单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-05-17	Novel approaches to CAR T cell target identification in acute myeloid leukemia 2025-Jun, Current opinion in pharmacology IF:4.0Q1 DOI:10.1016/j.coph.2025.102524 PMID:40311558	review	本文综述了急性髓系白血病（AML）中CAR T细胞靶点识别的新方法	介绍了结构表面组学识别肿瘤特异性蛋白构象，以及AI驱动的单细胞RNA测序整合多源数据以确定最佳靶点	NA	提高CAR T细胞的特异性并减少对正常组织的副作用，为AML及更广泛的癌症治疗提供更安全有效的途径	急性髓系白血病（AML）	肿瘤免疫治疗	急性髓系白血病	结构表面组学，AI驱动的单细胞RNA测序，细胞表面捕获技术	NA	RNA测序数据，蛋白质构象数据	NA
302	2025-05-17	Spatial Multiomics Toward Understanding Neurological Systems 2025-Jun, Journal of mass spectrometry : JMS IF:1.9Q2 DOI:10.1002/jms.5143 PMID:40360168	research paper	该论文探讨了空间多组学技术在理解神经系统动态生物过程中的应用及其潜力	结合代谢组学、转录组学和蛋白质组学，提供了一种更全面的方法来研究神经系统中的细胞相互作用	样本制备的优化、分子完整性的保持以及跨组学层数据的整合仍面临挑战	通过空间多组学技术增强对神经系统复杂疾病的理解	神经系统中的细胞类型及其相互作用	digital pathology	Alzheimer's disease, autism spectrum disorder	mass spectrometry imaging, transcriptomics, proteomics, metabolomics	NA	image, molecular data	NA
303	2025-05-17	Dissecting Autophagy Gene Expression in Endothelial Cells of Pulmonary Arterial Hypertension at Single-Cell Resolution 2025-Jun, Cardiology research IF:1.4Q3 DOI:10.14740/cr2055 PMID:40370624	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了肺动脉高压（PAH）内皮细胞中自噬相关基因的表达特征，并鉴定了DDIT4作为潜在的生物标志物	首次在单细胞分辨率下解析PAH内皮细胞中自噬相关基因的表达特征，并发现DDIT4作为新的PAH生物标志物	研究主要基于体外模型和生物信息学分析，需要进一步的体内实验验证	探究肺动脉高压内皮细胞中自噬相关基因的表达特征及其在疾病进展中的作用	肺动脉高压患者的内皮细胞	单细胞转录组学	肺动脉高压	scRNA-seq, 高维加权基因共表达网络分析(hdWGCNA), 蛋白质印迹(Western blotting)	NA	单细胞RNA测序数据	NA
304	2025-05-17	Harnessing Calmodulin-Related Genes to Build a Prognostic Model in Esophageal Squamous Cell Carcinoma for a Comprehensive Analysis of Single-Cell Immune Characteristics and Drug Efficacy 2025-May-16, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000561 PMID:40375794	研究论文	该研究利用钙调蛋白相关基因构建了一个食管鳞状细胞癌的预后模型，并分析了单细胞免疫特性和药物疗效	首次基于钙调蛋白相关基因构建了食管鳞状细胞癌的预后模型，并验证了特征基因的表达，同时发现了潜在的治疗药物AZD-8055	研究依赖于TCGA数据集，样本来源可能有限，且需要进一步实验验证模型的临床适用性	构建食管鳞状细胞癌的预后模型并探索其免疫特性和潜在治疗药物	食管鳞状细胞癌患者及其相关基因表达数据	数字病理学	食管鳞状细胞癌	qPCR, 单细胞测序, GSEA富集分析, 免疫浸润分析, 突变分析, 药物敏感性分析, 分子对接, CETSA	LASSO Cox回归模型, 多元Cox回归模型	基因表达数据, 单细胞测序数据	TCGA-ESCC数据集中的肿瘤和正常样本
305	2025-05-17	Deficiency of NPR-C triggers high salt-induced thoracic aortic dissection by impairing mitochondrial homeostasis 2025-May-16, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf085 PMID:40377018	研究论文	本研究探讨了NPR-C在胸主动脉夹层（TAD）发病中的作用及其分子机制	揭示了NPR-C通过调节线粒体稳态在TAD中的保护作用，并提出了NPR-C激活和亚精胺（SPD）补充作为新的TAD预防和治疗策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究NPR-C在TAD发病中的作用及潜在治疗策略	人类TAD患者和小鼠模型	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	RNA测序、单细胞测序	基因敲除小鼠模型	转录组数据、单细胞测序数据	人类TAD患者样本和BAPN处理的小鼠模型
