单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-09-05	Systemic activation of NRF2 contributes to the therapeutic efficacy of clinically-approved KRAS-G12C anti-cancer drugs 2025-Sep-01, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03162-7 PMID:40890297	研究论文	研究发现临床批准的KRAS-G12C抑制剂通过激活NRF2通路增强抗癌免疫疗效	首次揭示KRAS-G12C抑制剂通过靶向KEAP1半胱氨酸传感器激活NRF2通路，形成药物双重作用机制	未明确NRF2激活在不同肿瘤微环境中的具体免疫调控机制	探究NRF2异常激活对KRASG12C抑制剂临床响应的影响机制	KRAS突变肺癌患者及KEAP1-NRF2通路共突变模型	肿瘤药理	肺癌	基因敲除、scRNA-seq、表面等离子共振	NA	分子互作数据、基因表达数据	未明确样本数量，使用临床批准药物Sotorasib和Adagrasib进行研究
302	2025-09-05	Spatialsmooth: a spatially-aware convolutional autoencoder framework for enhanced deconvolution of spatial transcriptomics data 2025-Sep-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-025-11959-2 PMID:40890608	研究论文	提出基于卷积自编码器的空间平滑方法Spatialsmooth，用于提升空间转录组数据的反卷积效果	整合多种空间反卷积工具，充分利用位置编码保留空间信息，并通过卷积自编码器优化细胞类型组成的空间分布	NA	提升空间转录组数据反卷积的准确性和空间一致性	空间转录组数据中的细胞类型组成	生物信息学	胰腺导管腺癌	空间转录组技术	卷积自编码器	空间基因表达数据	多对数据集（包括胰腺导管腺癌数据集）
303	2025-09-05	[Progress of scRNA-seq technology in nasopharyngeal carcinoma research] 2025-Sep, Lin chuang er bi yan hou tou jing wai ke za zhi = Journal of clinical otorhinolaryngology head and neck surgery DOI:10.13201/j.issn.2096-7993.2025.09.017 PMID:40898906	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在鼻咽癌研究中的应用进展	总结了scRNA-seq技术在解析鼻咽癌肿瘤异质性、微环境及治疗耐药机制中的创新应用	NA	探讨scRNA-seq技术在鼻咽癌精准医疗发展中的潜力	鼻咽癌及其肿瘤微环境	数字病理学	鼻咽癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
304	2025-09-05	Single cell-RNA sequencing reveal TOP2A as a key driver of hepatocellular carcinoma progression 2025-Aug-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-16785-w PMID:40887474	研究论文	通过单细胞RNA测序和功能实验揭示TOP2A作为肝细胞癌进展的关键驱动因子及其免疫调控机制	首次整合scRNA-seq和功能实验证明TOP2A通过SPP1-CD44轴促进Tmem向Tex分化并介导免疫逃逸	研究主要基于细胞系实验，缺乏体内动物模型验证和临床样本的深入机制研究	探究TOP2A在肝细胞癌中的生物学功能及其作为治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）细胞系HepG2和Huh-7，以及单细胞RNA测序数据	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、QPCR、Western Blotting、siRNA干扰、CCK8 assay、伤口愈合实验、Transwell实验、流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据、基因表达数据、蛋白质印迹数据	两种肝癌细胞系（HepG2和Huh-7）及对应的scRNA-seq数据集
305	2025-09-05	Protocol optimization improves the performance of multiplexed RNA imaging 2025-Aug-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-17477-1 PMID:40887478	研究论文	本文通过系统优化MERFISH技术的实验方案，提升多重RNA成像的性能	首次系统评估并优化MERFISH技术中探针设计、杂交条件、缓冲液存储与成分等多个关键协议参数	NA	提高空间转录组学中多重RNA原位杂交技术的检测性能	细胞培养物和组织样本中的RNA分子	空间转录组学	NA	MERFISH（多重错误鲁棒荧光原位杂交）, smFISH（单分子荧光原位杂交）	NA	光学成像数据	NA
