单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-09-21	Single-cell RNA sequencing analysis of mouse cochlea identifies a novel proinflammatory CD74+CD14+ macrophage subset in mice with age-related and noise-induced hearing loss 2025-Oct, Hearing research IF:2.5Q1 DOI:10.1016/j.heares.2025.109376 PMID:40743638	研究论文	通过单细胞RNA测序分析小鼠耳蜗，在年龄相关性和噪声性听力损失中发现一种新型促炎性CD74+CD14+巨噬细胞亚群	首次在ARHL和NIHL中鉴定出CD74+CD14+巨噬细胞亚群，并揭示其与炎症通路和螺旋神经节神经元退化的增强细胞通讯	研究局限于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究年龄相关性和噪声性听力损失中耳蜗免疫微环境的变化	小鼠耳蜗免疫细胞，特别是巨噬细胞亚群	单细胞组学	听力损失	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量的小鼠耳蜗组织
302	2025-09-21	Elucidating cellular origins and TME dynamic evolution in NSCLC through multi-omics technologies 2025-Oct, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2025.189425 PMID:40840819	综述	本文综述了通过多组学技术揭示非小细胞肺癌的细胞起源及肿瘤微环境动态演化机制	整合单细胞和空间转录组学解析SOX2/WNT/YAP通路驱动的谱系可塑性，并鉴定出CXCL13+CD8+T细胞等新型治疗靶点	时空异质性解析存在挑战，需依赖人工智能建模进行精准干预	阐明NSCLC的细胞起源与肿瘤微环境动态演化机制	非小细胞肺癌（NSCLC）特别是肺腺癌（LUAD）	数字病理学	肺癌	多组学技术（单细胞/空间转录组学）	AI-driven modeling	多组学数据	NA
303	2025-09-21	Lymphatic dysfunction is linked to disease pathogenesis in Duchenne muscular dystrophy animal models 2025-Sep-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2505656122 PMID:40966282	研究论文	本研究探讨了淋巴系统功能障碍与杜氏肌营养不良症（DMD）动物模型疾病发病机制之间的关联	首次在DMD动物模型中揭示淋巴运输功能受损、收缩异常及炎症性淋巴管生成，并证明基因治疗后淋巴功能改善	研究基于动物模型（小鼠和大），结果尚未在人类DMD患者中验证	探究DMD动物模型中淋巴系统是否失调及其在疾病进展中的作用	DMD小鼠模型、金毛犬肌营养不良症（GRMD）犬模型、小鼠和大鼠淋巴肌细胞（LMCs）	肌肉疾病研究	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序、显微淋巴管造影、磁共振淋巴管成像、免疫荧光分析	NA	基因表达数据、蛋白质数据、影像数据	D2小鼠模型、GRMD犬模型及对照动物的淋巴肌细胞和组织
304	2025-09-21	Single-cell RNA sequencing reveals transcriptomic landscape and potential targets for large/giant congenital melanocytic nevi 2025-Sep-20, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf360 PMID:40974031	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示大型/巨型先天性黑色素细胞痣（L/GCMN）的转录组景观和潜在治疗靶点	首次在L/GCMN研究中应用单细胞技术，发现TBX2作为核心转录因子特异性表达于GCMN黑色素细胞亚群，并鉴定PTN-PTPRZ1和IGF1-IGF1R信号通路的异常激活	NA	阐明L/GCMN皮肤微环境中细胞的转录组特征，探索黑色素细胞病理变化的关键分子机制及其与其他细胞的相互作用	L/GCMN患者的病变和非病变皮肤样本、健康皮肤样本以及原代痣黑色素细胞	数字病理	皮肤疾病	单细胞RNA测序、bulk RNA测序、Western blotting、qRT-PCR、免疫组化、多重免疫荧光	NA	RNA测序数据、蛋白质表达数据	L/GCMN患者和健康人的皮肤样本
