单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27621 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-05-07 |
Comprehensive Pan-Cancer Analysis of RAC1 Decoding the Impact on Cancer Prognosis and B cell immune Regulation
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.104488
PMID:39898257
|
研究论文 | 本文对RAC1在33种癌症类型中的表达及其对癌症预后和B细胞免疫调节的影响进行了全面分析 | 揭示了RAC1在多种癌症中的高表达及其与不良预后的关联，首次系统研究了RAC1在肿瘤免疫微环境中的作用 | 研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证 | 探索RAC1在泛癌水平上的表达特征及其对肿瘤免疫微环境的调控作用 | 33种癌症类型中的RAC1表达 | 癌症基因组学 | 泛癌分析 | 基因组变异分析（CNV、TMB、MSI）、单细胞转录组分析、空间转录组分析 | 预后特征模型 | 基因组数据、转录组数据 | 33种癌症类型的多组学数据 |
| 302 | 2025-05-07 |
Research Trends and Dynamics in Single-cell RNA Sequencing for Musculoskeletal Diseases: A Scientometric and Visualization Study
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.104697
PMID:39898252
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研究论文 | 本研究通过科学计量和可视化方法，分析了过去15年单细胞RNA测序技术在肌肉骨骼疾病研究中的应用趋势和动态 | 首次对scRNA-seq在肌肉骨骼疾病领域的应用进行全面科学计量和可视化分析，揭示了研究趋势、关键方向和未来前景 | 数据来源仅限于Web of Science核心合集，可能未涵盖所有相关研究 | 分析scRNA-seq技术在肌肉骨骼疾病研究中的应用进展和趋势 | 肌肉骨骼疾病相关的scRNA-seq研究文献 | 数字病理 | 肌肉骨骼疾病 | scRNA-seq | NA | 文献数据 | Web of Science核心合集中2009年1月1日至2024年9月6日的相关文献 |
| 303 | 2025-05-07 |
Integrating Tissue Microarray to GeoMx® Digital Spatial Profiler : Spatial Transcriptomics Assay with Bioinformatics Analysis
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_9
PMID:39900760
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研究论文 | 本文介绍了如何将组织微阵列整合到GeoMx®数字空间分析仪中，进行空间转录组学检测及生物信息学分析 | 详细描述了数字空间分析仪（DSP）的NGS检测协议及生物信息学分析流程，特别关注组织微阵列的整合及GeoMx RNA检测的特定方法 | 依赖于NanoString公司提供的GeoMX DSP指南和GeoMx数据分析手册的当前版本，需定期检查更新 | 推动空间转录组学技术在疾病研究和治疗中的应用 | 组织微阵列和GeoMx RNA检测 | 空间转录组学 | NA | NGS, RNA-Seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 304 | 2025-05-07 |
Accelerating Single-Cell Sequencing Data Analysis with SciDAP: A User-Friendly Approach
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_13
PMID:39900764
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研究论文 | 介绍了一种名为SciDAP的用户友好平台，用于加速单细胞测序数据分析 | SciDAP平台为不具备计算专业知识的生物学家提供了便携且可重复的测序数据分析流程，使用Common Workflow Language (CWL)编写 | 未提及具体的数据分析精度或与其他平台的比较 | 解决单细胞测序数据分析中的复杂性和可重复性问题 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、单细胞ATAC测序(scATAC-Seq)和单细胞多组学测序(scMultiome)数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-Seq, scATAC-Seq, scMultiome, scVDJ-Seq | NA | 测序数据 | NA |
| 305 | 2025-05-07 |
Analysis of downstream targets of PAX6 and LHX2, fundamental regulators of the developing mammalian neocortex
2025, Journal of biosciences
IF:2.1Q2
PMID:39912400
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研究论文 | 分析PAX6和LHX2这两个哺乳动物大脑皮层发育中的基本调控因子的下游靶基因 | 比较了PAX6和LHX2的染色质占据情况以及各自缺失时的转录失调，识别了共同直接和间接靶基因，并分析了它们在神经发生过程中的表达模式 | 未进行实验验证所提出的假设 | 探究PAX6和LHX2在哺乳动物大脑皮层发育中的基因调控网络 | PAX6和LHX2转录因子及其下游靶基因 | 发育生物学 | NA | 染色质占据分析、单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA |
| 306 | 2025-05-07 |
Systemic immune profiling analysis identifying M2-TAM related genes predicted colon cancer prognosis and chemotherapy responses
