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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2026-05-30 |
Single-cell transcriptomic sequencing identifies subcutaneous patient-derived xenograft recapitulated medulloblastoma
2025-03, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12399
PMID:38477441
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序比较皮下患者来源异种移植模型、颅内患者来源异种移植模型和基因工程小鼠模型对髓母细胞瘤的再现程度 | 首次在单细胞水平上比较了三种髓母细胞瘤实验模型(sPDX、iPDX和GEMM)的转录组再现性 | 未明确提及 | 在单细胞水平比较皮下患者来源异种移植、颅内患者来源异种移植和基因工程小鼠模型对髓母细胞瘤的再现能力 | 来自6名患者的原发性SHH和G3亚型髓母细胞瘤样本,以及相应的sPDX、iPDX模型和Patch+/- GEMM模型 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 6名患者的髓母细胞瘤样本,3个GEMM模型 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 302 | 2026-05-30 |
Application of Single-Cell Genomics to Animal Models of Periodontitis and Peri-Implantitis
2025-02, Journal of clinical periodontology
IF:5.8Q1
DOI:10.1111/jcpe.14093
PMID:39695834
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综述 | 综述单细胞基因组学在牙周炎和种植体周围炎动物模型中的应用 | 首次系统整合单细胞RNA测序技术与动物模型在牙周炎和种植体周围炎研究中的应用,揭示细胞异质性和特定细胞作用 | 作为叙述性综述,缺乏系统性检索和定量分析方法,且纳入研究数量有限 | 整合当前单细胞基因组学技术与牙周炎和种植体周围炎动物模型的研究知识,促进精准治疗发展 | 牙周炎和种植体周围炎的动物模型 | 生物信息学 | 牙周炎, 种植体周围炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 303 | 2026-05-30 |
Single-cell sequencing reveals the features of adaptive immune responses in the liver of a mouse model of dengue fever
2025-01, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12454
PMID:38988280
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研究论文 | 利用单细胞测序技术揭示登革热小鼠模型肝脏中适应性免疫反应的特征 | 首次通过单细胞测序详细描绘了登革热病毒感染的轻度和重度小鼠模型中肝脏T细胞免疫反应的变化以及巨噬细胞与T细胞之间的免疫相互作用 | 可能仅限于小鼠模型,结果在人体中的适用性有待验证 | 探究严重登革热中与肝损伤相关的适应性免疫反应特征 | 登革热轻度或重度小鼠模型 | 数字病理学 | 传染病(登革热) | 单细胞测序,流式细胞术 | NA | 单细胞基因表达数据 | 小鼠肝脏组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 304 | 2026-05-30 |
Fam3a-mediated prohormone convertase switch in α-cells regulates pancreatic GLP-1 production in an Nr4a2-Foxa2-dependent manner
2025-01, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2024.156042
PMID:39362520
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research paper | 本研究揭示了Fam3a通过Nr4a2-Foxa2途径调控α细胞中前激素转化酶开关,从而促进胰腺GLP-1产生的机制 | 首次发现Fam3a缺失可通过Nr4a2-Foxa2-PC1/3依赖方式重编程α细胞前胰高血糖素加工产物从胰高血糖素转向GLP-1,为糖尿病治疗提供新策略 | 研究主要基于小鼠模型,人类α细胞中的相关机制仍需进一步验证 | 探究Fam3a在α细胞功能调控中的作用及分子机制,特别是对GLP-1产生的影响 | 小鼠胰腺α细胞系αTC1.9细胞、人胰岛单细胞RNA测序数据集、Fam3a基因敲除小鼠 | machine learning | geriatric disease | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转录组分析、双荧光素酶报告基因检测、核转位实验 | NA | 基因表达数据 | 野生型与Fam3a-/-小鼠、α细胞特异性Fam3a敲除小鼠、人类胰岛单细胞RNA测序数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 305 | 2026-05-30 |