306	2025-09-05	scSorterDL: a deep neural network-enhanced ensemble LDAs for single cell classifications 2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf446 PMID:40889117	研究论文	提出一种结合惩罚线性判别分析、群体学习和深度神经网络的创新方法scSorterDL，用于提升单细胞RNA测序数据的细胞类型分类性能	首次将惩罚LDA、群体学习和深度神经网络集成，通过生成随机数据子集并利用DNN整合模型输出，捕获传统方法可能忽略的复杂关系	NA	解决单细胞RNA测序数据高维性和稀疏性带来的细胞类型注释挑战	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, GPU计算	pLDA, DNN, 群体学习	基因表达数据	13个真实scRNA-seq数据集和20对跨平台数据集
307	2025-09-05	Effects of esketamine on electrophysiology and metabolic reprogramming in brain organoids: insights into antidepressant mechanisms 2025-Aug-30, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03198-4 PMID:40885845	研究论文	本研究探讨艾氯胺酮对源自健康对照和抑郁症患者iPSC的脑类器官电生理和代谢重编程的影响	首次使用人源脑类器官模型揭示艾氯胺酮通过能量代谢途径调控NMDAR活性和电生理的浓度和时间依赖性机制	NA	阐明艾氯胺酮的抗抑郁药理机制	源自健康对照和抑郁症患者iPSC的脑类器官	神经科学	抑郁症	单细胞RNA测序，电生理监测，代谢分析	NA	电生理数据，基因表达数据，代谢数据	使用健康对照和抑郁症患者来源的iPSC脑类器官（具体数量未明确说明）
308	2025-09-05	Piezo1 promotes colitis progression by modulating the Nrf2/NF-κB/NLRP3 signaling pathway 2025-Aug-29, Biochemical pharmacology IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.bcp.2025.117293 PMID:40886854	研究论文	本研究探讨机械敏感离子通道Piezo1通过调控Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路促进结肠炎进展的机制	首次揭示Piezo1在结肠炎中通过调节Nrf2/NF-κB/NLRP3信号通路加剧炎症损伤的作用机制	研究仅限于小鼠模型，人类临床相关性尚需进一步验证	探究Piezo1在肠道炎症病理生理中的作用及其信号调控机制	野生型和Piezo1Lyz2基因敲除小鼠的溃疡性结肠炎模型	分子病理学	炎症性肠病	单细胞测序、RNA测序、DSS诱导结肠炎模型	NA	基因表达数据、病理学数据	小鼠结肠炎模型（具体数量未明确说明）
309	2025-09-05	TGFB2/IGFBP5 activated by transcription factors STAT2 and SMAD3 initiate granulosa cell degeneration and cause follicular atresia in chickens 2025-Aug-28, Poultry science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.psj.2025.105747 PMID:40902342	研究论文	本研究揭示了STAT2和SMAD3转录因子激活TGFB2/IGFBP5通路引发鸡颗粒细胞退化及卵泡闭锁的分子机制	首次发现STAT2是TGFB2和IGFBP5的共同转录因子，并揭示JAK/STAT与TGF-β/SMAD信号通路在卵泡闭锁中的协同调控作用	NA	探究鸡卵泡闭锁的分子调控机制以改善产蛋性能	鸡颗粒细胞和卵泡闭锁过程	分子生物学	生殖系统疾病	DNA pull-down assay, 质谱分析, 单细胞调控网络推断与聚类(SCENIC), 单细胞RNA测序	NA	基因组数据, 转录组数据, 蛋白质数据	NA
310	2025-09-05	Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma 2025-Aug-27, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09445-6 PMID:40866703	研究论文	本研究揭示机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤表型可塑性转换	首次发现机械限制通过HMGB2蛋白调控染色质构象，驱动增殖态与侵袭态的表型转换	NA	探究黑色素瘤表型转换的外部触发机制	斑马鱼黑色素瘤模型及人类样本中的肿瘤界面细胞	肿瘤细胞生物学	黑色素瘤	空间转录组学、单细胞转录组学、定量建模	NA	转录组数据、形态学数据	斑马鱼模型与人类样本联合研究
