单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-09-14	Somatic mtDNA mutations at intermediate levels of heteroplasmy are a source of functional heterogeneity among primary leukemic cells 2025-Sep-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt3873 PMID:40929251	研究论文	本研究探讨体细胞线粒体DNA突变在儿童白血病中的功能异质性及其对疾病进展的影响	发现中等异质性水平的mtDNA突变是白血病细胞功能异质性的来源，并揭示其通过代谢重编程影响治疗抵抗	研究样本量有限（5例诊断样本的单细胞测序），且主要聚焦儿童白血病，结论在其他癌症中的普适性需进一步验证	阐明体细胞mtDNA突变在儿童白血病进展中的作用机制	儿童白血病细胞（来自637对肿瘤-正常样本）	癌症基因组学	白血病	全基因组测序（bulk WGS）、单细胞测序	基于网络的系统生物学分析	基因组序列数据	637对肿瘤-正常样本（批量测序）+5例诊断白血病样本（单细胞测序）
302	2025-09-14	Neuroinflammation and Alzheimer's disease: Unravelling the molecular mechanisms 2025-Sep-12, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251374353 PMID:40938771	综述	本文综述了神经炎症在阿尔茨海默病发病机制中的核心作用及其分子机制	强调了神经炎症作为可调控因素的重要性，并探讨了胶质细胞异质性及新兴治疗策略	NA	探讨神经炎症在阿尔茨海默病中的分子机制及治疗潜力	小胶质细胞、星形胶质细胞及其介导的神经炎症过程	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、脂质组学	NA	NA	NA
303	2025-09-14	RNA Sequencing at Single Vesicle Resolution via 3D Printed Embedded Droplet Arrays 2025-Sep-12, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.5c09959 PMID:40938793	研究论文	开发了一种基于3D打印嵌入式液滴阵列的单细胞外囊泡RNA测序平台	利用3D打印技术实现单囊泡分辨率RNA测序，通过界面不稳定性控制液滴生成，首次在单个EV水平解析RNA异质性	NA	解决细胞外囊泡RNA cargo异质性分析的技术瓶颈	单个细胞外囊泡（EVs）	单细胞测序技术	NA	3D打印、液滴阵列、单囊泡RNA测序、PCR、cDNA合成	NA	RNA测序数据	3689个独特条形码对应的单个EV（CD9/CD63/CD81阳性THP-1 EVs）
304	2025-09-14	Single-cell multiomics identifies Tcf1 and Lef1 as key initiators of early thymic progenitor fate 2025-Sep-12, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adq8970 PMID:40938954	研究论文	本研究通过单细胞多组学技术揭示了Tcf1和Lef1作为早期胸腺祖细胞命运关键起始因子的作用机制	首次结合scRNA-seq和scATAC-seq技术解析小鼠ETP异质性，发现Tcf1/Lef1双缺失会损害Notch通路并导致异常B细胞/髓系基因程序激活	研究局限于小鼠模型，人类中的保守性尚未验证；体内外实验条件可能存在差异	阐明调控早期胸腺祖细胞(ETP)形成的关键转录因子及其分子机制	小鼠早期胸腺祖细胞(ETPs)	单细胞生物学	免疫系统发育	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	小鼠早期胸腺祖细胞样本（具体数量未明确说明）
305	2025-09-14	Lycium barbarum polysaccharides enhance testicular spermatogenesis in d-galactose-induced aging rats via calcium signaling 2025-Sep-12, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70119 PMID:40939042	研究论文	本研究探讨枸杞多糖通过钙信号通路改善d-半乳糖诱导的衰老大鼠睾丸生精功能的作用机制	首次结合多组学分析和单细胞测序技术揭示LBP通过调控钙稳态、Hippo和mTOR通路改善睾丸衰老的具体细胞靶点	研究基于大鼠和细胞模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究枸杞多糖对d-半乳糖诱导的睾丸功能障碍的保护作用及分子机制	d-半乳糖诱导的衰老雄性大鼠和TM3细胞系	生殖医学	生殖系统疾病	单细胞测序、多组学分析、组织化学染色	动物模型和细胞模型	组学数据、组织学图像、生化指标	大鼠模型和TM3细胞实验（具体数量未明确说明）