Single-cell RNA sequencing uncovers intestinal immune alterations and cellular diversity from chronic fluoride exposure in mice
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.116567
PMID:40756359
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示慢性氟暴露对小鼠肠道免疫细胞和细胞多样性的影响 | 首次在单细胞水平解析慢性氟暴露对肠道细胞异质性和细胞间通信的影响,发现氟暴露通过破坏黏液屏障和肠道菌群稳态激活MHC-II信号通路,引发肠道免疫细胞激活和炎症 | 研究仅在小鼠模型中进行,未在人类样本中验证;氟暴露浓度固定为50 ppm,未探讨不同浓度梯度的影响;仅分析了回肠组织,未覆盖整个肠道 | 探究长期饮用高氟水对肠道细胞组成、功能及肠道免疫系统的影响机制 | 小鼠回肠组织细胞,包括肠上皮细胞、杯状细胞、潘氏细胞、T细胞和B细胞 | 数字病理学 | 氟中毒相关肠道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠回肠组织样本(氟暴露50周,50 ppm水) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序平台 |
| 306 | 2026-05-30 |
Reliable estrogen-related prognostic signature for uterine corpus endometrial carcinoma
2024-12, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究探索子宫体子宫内膜癌(UCEC)中关键的雌激素相关基因(ERGs),并构建可靠的预后风险评分 | 首次结合单细胞RNA测序和批量RNA数据识别出8个雌激素相关基因构建预后风险评分,并发现其与免疫微环境及药物敏感性相关 | 未提及外部验证队列,且样本来源可能存在偏倚 | 探索子宫体子宫内膜癌中关键的雌激素相关基因并建立预后预测模型 | 子宫体子宫内膜癌患者 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序 | LASSO Cox回归、多元Cox回归 | 基因表达数据 | 未明确说明具体样本量,数据来源包括GEO和TCGA数据库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 307 | 2026-05-30 |
Highlighting roles of autophagy in human diseases: a perspective from single-cell RNA sequencing analyses
2024-12, Drug discovery today
IF:6.5Q1
DOI:10.1016/j.drudis.2024.104224
PMID:39521332
|
综述 | 该综述探讨了自噬在人类疾病中的作用,并从单细胞RNA测序分析的角度进行了阐述 | 利用单细胞RNA测序技术揭示自噬通路在多种生理和病理背景下的转录景观,提供了分子层面的新视角 | 未明确说明具体局限性 | 总结单细胞RNA测序在自噬研究中的最新进展,并强调其在多种疾病分子特征研究中的潜力 | 自噬相关的人类疾病 | 单细胞转录组学 | 癌症及其他疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 308 | 2026-05-30 |
Polyclonal regeneration of mouse bone marrow endothelial cells after irradiative conditioning
2024-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114779
PMID:39489938
|
research paper | 研究照射预处理后小鼠骨髓内皮细胞的多克隆再生机制 | 利用单细胞RNA测序、成像、流式细胞术及体外克隆形成实验和Rainbow小鼠模型,首次揭示了骨髓内皮细胞在照射损伤后再生过程中的细胞和克隆机制,特别是其多克隆再生特性 | 未具体说明研究的局限性 | 探究照射预处理后骨髓内皮细胞的细胞和克隆再生机制 | 小鼠骨髓内皮细胞 | machine learning | NA | 单细胞RNA测序, 成像, 流式细胞术, 体外克隆形成实验 | 机器学习模型 | 单细胞转录组数据, 图像数据, 流式细胞术数据 | 使用了Rainbow小鼠模型,具体样本数量未提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序平台具体配置未详述 |
| 309 | 2026-05-30 |
An estrogen receptor signaling transcriptional program linked to immune evasion in human hormone receptor-positive breast cancer
2024-Nov-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.23.619172
PMID:39651157
|