305	2025-09-21	Single-cell profiling of peripheral and local immune compartments reveal unique genotype-independent prognostic immune signatures across IDH-stratified glioma 2025-Sep-20, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf206 PMID:40974256	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析IDH突变型和野生型胶质瘤的局部与外周免疫微环境，揭示基因型无关的预后免疫特征	首次在配对肿瘤和PBMC样本中系统比较胶质瘤的局部与外周免疫特征，发现新型GZMH+ CD8+ T细胞群体和具有补体交互特征的微胶质样外周血细胞	样本量较小（仅18例患者），需更大队列验证发现	解析IDH分型胶质瘤的免疫微环境异质性并挖掘预后相关免疫标志物	IDH突变型（6例）和野生型（12例）胶质瘤患者的肿瘤组织及配对外周血单核细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序），TCGA转录组反卷积分析	NA	单细胞转录组数据	18例胶质瘤患者（6例IDH突变型，12例野生型）的配对肿瘤组织和PBMC样本
306	2025-09-21	HIF-1α-induced microglia-mediated neuroinflammation is involved in Alzheimer's disease: Evidence from single-cell transcriptomic analysis 2025-Sep-19, Journal of Alzheimer's disease : JAD DOI:10.1177/13872877251378007 PMID:40971318	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示HIF-1α诱导的小胶质细胞介导的神经炎症在阿尔茨海默病中的作用	识别了一个具有炎症-血管生成转录特征的新型小胶质细胞亚群（microglia_2），并发现HIF-1α是其关键调控因子	研究主要基于5×FAD小鼠模型，人类样本验证需进一步扩展	探究阿尔茨海默病中小胶质细胞亚群的多样性及其致病活动的转录调控机制	AD患者和5×FAD小鼠模型的小胶质细胞	生物信息学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, bulk RNA测序, SCENIC分析, 伪时间轨迹分析	NA	单细胞转录组数据	AD患者和5×FAD小鼠的脑组织样本
307	2025-09-21	Mouse-Specific Single cell cytokine activity prediction and Estimation (MouSSE) 2025-Sep-19, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013475 PMID:40971965	研究论文	提出一种名为MouSSE的新方法，用于从小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据中预测细胞因子活性	开发了首个专门针对小鼠数据的细胞因子活性估算方法，采用支持正负基因权重的改进版VAM技术	NA	提高小鼠单细胞水平细胞因子活性表征的准确性	小鼠单细胞RNA测序和空间转录组数据	生物信息学	自身免疫疾病、癌症	scRNA-seq, ST, 基因集评分方法	Variance-adjusted Mahalanobis (VAM)	单细胞转录组数据、空间转录组数据	使用Immune Dictionary实验数据和外部scRNA-seq/ST数据集进行验证
308	2025-09-21	Cancer-associated fibroblasts drive lung adenocarcinoma progression via THBS2-mediated epithelial-mesenchymal transition 2025-Sep-19, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03569-9 PMID:40973793	研究论文	本研究揭示癌症相关成纤维细胞通过THBS2介导的上皮-间质转化驱动肺腺癌进展	首次发现高表达THBS2的基质CAF亚型，并阐明THBS2-SDC4-EMT信号轴在肿瘤-基质相互作用中的关键作用	NA	解析肺腺癌进展过程中肿瘤-基质相互作用的动态机制	肺腺癌患者组织样本及体内外模型	肿瘤微环境研究	肺腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多重免疫组化	NA	基因表达数据、空间定位数据	包含原位腺癌、微浸润腺癌和浸润性腺癌的多阶段临床样本
309	2025-09-21	The tumor-associated fibroblasts regulate urothelial carcinoma progression 2025-Sep-19, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjaf032 PMID:40973873	研究论文	通过多组学技术研究肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）在上尿路尿路上皮癌（UTUC）进展中的调控作用	首次构建UTUC的全面微环境图谱，发现CAFs通过FN1和COL1A1与高恶性上皮细胞互作，并鉴定出与膀胱尿路上皮癌（BUC）共享的预后标志物	NA	探究CAFs在UTUC进展中的调控机制及与BUC的共性	上尿路尿路上皮癌（UTUC）和膀胱尿路上皮癌（BUC）的肿瘤微环境	肿瘤微环境研究	尿路上皮癌	scRNA-seq, snRNA-seq, Stereo-seq, 免疫荧光芯片	风险模型	单细胞转录组数据、空间转录组数据、免疫荧光数据	多队列样本（具体数量未明确说明）
