单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
301	2025-09-26	Nonalcoholic Fatty Liver Disease Exacerbates the Advancement of Renal Fibrosis by Modulating Renal CCR2+PIRB+ Macrophages Through the ANGPTL8/PIRB/ALOX5AP Axis 2025-Sep-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202509351 PMID:40995682	研究论文	本研究揭示了非酒精性脂肪肝病通过ANGPTL8/PIRB/ALOX5AP轴调控肾脏CCR2+PIRB+巨噬细胞加剧肾纤维化的机制	首次发现NAFLD通过肝脏分泌ANGPTL8激活肾脏特异性CCR2+PIRB+巨噬细胞，并阐明其通过破坏亚油酸代谢和促进Th17细胞活化加剧肾纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究NAFLD促进肾纤维化的具体分子机制	小鼠模型（UUO手术+HFD诱导NAFLD）、原代肾脏巨噬细胞、共培养体系	病理机制研究	非酒精性脂肪肝病、肾纤维化	单细胞RNA测序、非靶向代谢组学、流式细胞术、免疫荧光	动物疾病模型	基因表达数据、代谢物数据、细胞表型数据	小鼠模型及体外细胞实验（具体数量未明确说明）
302	2025-09-26	Single-Cell Immune Profiling Reveals Neutrophils Promote Myasthenia Gravis Exacerbation Through BAFF Secretion 2025-Sep-25, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202509260 PMID:40995750	研究论文	通过单细胞测序揭示中性粒细胞通过分泌BAFF促进重症肌无力恶化的新机制	首次发现中性粒细胞-BAFF-浆细胞轴在MG急性加重中的作用，并证实IFN-γ信号通路是该过程的关键驱动因素	NA	探究中性粒细胞在重症肌无力急性加重中的具体作用机制	重症肌无力患者骨髓和外周血样本、实验性自身免疫性重症肌无力小鼠模型	免疫学	重症肌无力	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、基因敲除模型、血清细胞因子分析	NA	基因表达数据、临床数据	重症肌无力患者队列（具体数量未明确）
303	2025-09-26	RNA Sequencing at Single Vesicle Resolution via 3D Printed Embedded Droplet Arrays 2025-Sep-24, ACS applied materials & interfaces IF:8.3Q1 DOI:10.1021/acsami.5c09959 PMID:40938793	研究论文	开发了一种通过3D打印嵌入式液滴阵列实现单细胞外囊泡RNA测序的平台	利用3D打印技术创建可控均质液滴阵列，首次实现单细胞外囊泡水平的多聚腺苷酸RNA测序	NA	解决细胞外囊泡RNA载物的异质性问题	单个细胞外囊泡（EVs）	单细胞测序技术	NA	3D打印、RNA测序、PCR、液滴微流控	NA	RNA测序数据	3689个独特条形码对应的单个THP-1细胞外囊泡（100nm）
304	2025-09-26	Next-generation translational genomics for developing future crops 2025-Sep-24, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01704-z PMID:40987990	综述	本文综述了现代转化基因组学在作物育种中的应用进展与创新策略	从单基因组转向泛基因组分析，从批量转录组转向单细胞转录组技术，结合人工智能实现高通量表型分析	NA	通过整合基因组学、转录组学和表型数据加速作物改良	农作物育种	基因组学	NA	基因组测序、转录组分析、单细胞转录组、高通量基因分型与表型分析	机器学习、人工智能模型	基因组数据、转录组数据、表型数据	NA
305	2025-09-26	TYK2 Promotes Immunosurveillance of Colorectal Cancer Liver Metastasis 2025-Sep-24, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4224 PMID:40991399	研究论文	本研究通过小鼠结直肠癌类器官移植模型发现TYK2通过树突状细胞依赖的机制控制结直肠癌肝转移的免疫监视	首次揭示TYK2通过树突状细胞依赖的抗原交叉呈递机制调控结直肠癌肝转移免疫监视，并发现FDA批准的TYK2抑制剂deucravacitinib可能促进癌症转移	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究TYK2在结直肠癌肝转移免疫监视中的调控机制	结直肠癌肝转移小鼠模型、免疫细胞亚群、结直肠癌细胞	肿瘤免疫学	结直肠癌肝转移	单细胞RNA测序、类器官移植模型、基因敲除技术	小鼠结直肠癌类器官移植模型	基因表达数据、单细胞测序数据	NA
