单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 29378 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2025-07-03 |
Comparison of Droplet- and Microwell-based Methods to Analyze Cryopreserved Human BAL Cells by Single-Cell RNA Sequencing
2025-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0467MA
PMID:40392631
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研究论文 | 比较基于液滴和微孔的方法对冷冻保存的人类BAL细胞进行单细胞RNA测序的效果 | 首次比较了两种冷冻保存和单细胞RNA测序方法在人类BALF细胞中的应用效果，特别是对肺泡巨噬细胞、上皮细胞、肥大细胞和T细胞的转录本和基因计数有显著差异 | 研究仅基于四个BALF样本，样本量较小 | 解决人类样本冷冻保存和单细胞RNA测序方法的选择问题 | 人类BALF细胞 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | 四个BALF样本 |
| 302 | 2025-07-03 |
Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer
2025-Jul, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432
PMID:40424767
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研究论文 | 该研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的潜在治疗靶点作用 | 结合了多组学分析、深度学习驱动的QSAR建模和基于transformer的深度学习方法SELFormer，首次预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的治疗靶点 | 研究结果需要进一步的实验验证，且样本来源和数量未明确说明 | 探索胰腺癌中TNFRSF10A/TRAILR1的潜在治疗靶点作用 | 胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境中的癌细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多组学分析（基因组学、单细胞空间转录组学、蛋白质组学、ceRNA网络分析）、QSAR建模、分子动力学模拟 | transformer-based deep learning (SELFormer), QSAR | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、化学结构数据 | NA |
| 303 | 2025-07-03 |
Analysis of Hyperexpanded T Cell Clones in SARS-CoV-2 Vaccine-Associated Liver Injury by Spatial Proteomics and Transcriptomics
2025-Jul, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.70172
PMID:40522253
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研究论文 | 通过空间蛋白质组学和转录组学分析SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤中的超扩增T细胞克隆 | 使用新型的mIF-RISH结合方法和Xenium原位平台进行单细胞空间转录组学分析，首次在SV ALI患者肝脏样本中定位和表征超扩增CD8+ T细胞克隆 | 研究仅基于一例严重SV ALI患者的肝脏样本，样本量较小 | 阐明SARS-CoV-2疫苗相关肝损伤(SV ALI)的免疫病理机制 | SV ALI患者的肝脏移植样本中的T细胞克隆 | 空间多组学 | 肝损伤 | T细胞受体测序、多重免疫荧光(mIF)、RNA原位杂交(RISH)、Xenium原位单细胞空间转录组学 | NA | 空间多组学数据(蛋白质组+转录组) | 1例SV ALI患者的肝脏移植样本 |
| 304 | 2025-07-03 |
Integration of Machine Learning Algorithms and Single-Cell Sequencing Analysis Reveals the Efferocytosis-Related Molecular Subtype and Prognostic Scoring Index in Colon Adenocarcinoma
2025-Jul, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16985
PMID:40296254
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研究论文 | 通过整合机器学习算法和单细胞测序分析，揭示了结肠腺癌中与胞葬作用相关的分子亚型和预后评分指数 | 首次在结肠腺癌中整合多组学数据和机器学习算法，开发了与胞葬作用相关的分子亚型及预后评分系统，并验证了TIMP1作为关键调节因子的作用 | 研究结果需要进一步的临床验证，且样本来源仅限于公共数据库 | 探究结肠腺癌中胞葬作用相关基因的分子特征及其临床意义 | 结肠腺癌患者的多组学数据及体外功能实验 | 生物信息学 | 结肠腺癌 | 单细胞测序、多组学整合分析、机器学习算法 | 机器学习算法（未指定具体模型） | 多组学数据（基因表达、单细胞测序等） | 162个胞葬作用相关基因，22个在结肠腺癌中异常表达的基因 |
| 305 | 2025-07-03 |
Single-nuclei sequencing of Moricandia arvensis reveals bundle sheath cell function in the photorespiratory shuttle of C3-C4 intermediate Brassicaceae
2025-Jul-01, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/eraf245
PMID:40590299