310	2025-09-21	Bone marrow B lymphopoiesis accelerates early cerebral amyloid pathology 2025-Sep-18, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02419-0 PMID:40962797	研究论文	本研究揭示骨髓B淋巴细胞生成通过IL-6信号通路加速早期脑淀粉样蛋白病理	首次发现Aβ在AD患者颅骨骨髓中优先积累，并证明骨髓来源的年龄相关B细胞通过增强小胶质细胞反应性加剧AD神经病理	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究骨髓造血系统改变对阿尔茨海默病神经炎症和脑Aβ病理的影响	AD患者骨髓样本、5×FAD和APP/PS1转基因小鼠模型	神经免疫学	阿尔茨海默病	流式细胞术、细胞追踪分析、单细胞测序、颅内注射	转基因小鼠模型（5×FAD和APP/PS1）	细胞学数据、分子生物学数据、行为学数据	两种AD小鼠模型及IL-6敲除小鼠，具体样本量未明确说明
311	2025-09-21	Neural basis for parental behavioral transitions in mice 2025-Sep-18, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103113 PMID:40972155	综述	本文综述了小鼠亲代行为转换的神经基础，重点探讨激素与特定脑区细胞类型的相互作用机制	整合单细胞转录组学和细胞类型特异性遗传操作技术，揭示激素驱动大脑关键区域可塑性的新机制	主要基于小鼠模型研究，人类相关性尚需进一步验证；性二态性机制的讨论较为初步	阐明哺乳动物亲代行为转换的神经内分泌机制	小鼠的亲代护理行为及其神经基础	神经科学	NA	单细胞转录组学、细胞类型特异性遗传操作	NA	神经生物学数据	NA
312	2025-09-21	SPP1+ macrophages polarized by lactate confer the progression of hypoxic adaptive tumor cells in brain 2025-Sep-18, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf208 PMID:40973181	研究论文	本研究揭示了脑肿瘤中缺氧适应性肿瘤细胞通过乳酸极化SPP1+巨噬细胞促进肿瘤进展的机制	发现SPP1+巨噬细胞通过乳酸介导的组蛋白乳酸化被极化，并直接激活MAPK信号通路促进肿瘤生长	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究脑肿瘤微环境中缺氧适应性肿瘤细胞与巨噬细胞的相互作用机制	脑肿瘤微环境中的肿瘤细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	脑肿瘤	单细胞RNA测序、空间转录组、CRISPR/Cas9基因编辑、流式细胞术	NA	单细胞测序数据、空间转录组数据、实验数据	转基因小鼠模型和实验细胞模型
313	2025-09-21	Conformal Inference for Reliable Single Cell RNA-seq Annotation 2025-Sep-18, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf521 PMID:40973204	研究论文	本文提出一种基于共形预测框架的方法，用于提供可靠的单细胞RNA测序注释	利用共形推理解决单细胞RNA测序注释中的两个关键挑战：检测查询数据中的分布外细胞类型，以及通过良好校准的预测集进行可靠的细胞注释不确定性量化	NA	为单细胞RNA测序注释提供具有统计保证的可靠标注方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	共形预测框架	基因表达数据	十个批次实验，来源于多种组织
314	2025-09-21	RNA velocity and beyond: Current advances in modeling single-cell transcriptional dynamics 2025-Sep-18, Allergology international : official journal of the Japanese Society of Allergology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.alit.2025.08.005 PMID:40973591	综述	本文回顾了RNA Velocity及其衍生技术在单细胞转录动力学建模中的进展与应用	系统梳理了从基础模型到第二代计算工具（如scVelo、dynamo、CellRank）的演进，并探讨了与空间多组学数据整合及深度学习方法的前沿结合	讨论了当前RNA Velocity分析存在的挑战与局限性	总结单细胞转录动力学建模技术发展，推动对时间性生物过程的动态理解	单细胞RNA测序数据，重点关注免疫细胞分化与状态转换	计算生物学	过敏与免疫性疾病（如哮喘、特应性皮炎、慢性炎症）	scRNA-seq, RNA Velocity, 深度学习	NA	单细胞转录组数据，空间多模态数据	NA