311	2025-09-05	Aggrecan protects against plaque accumulation and is essential for proper microglial responses to plaques 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116064 PMID:40748756	研究论文	本研究探讨了聚集蛋白聚糖（ACAN）在阿尔茨海默病中对斑块积累的抑制作用及其对小胶质细胞反应的关键调控作用	首次通过基因敲除模型证明ACAN缺失会导致斑块沉积增加、形态异常，并发现其对疾病相关小胶质细胞（DAM）表型的调控作用	研究基于5xFAD转基因小鼠模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究神经元周围网络（PNNs）在阿尔茨海默病发病机制中的作用	5xFAD转基因小鼠模型和ACAN条件性敲除小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	基因敲除技术、单细胞空间转录组学	条件性基因敲除模型	基因表达数据、组织形态学数据	转基因小鼠模型群体（具体数量未明确说明）
312	2025-09-05	MYD88 mutations in clonal hematopoiesis promote inflammation and hematopoietic stem cell expansion 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.19.660202 PMID:40667002	研究论文	本研究探讨MYD88突变在克隆造血中的作用及其通过激活先天免疫通路促进炎症和造血干细胞扩增的机制	首次揭示MYD88突变（包括淋巴瘤相关和新变异）在普通人群和实体癌患者中驱动克隆造血的具体炎症机制	未明确说明样本规模及人群代表性，可能限制结论的普适性	阐明MYD88基因突变在克隆造血中的功能及其对炎症和血液疾病的影响	人类血液细胞、小鼠模型中的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）	血液学	血液疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、小鼠模型构建、IRAK1/4抑制剂干预	小鼠基因工程模型	基因组数据、转录组数据	NA
313	2025-09-05	Single-cell RNA sequencing defines developmental progression and reproductive transitions of Pneumocystis carinii 2025-Aug-25, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.01277-25 PMID:40853149	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术首次绘制了卡氏肺孢子虫的发育进程和生殖转换图谱	首次建立卡氏肺孢子虫的单细胞转录组图谱，揭示其13个转录特征不同的发育阶段	依赖宿主环境且无法连续培养的病原体研究存在技术挑战	解析宿主专性真菌病原体的完整生命周期和生殖转换机制	卡氏肺孢子虫（Pneumocystis carinii）	基因组学	肺部感染	scRNA-seq（10× Genomics平台）, RT-qPCR	NA	单细胞转录组数据	87,716个细胞（来自感染大鼠的支气管肺泡灌洗液）
314	2025-09-05	Investigating cytotoxic and inflammatory human IL-7 receptor low effector memory CD8+ T cells in lupus 2025-Aug-25, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105898 PMID:40857939	研究论文	本研究通过分析狼疮患者中IL7Rlow效应记忆CD8+ T细胞的异质性，探讨其在炎症和组织损伤中的作用	首次发现IL7Rlow效应记忆CD8+ T细胞亚群在狼疮外周血和肾脏中积累，并证实其通过TNF-α和IFN-γ诱导中性粒细胞胞外诱捕网形成	NA	探究CD8+ T细胞异质性在狼疮发病机制中的作用	狼疮患者的外周血和肾脏组织样本	免疫学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq, RNA-seq, 微阵列, 成像质谱流式技术(IMC)	NA	基因表达数据, 组织成像数据	来自狼疮患者和正常人的外周血及肾脏组织样本（具体数量未明确说明）
315	2025-09-05	A mouse organoid platform for modeling cerebral cortex development and cis-regulatory evolution in vitro 2025-Aug-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.08.001 PMID:40876454	研究论文	开发了一种利用小鼠上皮干细胞生成大脑皮层类器官的可重复协议，用于模拟皮层发育和顺式调控进化	首次建立了能够重现胚胎皮层时序和细胞分化程序的小鼠皮层类器官平台，并利用杂交干细胞系统全面绘制发育过程中顺式调控变异	NA	研究大脑皮层发育的基因调控机制和跨物种顺式调控进化	小鼠大脑皮层类器官	发育生物学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	类器官模型	基因表达数据	来自实验室小鼠（C57BL/6J）与四种野生近交系杂交产生的F1杂交上皮干细胞