研究论文 | 本文探讨了雌激素受体信号转录程序与激素受体阳性乳腺癌免疫逃逸的关联机制 | 首次通过整合多种转录组学和多重免疫荧光技术,揭示雌激素受体信号基因模块与TNFα/NF-κB及I型干扰素免疫通路负相关,并阐明其通过抑制抗原呈递降低T细胞浸润的机制 | 未明确列出具体局限性,但可能包括样本量有限或机制验证不足 | 探究激素受体阳性乳腺癌中T细胞稀疏的驱动机制,特别是雌激素受体信号与免疫逃逸的关系 | 激素受体阳性乳腺癌组织、细胞系及患者相关样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组测序、单细胞转录组测序、多重免疫荧光 | NA | 转录组数据、图像数据 | 多来源临床乳腺癌组织样本及人类细胞系,具体数量未说明 | NA | bulk RNA-seq、single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 310 | 2026-05-30 |
Mesoscopic structure graphs for interpreting uncertainty in non-linear embeddings
2024-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109105
PMID:39265479
|
研究论文 | 提出基于节点链接的可视化技术ManiGraph,通过构建动态介观结构图来解读非线性降维中的不确定性 | 首次通过动态介观结构图重新评估高低维空间之间的邻域保真度,并引入区域自适应的可信度度量 | 未明确提及,但散点图可视化的过度绘制问题在大规模数据集上仍有挑战 | 解决概率非线性降维方法中虚假邻域关系导致的误导性可视化问题 | 高维数据的低维嵌入可视化结果 | 计算机视觉 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像、基因表达数据 | 单细胞RNA测序数据集及组织病理学-MNIST数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 311 | 2026-05-30 |
Proximogram-A multi-omics network-based framework to capture tissue heterogeneity integrating single-cell omics and spatial profiling
2024-11, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109082
PMID:39255657
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研究论文 | 提出了一种名为Proximogram的基于图的多组学网络框架,整合单细胞组学和空间数据以捕获组织异质性 | 首次提出Proximogram图表示方法,能够将独立获取的组学数据和空间数据整合到统一框架中,并通过图深度学习模型提高疾病分类性能 | 未提及具体局限性 | 开发一种可定制且可扩展的方法,联合利用多模态生物数据以提升疾病诊断能力 | 来自正常、慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌患者的复用免疫荧光图像和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | 图深度学习模型 | 图像 | 两种胰腺疾病患者样本,包括正常、慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 312 | 2026-05-30 |
Glycoengineered extracellular vesicles released from antibacterial hydrogel facilitate diabetic wound healing by promoting angiogenesis
2024-Nov, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70013
PMID:39600241
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研究论文 | 研究了一种由明胶甲基丙烯酰、糖工程化细胞外囊泡和聚赖氨酸组成的新型水凝胶敷料,通过促进血管生成来治疗感染的糖尿病伤口 | 通过糖工程化改造细胞外囊泡表面表达sLeX配体,增强其靶向E-选择素的能力,并结合水凝胶实现持续释放,用于糖尿病伤口治疗 | 研究局限于小鼠模型,临床转化尚需进一步验证 | 开发一种新型水凝胶敷料,利用糖工程化细胞外囊泡促进糖尿病伤口愈合 | 糖尿病伤口、细胞外囊泡、血管生成、E-选择素 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、慢病毒转染 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于单细胞RNA测序的10x Chromium平台 |
| 313 | 2026-05-30 |
RIPK3 causes mitochondrial dysfunction and albuminuria in diabetic podocytopathy through PGAM5-Drp1 signaling
2024-10, Metabolism: clinical and experimental
DOI:10.1016/j.metabol.2024.155982
PMID:39089491