306	2025-05-17	Reactivation of CTLA4-expressing T cells accelerates resolution of lung fibrosis in a humanized mouse model 2025-May-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI181775 PMID:40100323	研究论文	本研究通过空间转录组学和蛋白质组学技术，发现CTLA4在CD8+ T细胞中的上调与肺纤维化相关，并证明靶向CTLA4的药物ipilimumab可加速肺上皮再生并减少纤维化	首次发现CTLA4在CD8+ T细胞中的表达与肺纤维化的关系，并验证了ipilimumab通过促进衰老细胞清除来加速纤维化消退的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的转化效果尚需进一步验证	探究免疫检查点蛋白CTLA4在肺纤维化中的作用机制及潜在治疗策略	人类特发性肺纤维化患者样本和重复博来霉素诱导的小鼠肺纤维化模型	免疫学与纤维化研究	肺纤维化	空间转录组学、蛋白质组学	人类化CTLA4敲入小鼠模型	转录组数据、蛋白质表达数据	人类特发性肺纤维化患者样本和实验小鼠模型
307	2025-05-17	Acute kidney injury triggers hypoxemia by lung intravascular neutrophil retention that reduces capillary blood flow 2025-May-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI186705 PMID:40048367	research paper	该研究探讨了急性肾损伤（AKI）如何通过肺血管内中性粒细胞滞留引发低氧血症	揭示了AKI通过激活经典单核细胞释放CXCL2，导致中性粒细胞在肺毛细血管滞留，进而引起低氧血症的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据有限	阐明AKI引发低氧血症的细胞机制	急性肾损伤（AKI）患者和小鼠模型	NA	acute kidney injury	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	小鼠模型和有限的人类数据
308	2025-05-17	AI-Assisted Hypothesis Generation to Address Challenges in Cardiotoxicity Research: Simulation Study Using ChatGPT With GPT-4o 2025-May-15, Journal of medical Internet research IF:5.8Q1 DOI:10.2196/66161 PMID:40373295	研究论文	本研究探讨了ChatGPT与GPT-4o在生成创新性研究假设以解决心脏毒性研究中的五大挑战方面的能力	利用ChatGPT与GPT-4o生成创新性假设，并通过专家评估其新颖性和可行性，展示了AI在心脏毒性研究中的潜在应用	实验设计常被认为过于雄心勃勃，需要更多实际考量	探索AI在心脏毒性研究中生成创新性假设的能力	心脏毒性研究的五大挑战	自然语言处理	心血管疾病	单细胞RNA测序、多组学方法、机器学习	GPT-4o	文本	96个生成的假设，其中13个被评为高度新颖，62个为中等新颖
309	2025-05-17	Single-Cell RNA-Seq Reveals Aging-Related Impairment of Microglial Efferocytosis Contributing to Apoptotic Cells Accumulation After Retinal Injury 2025-May-15, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70097 PMID:40374315	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了衰老如何影响小胶质细胞的胞葬功能，进而导致视网膜损伤后凋亡细胞的积累	首次在单细胞水平揭示了衰老视网膜中小胶质细胞胞葬功能受损的分子机制，并验证了AXL-GAS6和MERTK-GAS6等配体-受体互作的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类视网膜衰老的类似机制仍需进一步验证	阐明衰老对小胶质细胞胞葬功能的影响及其在视网膜疾病中的作用	年轻和老年小鼠的视网膜细胞	数字病理学	老年性疾病	sc-RNA-seq	小鼠视网膜缺血/再灌注损伤模型	单细胞转录组数据	74,412个来自年轻和老年小鼠的视网膜细胞
310	2025-05-17	Single-cell sequencing and spatial transcriptomics reveal FAS+ T cell and autophagy-related signatures predicting chemoimmunotherapy response in diffuse large B-cell lymphoma patients 2025-May-15, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-024-2849-2 PMID:40374987	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了FAS阳性T细胞和自噬相关特征在预测弥漫大B细胞淋巴瘤患者对化疗免疫治疗反应中的作用	首次构建了基于自噬相关基因的预后模型，并鉴定FAS作为预后生物标志物，发现FAS阳性Treg和Tfh细胞富集的肿瘤微环境与良好预后相关	样本量相对有限，特别是单细胞测序数据仅来自4例患者，需要更大规模的研究验证	研究自噬相关基因在弥漫大B细胞淋巴瘤中的预后效应	弥漫大B细胞淋巴瘤患者	数字病理学	弥漫大B细胞淋巴瘤	单细胞测序, 空间转录组学, 抗体阵列	自噬相关预后模型	转录组数据, 蛋白质组数据	1409例DLBCL患者转录组数据, 531例健康对照, 4例单细胞测序数据, 10例空间转录组数据, 110例本地队列蛋白质组数据