316	2025-09-05	Robust and adaptive non-parametric tests for detecting general distributional shifts in gene expression 2025-Aug-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2025.101147 PMID:40902592	研究论文	提出一种名为QRscore的非参数统计框架，用于检测基因表达中的分布偏移，包括均值偏移和方差偏移	扩展Mann-Whitney检验，通过负二项和零膨胀负二项分布推导模型信息权重，能同时检测均值和方差偏移	NA	开发更全面的差异表达分析方法，检测基因表达中的各种分布变化	基因表达数据	生物信息学	NA	RNA-seq，单细胞RNA-seq	非参数统计框架	基因表达数据	GTEx项目的大量RNA-seq数据和AIDA亚洲免疫多样性图谱的单细胞RNA-seq数据
317	2025-09-05	Pro-inflammatory immune microenvironment and Thrombospondin-1-positive monocytes as drivers of osteoclastogenesis in postmenopausal osteoporosis 2025-Aug-24, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1093/jbmr/zjaf083 PMID:40515615	研究论文	通过单细胞RNA测序分析绝经后骨质疏松症患者骨髓微环境，揭示促炎免疫微环境和特定单核细胞亚群在破骨细胞生成中的驱动作用	首次在单细胞水平描绘PMOP骨髓细胞异质性，鉴定出THBS1+单核细胞亚群及其通过NOD样受体通路促进破骨细胞生成的新机制	样本量较小（10例患者+10例对照），主要发现仍需进一步体内外实验验证	解析绝经后骨质疏松症的骨髓微环境细胞组成和破骨细胞生成关键通路	绝经后骨质疏松症患者骨髓细胞及小鼠模型	单细胞转录组学	骨质疏松症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，组织学验证，体外通路调控	NA	单细胞转录组数据	20例样本（10例PMOP患者+10例对照），共93,867个细胞
318	2025-09-05	MODE: high-resolution digital dissociation with deep multimodal autoencoder 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.02.631152 PMID:40894791	研究论文	提出一种名为MODE的多模态自编码器流程，用于高分辨率数字解离，联合预测个性化多组学谱和细胞组成	通过结合内部非转录组参考和外部scRNA-seq数据构建伪批量数据，实现多维度特征关联，解决了传统方法依赖模糊细胞标记和参考目标差异的问题	NA	开发适用于多组学数据的组织数字解离方法，提升细胞图谱构建和肿瘤微环境分解能力	批量组织样本的多组学数据	计算生物学	肿瘤	多组学分析，scRNA-seq	多模态自编码器	多组学数据	多种组织类型的真实多组学数据（具体数量未明确说明）
319	2025-09-05	Single-cell clonal lineage tracing identifies the transcriptional program controlling the cell fate decisions by neoantigen-specific CD8 + T cells 2025-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.13.670223 PMID:40894735	研究论文	本研究通过单细胞克隆谱系追踪揭示了新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录调控程序	首次联合单细胞转录组和TCR分析技术，系统描绘了新抗原特异性CD8+T细胞在肿瘤和引流淋巴结中的克隆扩增与分化轨迹	研究基于小鼠前列腺癌模型，人类临床适用性仍需进一步验证	解析新抗原特异性CD8+T细胞命运决定的转录调控机制及其与临床疗效的关联	新抗原特异性CD8+T细胞	免疫学	前列腺癌	单细胞转录组测序、TCR谱分析	NA	单细胞转录组数据、TCR序列数据	小鼠前列腺癌模型中的肿瘤和引流淋巴结样本
320	2025-09-05	CART-GPT: A T Cell-Informed AI Linguistic Framework for Interpreting Neurotoxicity and Therapeutic Outcomes in CAR-T Therapy 2025-Aug-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.08.669387 PMID:40832178	研究论文	开发基于Transformer的CART-GPT模型，利用单细胞RNA测序数据预测CAR-T疗法疗效和神经毒性风险	首个针对CAR-T疗法同时预测治疗反应和ICANS神经毒性风险的AI模型，采用创新的细胞聚合策略将单细胞预测与患者层面指标关联	NA	提高CAR-T疗法患者特异性治疗效果和神经毒性预测能力	CAR-T细胞群体和接受CAR-T治疗的患者	自然语言处理	血液系统恶性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Transformer	基因表达数据	112万个经过临床结果注释的CAR-T单细胞RNA-seq图谱