306	2025-09-14	Draft de novo genome construction of Scytonema sp. PRP1: identified from single-cell sequencing library preparation 2025-Sep-11, Microbiology resource announcements IF:0.7Q4 DOI:10.1128/mra.00029-25 PMID:40744872	研究论文	本文报道了从人类脑样本单细胞测序文库中鉴定出的蓝藻Scytonema sp. PRP1的基因组草图构建	首次通过单细胞测序技术从人类脑样本中意外鉴定并组装了一种蓝藻的基因组	NA	构建蓝藻Scytonema sp. PRP1的基因组序列	蓝藻Scytonema sp. PRP1	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组序列数据	一个蓝藻菌株（PRP1）
307	2025-09-14	Upfront whole blood transcriptional patterns in patients receiving immune checkpoint inhibitors associate with clinical outcome 2025-Sep-11, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04155-4 PMID:40931197	研究论文	本研究通过全血转录组分析识别与免疫检查点抑制剂临床结局相关的转录模式	首次在大规模全血转录组数据（14,085个样本）中应用共识独立成分分析识别转录成分，并发现与治疗反应相关的特定模式	样本量相对有限（145名患者），需要更大规模验证	开发基于全血转录组学的预测性生物标志物，改善免疫治疗患者分层	晚期癌症患者接受免疫检查点抑制剂治疗	生物信息学	晚期癌症	RNA测序，共识独立成分分析（c-ICA），基因集富集分析	多变量分析模型	转录组数据	145名患者样本 + 14,085个公共数据库全血转录组
308	2025-09-14	Xcr1+ type 1 conventional dendritic cells are essential mediators for atherosclerosis progression 2025-Sep-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.107742 PMID:40934103	研究论文	本研究揭示了Xcr1+ cDC1细胞在动脉粥样硬化进展中的关键作用，并探索了通过Xcl1靶向干预的策略	首次证实cDC1细胞在人类动脉粥样硬化斑块中的存在，建立新型遗传模型证明其缺失可减轻病变，并发现Xcl1-Xcr1轴调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证；血清脂质水平未显著变化，机制探索有待深化	阐明cDC1细胞在动脉粥样硬化炎症反应中的具体作用机制	小鼠模型（包括新型遗传改造模型）及人类动脉粥样硬化斑块样本	免疫学与心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序、遗传模型构建、免疫细胞分析	NA	基因表达数据、免疫组化数据	小鼠模型群体（具体数量未明确说明）及人类斑块样本
309	2025-09-14	Protocol for single-cell spatial transcriptomic profiling of cultured cells and engineered tissues without embedding or sectioning 2025-Sep-11, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.104074 PMID:40938748	研究论文	提出一种无需包埋或切片即可对培养细胞和工程组织进行单细胞空间转录组分析的操作流程	开发了适用于不兼容标准包埋和切片处理的2D工程组织和细胞培养物的空间转录组分析新方法	NA	建立空间转录组分析的新型样本制备流程	2D工程组织和细胞培养物	空间转录组学	NA	Visium HD空间技术	NA	空间转录组数据	NA
310	2025-09-14	Acellular Tissue Engineered Vessels as Coronary Artery Bypass Grafts 2025-Sep-11, JACC. Basic to translational science DOI:10.1016/j.jacbts.2025.101379 PMID:40939573	研究论文	本研究评估了一种小直径无细胞组织工程血管在灵长类动物模型中作为冠状动脉旁路移植替代物的可行性和耐久性	首次在灵长类动物模型中证明小直径无细胞组织工程血管能够通过宿主细胞再殖实现血管重塑，并保持长期通畅性	研究样本量较小（n=5），且仅在6个月观察期内评估效果	解决冠状动脉旁路移植术中自体血管来源有限的问题，开发替代性血管移植物	成年狒狒的右冠状动脉	组织工程	心血管疾病	计算机断层扫描血管造影、组织学分析、空间转录组学	NA	影像数据、组织学数据、基因表达数据	5只成年狒狒