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研究论文 | 本研究通过单核RNA测序技术揭示了Moricandia arvensis中束鞘细胞在C3-C4中间型光合作用中的功能 | 首次利用单核RNA测序技术研究Brassicaceae科C3-C4中间型植物的细胞特异性表达模式，揭示了与光呼吸反应相关的基因表达变化 | 研究仅限于Brassicaceae科中的一个物种，结果可能不具有广泛代表性 | 探究C3-C4中间型植物中细胞特异性如何影响相互关联的代谢途径 | Moricandia arvensis（具有C3-C4中间型特征的Brassicaceae植物）和拟南芥（C3植物） | 植物分子生物学 | NA | 单核RNA测序(snRNA-seq), 电子显微镜免疫金标记 | NA | RNA测序数据, 显微镜图像 | Moricandia arvensis和拟南芥的叶片组织 |
| 306 | 2025-07-03 |
Stem Cells within the HPA Axis in Tissue Homeostasis and Disease
2025-Jul-01, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1093/stmcls/sxaf039
PMID:40590582
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综述 | 本文综述了HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用，包括其起源、定位、性别特异性活动以及在病理生理条件下的功能 | 总结了单细胞RNA测序揭示的HPA轴干细胞群体的异质性，并探讨了在衰老过程中替换丢失或受损干细胞的新兴策略 | 对HPA轴干细胞动态组织可塑性的机制理解仍有限，尤其是在人类中的研究不足 | 探讨HPA轴中干细胞在组织稳态和疾病中的作用及其潜在治疗应用 | HPA轴中的干细胞和祖细胞 | 干细胞生物学 | 代谢疾病、癌症、应激相关疾病 | 单细胞RNA测序、体外分化技术 | NA | NA | NA |
| 307 | 2025-07-03 |
MIF-mediated crosstalk between THRSP+ hepatocytes and CD74+ lipid-associated macrophages in hepatic periportal zone drives MASH
2025-Jul-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001429
PMID:40590856
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research paper | 该研究揭示了THRSP通过MIF介导招募CD74+脂质相关巨噬细胞（LAMs）在肝脏门静脉周围区域驱动代谢功能障碍相关脂肪性肝炎（MASH）进展的机制 | 发现了THRSP通过MIF介导的与CD74+ LAMs的交互在MASH进展中的关键作用，并提出了新的治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究MASH进展中肝脏门静脉周围区域的空间分区及细胞间交互机制 | MASH小鼠模型及患者肝脏组织 | digital pathology | metabolic dysfunction-associated steatohepatitis | spatial transcriptomics (ST), CellPhoneDB分析 | 小鼠基因过表达/敲除模型 | 基因表达数据、空间转录组数据 | MASH小鼠及患者肝脏组织样本（具体数量未明确说明） |
| 308 | 2025-07-03 |
Salidroside Alleviates Renal Ischemia-reperfusion Injury by Inhibiting Macrophage Pyroptosis Through HIF Signaling
2025-Jul-01, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-025-02328-y
PMID:40591075
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研究论文 | 研究红景天中的活性成分红景天苷（Sa）通过抑制HIF信号通路减轻巨噬细胞焦亡，从而缓解肾缺血再灌注损伤（RIRI）的保护作用 | 揭示了红景天苷通过抑制ROS-HIF-1α正反馈环路，减少NLRP3炎症小体激活和巨噬细胞焦亡的新机制 | 需要进一步研究验证其临床潜力和分子特异性 | 探索红景天苷在肾缺血再灌注损伤中的保护作用及其机制 | 小鼠RIRI模型和巨噬细胞 | 病理学 | 肾缺血再灌注损伤 | 多组学分析、单细胞RNA测序、网络药理学 | 小鼠模型 | 实验数据、测序数据 | 小鼠模型和巨噬细胞样本 |
| 309 | 2025-07-03 |
ScReNI: Single-cell Regulatory Network Inference Through Integrating scRNA-seq and scATAC-seq Data
2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf060
PMID:40591481
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research paper | 本文提出了一种名为ScReNI的新算法，用于通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞染色质可及性测序（scATAC-seq）数据推断单细胞水平的基因调控网络 | ScReNI算法通过整合scRNA-seq和scATAC-seq数据，利用最近邻算法和修改后的随机森林推断基因表达与染色质可及性之间的非线性调控关系，能够分析配对和非配对数据集，并在基于网络的细胞聚类中表现出更高的准确性 | NA | 开发一种能够推断单细胞特异性调控网络的新算法 | 单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq | 随机森林 | 单细胞测序数据 | NA |
| 310 | 2025-07-03 |
LEGEND: Identifying Co-expressed Genes in Multimodal Transcriptomic Sequencing Data
2025-Jul-01, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf056
PMID:40591483
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研究论文 | 介绍了一种名为LEGEND的计算方法，用于整合单细胞RNA测序和空间转录组数据，以识别共表达基因 | LEGEND是一种新颖的计算方法，首次整合了scRNA-seq和SRT数据，采用创新的层次聚类算法，最大化簇内冗余和簇间互补性，从而更有效地捕捉基因共表达和空间一致性的细微模式 | 未明确提及具体限制，但可能包括数据整合的复杂性和计算资源需求 | 揭示生物或病理过程中共功能基因的共表达模式 | 共表达基因 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, SRT | 层次聚类算法 | 转录组数据 | NA |