306	2025-09-26	Spatial profiling of human pancreatic ductal adenocarcinoma reveals molecular alterations associated with venous invasion 2025-Sep-24, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.ady7524 PMID:40991729	研究论文	通过空间转录组学分析揭示胰腺导管腺癌静脉侵犯的分子特征	首次系统描绘PDAC静脉侵犯的空间分子图谱，发现静脉侵犯区域反而呈现与较好预后相关的分子特征	样本量有限（仅8例初治患者），需要独立队列验证	探究胰腺导管腺癌静脉侵犯的分子特征	人类胰腺导管腺癌组织样本	空间转录组学	胰腺癌	空间转录组分析、空间蛋白组分析、RNA-seq	NA	空间转录组数据、蛋白组数据	95个PDAC组织样本（来自8例初治患者），独立验证队列19例患者
307	2025-09-26	Transforming histologic assessment: artificial intelligence in cancer diagnosis and personalized treatment 2025-Sep-24, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03206-y PMID:40993310	综述	本文综述了人工智能在癌症组织学评估中的变革作用，涵盖从诊断辅助到临床决策整合的演进	提出多模态方法整合组织学图像与临床分子数据，实现更优预测准确性和可解释性；创新性应用组织形态学表型聚类和空间转录组学优化癌症分层	AI预测验证存在挑战，特别是在预后应用方面；资源有限环境中的可及性不足；需要标准化数据集和伦理框架	探讨AI在癌症诊断和个性化治疗中组织学评估的转化应用	组织切片图像（WSI）及相关的基因组和临床数据	数字病理学	癌症	深度学习、空间转录组学、多模态数据整合	深度学习模型	全切片图像（WSI）、基因组数据、临床数据	基于TCGA等公共数据库的大规模样本（具体数量未明确说明）
308	2025-09-26	HEBP2-governed glutamine competition between tumor and macrophages dictates immunotherapy efficacy in triple-negative breast cancer 2025-Sep-23, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2025.08.009 PMID:40992373	研究论文	本研究通过单细胞测序揭示HEBP2介导的肿瘤细胞与巨噬细胞间谷氨酰胺竞争是影响三阴性乳腺癌免疫疗效的关键代谢检查点	首次发现HEBP2通过破坏FOXA1相分离促进谷氨酰胺代谢竞争的空间调控机制，并开创单细胞水平免疫代谢评估新范式	样本量有限（scRNA-seq队列N=27，空间转录组队列N=88），需进一步扩大验证	阐明三阴性乳腺癌免疫治疗应答的代谢调控机制	三阴性乳腺癌患者肿瘤微环境中的肿瘤细胞与巨噬细胞	肿瘤免疫代谢	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据	scRNA-seq队列27例样本，空间转录组队列88例样本
309	2025-09-26	Engineered vasculature induces functional maturation of pluripotent stem cell-derived islet organoids 2025-Sep-22, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.024 PMID:40412386	研究论文	本研究通过工程化血管系统成功诱导人多能干细胞来源的胰岛类器官实现功能成熟	首次构建了具有血管化的三维SC-胰岛类器官模型，揭示了血管通过形成胰岛样基底膜和BMP信号通路促进β细胞功能成熟的机制	研究主要基于体外模型和小鼠实验，尚未在更大动物模型或临床环境中验证	开发具有血管功能的干细胞衍生胰岛类器官以改善糖尿病细胞治疗	人多能干细胞来源的胰岛细胞、人原代内皮细胞和成纤维细胞	组织工程	糖尿病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、微流体装置、三维培养	NA	基因表达数据、生理功能数据	NA
310	2025-09-26	Identification of type 2 diabetes- and obesity-associated human β-cells using deep transfer learning 2025-Sep-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.96713 PMID:40982369	研究论文	应用深度迁移学习工具DEGAS识别与2型糖尿病和肥胖相关的人类β细胞亚群	首次将深度迁移学习工具DEGAS应用于单细胞RNA-seq数据，将疾病关联映射到β细胞亚群	研究样本量有限，未来需要扩展更多人类胰岛组学数据集	优先识别疾病相关的β细胞亚群以理解2型糖尿病发病机制	人类胰腺β细胞单细胞RNA-seq数据	生物信息学	2型糖尿病	单细胞RNA-seq、深度迁移学习、免疫染色	深度迁移学习(DEGAS)	单细胞RNA-seq数据、批量表达数据	来自健康和非糖尿病/2型糖尿病供体的人类胰腺切片