311	2025-09-14	OmicsTweezer: A distribution-independent cell deconvolution model for multi-omics Data 2025-Sep-10, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100950 PMID:40675159	研究论文	开发了一种分布无关的细胞反卷积模型OmicsTweezer，用于多组学数据中的细胞类型比例估计	通过结合最优传输与深度学习，在共享潜在空间中对齐模拟和真实数据，有效缓解数据偏移和组学间分布差异	NA	解决批量数据与参考单细胞数据之间的批次效应问题，提高细胞反卷积的准确性	批量RNA测序、批量蛋白质组学和空间转录组学数据	生物信息学	前列腺癌、结肠癌	RNA-seq, 蛋白质组学, 空间转录组学	深度学习与最优传输结合模型	多组学数据	NA
312	2025-09-14	Paired single-cell and spatial transcriptional profiling reveals a central osteopontin macrophage response mediating tuberculous granuloma formation 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01559-25 PMID:40772762	研究论文	本研究通过配对单细胞和空间转录组分析，揭示了骨桥蛋白（osteopontin）高表达的巨噬细胞在结核性肉芽肿形成中的核心作用	首次结合空间和单细胞RNA测序技术解析人类结核肉芽肿的细胞组成、空间结构及关键调控基因SPP1的功能	研究基于人类活检样本和斑马鱼模型，可能存在物种间差异及样本数量限制	阐明结核肉芽肿的细胞组成、空间组织结构及关键调控机制	结核病患者肉芽肿活检样本及斑马鱼感染模型	空间转录组学	结核病	单细胞RNA测序、空间转录组测序、轨迹分析、空间反卷积	NA	RNA测序数据、空间转录数据	人类结核肉芽肿活检样本（具体数量未明确说明）及斑马鱼模型
313	2025-09-14	Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01010-25 PMID:40815167	研究论文	本研究结合全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术，探索RSV感染的宿主依赖因素和转录调控特征	首次在单细胞分辨率下同时分析RSV感染细胞和未感染旁观者细胞的宿主反应，并通过跨病毒比较揭示RSV特异性宿主因子	研究主要基于体外实验，未涉及动物模型或临床验证	阐明RSV感染的宿主分子机制并识别关键宿主因子	呼吸合胞病毒（RSV）感染的宿主细胞	功能基因组学	呼吸道感染	全基因组CRISPR敲除筛选，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及29项已发表筛选数据和17种其他病毒的对比分析
314	2025-09-14	Integrated single-cell atlas of human atherosclerotic plaques 2025-Sep-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-63202-x PMID:40931012	研究论文	构建了一个集成的人类动脉粥样硬化斑块单细胞图谱，包含约25万个高质量注释细胞	通过专家共识和表面蛋白测量验证了稳健的细胞类型注释，识别了斑块中性粒细胞独特标记、晚期病变中富集的促血管生成内皮细胞簇以及特化巨噬细胞亚群	现有数据集通常缺乏全面覆盖和一致注释，限制了下游分析的效用	阐明动脉粥样硬化斑块进展的免疫机制和结构细胞转化	人类动脉粥样硬化斑块	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	约250,000个高质量注释细胞
315	2025-09-14	GPR91 mediates low shear stress-induced endothelial ferroptosis via EGR1-dependent GPX4 repression 2025-Sep-10, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112127 PMID:40939914	研究论文	本研究揭示了低剪切应力通过GPR91/EGR1/GPX4信号轴诱导血管内皮细胞铁死亡的新机制	首次发现GPR91作为机械敏感受体连接低剪切应力与铁死亡信号通路，并阐明EGR1介导的GPX4转录抑制机制	NA	探究低剪切应力导致动脉粥样硬化内皮损伤的分子机制	血管内皮细胞、HEK293T细胞、动脉粥样硬化斑块	分子生物学	心血管疾病	scRNA-seq, ChIP-qPCR, RNA-seq, 平行板流动腔系统	NA	基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	NA