| 311 | 2025-07-03 |
miRNA centered regulatory networks identify FN1 and miR27b as metastatic drivers in HPV negative head and neck cancer
2025-Jul-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-08646-3
PMID:40593296
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研究论文 | 本研究通过分析HPV阴性头颈部鳞状细胞癌的转录组数据，开发了一个基于miRNA调控网络的转移预测模型，并识别出miR-27b和FN1作为转移的关键驱动因素 | 利用miRNA中心的调控网络结合调节组数据，构建了预测性能优越的转移预测模型（AUC 0.805），并首次揭示了miR-27b通过负调控FN1表达影响转移的机制 | 研究样本量虽然较大（333例），但仍需更多独立队列验证模型的普适性 | 阐明HPV阴性头颈部鳞癌转移的调控机制并开发预测模型 | HPV阴性头颈部鳞状细胞癌（HNSC）患者 | 肿瘤基因组学 | 头颈部鳞癌 | 转录组测序、单细胞RNA-seq | miRNA调控网络模型 | RNA-seq数据 | 333例HPV阴性HNSC肿瘤样本 |
| 312 | 2025-07-03 |
Identification of matrix stiffness-related molecular subtypes in HCC via integrating multi-omics analysis and machine learning algorithms
2025-Jul-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06733-7
PMID:40598539
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研究论文 | 通过整合多组学分析和机器学习算法，识别肝细胞癌（HCC）中与基质硬度相关的分子亚型 | 结合10种聚类算法和101种机器学习算法组合，构建了一个包含57个基因的基质硬度相关特征，并验证了关键基因PPARG的作用 | 研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证 | 研究基质硬度在肝细胞癌（HCC）预后和治疗反应中的作用 | 肝细胞癌（HCC）患者的多组学数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 多组学分析、scRNA-seq、空间转录组学（ST） | 机器学习算法组合 | 多组学数据 | NA |
| 313 | 2025-07-03 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals Conserved IFNγ-IL8 Signaling-Induced Antibacterial Neutrophil States during Bacterial Infection
2025-Jul-01, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504840
PMID:40598825
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示了细菌感染期间保守的IFNγ-IL8信号通路诱导的抗菌中性粒细胞状态 | 首次在尼罗罗非鱼中通过单细胞转录组和流式细胞术分析揭示了IFNγ驱动的il8⁺中性粒细胞转变，并验证了IL8在增强抗菌反应中的作用 | 研究主要基于尼罗罗非鱼模型，人类中性粒细胞验证数据有限 | 探究细菌感染期间免疫细胞亚型的动态变化及其调控机制 | 尼罗罗非鱼和人类的中性粒细胞 | 免疫学 | 细菌感染 | 单细胞转录组测序，流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据，流式细胞数据 | 113,356个来自头肾和脾脏的免疫单细胞，多个感染时间点 |
| 314 | 2025-07-03 |
CD38 ligation in sepsis promotes nicotinamide phosphoribosyltransferase-mediated IL-6 production in kidney stromal cells
2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association
DOI:10.1093/ndt/gfae269
PMID:39568061
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研究论文 | 本研究通过单细胞和单核RNA测序技术，探讨了CD38连接在脓毒症中对肾脏基质细胞产生IL-6的影响，并提出了NAMPT信号作为治疗靶点的新发现 | 揭示了CD38连接通过NAMPT信号促进肾脏基质细胞产生IL-6的新机制，并验证了其在人和小鼠脓毒症模型中的一致性 | 研究主要基于LPS诱导的脓毒症模型，可能无法完全反映其他类型脓毒症的病理过程 | 阐明CD38连接在脓毒症中的作用机制并寻找新的治疗靶点 | 小鼠腹膜免疫细胞、LPS诱导的脓毒症模型、人类脓毒症组织 | 免疫学 | 脓毒症 | scRNA-seq, snRNA-seq | LPS诱导的脓毒症小鼠模型 | RNA测序数据、组织学数据 | 小鼠模型和人类脓毒症组织样本（具体数量未明确说明） |
| 315 | 2025-07-03 |
Molecular mechanisms of diquat-induced brain injury: Insights from network toxicology and single-cell RNA sequencing
2025-Jun-30, Ecotoxicology and environmental safety
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118597
PMID:40592154
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研究论文 | 本研究通过整合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术，探讨了敌草快(DQ)诱导脑损伤的分子机制 | 结合网络毒理学、单细胞RNA测序和分子对接技术，首次系统性地揭示了DQ诱导脑损伤的分子机制 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验验证，缺乏体内实验数据支持 | 探究敌草快(DQ)诱导脑损伤的分子机制 | 敌草快(DQ)及其诱导的脑损伤相关分子靶点 | 分子毒理学 | 脑损伤 | 单细胞RNA测序、分子对接、网络毒理学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 316 | 2025-07-03 |