2024-Dec-27, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000040979
PMID:39969348
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research paper | 该研究通过系统性免疫分析，识别与M2型肿瘤相关巨噬细胞相关的基因，以预测结肠癌的预后和化疗反应 | 开发了新的M2型巨噬细胞标记物，并构建了一个基于M2基因签名的风险模型，用于预测结肠癌患者的预后 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能需要进一步实验验证 | 探索新的M2型巨噬细胞标记物，以改善结肠癌的预后预测和临床治疗 | 结肠癌患者及其免疫微环境 | digital pathology | colon cancer | bulk transcriptome, single-cell RNA sequencing, weighted gene coexpression network analysis, least absolute shrinkage and selection operator, Cox regression | risk model | RNA sequencing data, clinical data | 来自The Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的结肠癌患者数据 |
| 307 | 2025-05-07 |
Biophysical model for joint analysis of chromatin and RNA sequencing data
2024-Dec, Physical review. E
DOI:10.1103/PhysRevE.110.064405
PMID:39916216
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研究论文 | 提出了一种用于联合分析染色质和RNA测序数据的生物物理模型 | 开发了一种生物物理模型，用于参数化多组数据，并评估多组数据相对于未注册的单细胞RNA-seq和单细胞ATAC-seq的优势 | 未提及具体样本量或实验验证的局限性 | 研究如何联合分析染色质可及性和基因表达数据，以评估多组数据的优势 | 染色质动态和转录过程 | 生物信息学 | NA | ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞多组学方法 | 生物物理模型 | 测序数据 | NA |
| 308 | 2025-05-07 |
Cell-type deconvolution for bulk RNA-seq data using single-cell reference: a comparative analysis and recommendation guideline
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf031
PMID:39899596
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研究论文 | 本文通过系统评估九种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，提出了在不同场景下选择合适方法的推荐指南 | 首次系统比较了多种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法，并提出了实用推荐指南 | 研究仅评估了九种方法，可能未涵盖所有现有方法 | 评估和比较基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法在组织细胞类型比例估计中的准确性和鲁棒性 | 九种反卷积方法和五组单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，流式细胞术 | NA | RNA测序数据 | 五组单细胞RNA测序数据集和真实批量数据 |
| 309 | 2025-05-07 |
Single-cell multi-omics analysis reveals cooperative transcription factors for gene regulation in oligodendrocytes
2024-Jun-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.19.599799
PMID:38948852
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示了少突胶质细胞中转录因子的协同作用对基因调控的影响 | 整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，识别了少突胶质细胞中协同调控靶基因表达的转录因子对，并利用深度学习模型预测了这些转录因子的重要性 | 研究主要基于计算模型预测，部分结果需要实验验证 | 探究少突胶质细胞中转录因子如何协同调控基因表达 | 少突胶质细胞及其转录因子 | 生物信息学 | 脑部疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq, ChIP-seq | 深度学习模型 | 单细胞多组学数据 | NA |
| 310 | 2025-05-07 |
Utilization of donor CLL-1 CAR-T cells for the treatment of relapsed of acute myeloid leukemia following allogeneic hematopoietic stem cell transplantation
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1491341
PMID:39896798
|
research paper | 评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病中的疗效和安全性 | 首次使用供体来源的CLL-1 CAR-T细胞治疗异基因造血干细胞移植后复发的AML患者，并探索了CAR-T细胞输注前的CD4+和CD8+比例调整以减轻副作用 | 样本量较小（12例患者），且2例患者因疾病快速进展退出研究 | 评估供体来源的CLL-1 CAR-T细胞在治疗AML中的疗效和安全性 | 14例异基因造血干细胞移植后复发的AML患者（最终12例接受治疗） | 肿瘤免疫治疗 | 急性髓系白血病（AML） | scRNA-seq | CAR-T细胞疗法 | 临床数据、单细胞RNA测序数据 | 12例接受治疗的AML患者 |
| 311 | 2025-05-07 |