316	2025-09-14	Comparative efficacy and safety of PSCA CAR-engineered Vδ1 γδ T cells for immunotherapy of pancreatic cancer 2025-Sep-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011890 PMID:40930745	研究论文	比较PSCA CAR-Vδ1 γδ T细胞在胰腺癌免疫治疗中的疗效和安全性	首次直接比较CAR工程化Vδ1 γδ T细胞、Vδ2 γδ T细胞和传统αβ T细胞在实体瘤中的安全性和有效性	临床前研究，尚未进行人体试验；样本来源限于外周血，Vδ1细胞丰度低且体外扩增困难	评估CAR工程化Vδ1 γδ T细胞治疗胰腺癌的潜力和安全性	表达PSCA的胰腺肿瘤细胞和免疫细胞亚群	免疫治疗	胰腺癌	CAR工程、单细胞RNA测序、体外细胞毒性试验、异种移植小鼠模型	NA	体外实验数据、体内动物模型数据、转录组数据	人源血液衍生免疫细胞及胰腺癌异种移植模型
317	2025-09-14	EP300 as a potential mediator of stress-induced sleep disruption through blood-brain barrier dysfunction and neuroinflammation 2025-Sep-09, Sleep medicine IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.sleep.2025.106802 PMID:40939466	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，揭示了EP300基因在应激诱导睡眠障碍中通过血脑屏障功能障碍和神经炎症的潜在作用	首次发现EP300基因在睡眠障碍中的潜在作用，并验证其通过影响小胶质细胞、血脑屏障和IL-1β表达介导睡眠障碍	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证尚需进一步研究	识别影响睡眠障碍的关键基因并提供新的理解和治疗视角	基因表达数据、慢性不可预测应激小鼠模型的前额叶皮层组织	生物信息学	睡眠障碍	差异表达分析、加权基因共表达网络分析、KEGG/GO富集分析、孟德尔随机化、qPCR、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、RNA测序数据	371个关键基因，5个枢纽基因，慢性应激小鼠模型
318	2025-09-14	Multi-omics investigation of Bisphenol A in gastrointestinal carcinogenesis: a network toxicology and molecular docking approach 2025-Sep-08, Environment international IF:10.3Q1 DOI:10.1016/j.envint.2025.109785 PMID:40939530	研究论文	本研究通过多组学整合与分子对接方法系统探讨了双酚A在胃肠道肿瘤发生中的潜在致癌机制	首次通过多组学方法揭示BPA通过干扰能量代谢、激活CAF重塑肿瘤微环境及增强癌细胞增殖的三重致癌机制，并识别出特定癌症的预后生物标志物	NA	系统研究双酚A（BPA）在三种胃肠道肿瘤（肝内胆管癌、结直肠癌和食管癌）中的潜在致癌机制	肝内胆管癌（ICC）、结直肠癌（CRC）和食管癌	生物信息学	胃肠道癌症	转录组学、单细胞转录组学、网络毒理学、分子对接	NA	多组学数据	NA
319	2025-09-14	The RNA-Binding Protein RBMX Mediates the Immunosuppressive Microenvironment of Osteosarcoma by Regulating CD8+T Cells 2025-Sep-06, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17172928 PMID:40941025	研究论文	本研究探讨RNA结合蛋白RBMX通过调控CD8+T细胞介导骨肉瘤免疫抑制微环境的机制	首次揭示RBMX通过调控H2-K1和THBS1表达影响CD8+T细胞浸润的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步开展	探究RBMX在骨肉瘤免疫微环境中的调控作用	骨肉瘤细胞系、小鼠皮下移植瘤模型	肿瘤免疫学	骨肉瘤	单细胞转录组测序、多重免疫荧光、流式细胞术、PCR	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	人类骨肉瘤数据库分析和小鼠模型实验
320	2025-09-14	Long Noncoding RNAs as Emerging Regulators of Seed Development, Germination, and Senescence 2025-Sep-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26178702 PMID:40943616	综述	本文综述了长链非编码RNA在种子发育、萌发和衰老过程中的调控作用及其机制	整合了lncRNA的表观转录组修饰（如m6A甲基化）和lncRNA-蛋白质凝聚物形成等新兴调控机制，并探讨了单细胞转录组学等前沿方法的应用	NA	系统阐述lncRNAs在种子关键生理阶段的调控功能与分子机制	植物种子（涵盖胚胎发生、成熟、休眠、萌发和衰老过程）	植物分子生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、直接RNA测序、RNA-染色质互作图谱	NA	转录组数据、表观遗传数据	NA（文献综述未涉及具体样本量）