311	2025-09-26	Novel radiation-derived gene blueprint stratifying patients with breast cancer 2025-Sep-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03549-1 PMID:40983794	研究论文	本研究通过识别辐射相关基因构建风险模型，用于预测乳腺癌患者的预后、免疫特征和治疗反应	首次整合多组学数据（包括单细胞RNA测序）系统研究辐射相关基因在乳腺癌中的作用，并开发了基于8个基因签名的临床实用工具	研究基于回顾性数据集，需要前瞻性临床验证	开发可靠的预后生物标志物和个性化治疗策略	乳腺癌患者	生物信息学	乳腺癌	RNA测序（bulk和single-cell）、多组学分析、随机森林、LASSO Cox回归	随机森林、LASSO Cox风险模型	基因表达数据	TCGA-BRCA队列和METABRIC数据集（具体样本数未明确说明）
312	2025-09-26	SIGEL: a context-aware genomic representation learning framework for spatial genomics analysis 2025-Sep-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03748-7 PMID:40983914	研究论文	提出SIGEL框架，通过利用空间基因组上下文从空间转录组数据中学习基因表示	开发了首个具有上下文感知能力的空间基因组表示学习框架，能够生成具有生物学意义且跨样本鲁棒的基因表示	NA	解决空间转录组数据中基因表示生成方法的局限性，提高下游分析任务的效果	空间转录组数据中的基因表示	空间基因组学	NA	空间转录组技术	表示学习框架	空间转录组数据	多个不同的空间转录组数据集
313	2025-09-26	KEGNI: knowledge graph enhanced framework for gene regulatory network inference 2025-Sep-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03780-7 PMID:40983951	研究论文	提出一种基于知识图谱增强的基因调控网络推断框架KEGNI	首次将知识图谱与图自编码器结合用于单细胞RNA测序数据的基因调控网络推断	NA	推断细胞类型特异性基因调控网络以研究复杂调控机制	基因调控网络和驱动基因	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	图自编码器	单细胞测序数据	NA
314	2025-09-26	The Single Cell Landscape of the Human Vein After Arteriovenous Fistula Creation and Implications for Maturation Failure 2025-Sep-22, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.08.024 PMID:40992573	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示人类动静脉瘘术后静脉壁的细胞景观及其对成熟失败的影响	首次构建人类动静脉瘘术前后静脉的单细胞转录组图谱，发现巨噬细胞来源的骨桥蛋白是驱动瘘管失败的关键旁分泌信号	样本量有限（20-23例患者），缺乏功能性验证实验	探究动静脉瘘成熟失败的生物学机制	接受血液透析患者的静脉组织和动静脉瘘样本	单细胞生物学	终末期肾病/血管通路并发症	单细胞RNA测序、组织活检	NA	单细胞转录组数据、组织学数据	23例患者组织活检样本，20例患者70,281个单细胞测序数据
315	2025-09-26	Single-cell and bulk transcriptomic analyses reveal ITGA5-driven epithelial-mesenchymal transition and metabolic adaptation in thyroid cancer 2025-Sep-21, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152678 PMID:40992268	研究论文	通过单细胞和批量转录组分析揭示ITGA5驱动甲状腺癌上皮-间质转化和代谢适应机制	首次整合单细胞与批量转录组数据系统阐明ITGA5通过EMT和肿瘤微环境重塑促进甲状腺癌进展的双重机制	研究主要基于细胞系实验，缺乏体内动物模型验证	探究ITGA5在甲状腺癌进展中的分子功能机制	甲状腺癌患者组织样本（TCGA数据）和BCPAP/8505C细胞系	癌症生物学	甲状腺癌	RNA-seq、单细胞RNA测序、WGCNA、ESTIMATE分析、免疫细胞反卷积	NA	转录组数据、单细胞数据	TCGA甲状腺癌数据集（具体样本数未明确）及两种甲状腺癌细胞系