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研究论文 | 研究RIPK3通过PGAM5-Drp1信号通路导致糖尿病足细胞病变中线粒体功能障碍和蛋白尿的机制 | 首次揭示RIPK3在糖尿病肾病的足细胞损伤中通过PGAM5-Drp1信号调控线粒体分裂,并证明血浆RIPK3水平可作为肾功能恶化的生物标志物 | 未明确说明 | 阐明RIPK3在糖尿病肾病肾小球损伤中的作用及其分子机制 | 糖尿病肾病患者、2型糖尿病前瞻性观察队列、高脂饮食诱导的Ripk3敲除和野生型小鼠、系膜细胞及永生化足细胞 | NA | 糖尿病肾病 | ELISA、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床生化指标 | 活检确诊的糖尿病肾病患者(数量未明确)、2型糖尿病前瞻性队列(数量未明确)、Ripk3敲除和野生型小鼠(数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 314 | 2026-05-30 |
Single-cell analysis of tumor microenvironment and cell adhesion reveals that interleukin-1 beta promotes cancer cell proliferation in breast cancer
2024-10, Animal models and experimental medicine
IF:3.8Q2
DOI:10.1002/ame2.12445
PMID:38860503
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研究论文 | 通过单细胞分析揭示白细胞介素1β在三阴性乳腺癌中促进癌细胞增殖的机制 | 首次发现浆细胞通过细胞间粘附分子2-整合素aLb2复合物与T细胞相互作用,释放IL1B促进TNBC肿瘤生长,并鉴定IL1B为新的预后标志物 | 未明确说明 | 探究浆细胞在三阴性乳腺癌肿瘤微环境中调控肿瘤迁移进展的作用 | 三阴性乳腺癌样本中的浆细胞和肿瘤微环境 | 机器学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5个HER2阳性、12个ER阳性/PR阳性和9个TNBC样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 315 | 2026-05-30 |
TGF-β1 mediates hypoxia-preconditioned olfactory mucosa mesenchymal stem cells improved neural functional recovery in Parkinson's disease models and patients
2024-07-22, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-024-00550-7
PMID:39034405
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研究论文 | 本文研究了低氧预处理嗅黏膜间充质干细胞通过TGF-β1信号通路改善帕金森病模型和患者的神经功能恢复 | 首次在临床级低氧预处理嗅黏膜间充质干细胞治疗帕金森病的研究中,结合单细胞RNA测序、ATAC-seq和全长转录本异构体测序等多种技术,揭示TGF-β1通过激活ALK/PI3K/Akt信号通路调节小胶质细胞免疫调节和线粒体功能恢复的机制,并开展了I期首次人体临床试验 | I期临床试验样本量较小,需要更大规模临床试验进一步验证安全性和有效性 | 探索低氧预处理嗅黏膜间充质干细胞对帕金森病模型和患者的神经功能恢复作用及其机制 | 帕金森病模型(小鼠)和帕金森病患者 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 全长转录本异构体测序 | NA | NA | I期临床试验中严重帕金森病患者队列 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 316 | 2026-05-30 |
MR1-restricted T cell clonotypes are associated with "resistance" to Mycobacterium tuberculosis infection
2024-May-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.166505
PMID:38716731
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研究论文 | 本研究探讨MR1限制性T细胞克隆型与结核分枝杆菌感染抵抗性的关联 | 首次揭示MR1限制性T细胞克隆型在结核感染抵抗者中富集,并发现其通过TCR依赖方式识别分枝杆菌感染细胞 | 仅涉及8名捐赠者的样本,且未明确功能验证机制 | 阐明供体非限制性T细胞(DURTs)与结核感染抵抗性的关系 | 乌干达结核病例家庭接触者中的抵抗者(RSTRs)和潜伏感染者(LTBIs) | 机器学习 | 结核病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据 | 8名捐赠者的18,251个MR1T细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序平台用于MR1T细胞的转录组分析 |
| 317 | 2026-05-30 |
High-Frequency Spinal Stimulation Suppresses Microglial Kaiso-P2X7 Receptor Axis-Induced Inflammation to Alleviate Neuropathic Pain in Rats