Multi-omics analysis of polyamine metabolism implicates NT5E/CD73 in the progression of pancreatic cancer
2025-Jun-27, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2025.217887
PMID:40582491
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研究论文 | 通过多组学分析探究多胺代谢在胰腺癌进展中的作用，并鉴定NT5E/CD73作为关键调控基因 | 首次系统性地通过多组学方法（包括转录组和单细胞RNA测序）分析多胺代谢在胰腺癌中的作用，并开发了基于多胺代谢的预后模型（PMscore） | 研究主要基于体外和体内功能实验，临床转化潜力尚需进一步验证 | 探究多胺代谢在胰腺导管腺癌（PDAC）中的全面作用和临床意义 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其肿瘤微环境（TME） | 肿瘤代谢 | 胰腺癌 | bulk transcriptomics, scRNA-seq, 随机森林算法 | 随机森林算法 | 转录组数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 317 | 2025-07-03 |
CCR1hi/CCL5hi macrophage-mediated CCL5hi T cell chemotaxis in salivary gland aggravates Sjögren's syndrome
2025-Jun-27, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.06.076
PMID:40582566
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research paper | 该研究揭示了CCR1hi/CCL5hi巨噬细胞通过CCL5介导的T细胞趋化作用在唾液腺中加剧干燥综合征(SS)的发病机制 | 首次揭示了CCR1hi/CCL5hi巨噬细胞通过CCL5介导的T/B细胞顺序浸润在SS发病中的关键作用，并提出了CCR1/CCL5作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证仍需扩大样本量 | 探究CCR1/CCL5在唾液腺淋巴细胞浸润和SS进展中的作用 | 干燥综合征患者和NOD小鼠的唾液腺组织 | 免疫学 | 干燥综合征 | scRNA-seq, bulk RNA-seq, mIF | NOD小鼠模型 | RNA测序数据, 免疫荧光图像 | SS患者和NOD小鼠的唾液腺组织样本 |
| 318 | 2025-07-03 |
Co-development of mesoderm and endoderm enables organotypic vascularization in lung and gut organoids
2025-Jun-27, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.041
PMID:40592324
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研究论文 | 通过共分化中胚层和内胚层在同一个球体中，实现了从诱导多能干细胞（iPSCs）生成血管化的肺和肠道类器官 | 利用BMP信号调节内胚层与中胚层的比例，生成具有组织特异性的内皮和上皮祖细胞，揭示了内皮特异性驱动的关键配体 | NA | 研究人类器官发生和疾病中复杂的细胞间通讯 | 肺和肠道类器官 | 干细胞与再生医学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 319 | 2025-07-03 |
Targeting Annexin A2 to reactivate tumor-associated antigens presentation and relieve immune tolerance in liver cancer
2025-Jun-26, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011716
PMID:40571481
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研究论文 | 本研究探讨了靶向Annexin A2在肝癌中重新激活肿瘤相关抗原呈递和缓解免疫耐受的作用 | 揭示了Annexin A2在肿瘤相关抗原呈递和免疫逃逸中的新机制，并验证了其作为癌症免疫治疗靶点的可行性 | 研究主要基于体外和动物模型，临床转化效果需进一步验证 | 探索肝癌免疫逃逸的分子机制并寻找干预措施 | 肝癌细胞和CD8+ T细胞 | 癌症免疫治疗 | 肝癌 | CRISPR-Cas9基因敲除、单细胞测序、免疫共沉淀结合液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS) | 化学和基因诱导的原发性肝癌模型、原位植入肝肿瘤模型 | 测序数据、质谱数据、细胞实验数据 | 未明确说明具体样本数量，使用了多种肝癌模型和体外实验 |
| 320 | 2025-07-03 |
Cell-specific nanoengineering strategy to disrupt tolerogenic signaling from myeloid-derived suppressor cells and invigorate antitumor immunity in pancreatic cancer
2025-Jun-23, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04096-y
PMID:40549154
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research paper | 开发了一种纳米工程策略，特异性靶向PMN-MDSCs，以破坏其免疫抑制信号并增强胰腺癌的抗肿瘤免疫 | 利用CXCR2作为PMN-MDSC特异性靶点，设计了CXCR2-NP纳米颗粒，实现了对PMN-MDSCs的特异性药物递送，避免了系统性抑制的副作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证其安全性和有效性 | 开发一种特异性靶向PMN-MDSCs的纳米工程策略，以克服系统性抑制的局限性并增强抗肿瘤免疫 | 胰腺导管腺癌（PDAC）中的PMN-MDSCs | 纳米医学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序，流式细胞术，纳米颗粒工程 | KPC小鼠模型 | RNA测序数据，流式细胞数据，体内外实验数据 | 人类和小鼠PDAC样本，治疗初治PDAC患者的外周血细胞 |