Characterizing tumor biology and immune microenvironment in high-grade serous ovarian cancer via single-cell RNA sequencing: insights for targeted and personalized immunotherapy strategies
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1500153
PMID:39896800
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究高级别浆液性卵巢癌的肿瘤生物学特性及免疫微环境，为靶向和个性化免疫治疗策略提供见解 | 利用单细胞RNA测序技术系统研究HGSOC的肿瘤异质性和免疫微环境，发现与不良预后相关的C2 IGF2+肿瘤细胞亚型及其与肿瘤进展的关联 | 研究依赖于公开数据库的scRNA-seq数据，可能受限于样本量和数据质量 | 揭示HGSOC进展和治疗抵抗的分子机制，开发更有效的个性化治疗策略 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）的肿瘤细胞亚型及其免疫微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 预后模型 | RNA测序数据 | 从GEO数据库获取的scRNA-seq数据 |
| 312 | 2025-05-07 |
Elucidating the causal associations and mechanisms between circulating immune cells and idiopathic pulmonary fibrosis: new insights from Mendelian randomization and transcriptomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1437984
PMID:39896814
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和转录组学分析，探讨循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及潜在生物标志物 | 结合孟德尔随机化和转录组学数据，首次系统性地研究了免疫细胞表型与IPF的因果关系，并鉴定了三个新的生物标志物 | 研究依赖于公开数据库的GWAS数据，可能存在样本选择偏倚 | 阐明循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及机制 | 循环免疫细胞表型和特发性肺纤维化患者 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 孟德尔随机化分析、转录组学分析、单细胞RNA测序 | IVW等五种孟德尔随机化方法 | 基因组关联研究数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 来自公开数据库的GWAS数据和IPF患者样本 |
| 313 | 2025-05-07 |
Novel pyroptosis-immune-related lncRNA signature exhibits a distinct immune cell infiltration landscape in breast cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1522327
PMID:39906743
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研究论文 | 本研究通过分析焦亡和免疫相关的长链非编码RNA（lncRNA），构建了一个六-lncRNA特征，用于预测乳腺癌患者的预后和免疫治疗反应 | 首次构建了一个结合焦亡和免疫相关lncRNA的特征，用于预测乳腺癌预后和免疫治疗反应，并揭示了不同的免疫细胞浸润模式 | 研究依赖于TCGA数据集，需要进一步的外部验证 | 识别乳腺癌的潜在治疗靶点，并预测患者的预后和免疫治疗反应 | 乳腺癌患者 | 生物信息学 | 乳腺癌 | Pearson相关系数、单变量Cox回归分析、LASSO方法、单细胞测序 | 六-lncRNA特征模型 | RNA-seq数据、单细胞测序数据 | TCGA数据集中的乳腺癌患者样本 |
| 314 | 2025-05-07 |
A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619
PMID:39906744
|
研究论文 | 一项关于BTK抑制剂zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫住院患者中的随机、安慰剂对照试验，评估其免疫生物标志物和临床效果 | 研究评估了新一代BTK抑制剂zanubrutinib在SARS-CoV-2感染患者中的效果，并观察其对免疫反应的影响 | zanubrutinib在临床恢复方面未显示出优于安慰剂的效果，可能与大多数患者同时接受类固醇和抗病毒治疗有关 | 评估zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫患者中的治疗效果及其对免疫反应的影响 | COVID-19呼吸窘迫住院患者 | 医学研究 | COVID-19 | 随机对照试验、单细胞转录组分析 | NA | 临床数据、生物标志物数据 | 队列1有63名患者（zanubrutinib组30名，安慰剂组33名），队列2有4名患者 |
| 315 | 2025-05-07 |
Immune regulatory genes impact the hot/cold tumor microenvironment, affecting cancer treatment and patient outcomes
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1382842
PMID:39911580
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研究论文 | 研究通过分析肿瘤微环境中的免疫基因，区分热/冷肿瘤，并探索其对癌症治疗和患者预后的影响 | 开发了一个框架来区分不同癌症类型中具有临床意义的免疫亚型，并确定了几个潜在靶点用于将冷肿瘤转化为热肿瘤以提高抗癌治疗效果 | 尚未就热/冷肿瘤的临床相关定义达成共识，且免疫基因对热/冷肿瘤形成的影响仍知之甚少 | 探索免疫调控基因如何影响肿瘤微环境，从而影响癌症治疗和患者预后 | 33种不同类型的癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列 | 肿瘤免疫学 | 多种癌症（包括膀胱尿路上皮癌、胰腺腺癌和宫颈鳞状细胞癌） | CIBERSORT算法、基因集变异分析、单细胞RNA测序、多重免疫组织化学 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫组织化学数据 | 来自The Cancer Genome Atlas数据库的33种癌症数据，以及胰腺腺癌临床队列 |