2024-05, Annals of neurology
IF:8.1Q1
DOI:10.1002/ana.26898
PMID:38450773
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研究论文 | 该文章通过建立临床前脊髓刺激模型,发现高频脊髓刺激可通过抑制小胶质细胞中Kaiso-P2X7受体轴介导的炎症反应,从而缓解大鼠神经病理性疼痛 | 揭示了10kHz高频脊髓刺激通过调控小胶质细胞Kaiso-P2X7R通路减轻神经炎症的新机制,并证明靶向该通路可增强传统脊髓刺激的治疗效果 | 研究仅基于大鼠模型,临床转化仍需验证;未深入探讨HF10 SCS对其他类型免疫细胞或长期效应的具体影响 | 探究高频脊髓刺激缓解神经病理性疼痛的潜在机制,为优化临床脊髓刺激治疗方案提供科学依据 | 神经病理性疼痛大鼠模型的脊髓背角组织及小胶质细胞 | 机器学习 | 神经病理性疼痛 | 大量RNA测序, 单细胞RNA测序, 慢病毒系统基因操作 | NA | 测序数据, 行为学数据 | 神经病理性疼痛大鼠模型样本,未明确具体数量 | Illumina | 大量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina测序平台 | 未提供具体平台配置详情 |
| 318 | 2026-05-30 |
Shotgun lipidomics of human subretinal fluids under rod-dominant retina reveals cone-dominated lipids
2024-03, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2024.109807
PMID:38278468
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研究论文 | 使用鸟枪法脂质组学鉴定孔源性视网膜脱离患者视网膜下液中的脂质分子,发现其与视锥细胞外节脂质谱相似 | 首次对孔源性视网膜脱离患者视网膜下液进行全面的脂质分子鉴定,并通过与公开单细胞测序数据对比,提出视锥细胞外节降解产物持续释放到光感受器间基质的假设 | 样本量只有两例患者,脂质来源的验证主要依赖公开数据库的基因表达数据,缺乏直接证据 | 阐明孔源性视网膜脱离患者视网膜下液中的脂质成分及其来源,为外视网膜相关疾病发病机制提供线索 | 孔源性视网膜脱离患者视网膜下液样本中的脂质分子 | 数字病理学 | 视网膜疾病(孔源性视网膜脱离) | 鸟枪法脂质组学、质谱、串联质谱、电喷雾电离四极杆飞行时间质谱 | NA | 质谱数据、单细胞测序数据 | 2例患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 319 | 2026-05-30 |
Single-cell transcriptomics analysis of cellular heterogeneity and immune mechanisms in neurodegenerative diseases
2024-02, The European journal of neuroscience
DOI:10.1111/ejn.16242
PMID:38221677
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学分析在神经退行性疾病中细胞异质性和免疫机制研究中的应用 | 深入探讨了单细胞转录组学技术在揭示神经退行性疾病中细胞异质性和免疫调控机制方面的最新进展 | NA | 强调单细胞转录组学技术的原理及其在神经退行性疾病细胞异质性和免疫机制研究中的最新进展 | 神经退行性疾病中的单细胞转录组 | NA | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞转录组学分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 320 | 2026-05-30 |
Deciphering tumor ecosystems at super resolution from spatial transcriptomics with TESLA
2023-05-17, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2023.03.008
PMID:37164011
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研究论文 | 提出一种名为TESLA的机器学习框架,通过整合组织学信息和基因表达,在空间转录组数据中实现像素级分辨率的组织注释,揭示肿瘤微环境的超分辨率结构 | 首次利用机器学习方法整合组织学图像与基因表达数据,实现空间转录组像素级分辨率组织注释,能够检测三级淋巴结构等独特肿瘤微环境特征 | 主要验证在癌症领域的应用,虽声称可推广至其他疾病但未充分验证;依赖Visium等低分辨率平台数据的空间覆盖问题 | 开发高分辨率空间转录组数据分析工具,解析肿瘤微环境的细胞组成、空间分布及精细组织结构 | 肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞,包括其丰度、组成和空间定位 | 机器学习, 数字病理学 | 肿瘤疾病 | 空间转录组学 | 机器学习框架 | 图像, 基因表达数据 | 未说明具体样本数量 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium低分辨率空间转录组平台 |