315	2025-09-21	TissueMosaic: Self-supervised learning of tissue representations enables differential spatial transcriptomics across samples 2025-Sep-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101394 PMID:40925368	研究论文	提出一种自监督卷积神经网络TissueMosaic，用于从空间转录组数据中学习组织架构基序并关联基因表达	通过自监督学习发现组织架构基序，并开发基序富集策略提高空间差异表达分析的信噪比	NA	开发计算方法来关联细胞状态与微环境，并比较不同样本和条件下的空间转录组关系	多样本空间转录组数据集和组织架构基序	计算生物学	NA	空间转录组技术	CNN（卷积神经网络）	空间基因表达数据	NA
316	2025-09-21	Spatial transcriptomic analysis reveals lack of response to PD-1 blockade in recurrent glioblastoma 2025-Sep-17, Acta neuropathologica IF:9.3Q1 DOI:10.1007/s00401-025-02937-9 PMID:40960500	研究论文	本研究利用空间转录组学分析复发性胶质母细胞瘤对PD-1阻断治疗的无应答机制	首次在匹配的原发性和复发性GBM样本中应用空间转录组技术（GeoMx）分析肿瘤细胞和TAMs对PD-1阻断的分子响应	样本量较小（n=26），仅基于转录组层面分析未能检测到响应，可能忽略其他生物学层面的变化	探究PD-1阻断疗法在复发性胶质母细胞瘤中无效的分子机制	26例IDH野生型胶质母细胞瘤患者的匹配原发和复发肿瘤样本（其中16例接受nivolumab新辅助治疗）	数字病理学	胶质母细胞瘤	Digital Spatial Profiling (GeoMx), 空间转录组学	NA	空间转录组数据	26例患者（16例治疗组+10例对照组）的FFPE肿瘤样本
317	2025-09-21	Learning antibody sequence constraints from allelic inclusion 2025-Sep-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101368 PMID:40812311	研究论文	提出一种机器学习框架，利用等位基因包含数据识别抗体序列中的异常约束	首次利用等位基因包含事件作为数据源训练模型预测抗体序列的异常性	NA	识别违反表达和靶外反应性约束的抗体序列	人类和小鼠的抗体轻链和重链序列	机器学习	NA	单细胞测序，机器学习	机器学习模型	序列数据	NA
318	2025-09-21	Epithelial cell-derived lumican modulates extracellular matrix dynamics in early-life airways disease 2025-Sep-17, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.08.030 PMID:40972979	研究论文	本研究探讨了上皮细胞来源的lumican在早期气道疾病中调控细胞外基质动态的作用	揭示了lumican作为胶原组织关键重塑因子的先前未表征角色，及其在气道重塑中的直接功能影响	潜在限制包括样本年龄范围较广（1-16岁）以及动物模型与人类疾病的完全可比性	研究学龄前喘息和学龄期哮喘中气道ECM景观改变的机制	儿童患者（PSW和SA）以及HDM暴露的新生小鼠肺部	呼吸病学	哮喘和气道疾病	空间转录组学、共聚焦显微镜、二次谐波产生显微镜	NA	基因表达数据、显微成像数据	儿童患者（1-16岁）和HDM暴露的新生小鼠
319	2025-09-21	Automating classification of treatment responses to combined targeted therapy and immunotherapy in HCC 2025-Sep-17, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjaf031 PMID:40974077	研究论文	开发多模态CNN-Transformer模型，用于预测肝细胞癌患者对TKI联合免疫治疗的应答	首次结合临床与影像数据构建多模态深度学习模型，并采用自动肝脏肿瘤分割系统减少人工干预偏差	样本量有限（训练队列n=181，验证队列n=30），需进一步扩大验证	预测肝细胞癌患者对靶向联合免疫治疗的应答，优化个性化治疗策略	晚期肝细胞癌患者	数字病理	肝细胞癌	单细胞测序，磁共振成像	CNN-Transformer，3D U-Net	影像，临床数据	训练队列181例，独立验证队列30例
320	2025-09-21	Harnessing scRNA-seq and bulk RNA-seq to identify CD39+T cell genes for rheumatoid arthritis diagnosis and therapy 2025-Sep-17, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiaf130 PMID:40974094	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序技术识别CD39+T细胞相关基因，探索类风湿性关节炎的诊断与治疗生物标志物	首次整合scRNA-seq和bulk RNA-seq数据聚焦CD39+T细胞，发现PELI1等关键基因并构建lncRNA-miRNA调控网络	NA	识别类风湿性关节炎的诊断与治疗生物标志物	CD39+T细胞及相关基因	生物信息学	类风湿性关节炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习算法	NA	RNA测序数据	RA患者和正常样本的RNA-seq数据