免疫组化、Western印迹、qRT-PCR、RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据、临床标本数据、体外实验数据 | 未明确指定样本数量,但涉及临床标本、细胞系和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 316 | 2026-04-11 |
Multi-omics analysis reveals AR as a potential prognostic factor and immune-related therapeutic target in gastric cancer
2026-Jun, Biochemistry and biophysics reports
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.bbrep.2026.102537
PMID:41890218
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研究论文 | 本研究通过多组学分析,揭示了雄激素受体(AR)在胃癌中的预后价值和作为免疫相关治疗靶点的潜力 | 首次系统分析了AR在多种癌症类型中的肿瘤免疫微环境作用及其对预后和免疫治疗反应的预测价值,特别是在胃癌中作为不良预后风险因素的新发现 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源和数量可能影响结果的普适性 | 探究AR在肿瘤免疫微环境中的作用及其作为预后标志物和免疫治疗靶点的潜力 | 多种癌症类型,重点关注胃癌 | 生物信息学 | 胃癌 | 多组学分析,单细胞测序 | NA | 基因组学,转录组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 317 | 2026-04-11 |
ACOT8-mediated palmitate accumulation promotes M1 macrophage polarization in renal ischemia-reperfusion injury via activation of the cGAS-STING pathway
2026-Jun-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116558
PMID:41905213
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研究论文 | 本研究揭示了ACOT8通过调控棕榈酸积累,激活cGAS-STING通路,从而促进巨噬细胞M1极化,加剧肾缺血再灌注损伤的分子机制 | 整合多组学数据与多层次实验验证,首次发现ACOT8在肾缺血再灌注损伤中通过调控脂质代谢(特别是棕榈酸)影响巨噬细胞极化的新机制,并利用肾脏特异性AAV9载体进行基因敲低验证其治疗潜力 | 研究主要在动物模型和细胞实验中进行,其临床转化效果和长期安全性有待进一步验证;ACOT8调控脂质代谢的具体上游信号通路尚未完全阐明 | 探究ACOT8在肾缺血再灌注损伤中的作用及分子机制,并评估其作为治疗靶点的潜力 | 肾缺血再灌注损伤模型小鼠、肾小管上皮细胞、巨噬细胞 | NA | 急性肾损伤/肾缺血再灌注损伤 | 多组学数据分析(pQTL孟德尔随机化、转录组学)、机器学习算法(LASSO、SVM-RFE)、单细胞RNA测序、脂质组学、体内外实验验证 | LASSO, SVM-RFE | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、脂质组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 318 | 2026-04-11 |
Neutrophil aconitate decarboxylase 1/itaconate axis suppresses extracellular traps via alkylating GSDMD and alleviates murine liver injury
2026-Jun-01, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2026.116578
PMID:41915992
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研究论文 | 本文研究了中性粒细胞中ACOD1/itaconate轴通过烷基化GSDMD抑制NETs形成,从而减轻小鼠肝损伤的机制 | 首次揭示了ACOD1/itaconate轴通过烷基化GSDMD的Cys192残基来抑制NETs形成,为肝病治疗提供了新思路 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探索ACOD1与NETs在肝损伤中的关系及其作用机制 | 小鼠中性粒细胞及肝损伤模型 | 单细胞组学 | 肝损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 319 | 2026-04-11 |
PLAGL2 promotes HCC progression by recruiting tumour-associated macrophages via CCL2/CCR2 signalling
2026-May, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.70295
PMID:41407384
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研究论文 | 本研究揭示了PLAGL2通过CCL2/CCR2信号通路招募肿瘤相关巨噬细胞并促进M2极化,从而推动肝细胞癌进展的分子机制 | 首次发现PLAGL2作为CCL2的新型转录因子,通过CCL2-CCR2轴调控肿瘤相关巨噬细胞的趋化和M2极化 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,尚未在人类患者中进行大规模临床验证 | 阐明PLAGL2调控肿瘤相关巨噬细胞的分子机制及其在肝细胞癌免疫抑制微环境中的作用 | 肝细胞癌细胞、肿瘤相关巨噬细胞、小鼠肿瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序、流式细胞术、小鼠原位肝癌模型、皮下肿瘤模型、体外共培养 | 小鼠肿瘤模型、体外共培养模型 | 单细胞测序数据、流式细胞术数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 320 | 2026-04-11 |
CXCR2+ Neutrophils Drive Neutrophil Extracellular Traps Formation and Exacerbate Pulpitis in Rats: An In Vitro and In Vivo Laboratory Investigation
2026-May, International endodontic journal
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/iej.70098
PMID:41589026
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研究论文 | 本研究通过体外和体内实验,揭示了CXCR2+中性粒细胞通过形成中性粒细胞胞外陷阱(NETs)加剧大鼠牙髓炎的机制,并评估了靶向CXCR2的治疗潜力 | 首次在牙髓炎中鉴定出专门的促炎性CXCR2+中性粒细胞亚群,并阐明其通过巨噬细胞来源的CXCL8-CXCR2信号驱动NETs形成,进而损害牙髓细胞成骨分化的新机制 | 研究主要基于大鼠模型和细胞系,人体组织样本验证有限;样本量较小(每组5只大鼠);未探索其他潜在的中性粒细胞亚群或信号通路 | 阐明牙髓炎中中性粒细胞胞外陷阱(NETs)的形成机制及其调控网络,并评估靶向中性粒细胞亚群(特别是CXCR2+亚群)的治疗潜力 | 大鼠牙髓炎模型、HL-60来源的中性粒细胞、THP-1巨噬细胞、人牙髓细胞(hDPCs) | 数字病理 | 牙髓炎 | 转录组分析、单细胞RNA测序、免疫荧光、微CT分析、体外趋化与成骨分化实验 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、图像数据(组织切片、免疫荧光、微CT) | 每组5只健康雄性Sprague-Dawley大鼠(7-8周龄),另使用细胞系(HL-60、THP-1)和原代人牙髓细胞进行体外实验 | NA | 单细胞RNA测序、微阵列分析 | NA | NA |