316	2025-09-26	Natural killer cells and IFN-γ protect against liver injury during HAV infection in mice 2025-Sep-19, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01395-25 PMID:40970716	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示自然杀伤细胞和IFN-γ在甲型肝炎病毒感染早期对肝脏的保护作用	首次在具有免疫活性的HAV易感小鼠模型中证明NK细胞通过产生IFN-γ发挥抗病毒保护作用而非致病作用	研究使用基因修饰小鼠模型，结果向人类临床应用的转化需进一步验证	阐明NK细胞在甲型肝炎病毒感染早期对肝脏损伤的保护机制	肝细胞特异性I型干扰素受体敲除小鼠和全局敲除小鼠	免疫学	病毒性肝炎	单细胞RNA测序、基因敲除技术	动物模型	基因表达数据、血清生化指标	未明确说明具体样本数量，使用多组基因工程小鼠进行实验
317	2025-09-26	YWHAG mediated epithelial-mesenchymal transition facilitates tumor progression and metastatic spread in non-small cell lung cancer 2025-Sep-15, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.112139 PMID:40962000	研究论文	本研究揭示YWHAG通过LRRK2/PI3K/AKT轴促进非小细胞肺癌的上皮-间质转化和转移进程	首次阐明YWHAG通过调控LRRK2/PI3K/AKT信号轴驱动肺癌EMT的具体分子机制，并利用肺特异性基因敲除小鼠模型验证其促转移功能	研究主要基于细胞系和小鼠模型，临床转化价值需进一步验证	阐明YWHAG在非小细胞肺癌进展中的功能作用和分子机制	非小细胞肺癌细胞系（NCI-H292、A549）和转基因小鼠模型	癌症生物学	肺癌	单细胞RNA测序、多组学分析、免疫共沉淀、免疫荧光、基因敲除/过表达	动物模型	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据、影像数据	TCGA泛癌数据集（29种癌症类型）、2个NSCLC单细胞RNA测序数据集（GSE117570 & GSE148071）、转基因小鼠模型
318	2025-09-26	Engineering Spatial and Molecular Features from Cellular Niches to Inform Predictions of Inflammatory Bowel Disease 2025-Sep-12, ArXiv PMID:40964085	研究论文	本研究开发了一种基于空间转录组学的可解释机器学习框架，用于区分炎症性肠病的亚型	首次将空间转录组学与可解释机器学习结合，通过细胞微环境特征工程实现IBD亚型的精准分类	样本量有限，需要更大规模验证	建立可解释的IBD亚型分类模型并探索其生物学机制	健康对照、溃疡性结肠炎和克罗恩病患者的结肠黏膜组织	数字病理	炎症性肠病	空间转录组学	多层感知机	空间转录组数据	包含健康对照、UC和CD患者的结肠黏膜样本
319	2025-09-26	p53 maintains lineage fidelity during lung capillary injury-repair in neonatal hyperoxia 2025-Sep-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182880 PMID:40763040	研究论文	本研究揭示p53在新生儿高氧损伤后肺毛细血管修复过程中维持内皮细胞谱系保真性的关键作用	首次发现p53通过调控内皮细胞亚群动态平衡参与支气管肺发育不良的血管修复机制	研究主要聚焦于内皮细胞特异性机制，其他细胞类型的贡献尚未完全阐明	探究p53在新生儿高氧诱导肺损伤修复过程中的分子机制	新生儿高氧损伤模型中的肺毛细血管内皮细胞亚群	分子病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
320	2025-09-26	NNMT inhibition in cancer-associated fibroblasts restores antitumour immunity 2025-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09303-5 PMID:40702186	研究论文	本研究通过抑制癌症相关成纤维细胞中的NNMT酶，恢复抗肿瘤免疫力并增强免疫检查点阻断疗效	首次发现NNMT通过诱导H3K27me3低甲基化驱动CAF分泌补体，招募免疫抑制性MDSCs，并开发出高效特异性NNMT抑制剂	研究主要基于小鼠模型，尚未进行人体临床试验	探索NNMT在肿瘤微环境免疫抑制中的作用及靶向治疗潜力	高级别浆液性卵巢癌、乳腺癌和结肠癌模型	肿瘤免疫学	卵巢癌	空间转录组学、单细胞RNA测序、高通量筛选	基因敲除小鼠模型、同系肿瘤模型	基因组学数据、体内实验数据	多种小鼠癌症模型（卵巢癌、乳腺癌、结肠癌）