| 316 | 2025-05-07 |
Construction of monocyte-related prognosis model based on comprehensive analysis of bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq in high-grade serous ovarian cancer
2023-Dec-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000036548
PMID:38115318
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research paper | 该研究通过综合分析bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，构建了与单核细胞相关的高级别浆液性卵巢癌预后模型 | 识别了37个单核细胞差异表达标记基因，并筛选出A2M、CD163和FPR1作为枢纽基因构建风险模型，揭示了这些基因在肿瘤发展中的作用机制 | 研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制 | 寻找高级别浆液性卵巢癌的新生物标志物并构建预后模型 | 高级别浆液性卵巢癌患者 | digital pathology | ovarian cancer | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | risk model | RNA-seq data | 来自TCGA和GEO数据库的数据 |
| 317 | 2025-05-07 |
Identification of central genes for endometriosis through integration of single-cell RNA sequencing and bulk RNA sequencing analysis
2023-Dec-15, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000036707
PMID:38115253
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，识别子宫内膜异位症的核心基因并构建预测模型 | 结合单细胞细胞通讯方法、WGCNA分析和LASSO模型，识别出与子宫内膜异位症组织干细胞标记物相关的关键基因 | 未提及样本量是否足够大或是否进行了实验验证 | 识别子宫内膜异位症的关键基因并构建诊断和治疗的新方向 | 子宫内膜异位症相关基因 | 生物信息学 | 子宫内膜异位症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序、WGCNA分析、LASSO模型 | LASSO | RNA测序数据 | NA |
| 318 | 2025-05-07 |
Secretory GFP reconstitution labeling of neighboring cells interrogates cell-cell interactions in metastatic niches
2023-12-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43855-2
PMID:38052804
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研究论文 | 本文通过改进基于分裂绿色荧光蛋白（GFP）的遗传编码系统，开发了一种名为sGRAPHIC的技术，用于高效荧光标记与癌细胞在深层组织中相邻并可能相互作用的组织驻留细胞 | 开发了sGRAPHIC系统，能够高效标记并分离转移灶相关组织驻留细胞，结合单细胞RNA测序平台揭示其基因表达模式 | 研究仅在小鼠肝脏转移模型中进行，尚未在人类或其他癌症类型中验证 | 探究转移灶中细胞间相互作用的机制 | 转移灶相关的组织驻留细胞（如肝细胞） | 癌症生物学 | 癌症转移 | 分裂GFP系统、单细胞RNA测序 | 小鼠肝脏转移模型 | 基因表达数据 | NA |
| 319 | 2025-05-07 |
Interaction dynamics between innate and adaptive immune cells responding to SARS-CoV-2 vaccination in non-human primates
2023-12-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43420-x
PMID:38042809
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研究论文 | 该研究通过整合恒河猴对mRNA-1273疫苗接种的先天和适应性免疫反应，扩展了对SARS-CoV-2疫苗免疫机制的理解 | 首次在非人灵长类动物模型中整合先天和适应性免疫反应，揭示了S特异性T细胞与先天免疫细胞之间的双向信号传导机制 | 研究仅针对mRNA-1273疫苗在恒河猴中的反应，结果可能不能完全推广到人类或其他疫苗 | 研究SARS-CoV-2疫苗接种后先天免疫和适应性免疫细胞之间的相互作用动态 | 恒河猴 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，但涉及多个时间点的先天免疫细胞和抗原特异性B、T细胞 |
| 320 | 2025-05-07 |
Young infants display heterogeneous serological responses and extensive but reversible transcriptional changes following initial immunizations
2023-12-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43758-2
PMID:38042900
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research paper | 该研究分析了两个月大婴儿在接种疫苗前后的免疫反应，揭示了抗体反应的异质性以及转录组的显著变化 | 首次在婴儿群体中详细描述了疫苗接种后的血清学反应和转录组变化，并发现了干扰素刺激基因(ISGs)的显著过表达 | 研究样本量有限，且仅观察了短期免疫反应 | 了解婴儿对常规疫苗的免疫反应机制 | 两个月大的婴儿 | 免疫学 | 感染性疾病 | 全血转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两个队列的2月龄婴儿 |