311	2025-05-17	CD49d promotes T-cell senescence in chronic lymphocytic leukaemia 2025-May-15, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.20135 PMID:40375447	research paper	该研究探讨了CD49d在慢性淋巴细胞白血病（CLL）中对T细胞衰老的影响	揭示了CD49d在CLL患者T细胞衰老中的新作用，并提出了针对CD49d依赖性衰老途径可能逆转T细胞功能障碍的治疗策略	研究未涉及CD49d如何具体调控T细胞衰老的分子机制	探究CD49d对CLL患者T细胞生物学的影响	CLL患者和健康捐赠者的CD4+和CD8+ T细胞	免疫学	慢性淋巴细胞白血病	流式细胞术和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据和基因表达数据	未明确提及样本数量，但包括CLL患者和健康捐赠者的T细胞
312	2025-05-17	Deciphering the Immunomodulatory Function of GSN+ Inflammatory Cancer-Associated Fibroblasts in Renal Cell Carcinoma Immunotherapy: Insights From Pan-Cancer Single-Cell Landscape and Spatial Transcriptomics Analysis 2025-May-15, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70062 PMID:40375605	研究论文	本研究通过泛癌单细胞RNA测序和空间转录组学分析，探讨了GSN+炎症性癌症相关成纤维细胞在肾细胞癌免疫治疗中的免疫调节功能	首次利用泛癌单细胞RNA测序和空间转录组学分析GSN iCAFs的亚型及其在ICI治疗中的空间分布特征，并开发了预测ICI反应的Caf.Sig模型	研究主要基于体外和动物模型实验，临床验证仍需进一步扩大样本量	探究GSN+炎症性癌症相关成纤维细胞在免疫检查点抑制剂治疗中的作用机制	泛癌患者样本和肾透明细胞癌(ccRCC)样本	癌症免疫治疗	肾细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学测序(ST-seq)、机器学习	Caf.Sig模型	RNA测序数据	泛癌患者样本和ccRCC样本(具体数量未明确说明)
313	2025-05-17	METAB-HTX: prospective, longitudinal cohort study evaluating cardiac and systemic metabolism after heart transplantation 2025-May-15, ESC heart failure IF:3.2Q2 DOI:10.1002/ehf2.15330 PMID:40375600	研究论文	METAB-HTX是一项前瞻性纵向队列研究，评估心脏移植后的心脏和全身代谢情况	该研究首次全面评估心脏移植后代谢恶化与心脏功能及生存率的关系，并采用多种先进技术进行深度代谢和心脏表型分析	研究仅纳入400名患者，样本量相对有限，且随访时间为5年，可能无法完全反映长期代谢变化的影响	探究心脏移植后代谢变化与心脏功能及预后的关系，优化移植后代谢监测和治疗策略	心脏移植患者	心血管疾病研究	心血管疾病	心脏磁共振成像和光谱学(cMRI/MRS)、冠状动脉造影、第三代和第四代测序技术(长短读长测序)、单细胞测序	NA	临床数据、影像数据、基因组数据	400名心脏移植患者，随访5年
314	2025-05-17	Spatiotemporal analysis of lung immune dynamics in lethal Coccidioides posadasii infection 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.02562-24 PMID:39611685	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析致命性球孢子菌感染中的肺部免疫动态	识别了单核细胞来源的表达巨噬细胞作为组织重塑和纤维化的潜在介导者，并揭示了TGF-β和IL-6信号通路的激活	研究聚焦于致命性急性感染，可能不适用于所有类型的球孢子菌病	深入了解致命性球孢子菌感染中的免疫反应机制	致命性球孢子菌感染中的肺部免疫细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	RNA序列数据	NA
315	2025-05-17	Tumor-colonizing Pseudoalteromonas elyakovii metabolically reprograms the tumor microenvironment and promotes breast ductal carcinoma 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03873-24 PMID:40192290	研究论文	探讨肿瘤内微生物群与乳腺癌导管癌发展的关系及其对肿瘤微环境的代谢重编程作用	揭示了肿瘤内微生物群在乳腺癌发展中的具体作用及其促进肿瘤生长的机制	样本量较小（102例），且研究仅针对乳腺癌导管癌，未涵盖其他类型乳腺癌	研究肿瘤内微生物群对乳腺癌导管癌发展的影响及其潜在临床应用价值	乳腺癌导管癌患者肿瘤组织中的微生物群	肿瘤微生物学	乳腺癌	qRT-PCR、双免疫荧光染色、SweAMI探针杂交、scRNA-seq	NA	微生物组成数据、基因表达数据	102例乳腺癌导管癌样本
316	2025-05-17	Single-cell RNA sequencing reveals SLC31A1-mediated M2 polarization of macrophages promotes malignant progression in triple-negative breast cancer 2025-May-14, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-025-06191-0 PMID:40360897	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示SLC31A1介导的巨噬细胞M2极化促进三阴性乳腺癌的恶性进展	发现SLC31A1在巨噬细胞中的过表达与M2极化及TNBC恶性表型相关	未涉及SLC31A1调控M2极化的具体分子机制	探究三阴性乳腺癌免疫微环境中的关键调控基因及其功能	三阴性乳腺癌组织中的巨噬细胞亚群	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、qPCR、流式细胞术、Transwell实验、划痕实验	NA	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量
317	2025-05-17	Comprehensive single-cell transcriptomic reveals different destinies of melanocytes and dynamic changes of immune microenvironment in a psychological stress-induced leukoderma and leukotrichia mouse model 2025-May-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-025-01236-z PMID:40361040	research paper	通过单细胞转录组学分析心理压力诱导的白癜风和白毛小鼠模型中黑色素细胞的不同命运及免疫微环境的动态变化	发现了两种具有不同命运的黑色素细胞簇以及CXCL16-CXCR6轴激活的促炎微环境，为压力诱导的白癜风发病机制提供了新见解	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究心理压力诱导的白癜风和白毛的发病机制	C57BL/6 J小鼠模型中的黑色素细胞和免疫微环境	digital pathology	vitiligo	single-cell RNA sequencing, immunohistochemistry	chronic unpredictable mild stimulation (CUMS) mouse model	RNA-seq data, immunohistochemistry data	C57BL/6 J小鼠模型
318	2025-05-17	Dual oxic-anoxic co-culture enables direct study of anaerobe-host interactions at the airway epithelial interface 2025-May-14, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01338-24 PMID:40366160	research paper	该研究介绍了一种双氧-缺氧共培养（DOAC）方法，用于研究厌氧菌与宿主细胞在气道上皮界面的相互作用	开发了一种新的双氧-缺氧共培养（DOAC）平台，能够在维持宿主细胞氧供的同时，研究厌氧菌与上皮细胞的相互作用	共培养时间限制在约48小时，可能无法完全模拟长期相互作用	研究厌氧菌与宿主细胞在气道疾病病理生理学中的相互作用机制	厌氧菌和气道上皮细胞	微生物学与细胞生物学	气道疾病	双氧-缺氧共培养（DOAC）、bulk RNAseq、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
319	2025-05-17	scSTD: A Swin Transformer-Based Diffusion Model for Recovering scRNA-seq Data 2025-May-14, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3570265 PMID:40366848	research paper	介绍了一种名为scSTD的新型框架，结合Swin Transformer和潜在扩散模型，用于恢复单细胞RNA测序数据	首次将Swin Transformer架构与潜在扩散模型结合，用于scRNA-seq数据的恢复，能够更准确地恢复基因表达谱并保留细微的生物变异	未提及具体的数据集规模或计算资源需求，可能在实际应用中存在限制	解决单细胞RNA测序数据中的丢失事件和技术噪声问题，提高下游分析的可靠性	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	Swin Transformer, latent diffusion model	gene expression data	NA
320	2025-05-17	Potential mechanisms of epigenetic regulation in diabetic retinopathy from the perspectives of multi-omics 2025-May-14, Diabetology & metabolic syndrome IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s13098-025-01723-7 PMID:40369608	research paper	本研究通过多组学数据探索了糖尿病视网膜病变（DR）的表观遗传调控机制	构建了DR相关的全面表观遗传调控网络，并鉴定了关键调控基因	研究依赖于公共数据库数据，未进行实验验证	探索糖尿病视网膜病变的表观遗传调控机制	糖尿病视网膜病变（DR）相关的表观遗传修饰	生物信息学	糖尿病视网膜病变	DNA甲基化分析、mRNA和miRNA表达分析、单细胞RNA测序	NA	基因组学数据、转录组学数据	包括10,716个差异甲基化基因、1,181个差异表达mRNA和615个差异表达miRNA